312 Ch in ese Journal of M icroeco logy, Apr 2010, Vo l 22 No 4

文章编号: 1005 376X ( 2010) 04 0312 05 论 著

CVT ree在 454高通量测序分析菌群结构中的应用

1 2 1 1 1 1
华蔚颖 , 徐昭 , 张梦晖 , 李旻 , 张晨虹 , 赵立平
( 1. 上海交通大学生命科学技术学院 微生物分子生态与生态基因组学实验室, 上海 200240; 2. 复旦大学 理
论生命研究中心, 上海 200433)

摘要 目的 探究将基于短串频 度的 CVT ree方法用 于反映菌群 结构的 16S rRNA 基因的 454高 通量测 序
数据分析的可 行性, 为快速分析高通量菌群结构数据提供新的方法 。方法 对一个四世 同堂的中国 家庭 7名成 员
肠道 菌群和不同基因型及饮食类型的小鼠肠道菌群用 454高通量方法获得 16S rRNA 基因的 V 3区的测序 数据, 用
CVT ree的方 法进行菌群结构的比较分析。结果 通过选 取合适的 短串长 度, CVT ree的方 法能准 确检测 到各样 本
间的 聚类关系, 其结果与之前文献报道的基于 U n ifrac算法的 结果相一致。结 论 CVT ree能 快速、有效地处 理 16S
rRNA 基因的 454高通量测序数据, 实现对不同菌群结构相似性的比较分析。
关键词 CV T ree; 454高通量测序; 菌群结构
中图分类号 Q 31 文献标识码 A

The app lication of CVTree in structural analysis ofm icrob ial commun ities by 454 py
rosequencing
1 2 1 1 1 1
HUA W ei y ing , XU Zhao , ZHANG M eng hu i, L I M in , ZHANG Chen hong , ZHAO L i ping
( 1. Lab of M olecular M icrob ial E cology and Ecogenom ics, School of L ife S cience and T echnology, Shanghai J iaotong Univer
sity, Shanghai 200240, China; 2. T he T L if e R esearch C enter, Fudan Un iver sity, Shangha i 200433, Ch ina)
Ab strac t O b ject ive T o explore the feasibility o f CVT ree applica tion in structura l analysis o fm icrobia l comm un i
ties by 454 py rosequencing. M e thod T he CVT ree w as applied to tw o datasets to pe rfo rm structura l com parison of m icrob ia l
comm un ities: ( 1) 454 py rosequencing data of gut m icrob iom es of a four generation, seven m em ber Ch inese fam ily; ( 2)
454 pyrosequenc ing data o f gut m icrob iom es of m ice w ith different geno types and diets. Resu lt W hen su itab le K tuple
leng th w as se lected, the CVT ree reflected the relationsh ip am ong the samp les w hich w ere in good agreem ent w ith those re
ported in the prev ious studies based on U n ifrac analysis. Conc lu sion O ur study shows the ab ility o f CVT ree in structura l
ana lysis o f m icrob ia l comm un ities based on 454 py rosequencing w ith high e fficiency and effectiveness.
K ey w ords CVT ree; 454 py rosequencing; Structura l ana lys is of m icrob ia l comm un ities

