Romo Mangun mendirikan sekolah Mangunan, sebuah Pendidikan alternatif
melalui sekolah formal. SDKE Mangunan berada di antara rumah penduduk dan masih dekat dengan sawah, dan sekolah dibuat menyatu dengan lingkungan sekitarnya. Hal ini sesuai dengan tujuan Romo Mangun agar anak-anak bisa belajar secara konkret dari keseharian mereka. Ada 2 hal yang ingin dicapai dalam Pendidikan anak di SDKE Mangunan, yaitu: 1) kemampuan berkomunikasi melalui penguasaan berbahasa, dan 2) mengembangkan jiwa kreatif, eksploratif, dan integral pada anak. Romo Mangun bersama dengan DED membuat 5 mata pelajaran khas Mangunan, yaitu: Kotak Pertanyaan, Membaca Buku Bagus, Majalah Meja, Komunikasi Iman, dan Musik untuk pendidikan. Kelima mata pelajaran khas tersebut merupakan cara untuk melatih kepekaan anak untuk mencermati lingkungan keseharian. Bersama dengan Bahasa Indonesia, IPA, IPS, dan Matematika, kelima mata pelajaran khas ini bertujuan untuk memberi keterampilan hidup bagi anak miskin. SDKE Mangunan sudah memberi wewenang penuh pada guru untuk mengelola kelasnya dengan membuat sendiri desain pengajaran. Guru memilih kompetensi dari draft Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK). Dari draft kompetensi yang dipilih, guru menentukan tema pelajaran yang disesuaikan dengan lingkungan sekolah. a) Kotak Pertanyaan, Membaca Buku Bagus, dan Majalah Meja Kotak pertanyaan berfungsi untuk menampung pertanyaan-pertanyaan anak didik tentang sesuatu yang dianggap belum tahu. Pertanyaan- pertanyaan yang terkumpul kemudian dibahas bersama-sama pada Sabtu siang. Lalu dengan Baca Buku Bagus, anak didik diajak untuk memperluas cakrawalanya, diajak keluar dari tempurung tradisionalisme konservatifnya, diajak mengenal kebudayaan lain, dan diajak mengenal dialektik antara sana dan sini. Hal ini dilakukan dengan cara guru bercerita dengan murid.1 Kemudian, dengan Majalah Meja, anak didik bias langsung belajar dengan hanya melihat meja yang ditempatinya. Tujuannya dalah membuat anak didik dekat dengan bahan atau sumber pengetahuan. Majalah Meja ini diisi dengan artikel-artikel baik dari koran maupun majalah yang diganti setiap Minggu oleh staf sekolah.2 b) Komunikasi Iman Dalam pelajaran ini yang diutamakan bukan pengetahuan tentang agama, melainkan mendampingi anak didik demi pemekaran sikap dasar dari dalam diri berupa hati nurani dan niat serta tekad untuk berbuat, penataran, dan hapalan belaka tentang agama.3 Dengan komunikasi iman, anak didik diharapkan senantiasa melakukan perbuatan baik. Bagi Romo Mangun, pengajaran agama tetap perlu dilaksanakan. Namun tempatnya adalah di dalam keluarga masjid, gereja, dan tempat ibadah lainnya, bukan di sekolah. Sekolah harus bersifat dan bersikap inklusif, terbuka bagi murid dan berbagai agama.4 c) Pendidikan Seni Pendidikan seni di sini tidak bermaksud agar anak didik menonjol dalam mementaskan seni, namun lebih bertujuan untuk membina cita rasa, kepekaan kebudiawaan yang mengarah pada kearifan anak didik. Selain itu, pendidikan seni juga berguna untuk mempertajam pikiran, kreativitas dan menyehatkan tubuh.5 d) Pendidikan Bahasa dan Komunikasi Dengan penguasaan bahasa, baik bahasa komunikasi interaksi maupun bahasa verbal, baik bahasa nasional maupun bahasa internadional, anak didik mampu hidup di mana pun. Selain itu, dengan bekal ini anak didik juga akan mudah untuk menyerap informasi dan ilmu pengetahuan secara mandiri sehingga wawasan yang dimilikinya bias lebih luas dan bertambah.6 e) Pelajaran IPA dan IPS Pelajaran ini diberikan sesuai dengan kebutuhan anak didik, yakni dipilah mana yang perlu diketahui dan mana yang tidak ada salah dan ruginya jika tidak diketahui. Yang penting diketahui adalah kunci dan anak kunci serta rahasia-rahasia dimana ada dan bagaimana cara memperoleh informasi atau pengetahuan. Semua itu harus sesuai dan relevan dengan kehidupan keseharian anak didik.7 f) Matematika Menurut Romo Mangun, pelajaran matematika adalah pelajaran penting kedua setelah bahasa karena membantu anak untuk dapat berfikir logis, kritis, teliti, berabstraksi, bisa mengambil keputusan dan kreatif.8 Dalam hal ini, Romo Mangun sepakat dengan Drost bahwa matematika adalah ilmu kuantitas, namun mengajarkan seseorang bernalar logis.9