Gli acidi nucleici

Gli acidi nucleici, insieme ai carboidrati, ai lipidi e alle proteine,costituiscono le biomolecole cioè i composti
chimici più importanti dal punto di vista biologico; gli acidi nucleici sono essenzialmente il DNA(acido
desossiribonucleico) e l'RNA(acido ribonucleico). Il DNA ha il compito di trasmettere i caratteri ereditari da un
individuo ai suoi discendenti, l'RNA invece permette l'espressione dell'informazione genetica. L'unità
fondamentale dell'eredità è il gene,visto come un frammento di DNA che codifica per un particolare
carattere(in certi casi un gene può codificare per più caratteri o un carattere può essere codificato da più geni).
Le tappe storiche che,con teorie ed esperimenti,hanno portato alle conoscenze di base che abbiamo noi oggi
riguardo al DNA sono:Nel 1928 Griffith scoprì,studiando i batteri che causavano la polmonite, l'esistenza di un
“principio trasformante” che permetteva che da un terreno di coltura, dove erano presenti batteri virulenti morti
e batteri non virulenti vivi,nascessero batteri virulenti vivi. Nel 1944 Avery,MacLeod e McCarty scoprirono
che il principio trasformante era il DNA,ciononostante alcuni rimasero scettici. Nel 1949 Chargaff, studiando il
DNA di vari organismi, giunse a teorie sulla sua composizione chimica, che tratterò dopo. Nel 1952 Hershey e
Chase dimostrarono definitamente che il DNA era il depositario dell'informazione genetica,attraverso lo studio
dei batteriofagi(virus che infettano batteri). Nel 1953 Watson e Crick, grazie agli studi sulla diffrazione a raggi
X di Franklin e Wilkins e alle scoperte precedenti, teorizzarono la struttura a doppia elica del DNA;per questo
nel 1962 vinsero il Nobel per la medicina. Inoltre nel 1958 Meselson e Stahl dimostrarono che la replicazione
del DNA è semiconservativa. Riguardo all'RNA si scoprirono le analogie e le differenze con il DNA e si
scoprirono i tre tipi di RNA,che si tratteranno dopo. Inoltre si è scoperto in epoca recente che l'RNA agisce
come codice genetico in alcuni virus come l'HIV. Dal punto di vista chimico l'unità fondamentale degli acidi
nucleici è il nucleotide,molecola formata da una base azotata,da un gruppo fosfato e da uno zucchero a 5 atomi
di carbonio(desossiribosio per il DNA, ribosio con un atomo di ossigeno in più per l'RNA). Le basi azotate
sono cinque:adenina e guanina(basi purine a doppio anello);citosina,timina e uracile(basi pirimidiniche a
singolo anello). Secondo le regole di Chargaff nel DNA la quantità di purine è uguale alla quantità di
pirimidine e la quantità di adenina è uguale a quella di timina, quella di guanina alla quantità di citosina. Ne
consegue che le purine si appaiano sempre con le pirimidine; inoltre per la formula di struttura tra adenina e
timina si instaurano 2 legami a idrogeno, tra guanina e citosina 3 legami a idrogeno. Nel modello a doppia elica
si ritrovano i precedenti ragionamenti, inoltre si nota che le basi azotate si appaiano verso l'interno,come i pioli
di una scala, dove le ringhiere sono formate dai gruppi fosfato e dagli zuccheri. L'RNA al contrario del DNA è
formato da un singolo filamento,differisce per lo zucchero e al posto della timina ha l'uracile. Esistono tre tipi
di RNA: RNA messaggero(mRNA), RNA transfer(tRNA) e RNA ribosomiale(rRNA) tutti coinvolti nella
sintesi proteica. Riguardo alla replicazione del DNA: per la teoria semiconservativa le molecole figlie di una
molecola di DNA sono formate da un filamento della vecchia molecola e da un filamento “ex novo”. Uno dei
due filamenti nuovi,definito filamento veloce, viene catalizzato dall'enzima DNA polimerasi che procede in
direzione 5'-3'(cioè catalizza il legame tra il gruppo fosfato e il carbonio in posizione 3), invece il filamento
lento è costituito da singoli frammenti,detti di Okazaki dallo scopritore, che vengono uniti successivamente
dall'enzima DNA ligasi . Come detto prima l'espressione dell'informazione genetica avviene attraverso la
sintesi proteica, la quale è divisa in trascrizione e traduzione. Come detto prima nella sintesi proteica