微生物以群落的形式广泛存在于自然界中, 它们 区分不同样本的短核苷酸序列, 可实现大规模多样本

的结构组成决定着群落的功能, 对群落的稳定发展起 的群落分析。迄今, Barcoded 454技术已被广泛应用
[ 1] [ 7 ~ 10] [ 11]
着重要作用 。因此, 可以通过分析、
对比微生物的 于人体和动物肠道菌群 、海洋微生物菌群 组
群落结构, 来探究其与功能之间的联系, 进而实现群 成的比较分析中。 454高通量测序技术能一次产生
落功能的定向调控。传统的菌群结构分析方法基于 海量的数据, 但如何分析这些数据, 高效地从中获取
纯培养技术, 由于受限于培养条件, 只能对可培养的 群落结构特征信息, 是一直被关注的问题。目前应用
[ 2] [ 3]
微生物进行解析 。常用的 DGGE /TGGE 、
克隆文 的方法都基于序列的比对, 这在数据量很大时, 对计
[ 4]
库分析 存 在耗时 耗力、通 量低、分辨 率低 等的 不 算资源要求较高, 也较耗时。另外, 序列比对是一个
足。近几年, 新型的测序技术迅速发展, 如 454 焦磷 人为的过程, 它依赖于很多参数的选择, 例如打分矩
[ 5]
酸测序 , 它无需克隆建库, 已能实现单次反应获取 阵, 而且也没有一个统一的标准界定比对结果的良好
[ 12, 13]
100万个平均长度在 400 bp的序列片段。另外, 应用 性 。因此, 对于这样的高 通量的菌群结构测序
[ 6]
Barcoded PCR , 即在普通 PCR 引物 5!端标记 一段 数据需要发展新的生物信息分析方法。 CVT ree使用
组分矢量方法, 统计全基因组序列中核苷酸碱基或全
收稿日期 2010 02 20 蛋白质组序列中氨基酸残基各种短串的出现频率, 并
作者简介 华蔚 颖 ( 1985 ) , 女, 硕 士 研究 生, 从 事生 物 信 息研 究, 以此计 算不 同 物种 间 的进 化 距离, 构建 系 统 发育
[ 14, 15]
Em ai:l polaris _hw y@ 163. com; 张梦 晖, 通 讯 作者, Em ai:l 树 。无需比对的优势使其在病毒、原核生物和
[ 16~ 19 ]
m hzhang@ sjtu. edu. cn 真菌基因组等系统进化研究中广泛被使用 。该
中国微生态学杂志 2010年 4月第 22卷第 4期 313

