Saat ini pola struktur yang ada di cekungan Kutai didominasi oleh
lipatan-lipatan rapat berarah NNE – SSW yang paralel dengan garis pantai dan
dikenal sebagai Samarinda Antiklinorium – Sabuk Lipatan Mahakan. Lipatan ini
dicirikan oleh antiklin asymetric yang rapat, yang dipisahkan oleh siklin yang
lebar, dan mengandung silickastik berusia Miosen. Kenampakan ini dominan
terdapat di bagian timur cekungan dan beberapa juga terdapat di lepas pantai.
Pada daerah pantai, deformasinya terlihat sangat komplek. Pada bagian barat
cekungan telah terangkat, paling tidak 1500-3500 m sedimen telah hilang karena
mekanisme pembalikan. Pada bagian ini, tektonik yang ada mungkin mencapai
basement.
Boh Beds. Merupakan endapan tertua, terdiri dari shale, silt, dan batupasir
halus. Singkapan in hanya ditemui pada upper Mahakam dan sungai Boh dan
lokasinya dekat dengan semenanjung Mangkalihat dan juga merupakan bata utara
cekungan. Secara lokal kadang ditemui konglomerat basaltik dan vulkanoklastik.
Formasi Keham Halo. Berusia Eosen Tengah hingga Eosen Akhir. Terdiri
dari batupasir dan konglomerat. Formasi ini mempunyai ketebalan 1400 – 2000
m. horizon tufaan juga terlihat pada formasi ini. Formasi Keham Halo berpotensi
menjadi reservoir karena penyebarannya meluas hingga batas cekungan.
Formasi Marah. Secara tidak selaras menutup formasi yang lebih tua,
akibat proses tektonik yang menyebabkan terjadinya struktur tersebut. Terdiri dari
batupasir, konglomerat dan vulkaniklastik. Kadang muncul perselingan shale dan
batubara. Endapan ini berasal dari arah barat, kemunculan endapan ini tidak
diketahui di bagian timur, tapi diyakini endapan ini mencapai daerah sungai
Mahakam saat ini.
Pada akhir pemekaran, Palawan-Reed Bank bertumbukan dengan kipas akresi dan
menyebabkan penghentian subduksi ke arah selatan dan berkaitan dengan
vulkanisma. Perhentian subduksi di sepanjang utara Kalimantan adalah hasil dari
sesar naik kipas akresi dan pengangkatan regional (Tinggian Kuching).
Pengangkatan Tinggian Kuching ditandai dengan dimulainya endapan delta di
cekungan Kutai berarah timur dan erosi sedimen pra miosen tengah yang
tersedimentasi ulang di cekungan.
Gambar 6. Arah Trend dari struktur pada kutai basin.