intervengono i tre tipi di RNA,nella trascrizione solo quello messaggero. Il filamento di mRNA viene
catalizzato dall'RNA polimerasi sempre in verso 5'-3';come si verifica,la base complementare dell'adenina è
l'uracile. Finita la sintesi dell'mRNA, questo non è ancora pronto a essere tradotto,ma deve essere trattato
poiché i geni negli eucarioti sono discontinui. Infatti certe sequenze chiamate introni vengono eliminate perchè
non codificate,altre chiamate esoni vengono collegate; questa serie di processi è chiamata splicing. Come si
passa da nucleotidi ad amminoacidi? Essendo questi ultimi 20,un amminoacido non può essere codificato da un
solo nucleotidi(solo 4 combinazioni) e nemmeno da 2(solo 16 combinazioni);infatti il codice è basato su
triplette di nucleotidi,chiamate codoni(con un totale di 64 combinazioni). Si può notare che esiste una tripletta
d'inizio(che codifica la metionina) e tre di stop; oltre a ciò si nota che ogni tripletta può codificare un solo
amminoacido ma,cosa più importante, certi amminoacidi posso essere codificati da più triplette(questa
caratteristica si chiama ridondanza o degenerazione del codice). Per ogni codone dell'mRNA, esiste un tRNA
che ad un'estremità ha il codone complementare o anti-codone;all'altra estremità l'amminoacido corrispondente
al codone di mRNA. La traduzione vera e propria si svolge nei ribosomi con collaborazione tra l'mRNA e il
tRNA. Il ribosoma è formata da due subunità, una minore e una maggiore,costituite da RNA ribosomiale:
l'mRNA scorre tra le due subunità,invece il tRNA si sposta tra i siti E(sito di espulsione),P(sito
peptidilico),A(sito amminacilico) presenti nella subunità maggiore. La traduzione inizia con il codone AUG per
l'mRNA e il tRNA con anti-codone corrispondente. Successivamente nel sito A si pone il tRNA con anticodone
complementare al codone successivo nell'mRNA. Tra i due amminoacidi dei due tRNA si forma un legame
peptidico. Dopo ciò l'mRNA scorre, il tRNA del sito P si sposta nel sito E da cui verrà espulso, invece il tRNA
del sito A si sposta nel sito P, ricominciando il ciclo, che si concluderà arrivati ad uno dei 3 codoni di
stop(UAG,UAA,UGA). Per velocizzare la produzione di proteine, sono necessari più ribosomi e lo scorrimento
dell'mRNA attraverso di essi(tipo catena di montaggio). A volte può succedere che nella trascrizione possano
verificarsi degli errori che avranno delle conseguenze anche nella traduzione, questi errori sono chiamati
mutazioni geniche perchè riguardano un singolo gene. Queste mutazioni possono essere indotte da mutageni
fisici,come i raggi ultravioletti o le radiazioni, o da mutageni chimici che modificano la composizione chimica
del DNA. Prendendo un frammento di DNA possiamo avere 4 mutazioni. La mutazione silente non causa
nessun problema, infatti,poichè il DNA è ridondante, se si sostituisce una base, il codone può codificare lo
stesso amminoacido. Se questo non succede si parla di mutazione missenso, poiché sostituendo una base,può
cambiare l'amminoacido corrispondente. Nelle mutazioni nonsenso invece, la sostituzione di una base, crea un
codone di stop,causando l'interruzione della codifica. Esiste anche la mutazione frame-shift,causata dalla
rimozione di una base;questo causa uno sfasamento del tratto di mRNA che codificherà amminoacidi diversi
dal punto di rimozione. Queste alterazioni in certi casi determinano malattie genetiche. Per esempio l'anemia
falciforme o anemia drepanocitica è dovuta ad una mutazione dell'emoglobina, proteina presente nei globuli
rossi, la quale trasporta l'ossigeno nel sangue. La mutazione provoca anche un cambiamento nella forma del
globulo rosso, che invece di essere un disco concavo bilaterale, prenda la forma di una falce, diventando più
fragile. Questa malattia è causata da una mutazione missenso; infatti in un particolare punto della catena
polipeptidica, all'amminoacido glutammato si sostituisce l'amminoacido valina(si noti la differenza di
