Primera Parte
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por ejemplo a 25°C, y solvente, el medio en el que está, por ejemplo, agua, adquiere espontáne-
amente una única conformación muy bien definida. En esas condiciones esa estructura es, ener-
géticamente, la más estable y tiene una organización extrema. A esta estructura la llamamos
estructura nativa. Nativa porque es la estructura que, en principio, no sólo está bien plegada, sino
que adquiere la proteína tanto en un tubo de ensayo, completamente, aislada de otras moléculas
como en el entorno biológico, por ejemplo, el interior de una célula. En el caso de la mayor parte
de las proteínas, la función biológica está
asociada a la estructura nativa.
Hoy en día podemos decir con certeza Los experimentos de Christian B. Anfinsen,
que uno de los avances más emocionan- en los años 1950-1970 no dejaron dudas sobre
tes de la ciencia fue la posibilidad de de- este punto. La elaboración de la hipótesis termo-
terminar la estructura de una proteína dinámica, que describe a la conformación na-
con alta resolución. Contar con estruc- tiva como la de menor energía y que detalla al
turas, brinda la posibilidad de entender proceso de plegado como un proceso espontáneo,
mecanismos biológicos de enfermeda- sin duda, marcó el inicio de un largo e increíble
des y diseñar fármacos racionalmente, camino que tuvo desde su inicio como objeto
por indicar dos de las tantas e importan- comprender cómo las proteínas se pliegan en sus
tes aplicaciones. conformaciones tridimensionales y cómo la se-
En la actualidad existen únicamente cuencia determina en condiciones adecuadas la
dos métodos que permiten hacerlo. La adquisición de la estructura final.
cristalografía de rayos X y la espectros-
copía de resonancia magnética nuclear
(RMN). Como todo, cada método
tiene ventajas y desventajas. En ambos Por otra parte, los cálculos propuestos por 9
casos los científicos (cristalógrafos, en Cyrus Levinthal permitieron postular que una
un caso y espectroscopistas, en el otro) proteína no encuentra su conformación mediante
usan muchas (muchísimas) piezas de una búsqueda al azar, ya que como veremos, esto
información (tal cual un detective) le demandaría tiempos extremadamente largos,
para crear un modelo de la macromo- no compatibles para nada con los tiempos bioló-
lécula a escala atómica. Esas piezas son, gicos. Por el contrario, las proteínas se pliegan
efectivamente, los datos experimentales rápidamente. Muchas de ellas, incluso, en frac-
acerca de la estructura de la macromo- ciones de milisegundos (la milésima parte de un
lécula. Los datos experimentales son segundo) y hasta en microsegundos (la milloné-
probablemente lo más importante con sima parte de un segundo). A este planteo, se lo
que cuenta un científico. Para los cris- conoce con el nombre de paradoja de Levinthal
talógrafos estos datos son los patrones y, a partir del mismo, es que surge la necesidad
de difracción de rayos X que se produ- de entender cómo se lleva adelante esta búsqueda
cen como consecuencia de la dispersión conformacional, la búsqueda de la conformación
de fotones de alta energía cuando el haz de mínima energía. Más adelante también exa-
de rayos X impacta con un cristal de las minaremos cuidadosamente las distintas alter-
proteínas, más específicamente, cuando nativas que se han propuesto hasta el momento,
los fotones son desviados por la presen- lo que ha quedado más que claro desde aquel en-
cia de los electrones de las macromolé- tonces es que la búsqueda de esta conformación
culas que forman el cristal. Para los no es un proceso aleatorio.
espectroscopistas de RMN son restric-
LAS PROTEÍNAS
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Estructura de la mioglobina publicada Estructura de la mioglobina publicada
por J. Kendrew y colaboradores por H. P. Hersleth y colaboradores
en el año 1959 en el año 2008
Figura 1-1. Comparación de dos modelos de la mioglobina. El modelo de la derecha construido por J. Kendrew y colaboradores
en el año 1959. El modelo de la izquierda fue publicado por H.P. Hersleth en año 2008. La imagen de este último fue preparada
usando el programa de visualización de estructuras SwissPDBviewer
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El problema de la escala:
Distancias e intervalos de tiempo
¿Cuánto mide una proteína? ¿En qué rango de tiempo ocurren los procesos relacionados
con los cambios conformacionales?
