Bacillus polygoni sp. nov.

, alkaliphile obligal yang moderat halophilic, non-motil

terisolasi dari bola indigo

Spesies Bacillus alkalifili telah banyak dipelajari, mengenai kemampuannya

beradaptasi terhadap suhu tinggi, sifat bioenergi, sistem transportasi ion, dan
komponen penyusun dinding selnya. Penelitan pada jurnal ini dilakuakn
menggunakan strain bakteri alkalfilik. Tetapi penelitian tentang sitokrom, komposisi
lipid, dan komposisi dinding sel dari berbagai strain Bacillus alkalifili menunjukkan
bahwa strain tersebut memiliki mekanisme adaptasi tehadap lingkunan alkali yang
beragam. Hal ini mengindikasikan bahwa strain ini memiliki keragaman taksonomi
dan tersebar luas di lingkungan ekologis. Penelitian Horikoshi (1991) menunjukkan
bahwa strain ini tidak tesebar secara filogenetis, tetapi dikelompokkan menjadi tiga
kelompok utama berdasarkan urutan gen 16S rRNA nya.
Sejak isolasi strain YN-1T dari spesies Bacillus dari bola nila, yang
mempelajari mengenai NADH dehydrogenase, material respirasi non proteinase yang
tidak sensitive terhadap sianida, sistem rotina flagella, dan poliamna, yang
menjadikan dasar penelitian dari jurnal ini, dengan mempertimbangkan hubungan
antara karakteristik taksonomi dan fungsi fisiologi strain Bacillus alkalifili. Hasil
karakteristik kemotaksonomi dan fenotipik yang menganalisis urutan gen 16S rRNA
strain YN-1T menunjukkan bahwa isolat tersebut memiliki klasifikasi sebagai spesies
baru Bacillus.
Gen 16S rRNA diamplifikasi oleh PCR menggunakkann primer 9F (59-
GAGTTTGATCCTGGCTCAG-39) dan 1541R (59AAGGAGGTGATCCAGCC-39).
Produk PCR 1,5 kb disquencing secara langsung dengan metode penghentian rantai
dideoxynucleotide menggunakan DNA sequence. Multiple Alligment dari sequence
dilakukan menggunakan Clustal W (Thompson et al., 1994). Konstruksi pohon
filogeni menggunakan neighbour-joining, maximum-parsimony, dan minimum
evolution methods di MEGA4. Nilai similaritas ditentukan menggunakan analisis
bootstrap (Felsenstein, 1985) berdasarkan 1000 resampling. Kesamaan antara
sequence dihitung menggunakan program GENETYX (Pengembangan perangkat
lunak). Hasil urutan gen 16S rRNA (1558 bp) dari strain YN-1T diperoleh strain yang
berbeda dengan penelitian yang dilakuakan sebelumnya. Hasil ini menunjukkan
bahwa strain YN-1T adalah anggota dari kelompok 7 (alkalifili) dari genus Bacillus
(Nielsen et al., 1994). Strain ini menunjukkan kemiripan tertinggi dengan B. clarkii
DSM 8720T (99,5%) di antara strain yang diidentifikasi sebagai spesies. Strain ini
juga menunjukkan kesamaan urutan tinggi dengan strain filogenetik lainnya, yaitu B.
agaradhaerens DSM 8721T (96,1%) dan B. cellulosilyticus JCM 9156T (95,6%).
Analisis filogenetik berdasarkan urutan gen 16S rRNA, strain YN-1T paling erat
kekerabatannnya dengan B. clarkii DSM 8720T. Oleh karena itu, hibridisasi DNA
antara strain YN-1T dan B. clarkii DSM 8720T, B. agaradhaerens DSM 8721T dan B.
cellulosilyticus JCM 9156T dilakukan. Data hasil hibridisasi DNA menunjukkan
bahwa isolat berbeda dari B. clarkii DSM 8720T (7%), B. agaradhaerens DSM 8721T
(8%) dan B. cellulosilyticus JCM 9156T (10%). Oleh karena itu, disarankan bahwa
strain YN-1T dijadikan spesies baru.
Strain YN-1T juga dapat dibedakan dari B. clarkii DSM 8720T dan strain filogenetik
lainnya berdasarkan beberapa karakteristik fenotipik dan kemotaksonomi. Ada
beberapa perbedaan antara penelitian ini dengan laporan sebelumnya pada strain YN-
1T. Pertama, meskipun Higashibata dkk. (1998) melaporkan bahwa strain YN-1T
memiliki caa3-type cytochrome c oxidase, tetapi reaksi oksidase negatif dalam
penelitian ini. Hal ini dikarenakan ketergantungan yang lebih besar pada bahan non-
protein yang tidak sensitif terhadap sianida daripada pada cytochrome c oxidase
untuk metabolisme oksigen pada strain ini. Kedua, meskipun Hirota & Imae (1983)
melaporkan terdapat motor flagellar Na+ pada strain YN-1T, penelitian ini
menunjukkan bahwa strain ini non-motil dan tidak memiliki flagela. Strain YN-1T
menunjukkan pertumbuhan yang signifikan pada pH 12. Hal ini dikarenakan strain
diisolasi dari cairan fermentasi indigo dan awal tahap fermentasi indigo dilakukan
pada pH tinggi (sekitar. pH 12)