composizione chimica dei due amminoacidi). Successivamente alle scoperte storiche citate prima e alla
scoperta di metodi rapidi per sequenziare il DNA, si sviluppò l'ingegneria genetica, che comprende i metodi
per modificare in modo mirato il DNA di un organismo. Per ottenere brevi tratti di DNA da studiare o utilizzare
in altro modo, si usano gli enzimi di restrizione, cioè particolari enzimi che tagliano il DNA in punti precisi, a
volte lasciando anche uno scarto di alcuni nucleotidi. Grazie agli enzimi di restrizione e all'elettroforesi su gel,
di cui parlerò dopo, è possibile separare frammenti di DNA, da analizzare in seguito. Ovviamente se un
particolare enzima di restrizione taglia in modo specifico un DNA “normale”, se dopo l'elettroforesi il DNA ha
una lunghezza diversa, vuol dire che abbiamo trovato un'anomalia. L'elettroforesi è una tecnica per separare i
frammenti di DNA,ma anche altre sostanze come le proteine. Questo avviene ponendo il DNA su una piastra
gelificata, dove ai lati si applica un particolare voltaggio. I frammenti, carichi negativamente, si spostano verso
il polo positivo, con velocità inversamente proporzionale alla loro lunghezza. Dopo un certo periodo, i
frammenti,trattati precedentemente con coloranti, si saranno divisi in varie bande evidenziate. Un altro modo
per trovare anomalie nel DNA è l'ibridazione. Se conosciamo una sequenza di DNA, conosciamo anche la sua
complementare in DNA o RNA. Dopo aver separato con l'elettroforesi su gel i frammenti di DNA, questi
vengono posti su un foglio in contatto con varie DNA/RNA-sonde. Dopo qualche ora si sciacqua in modo che
rimangano solo le sequenze appaiate. Questa tecnica può essere usata per verificare per esempio se le cellule
fetali, prelevate con amniocentesi, presentano il gene dell'anemia falciforme. La sequenza interessata viene
sondata sia con un filamento normale che con uno mutato, in modo da vedere quale appaiamento avviene. La
clonazione di un gene o tecnica del DNA ricombinante consiste nel prendere un frammento di DNA che si
vuole venga codificato e lo si inserisce in un altro organismo,ad esempio un batterio, in modo che quest'ultimo
esprima la proteina scelta; questa tecnica viene usata nella produzione di sostanze utili, di cui parlerò dopo.
Infine arriviamo alla reazione polimerasica a catena. Questa permette avendo a disposizione dei nucleotidi e un
filamento di DNA di produrre velocemente più copie del filamento complementare. Questa tecnica viene usata
per esempio nella medicina forense per ottenere “l'impronta di DNA” partendo da campioni piccolissimi come
un capello o anche una cellula sola. L'ingegneria genetica ha numerose applicazioni. Tra queste troviamo la
produzione di OGM(organismi geneticamente modificati)che attraverso l'introduzione di geni esogeni utili,
possono, come certe piante, dare una maggior quantità di sostanze utili, essere più resistenti agli stress
ambientali o essere meno vulnerabili a malattie e parassiti. Come detto prima la clonazione di un gene può
essere usata per la produzione di sostanze utili come l'insulina e la somatotropina o ormone della crescita, per
curare gravi malattie come il diabete o il nanismo. Con il progredire delle tecnologie nacque il progetto di
mappare il genoma umano, iniziato nel 2001 e finito nel 2003. Contro ogni aspettativa i geni trovati furono non
più di 25000, contro le previsioni di circa 100000;questo vuol dire che gran parte del DNA non verrebbe
codificato, perciò si sta cercando di capire quale sia la reale funzione di questa parte di DNA. Inoltre ora che il
genoma umano è stato mappato, l'obiettivo è identificare i diversi geni, i loro meccanismi di regolazione, quali
proteine controllano e le loro funzioni. Questo ha fatto sorgere nuove discipline come la proteomica(disciplina
che si occupa dello studio della struttura e funzione di tutte le proteine codificate dal genoma umano) e la
bioinformatica(che ha il compito di archiviare, analizzare e confrontare sequenze di DNA di organismi diversi).