BMC429
guennadi.sezonov@pasteur.fr
- 2009 -
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3
La lecture conseillée
BMC429 BMC429 et 421
4
Elles s’appellent…
► archaeon – archaea
► archée – archées
Les notions à retenir à la fin du cours
(minimum syndical)
- Crenarchaea (Crenarcheota)
- Euryarchaea (Euryarcheota)
- Thaumarchaea (Thaumarcheota)
-les Archées ne sont pas que des bêtes exotiques vivant dans des conditions
extrêmes dans des endroits inaccessibles et uniques (sources chaudes, fond d’océan)
6
Le plan du cours
Partie I. La découverte des Archaea
7
Partie I
La découverte des Archaea
100-120°C 300°C
8
La vision traditionnelle du vivant (avant 1977)
eucaryotes
eucaryotes
supérieurs
eucaryotes
« inférieurs »
=
procaryotes
= bactéries procaryotes
9
Robert Whittaker: 5 domaines –
les critères morphologiques
10
Reconstitution de l’évolution–
les critères morphologiques
11
Reconstitution de l’évolution–
les critères morphologiques
12
Question de taille
La taxonomie classique des microorganismes est
difficile et inexacte…
Les critères sont :
- morphologie
- coloration
- métabolisme
- habitat
- +++ ??
Staphylococcus Bacillus
1965
(Emile Zuckerkandl, Linus Pauling)
nouvelle approche –
la phylogénie moléculaire
basées sur l’analyse
et la comparaison
de séquences des gènes
15
Linus Pauling et macromolécules
Pauling fut lauréat à la fois du prix
Nobel de chimie en 1954 et du prix
Nobel de la paix en 1962
ADN protéines
16
Le principe de la phylogénie moléculaire
« Bonjour tristesse »
Bon… triste
Sans stress
Fort stress
…jour tristesse
Bon… triste
Bon… stress
Bonjour tristesse
Fort stress
…jour tristesse
Les macromolécules, témoins de l’évolution
histoire
Temps évolutive
mouse ACcAGCTAA
ancêtre commun
rat ACTAGCTAA
man ACTTGtTGA
Selon l'hypothèse de l'horloge
moléculaire, les mutations génétiques
s'accumulent dans un génome
gorilla ACTTGaTGA
à une vitesse globalement proportionnelle
au temps géologique écoulé après la séparation séquences actuelles
d’espèces issues du même ancêtre commun
Phylogénie moléculaire – une machine à remonter le temps
Temps
mouse
séquences actuelles
rat
ACTAGCTAA
Arbre
rabbit phylogénique
man
Reconstruction
gorilla
22
Gibbon
Siamang
Orang-outan
Chimpanzé
23
Origine du virus du SIDA
24
Science 2000
ancêtre commun
1920-1940
procaryotes eucaryotes
80S
ribosome
60S
subunit
40S subunit
5S 18S 28S
~120nt ~1900 nt ~4700 nt
ARN 16S (ou 18S) – le choix idéal
Pour comparer il faut connaître les séquences de ARN 16S venant de plusieurs espèces
27
« Il existe trois grands types d’ARN 16S (et donc 3 type
de ribosomes) sur Terre »
Carl Woese, 1977
???
1 - E –eucaryotes
2 - B – procaryotes (bactéries)
3 - ?????