方法是否可以用于菌群结构测序数据的分析是一个 ( PCR Sprin ,t T herm o electron, Corp. , UK ) 内进行,

值得 探讨 的问 题。本 研 究首 次对 454 测 序 的 16S 程序为: 94 ∃ 预变性 3 m in, 94 ∃ 变性 1 m in, 退火时
rRNA 基因的菌群数据应用 CVT ree的方法进行结构 间为 1 m in, 退火温度从 65 ∃ ~ 57 ∃ , 每 2个循环降
分析, 这两个数据分别是: ( 1) 一个中国家庭的 7 名 1 ∃ , 56 ∃ 退火 1 m in, 55 ∃ 退 火 1 m in, 72 ∃ 延伸
1 m in, 共 20个循环, 最后 72 ∃ 延伸 6 m in。
[ 20]
成员的肠道菌群 454序列 ; ( 2) Ap oa I敲除小鼠及
[ 9]
正常小鼠在高脂和正常饮下的肠道菌群 454序列 。 1. 2. 1. 2 胶纯化及焦磷酸测序 PCR 产物用 1. 2%
我们将 CVT ree获得的结果与基于序列比对的结果相 的琼脂糖凝胶电泳检测, 并使用 Gel /PCR DNA F rag
比较, 以此来探讨 CVT ree对 454测序结果进行菌群 m ents Ex traction K it( Geneaid, UKAS) 纯化。 PCR 产
结构分析的可行性和有效性。 物使用 P ico G reen kit( M o lecu lar P robes, USA )测定浓
1 材料与方法 度。每个样本取 30 ng 进行等量混合后再使用 G el/
1. 1 材料 PCR DNA F ragm en ts Ex traction K it( Geneaid, UKAS)
1. 1. 1 人体粪便样品 研究对象为一个 7 位成员、 进行割胶纯化。纯化步骤按试剂盒的说明进行。纯
四代同堂的 中国家庭, 成员包 括 GG ( 曾祖母 ) 、GM 化后的混合 DNA 进行后续的 454测序。 454测序在
(祖母 ) 、GF ( 祖父 )、UC ( 叔叔 )、FA ( 父亲 ) 、MO ( 母 GS FLX ( Roche)平台上进行。
亲 ) 、BB ( 小孩 ), 年龄 1. 5~ 95 岁, 成人 BM I为 16. 5 由于测序过程中产生的误差, 使用以下标准对
2
~ 25. 6 kg /m 。受试者均无肠道疾病或代谢性疾病 454序列进行质控, 符合标准的序列予以保留: ( 1)引
史, 且在采样前 3个月内未服用过任何抗生素或益生 物能被匹配; ( 2 ) 两端 IDT ag 的 编辑距 离 ( 插 入、删
素。在 1个月内对受试者进行了 2次样品采集, 其中 除、缺失、错 配 ) 不超 过 1; ( 3 ) 序列 中 未知 碱 基数
MO 在第 2次采样前有轻度腹泻。 小于 2; ( 4) 序列长度大于 100 bp。对保留的高质量
1. 1. 2 小 鼠粪便样品 10 只野生型小鼠 和 10 只 序列, 为了减少冗余, 将碱基排序完全一致的序列定
Apoa I敲 除小鼠 各均分 成 2 组, 进行 正常饲 料 ( 含 义为 un ique序列, 并记录每条 unique序列在各样本
5. 2% 的 脂 肪, 3. 2 ~ 3. 4 kca l/ g ) 及 高 脂 饲 料 ( 含 中出现的次数。
34. 9% 脂肪, 5. 21 kca l/ g)的喂养 (WN 表示野生型正 1. 2. 2 CVT ree的分析方法 CVT ree方法由郝柏林
常饮食 组, WF 表 示 野 生型 高 脂 饮 食 组, KN 表 示 教授研究组建立, 它将全基因组或者蛋白质组序列中
Apoa I敲除正常饮食组, KF 表示 A poa I 敲除高脂饮 特定长度的片段按排序结果定义为不同的短串, 然后
食组 )。每组中有 2只饲养于一个笼子, 剩余 3只饲 以短串为单位统计其在物种中出现的频率, 进而转化
养在另一笼子。所有小鼠在同一环境下 饲养, 25 周 为物种间的距离, 并以此构建系统发育树。其主要的
之后采集它们的新鲜粪便。 计算步骤包括: ( 1) 对一个物种内所有序列, 统计长
1. 2 方法 度为 K的不同短串的出现频率, 然后求取 K 串出现
1. 2. 1 粪便 DNA 的 16S rRNA 基因 V3区 B arcoded 的概率; ( 2) 为 了去 除进 化中 随 机突 变的 因素, 在
454测序 M arkov假设下, 通过 K 1和 K 2串出 现的概率值来
1. 2. 1. 1 粪便 DNA 的 16S rRNA 基因 V 3区扩增 预测 K串出现的概率值。通常, 预测值和实际值是
使用带有 8 bp样本标识的引物扩增 16S rRNA 不同 的, 这 种 差异 表 征 了进 化 选 择的 方 向。 因此
基因的 V3 区。上 游引物 为 5!NNNNNNNNATTAC CVT ree进行减除运算来计算这种差异, 并将 K 串的
CGCGGCTGCT 3!, 下 游 引 物 为 5!NNNNNNNNC 这种组分信息合并到一个组分矢量中; ( 3) 对不同物
CTACGGGAGGCAGCAG 3!, 其中 下划线为 扩增细 菌 种的组分矢量, 计算两两间的相关度, 最终根据相关
16S rRNA 基因的 V3区的通用引物, NNNNNNNN 为 度得到物种间的距离; ( 4) 在生成物种距离矩阵后,
[ 21 ]
区别不同 样本的 8 个 随机组 合的 核苷 酸碱基 ( ID 采用 Ne ig hbour jo in ing 的算法构建系统进化树。
∀R
tag) 。 PCR 反应体系 ( 25 l) 包括: 0. 25 U P latinum 在该方法中, 短串长度 K 的选择是影响结果的
Pfx DNA po lym erase ( Invitrogen, USA ), 2. 5 l 10 # 最重要的因素, 研究表明, K 在 6 ~ 18, 对 DNA 序列
Pfx am plification buffer( Inv itrogen, USA ) , 0. 5 mm ol /L 能获得较好的结果, 在 3~ 7 对蛋白质序列能获得较
[ 14]
M gSO4 ( Inv itrogen, USA ), 4种脱氧核苷酸 ( dNT P ) 各 好的结果 。
0. 3 mmo l /L, 引物各 6. 25 pm o l和 20 ng细菌总 DNA 近期, CVT ree的 w eb服务器已经对 1117种基因
作为 模 板。 PCR 反 应 在 Therm ocycler PCR system 组进行了系统进化 关系的构建, 其中包括 959种细
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菌、72中古菌、82种真菌以及少量真核细菌的基因组 的 w eb服务器, 选 择不同 的短串 长度 K 进行 分析。

