 Fungsi pemerintahan di pelabuhanan (regulator dan fasilitator) terdiri dari :

1. Otorita Pelabuhan yang mempunyai kewajiban :

1. merencanakan, menyediakan, memelihara dan mengembangkan infrastruktur
dan suprastruktur kepelabuhanan;
2. merencanakan dan mengatur peruntukan lokasi kegiatan-kegiatan usaha sesuai
dengan Rencana Induk Pelabuhan, fasilitas-fasilitas pendukung di luar
pelabuhan;
3. merencanakan dan menyusun area fasilitas pendukung kegiatan pelabuhan;
4. mengusulkan area pergudangan, lapangan penumpukan dan kawasan industri
diluar daerah pelabuhan kepada Pemerintah Daerah;
5. menyusun aturan sistem informasi pelayanan pelabuhan;
6. menyediakan fasilitas pengelolaan limbah di pelabuhan yang dapat menjamin
kelestarian dan keselamatan lingkungan sesuai dengan peraturan perundang-
undangan yang berlaku;
7. menyediakan fasilitas bunkering dan air bersih;
8. menyediakan sarana penanggulangan kebakaran, tumpahan minyak dan
penanganan kondisi darurat;
9. menyediakan fasilitas umum dan fasilitas sosial kebutuhan masyarakat di
pelabuhan;
10. melaksanakan kebersihan pelabuhan;
11. melaksanakan koordinasi kerja dengan semua pihak terkait untuk ketertiban,
keamanan dan kelancaran pelayanan pelabuhan;
12. melaksanakan pengamanan terhadap asset yang dimiliki di
pelabuhan;
13. memelihara kedalaman kolam pelabuhan untuk keselamatan
pelayaran;
14. melaksanakan supervisi pembangunan fisik dan pengoperasian
teknis;
15. menyampaikan laporan bulanan kepada Pemerintah mengenai seluruh
aktivitas di pelabuhan;
16. menyusun dan mengawasi pelaksanaan sistem pemberian penghargaan dan
denda terhadap kinerja Operator Terminal dan Operator Jasa Fasilitas
Pelabuhan;
17. melakukan pungutan jasa pelayanan kepelabuhanan;
18. melakukan pembenahan terhadap operator dan pengoperasian terminal, serta
Operator dan pengoperasian Jasa Fasilitas Pelabuhan; dan
19. melakukan konsultasi dengan Dewan Pelabuhan dalam pengambilan
keputusan yang berkaitan dengan penyelenggaraan pelabuhan.
2. Syahbandar yang mempunyai kewajiban :
1. sebagai kepala pemerintahan di pelabuhan
2. sebagai koordinator fungsi-fungsi pemerintahan di pelabuhan;
3. menyelesaikan hambatan-hambatan teknis yang terjadi di
pelabuhan;
4. melakukan penahanan terhadap kapal di pelabuhan atas perintah pengadilan;
5. sebagai penyidik atas pelanggaran dan/atau tindak pidana di
pelabuhan;
6. mengeluarkan ijin kegiatan di fasilitas pelabuhan dan terminal;
7. mengeluarkan Surat Ijin Berlayar (SIB);
 8. melaksanakan pendaftaran kapal, pengesahan perjanjian kerja laut, sijil awak
kapal dan legalisasi jurnal (log book) kapal;
9. menyusun sistem dan prosedur Port Clearance in/out;
10. melaksanakan pengawasan, penertiban dan penegakan hukum di
pelabuhan;
11. membina keselamatan dan keamanan sesuai hukum Nasional dan
Internasional yang berlaku;
12. membina perlindungan lingkungan di pelabuhan;
13. mengendalikan penanganan musibah di pelabuhan dan di sekitar perairan
pelabuhan;
14. melaksanakan investigasi kecelakaan-kecelakaan di pelabuhan;
15. melaksanakan fungsi pengawasan negara pelabuhan sesuai konvensi-konvensi
Internasional yang berlaku dipelabuhan;
16. menyelenggarakan sistem informasi lalulintas kapal;
17. sebagai superintenden pandu;
18. melaksanakan fungsi-fungsi lain yang ditetapkan sesuai peraturan perundang-
undangan yang berlaku;
19. melaksanakan pengawasan operasional penegakan hukum di pelabuhan; dan
20. melakukan pungutan atas pelayanan jasa kepelabuhanan sebagai pendapatan
negara bukan pajak
3. Bea Cukai;
4. Imigrasi; dan
5. Karantina.