Estas son dos preguntas importantes. Aunque más adelante nos preguntaremos cómo po-
demos hacer para medir el tamaño de una proteína o la velocidad del proceso de plegado,
por ahora, será más que importante entender que, por lo general, se trata de objetos relati-
vamente pequeños.
¿Cuán pequeños?
Por ahora no nos hemos detenido a analizar cómo representamos estructuras tan
complejas como las de las proteínas, que pueden estar formadas por miles de átomos.
Existen varias formas de hacerlo. Dependiendo de qué tipo de análisis queramos hacer
LAS PROTEÍNAS
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nos convendrá una forma u otra. azufre
Necesitaremos un sistema de coordenadas oxígeno
N-terminal
para darle posición a cada átomo en el espacio,
independientemente, del tipo de representa-
C-terminal
ción. El sistema de coordenadas más común-
nitrógeno
mente usado es el cartesiano, donde para cada carbono
átomo tendremos coordenadas x, y, z.
Por lo general cuando representemos a los N-terminal
átomo, por ejemplo, a cada átomo como una
esfera y cada enlace covalente como un cilin-
C-terminal
dro, tendremos que utilizar un código de
color para poder diferenciar cada tipo de
átomo. Casi siempre se usa una convención
en la que los átomos de nitrógeno se colorean Figura 1-3. Distintos tipos de representaciones para la cadena poli-
peptídica. Arriba, modelo de esferas y cilindros, abajo modelo de ci-
en azul; los de oxígeno, en rojo; los átomos lindros. Se usa la convención: átomos de nitrógeno, en azul; oxígeno,
de carbono en gris, los átomos de azufre en en rojo; carbono en gris; azufre en amarillo. No se representan los
amarillo y los átomos de hidrógeno, que con átomos de hidrógeno. Además se señalan los extremos de la cadena
polipeptídica (N- y C-terminales). La imagen fue preparada usando
el objetivo de simplificar los modelos no el programa de visualización de estructuras SwissPDBviewer
siempre se representan, en blanco o gris claro
o celeste (Figura 1-3), no se muestran los áto-
mos de hidrógeno. Dependiendo del color
con que se visualice el fondo esta convención N-terminal
puede modificarse. En general, deberíamos
aclarar el código de colores que se usa. C-terminal
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Este tipo de convenciones nos permite re-
correr la cadena principal y reconocer muy Figura 1-4. Otro tipo de representación de la cadena polipeptídica.
fácilmente el sentido N-, C- terminal del es-
queleto. Si bien a fines prácticos por ahora En la Figura 1-4 se representan los volúmenes relati-
nos alcanza con este tipo de representación, vos de cada átomo. Se usa la convención: átomos de
es importante notar que estas esferas no re- nitrógeno, en azul; oxígeno, en rojo; carbono en gris;
presentan los volúmenes reales de los átomos. azufre en amarillo. No se representan los átomos de
Más adelante recurriremos a modelos más hidrógeno. Además se señalan los extremos de la ca-
realistas en los que representaremos los volú- dena polipeptídica (N- y C-terminales). La imagen
menes relativos de cada uno de los átomos fue preparada usando el programa de visualización
(Figura 1-4); estos modelos, más complejos, de estructuras SwissPDBviewer.
serán muy útiles, por ejemplo, cuando nos
interese identificar el grado en el que los áto-
mos están empaquetados o identificar cavi-
dades, huecos o espacios vacíos en el interior
de la matriz proteica.
También podemos representar el recorrido
de la cadena polipeptídica en el espacio con
modelos de cintas sin incluir un detalle a
nivel atómico. Este tipo de modelo es muy Figura 1-5. Representación de cintas de la proteína β-lactamasa
útil para identificar en forma rápida la topo- de la bacteria Escherichia coli (PDB =1TEM, ver más adelante).
Se usó SwissPDBviewer para preparar la imagen.
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logía general de la macromolécula. Con este tipo de modelos podemos recorrer toda la pro-
teína de extremo a extremo con relativa facilidad. En la Figura 1-5 se muestra una represen-
tación de cintas de la β-lactamasa de la bacteria Escherichia coli, una enzima que degrada la
penicilina G, un antibiótico muy comúnmente utilizado.
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