( http: / / tlife. fudan. edu. cn / cvtree / ) , 可见 其应用 的 结果发现, 不论 K的取值如何, 每个个体的 3次重复
广泛性。 以及 2个时间点的样本都聚集在一起, 除了 MO2个
1. 2. 3 基于比对的分析方法 目前传统的分析菌群 体远离 MO 的其他样本。 BB个体由于其肠道菌群的
结构的方法 都是基于比对的, 即首 先进行序列的 比 独特性, 和成年人的距离较远 (图 1 a b)。另外, 结果
对, 继而计算序列间的进化距离, 然后在此基础上合 显示 FA、MO和 UC个体的肠道菌群结构较相近, GF
并分类操作单位 ( opera tio na l taxonom ic units, OTU ) , 和其他成年成员的肠道菌群结构相差最大。对 K 的
不同取值结果进行比较, 发现 K % 9时, CVT ree获得
[ 22, 23]
并建立系统发育树, 最后使用 Un iF rac 等工具分
析样本间的进化关系。整个流程涉及的步骤和参数 的结果保持不变, 部分个体的聚类情况和 K = 6 时有
较多, 对不同的数据需要根据其特性进行相应调整, 所不同。 K 为 6时, GM 个体相对于 GG 个体和年轻
结果的好坏取决于多方面的因素。 人 ( UC、MO、FA ) 距离更 近, MO2 个体和 UC 个体距
2 结果 离较近; K%9时, GG和 GM 的相对位置和 K= 6的结
2. 1 CVT ree 对中国家庭肠道菌群的分析 对一个 果相反, 同时 MO2和其他成年个体的距离都较远。
中国家庭成员的肠道菌群进行 454测序, 其中, 选取 另外, 与基于比对的方法所得到的结果 ( 图 1 c)
GF2(祖父第 2 个时间点 ) 的样品以及其他个体的第 比较后, 发现在 K% 9 时, CVT ree 的方法和常规方法
一个时间点的样品从 PCR 开始进行重复。最终, 获 获得的结果更接近。 BB 个体远离其他成年人; MO、
得有效序列 22 912条, 每个个体平均获得 818条 454 FA和 UC 有着相近的肠道菌群结构, GG、GM 和 GF
序列。将所有个体所包含的 454序列上传到 CVT ree 依次远离; MO2与其他成年样本的距离较远。

( a)表示 K = 6时, CVT ree获得的个体样本聚类图; ( b) 表示 K% 9时, CV Tree获得的个体样本聚类图; ( c) 表示基于比对的方法获得的个体 样本聚