28
1977 – la technique employée par C. Woese
pour séquencer l’ARN 16S
29
Production d’un catalogue d ’oligonucléotides
digérés par la RNAse T1
coupure sur G
par l’RNase T1
bibliothèque des oligos
30
Les bibliothèques d’oligonucléotides
diapo
31
Les bibliothèques d’oligonucléotides
élution et
séquençage
32
La comparaison des bibliothèques d’oligonucléotides
espèce a espèce b
33
Les premiers résultats de Woese –
les bactéries sont éloignées des eucaryotes
proches
éloignés
éloignés
proches
34
Les premiers résultats de Woese –
les chloroplastes sont des ex- bactéries
proches
éloignés
35
Carl Woese entreprend alors l’analyse des « bactéries bizarres »:
- les méthanogènes
- les halophiles
36
3 groupes de procaryotes connus depuis longtemps et mal classifiés
ils ne peuvent pas être distingués des bactéries par leur phénotype
- petites cellules
- pas de noyau
- pas d’organites
37
Au microscope ces organismes ont l’apparence des bactéries typiques
38
La découverte du méthane – gaz combustible – par Alessandro Volta
en 1776 – Lac Majeur
le gaz est produit par une « bactérie » appelée méthanogène et habitant dans les marais
39
Les méthanogènes: une biodiversité extraordinaire
Habitats variés:
- eaux stagnantes (marais, station d ’épuration)
- sol
- lacs salés
- zones volcaniques
- sédiments sous-marins des sources chaudes
- tractus intestinal des mammifères (homme inclus)
exemples
Methanogenium frigidum (15°C)
Methanopyrus kandleri 100°C
40
Les méthanogènes: comme leur nom l’indique…
méthanogenèse
41
Conclusion
42
Les halophiles sont parmi les premiers extrêmophiles connus
Procaryotes
- Halobacterium
- cyanobactérie Aphanothece halophytica
Eucaryotes
- une algue verte Dunaliella salina
43
Les extrêmes halophiles - habitat
Na+
K+
Mg2+
Cl-
45
Conclusion
46
Sulfolobus acidocaldarius
un hyperthermophile et acidophile 80-95°C pH 1-5
47
Sulfolobales : je me nourris au soufre pur
48
Conclusion
49
La découverte extraordinaire de Carl Woese
élution et
séquençage
50
Les méthanogènes ne sont pas des eucaryotes
51
Les méthanogènes ne sont ni des eucaryotes
… ni des bactéries !!!!!
52
Conclusion géniale de Carl Woese: trois formes de vie
Nicolas Copernic
53
Ni un eucaryote, ni une bactérie – alors
c’est quoi cette troisième forme de vie???
54
Ni un eucaryote, ni une bactérie – alors
c’est quoi cette troisième forme de vie???
55
il faut leur donner un nom – ARCHEOBACTERIES
56
Conclusion: les archéobactéries forment une
groupe à part - UN DOMAINE
-méthanogènes
-halophiles
-hyperthermophiles
57
03 Novembre 1977
58
1977-1990 Arbre phylogénétique universel raciné
procaryotes eucaryotes
Domaines :
diversification
« last
LUCA sur Archaea et Eucarya
universal
common
ancestor »
origine de la vie
Les trois domaines du vivant de Carl Woese - « The Woesian
Revolution » 1977-1990
procaryotes
bactéries=procaryotes
à partir de 1990
61
Chronologie de la vie sur Terre
archées/eucaryotes
LUCA les archées ne sont pas plus vielles
bactéries que les bactéries
2008 –
comment déterminer la séquence de l’ARN 16S d’une espèce?
ou (mieux)
63
2008 - comment déterminer la séquencer de l’ARN 16S d’une espèce?
on séquence le génome en entier et on cherche des gènes codant pour les ARNr
64
On séquence 1 génome bactérien tous les 3 jours
2006 – 340
2007 – 446
le nombre de génome bactériens séquencés s’éleve à 2008 – 576
2009 - 640
Nouvel arbre
phylogénétique du vivant
basé sur l’analyse complète
des génomes
66
En 2003 Carl Woese reçoit le Prix Crafoord à Stockholm
67
Partie II
A la recherche du monde perdu…. des archées
68
Les premières archées identifiées par C. Woese sont essentiellement des extrêmophiles
-halophiles et thermoacidophiles
69
Hyperthermophiles et acidophiles – définir les termes
archaea
taux de
croissance
70
Les deux grands explorateur du monde des Archaea extrêmophiles
72
Taq et Pfu
Pyrococcus furiosus – kokkos -coque, puros - le feu, furiosus - furieuse.
Euryarchaeota. Karl Stetter 1986. Plage Vulcano, Italie. 95°C-105°C
Hyperthermophile le plus étudié. Polymérase Pfu
pour comparer
Thermus aquaticus – une bactérie. 1969, Thomas Brock, Yellowstone.
Taq polymérase. 55°C-70°C.
Les bactéries du genre Thermus sont
répandues dans les eaux chaudes
de nos installations de chauffage.
