Desain Obat Dengan Bantuan Komputer (Computer-assisted Drug Design)

Computer-assisted drug design (CADD) biasa juga disebut computer-assisted molecular

design (CAMD) merupakan aplikasi komputer lebih terkini sebagai perangkat dalam proses
desain obat. Aplikasi langsung dari CADD yakni membantu membuat dan menemukan suatu
ligan prediksi (the putative drug) yang akan berinteraksi dengan daerah target pada suatu
reseptor. Ikatan ligan dengan reseptor dapat meliputi interaksi hidrofobik, elektrostatik, dan
ikatan hidrogen. Selanjutnya, energi solvasi dari ligan dan bagian reseptor juga penting karena
desolvasi secara parsial maupun sempurna pasti menjadi prioritas ikatan.

Pendekatan CADD mengoptimalkan kesesuaian ligan dengan suatu bagian aktif (site)
pada reseptor. Pendekatan yang digunakan bergantung pada informasi yang tersedia tentang
ligan dan reseptor. Idealnya, suatu kajian sebaiknya memiliki informasi struktur 3D tentang
reseptor dan kompleks ligan-reseptor dari data difraksi sinar X dan NMR, tetapi jarang
terealisasi. Sebaliknya, suatu kajian boleh tidak memiliki data eksperimen untuk membantu
dalam membangun model-model ligan dan reseptor, dalam beberapa kasus metode komputasi
harus digunakan tanpa keharusan menyediakan data eksperimen.

Berdasarkan informasi yang tersedia, suatu kajian dapat menggunakan metode desain
molekular berbasis ligan atau reseptor. Pendekatan berbasis ligan dapat digunakan jika struktur
site reseptor tidak diketahui, tetapi suatu seri senyawa yang telah diidentifikasi menujukan
aktivitas yang menarik. Agar dapat digunakan lebih efektif, suatu kajian sebaiknya memiliki
senyawa-senyawa yang mirip dengan aktivitas yang tinggi, tanpa aktivitas, dan dengan aktivitas
yang menengah. Dalam mengenal pemetaan bagian yang aktif dari suatu senyawa (site
mapping), suatu usaha dilakukan untuk mengidentifikasi suatu pharmacophore, suatu bentuk
struktur analog dari senyawa tersebut. Pharmacophore merupakan suatu perwujudan dari
sekumpulan kelompok gugus-gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yang mengisi geometri
dari site reseptor.

Pendekatan berbasis reseptor pada aplikasi CADD jika suatu model yang dapat dipercaya
dari site reseptor tersedia, dalam bentuk difraksi sinar X, NMR, atau modelling senyawa
homolog. Dengan tersedianya site reseptor, masalah pada desain ligan yang akan berinteraksi
dengan baik pada site, yakni masalah perkaitan (docking)