类图。
图 1 CVT ree的方法 ( a b)及基于比对的方法 ( c)对一个
中国家庭的肠道菌群进行 分析后获得的个体样本聚类图

2. 2 CVT ree对小鼠肠道菌群的分析 对 4 个分组 较远, 随着 K 值的增大, KF5的 3次重复样本距离也

共 20只小 鼠的 粪便样 品进行 454 测序, 每 组抽 取 随之变小, 在 K = 18时, 聚集成一簇 ( 图 2 a c)。
2只小鼠的粪便样品在 PCR 阶段开始进行重复。最 从整体聚类结果看, K 取 9、12、15时, CVT ree的
终获 得 有 效 序 列 29 314 条, 每 个 样 本 平 均 测 序 结果相同, 且随着 K 值的变大, 聚类结果越接近与生
814条。 物学上的分组。首先 , N组 ( 正常饮食组 ) 和 F 组 (高
将所有样本的序列上传至 CVT ree的服务器, 在 脂饮食组 )分成两个簇, 在这两个子簇内, W 组 ( 野生
短串长度 K取不同值的情况下进行比较分析。结果 型组 )和 K 组 ( Ap oa I 敲除组 ) 的聚类情况受 K 值影
显示, 无论 K 取何值, 各重复样本基本聚集在一起。 响。 K 为 6 时, N 组 的 2 种基 因型 小鼠 基本 分开,
但 KF5 1样本在 K= 6时, 和 KF5的另 2次重复距离 F 组中 2种基因型小鼠混在一起; K 在 9~ 15时, F组
中国微生态学杂志 2010年 4月第 22卷第 4期 315

的 2种基因型小鼠基本分开, 除了 W F1、
W F2插入到 提示了环境因素对肠道菌群也会产生一定的影响。
KF 组中, 但 N 组的 2种基因型小鼠混在 一起; K 为 将 CVT ree的结果和传统方法的结果 ( 图 2d) 相
18时, K组和 N 组内基本根据基因型聚成 2个子簇, 比较, 发现前者从生物学角度考虑更优于后者。基于
除了样本 WF 1、
W F2插入到 KF 组内。这个结果和文 比对的方法表明, N 组和 F组的肠道菌群结构有较大
献报道的结果相吻合, 即说明饮食对肠道菌群起的作 差异, 分成两簇, 但 KN1 和 KN2 却显示与 F 组的部
用可能大于基因所起的 作用。另外, CVT ree的 结果 分个体相近。
也显示被分在同一笼的小鼠的肠道菌群比较相近, 这

( a) 表示 K = 6时, CVT ree获得的个体样本聚类图; ( b) 表示 K 取值为 9、12、15 时, CVT ree获得的个体样本聚类图; ( c) 表示 K = 18时, CVT ree获得
的个体样本聚类图; ( d )表示基于比对的方法获得的个体样本聚类图。

图 2 CVT ree的方法 ( a c)及基于比对的方法 ( d)

对 小鼠的肠道菌群进行分析后获得的个体样本聚类图。
2. 3 CVT ree的方法和基于比对的方法在计算 速度 结果 显示, CVT ree 方法 远远 快于 基于 比 对的 方法
上的比较 CVT ree的操作很简单, 只需将序列 上传 (表 1) 。前者分析 1种 K 值的结果约耗时 8 s, 即使
至 w eb服务器即可进行分析, 客户端无需安装任何分 对所有的 K 值进行计算 ( DNA 序列分析时, K 可取
析软件, 而传统的方法则涉及多个步骤, 依赖很多软 6、9、12、15、18), 时间也不超过 1 m in, 而后者需要一
件工具。这 里, 我们 以 小 鼠 肠 道菌 群 的 454 数 据 个多小时。由此, 可见 CVT ree方法的高效率。
( 29314条 V3序列 ) 为例, 比较 2种方法的计算速度。
表 1 CVT ree的方法和基于比对的方法在计算 速度上的比较