Yellowstone – source de plusieurs archées hypertermophiles
Yellowstone
Les principales sources chaudes géothermales sur Terre
Italie
75
« Hot spots »- explication des géologues
plaque tectonique
manteau plume
2900 km
noyau
Islande
L’étonnante richesse morphologique et métabolique
des Archées hyperthermophiles et acidophiles
78
Phylogénie classique des Archaea – 1990-2008
Euryarchaeota
Crenarchaeota
Korarchaeota
79
Nouvelle taxonomie des Archaea (2008) – trois phila
Cenarchaeum symbiosum
Nitrosopumilus maritimus Thaumarchaeota
Brochier-Armanet et al.,
Nat Rev Microbiol.
2008 Mar;6(3):245-52.
Halophiles
Euryarchaeota
Méthanogénes
Phyla
Nanoarchées
Korarchées
Nouvelle taxonomie des Archaea (2008) – trois phila
Cenarchaeum symbiosum
Nitrosopumilus maritimus Thaumarchaeota
Brochier-Armanet et al.,
Nat Rev Microbiol.
2008 Mar;6(3):245-52.
Halophiles
Euryarchaeota
Méthanogénes
Phyla
Nanoarchées
Korarchées
82
Trent ans après…
83
Euryarchaeota– la liste des espèces dont les génomes sont séquencés
Archaeoglobi Methanococci
Archaeoglobus fulgidus [H]
Halobacteria Methanocaldococcus jannaschii [H]
Haloarcula marismortui [S]
Halobacterium sp [S] Methanococcus aeolicus
Haloferax volcanii [S] Methanococcus maripaludis C5
Haloquadratum walsbyi [S] Methanococcus maripaludis C7
Natronomonas pharaonis [S][K] Methanococcus maripaludis S2
Methanococcus vannielii
Methanomicrobiales Methanogens
Methanocorpusculum labreanum Z Methanobacteria
Methanoculleus marisnigri Methanobacterium thermoautotrophicum [T]
Methanospirillum hungatei Methanosphaera stadtmanae
Methanosarcinales Methanopyri
Methanococcoides burtonii [P] Methanopyrus kandleri [H]
Methanosarcina acetivorans Thermococci
Methanosarcina barkeri Pyrococcus abyssi [H]
Methanosarcina mazei Pyrococcus furiosus [H]
Methanosaeta thermophila [T] Pyrococcus horikoshii [H]
Thermococcus kodakaraensis [H]
Extreme Ecotypes: [H] Hyperthermophile; Thermoplasmata
[T] Thermophile; Ferroplasma acidarmanus [A]
[P] Psychrophile; [A] Acidophile; Picrophilus torridus [T][A]
[K] Alkaliphile; [S] Halophile Thermoplasma acidophilum [T][A]
Thermoplasma volcanium [T][A]
Crenarchaeota – la liste des espèces dont les génomes sont séquencés
Thermoproteales
Desulfurococcales
Caldivirga maquilingensis [H]
Aeropyrum pernix [H]
Pyrobaculum aerophilum [H]
Hyperthermus butylicus [H]
Pyrobaculum arsenaticum [H]
Ignicoccus hospitalis [H]
Pyrobaculum calidifontis [H]
Staphylothermus marinus [H]
Pyrobaculum islandicum [H]
Thermofilum pendens [H]
Sulfolobales
Thermoproteus neutrophilus [H]
Metallosphaera sedula [T][A]
Sulfolobus acidocaldarius [T][A]
Marine Mesophiles
Sulfolobus solfataricus [H][A]
Cenarchaeum symbiosum [P]
Sulfolobus tokodaii [H][A]
Nanoarchaeota
Nanoarchaeum equitans [H]
Korarchaeota
Korarchaeum criptofilum
Halobacterium salinarum
86
Flux des ions et des molécules au travers de la membrane chez les archées halophiles
bactériorhodopsine
3,3 M
de Na+ 5,3 M de K+
sodium / AA symport
potassium uniport
87
Les Archaea hyperthermophiles du
phylum Crenarchaeota
Quelques photos de la
famille Sulfolobales
Sulfolobus tokodaii
Sulfolobus solfataricus
Sulfolobus solfataricus
infecté par le virus STSV1 S. acidocaldarius 88
Les gourmandises des archaea hyperthermophiles - le soufre et l’acide sulfurique,
l’acide nitrique et l’hydrogène - tout ce que donne un volcan en éruption
T C° pH
sulfure d hydrogène
89
Ignicoccus islandicus – kokkos coque et ignis feu – Islande 2000. Crenarchaeota
La seule archée avec deux membranes et l’espace périplasmique. 95°C-98°C
Fluorescence
light micrograph
1 mm
fluorescence staining.
