St. Mary de Londres hasta el comienzo de la Primera Guerra Mundial. En este hospital trabajó en el Departamento de Inoculaciones, dedicado a la mejora y fabricación de vacunas o inyecciones y sueros. Almorth Edward Wright, secretario del Departamento, despertó el interés de Fleming por nuevos tratamientos para las infecciones. Durante la guerra fue médico militar en los frentes de Francia y quedó impresionado por la gran mortalidad causada por las heridas de metralla infectadas (por ejemplo, gangrena gaseosa) en los hospitales de campaña. Finalizada la guerra, regresó al Hospital St. Mary donde buscó intensamente un nuevo antiséptico que evitase la dura agonía provocada por las heridas.