Tugas pokok, wewenang dan fungsi instansi Bea cukai, Imigrasi dan Karantina
dilaksanakan sesuai dengan peraturan yang berlaku. Hal-hal yang menyangkut tugas,
wewenang dan fungsi instansi Bea Cukai, Imigrasi dan Karantina di pelabuhan yang
terbuka untuk perdagangan luar negeri, dilaksanakan oleh pejabat-pejabat pemerintah
di Bidang yang bersangkutan, dikoordinasikan oleh Syahbandar. Syahbandar sebagai
Kepala Pemerintahan dan juga merupakan koordinator Pejabat Pemerintah di
pelabuhan karena dokumen kapal (surat-surat kapal dan sertifikat kapal) yang
termasuk di dalamnya Crew List diserahkan kepada Syahbandar (menurut kuasa
Undang-Undang Haven Reglement 1925 dan Konvensi Internasional antara lain
SOLAS 1974/1978) sampai kapal mendapatkan Surat Ijin Berlayar dari
Syahbandar. Surat Ijin Berlayar tidak dapat dikeluarkan sebelum semua urusan
instansi dan utang piutang terhadap jasa pelabuhan telah diselesaikan. Seluruh pejabat
di institusi pemerintah di pelabuhan diharuskan memenuhi persyaratan sesuai dengan
standar kompetensi yang masih harus dibuat. Oleh sebab itu Pemerintah sebaiknya
mempunyai mitra yang bersifat independent regulatory body sehingga Pemerintah
mempunyai pedoman, standar dan kriteria yang jelas. Selama masa transisi, sumber
daya manusia yang mempunyai kompetensi mendekati pedoman, standar dan kriteria
harus di berikan pendidikan dan pelatihan secara khusus (crash programme).
Independent regulatory body di bidang transportasi ini tidak hanya menangani isu-isu
keselamatan dan kecelakaan transportasi tetapi juga harus memberikan konsep dan
usulan kebijakan yang nyata dalam Bidang Ekonomi, Politik, Sosial, Budaya dan
Hankam yang mempengaruhi pembangunan infrastruktur untuk transportasi.
Diusulkan namanya ”Komite Transportasi Nasional” yang beranggotakan
Pemerintah, Stakeholders, Tenaga Ahlli Hukum dan Kebijakan, serta Tenaga Ahli di
bidang transportasi darat, laut dan udara. Komite Transportasi Nasional ini harus
merumuskan kebijakan dalam bentuk pedoman, standar dan kriteria yang
berhubungan dengan isu transportasi darat, laut dan udara. Pada kenyataannya
transportasi laut dalam mendukung pembangunan ekonomi dan sosial tidak dapat
dipisahkan dengan transportasi darat dan udara. Sebagai catatan, peran dan fungsi dari
Administrator Pelabuhan tidak dihapus, akan tetapi Administrator Pelabuhan menjadi
bagian dari Otorita Pelabuhan (melebur). Adapun pedoman, standar dan kriteria dari
struktur kelembagaan Otorita Pelabuhan masih harus dirumuskan oleh Komite
Transportasi Nasional bersama Pemerintah sehingga pembentukan Otorita Pelabuhan
di setiap Pelabuhan mengacu pada ketentuan tersebut. Pelindo seperti juga Adpel
tidak perlu khawatir akan kehilangan assetnya, karena Pelindo beserta seluruh asset
dan SDMnya menjadi Operator Terminal dan Operator Jasa Faslitas Pelabuhan
lainnya sesuai dengan asset yang telah dipunyai. Hal ini sejalan dengan kelembagaan
di Migas (Pertamina dan BP Migas), kelembagaan di jalan raya (Jasa Marga dan
Badan Pengaturan Jalan Tol) dan kelembagaan di Telkom (Telkom dan Badan
Pengaturan Informasi dan Telekomunikasi). Pelindo dengan pengalamannya, dapat
menjadi Operator Terminal dan Operator Jasa Fasilitas Pelabuhan yang handal.
Perubahan yang diusulkan adalah agar supaya peran dan fungsi regulator dikeluarkan
dari Pelindo dan dikembalikan kepada Pemerintah karena pada dasarnya Pelindo
sudah menjadi Badan Hukum Indonesia berupa Perseroan Terbatas (PT) yang secara
hukumnya harus mengikuti peraturan dan kebijakan dari Perseroan Terbatas (PT).