Confocal laser micrograph.
Hôte - Ignicoccus
-taille 1-2 mm
- phylum Crenarchaeota
- autotrophe réducteur de soufre,
nécessite H2 et CO2
Symbiote - Nanoarchaeum equitans
- taille 350-500 nm (1% de volume d’E. coli)
- phylum Euryarchaeota
- complètement dépendant de l’hôte
symbiote
hôte
Island, Kolbeinsey crête.
Cheminée blanche – petit volcan de
50 cm de hauteur situé à 106 m de
profondeur,
éjectant de l’eau chaude à 103°C
91
Nanoarchaeum equitans – le plus petit génome procaryotique connu - 487 gènes
bactérie
archaea
92
Partie III
Organisation de la cellule chez les Archaea
Archaea Bacteria
93
Organisation de la cellule chez les Archaea
2 grandes questions:
1 – les principaux protéines impliquées dans les processus informationnels
- réplication de l’ADN
- transcription
- traduction
94
Les Archaea ressemblent à la fois aux bactéries et aux eucaryotes
Transcription
Translation
DNA replication
DNA reparation
95
Les archées sont les champions de la thermorésistance
50°C 80°C
hyperthermophiles
thermophile
s
0 113°C
EUCARYOTES 60°C
BACTERIA 90°C
113°C
ARCHAEA
Pyrolobus fumarii
96
Pyrolobus fumarii - une résistance extraordinaire à la chaleur
Pyrolobus fumarii – lobus – lobe, puros feu, fumarii fumeurs. 1993.
Le organisme le plus hyperthermophile connu sur Terre. Euryarchaeota
106-113°C. Isolé dans les cheminées hydrothermales (les fumeurs noirs).
maximum
minimum 113°C
90°C
optimum
la paroi chez les archées
Rappelle: la paroi chez les bactéries
le peptidoglycane bactérien
N-acetylglucosamine (blue) +
acide N-acetylmuramique (vert)
S layer
S layer
certaines méthanogénès –
majorité des archées
pseudopeptidoglycane
– S layer
La membrane:
les phospholipides bactériens/eucaryotiques vs archées
diéster phosphoglycerol
acides gras non saturé, non ramifiés
D-glycérol-3-phosphate
Bacteria
Eukarya
Archaea de 20 à 40 carbones
L-glycérol-1-phosphate
diéther phosphoglycerol
chaines isoprène saturées ramifiées
104
Un peu de chimie
Liaison ester
Liaison entre un groupe alcool (-OH) et
un groupe acide carboxylique (-COOH),
formée par élimination d'une molécule
d'eau (H2O).
105
La membrane plasmiques : bi- et mono couches
polaire
non polaire
caldarchaeol
lipide bipolaire
bactéries archées
membrane
mixte contenant
de 1 à 95%
de lipides bipolaires
hyperthermophiles
membrane membrane thermoacidophiles
bi-couche partiellement mono-couche
106
Membrane classique Membrane formées
de glycérides géants
H+ H+ H+
H+
H+
Bacteria/ H+ H+ H+ H+
Archaea
Eukarya Pompe
protéique
H+
H+ H+
H+
H+ H+ H+
H+
H+
H+
H+
H+ H+
100°C 100°C
membrane perméable membrane non perméable
100°C dépolarisée toujours polarisée
107
Temperature dependence of the proton permeability
- liaison ester chez les Bactéries / ether chez les Archées entre le glycérol
et les chaîne des acides gras
109
Conclusions 2:
a membrane cytoplasmique: bactéries /eucaryotes vs archées
110
G+C percentage in genomes of hyperthermophiles
does not correlate with growth temperatures
GC percent and growth temperature
of Archaea
100
90
80
G+C percent of DNA
70
60
50
40
30
20
10
0
20 40 60 80 100
Thermococcus gammatolerans
La viabilité de la bactérie D. radiodurans n’est pas affectée si elle est
soumise à une irradiation γ provoquant environ 200 cassures double-
brins, 3000 cassures simple-brins et plus de 1000 bases endommagées
par équivalent génome (survie de 100 % pour une exposition à une dose
