Hijo del
médico y abogado ecuatoriano Baltazar Carrión y de Dolores García Navarro. Perdió a
su padre a la edad de ocho años. Hizo sus estudios en la escuela fiscal de Tarma y en
el colegio nacional Nuestra Señora de Guadalupe de Lima. En 1877 ingresó a la facultad
de Ciencias de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos y en 1880 a la de Medicina
en la misma universidad, siendo decano Manuel Odriozola, cursando los estudios
respectivos hasta el cuarto año. Entre sus maestros se hallaban los doctores Leonardo
Villar, José María Romero y el famoso José Casimiro Ulloa, que había presenciado
notables experimentos en París; sin olvidar a su maestro de anatomía Celso Bambarén,
sucesor de Cayetano Heredia en la cátedra, y uno de los propagadores del positivismo
entre sus alumnos. Carrión fue un estudiante esforzado: en la facultad de Ciencias,
creada en 1866 con Antonio Raimondi como su primer decano, se empapó del
evolucionismo darwiniano, de las teorías de Malthus, de los descubrimientos de
Faraday, de Sadi Carnot, de Berzelius, así como de los brillantes triunfos de Sevet,
Harvey, Bichot, Legallois y otros estudiosos de la segunda mitad del siglo XIX.