de 6000 Gy de rayonnement γ) et sa survie reste très significative à des
doses supérieures à 10000 Gy (Figure 1). A titre de comparaison, des
doses 250 fois inférieures suffisent pour stériliser la majorité des cultures
bactériennes (exemple : Escherichia coli)
113
Chez les hyperthermophiles, les ARNt sont stabilisés par des modifications chimiques
114
Reverse gyrase – une marque déposée des hyperthermophiles
50°C 80°C
thermophiles hyperthermophiles
0 113°C
EUCARYOTES 60°C
BACTERIA 90°C
113°C
ARCHAEA
115
Rappel : le rôle de l’ADN gyrase chez les bactéries
topoisomérase
pas d’ADN
enroulé positivement surenroulé négativement
par GYRASE
La reverse gyrase des hyperthermophiles
Reverse gyrase – une topoisomérase capable d’introduire des supertours positifs
X
gyrase reverse gyrase
(+)
117
Reverse gyrase est la seule(!) protéine présente chez
chez tous les hyperthemophiles, bactéries comme archées,
elle est absente chez non hyperthermophiles
118
Le rôle exact de la reverse gyrase est incertain
1990
2004
119
Hyper thermorésistance des Archées – les protéines
28 protéines
- facilité de purification
- facilité de cristallisation
23S ARNr
121
Les processus informationnels chez les Archaea
réplication
transcription
traduction
122
Initiation de la réplication en 5 étapes
123
Réplication de l’ADN chez Archaea
ori
?
- unique site ori - multiples sites ori
- réplication bidirectionnelle - réplication bidirectionnelle
sur toutes les ori
124
Origines de réplication
cdc6-1
ori1
cdc6-2
ori2
ori3
cdc6-3
de 1 (Pyrococcus abyssi)
1 multiples à 3 (Sulfolobus solfataricus)
ou plus ?
125
Initiation de réplication
ORC
(1+2)
DnaA
(1) initiation (1) « origin recognition complexe» ORC/ Cdc6
6 protéines Orc (1-6) plusieurs protéines
126
La distribution des familles des ADN polymérases
bacteries/ unique unique
eucaryotes communes Bacteria Euryarchaea communes communes
Cren/Eury Euryarchaea
A B C D X Y
Archaea
Bacteria
Eucarya
Viruses
127
La vitesse de réplication
Euryarchaea (1 ori)
Pyrococcus abyssi Crenarchaea (3 oris)
DNA pol. 300nt s-1 Sulfolobus solfataricus
Genome: 1765kb DNA pol. 80-110nt s-1
Est. repln time: 49 min Genome: 2992kb
Est. repln time: 76 min
Sulfolobus acidocaldaricus
DNA pol. 80-100nt s-1
Genome: 1900kb
Est. repln time: 52 min
128
REPLICATION
Conclusions 1:
Les archées répliquent leurs chromosomes aussi vite que les bactéries
tout en utilisant les protéines d’initiation de la réplication eucaryotiques
129
Chromatine et les histones chez les Eucaryotes
acétylation = régulation
130
Chromatine et les protéines histone-like chez Euryarchaeota
H4
H3
H3
-pas de modification
des histones chez les archées
131
Transcription:
132
Il existe seulement 2 types des ARN
polymérase
Deux classes d’ARN polymérases ADN-dépendantes:
133
L’ ARN pol du bactériophage T7
134
ARNPol – famille T7 – un seul polypeptide
transcription
des gènes
mitochondriaux
135
ARNPol – famille d’ ARNPol composées de plusieurs
sous-unités
N de sous-unités 5 12 12 - 17
136
La transcription chez les bactéries: ARN polymérase
holoenzyme
5 sous-unités
137
ARN polymérases des eucaryotes
Eucaryotes ont trois ARN polymérases:
12-17 sous-unités
138
Archaea: ARN polymérase, 2008
Sous unités Structure
139
Eucaryotes : initiation de la transcription
TATA box
position -25
TBP
TFIIB TFIIE
TFIIF
TFIIH
complexe d’initiation
Recrutement
140
.. et les Archaea??
141
La transcription chez les Archées
RNApol.
142
promoteur typique des eucaryotes
143
Initiation de la transcription chez les archées
TFE
TBP
TFB
144
La régulation transcriptionnelle chez les archées
par des DNA binding protéines du type « bactérien »
activateur? compétition
compétition
répresseurs
répresseurs
145
Traduction chez les Archaea
146
Traduction chez les Archaea
147
Traduction chez les Archaea
Corynebacterium diphtheriae
150
Les archées sont résistantes à la majorité des antibiotiques utilisés
couramment comme les agents de sélection chez les bactéries
151
Le métabolisme chez les Archées
les voies
métaboliques proches chez les Archées et les Bactéries
et la
conversion de
l’énergie
153
Le rumen est riche en méthanogènes
Methanobrevibacter
400 litres CH4/jour
la méthanogénèse
-relations mutualistes
-relation commensales
155
Une archée méthanogène, Methanobrevibacter smithii,
est un composant majeur de l’intestin humain
1013 – 1014 microorganismes
-72 types de bactéries (83% non cultivables)
-1 seule archaea Methanobrevibacter smithii
-(10% de biomasse)
156
Des archées pathogènes??
157
Archaea à l’époque de la metagénomique
Séquençage
159
The Institute for Genomic Research
Craig Venter
160
Global Ocean Sampling expedition 2004
Résultat:
- 1,66 millions de fragments lus
- 1,36 Gb d’ADN séquencées
161
Des représentants non-extrêmophiles
de deux phyla d’Archaea sont abondants dans l’eau de mer
Archaea mésophiles
non cultivables
6% de population 162
Les méthanogènes mésophiles non cultivables sont abondants dans les champs de riz
163
Nature - 2006
20% de biomasse
164
Le cycle de l’azote
ammonium
NH4
nitrification
ammonium
NO2 oxydase
165
on commence à étudier
les archées mésophiles CULTIVABLES
166
Cenarchaeum symbiosum - 1996
168
Il y a des poissons dans l’aquarium.
170
La coloration par DAPI indique la présences des cellules viables
171
Crenarchaeota Nitrosopumilus maritumus
.
La première archée mésophile cultivable.
Genome 1.645.259 bp
séquençage du génome - 2007
172
Tous les mésophiles non-Eury sont ils Taumarchaea???
Cenarchaeum symbiosum
Nitrosopumilus maritimus Thaumarchaeota
Brochier-Armanet et al.,
Nat Rev Microbiol.
2008 Mar;6(3):245-52.
Halophiles
Euryarchaeota
Méthanogénes
Phyla
Nanoarchées
Korarchées
Partie V
Virus des archées hyperthermophiles
Les virus représentent un composant majeur de tous les écosystèmes
175
Les virus d’Archaea - existent-ils; comment sont-ils?
176
177
Virus des Archaea hyperthermophiles –
les points principaux à retenir
- après l’infection, les virus établissent des relation stables avec leurs hôtes:
-les cellules ne sont pas lysées;
-les particules virales sont produites en continu ;
-la majorité des protéines codées par des gènes viraux ne ressemblent à
aucune des protéines connues chez les bactéries ou chez les eucaryotes
178
Acidianus Bottle-shaped Virus, ABV
family: Ampullaviridae
100 nm
purifie
d
virions
Thermal Viruses in
Yellowstone National Park
190
Rudiviridae: SIRV1
200nm
Vestergaard, Haring, Peng, Rachel, Garrett, Prangishvili, Virology 2005
Partie VI
Epilogue et les archées sur Mars
192
Ecologie des Archaea – deux points de vue
- années 70-90
-les Archaea sont des créatures bizarres habitant dans
des environnements marginaux et extrêmes (très chauds, très salés,
fond de l’océan etc)
(sauf quelques exceptions comme les méthanogènes)
193
-années 2000
- les Archaea sont un composant ubiquitaire de tous les écosystèmes
archées extrêmophiles
archées marines
méthanogènes
archées du sol
195
Les premières formes de vie ont été hyperthermophiles?
Eucarya
Bacteria
198
Les archées venues du Mars?
http://cas.bellarmine.edu/tietjen/Diversity/EarlyEvolPix.htm
202
… et un jour Mars-archaeota???
203
204
205