步骤 CVT ree的方法 时间 基于比对的方法 时间

1 序列上传 6 s 比对 ( g reengenes在线比对 ) 35 m in

选择 K 值进行
2 8 s /K 值 距离矩阵的计算 3 m in
CVT ree分析

3 OTU 的计算 4 m in

系统发育树的构建
4 30 m in
(插入参考系统发育树的算法 )
5 U niF rac分析 2 m in
& 46 s
总计时间 74 m in
( 5种不同的 K 值: 5* 8+ 6)
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3 讨论 s is of polym erase ch ain reaction amp lif ied genes cod ing for 16S R rna
A pp l E nviron M icrob, 1993, 59 ( 3) : 695.
微生物群落是一个复杂的系统, 由于大部分微生
[ 4 ] SANG ER F, COU LSON A. A rap id m ethod for determ in ing sequ ences
物在目前的实验环境和未知的营养条件下无法被培 in DNA by p rim ed syn th es is w ith DNA po lym erase[ C ] . Selected pa
养, 因此依靠传统的培养法已无法提供全面而深入的 pers of Frederick Sanger: w ith comm en taries, 1996, 94: 382.
信息来探究群落组成以及其与功能的相关性。新一 [ 5 ] MA ZM AN IA N S, L IU C, TZIANA BO S A, et a.l A n im munomodu latory
代的测序技术因其高通量、 低成本、 高精度和易操作 m olecu le of sym b iot ic bacteria directs m aturat ion of the host im mune
system [ J]. Cel,l 2005, 122( 1 ) : 107 118.
的优点, 已被广泛应用于菌群的结构分析中, 同时也
[ 6 ] B INLAD EN J, G ILBERT M, BOLLBA CK J, et a.l The use of coded
有越来越多的测序方法被改进或发展以分析它所生 PCR p rim ers enab les high throughput sequen cing of m u ltip le hom olog
产的海量数据。本文采用 CVT ree的方法, 无需常规 am p lification products by 454 parallel sequencing [ J] . PLoS O ne,
方法所依赖的序列比对, 直接统计样本中的短串出现 2007, 2 ( 2) : e197.
[ 7] AN DER SSON A F, LIN DBER G M, JA KOBSSON H, et a.l Com parative
频率来计算样本间的距离, 实现比较分析不同样本菌
an alysis of hum an gut m icrob iota by b arcoded pyrosequencing [ J ] .
群结构的目的。
PLoS O ne, 2008, 3( 7 ): e2836.
本研究对两个已经被报道的数据集进行分析, 发 [ 8 ] TU RNBAUGH P, HAM AD Y M, YA TSU NENKO T, et a.l A core gu t
现无论是人肠道菌群的重复样本还是小鼠肠道菌群 m icrob iom e in obese and lean tw in s[ J] . N ature, 2008, 457 ( 7228 ) :
的重复样本, CVT ree的结果显示它们都基本聚 集在 480 484.
[ 9 ] ZHANG C, ZHANG M, W ANG S, et a.l Interact ion s b etw een gu tm icro
一起。在第 1个数据集内, 由于 MO 的第 2个时间点
b iota, hos t genetics and d iet relevant to developm en t of m etabolic syn
有轻微腹泻, 肠道菌群可能因此发生变化, 结果显示
drom es in m ice[ J] . ISM E J, 2009, 4( 2) : 232 241.
MO2没有和该个体的 其他样本聚集在一起, 这 既验 [ 10] M cK EN NA P, HOFFMAN N C, M INKAH N, et a.l , The m acaque gu t
证了 454 技 术 的 可 重 复 性 和 灵 敏 度, 又 体 现 了 m icrob iom e in h ealth, lent iviral in fection, and chronic enterocolitis
CVT ree的准确性和可靠性。其次, 在小鼠的数 据集 [ J] . PLoS Pathog, 2008, 4 ( 2) : e20.
[ 11] SOG IN M L, M ORR ISON H G, HU BER J A, et a.l , M icrob ial d iver
中, CVT ree的聚类结果也和生物学上的分组相一致,
s ity in the d eep sea and the underexp lored ∋ rare b iosphere( [ J] . PNA S
并验证了之前文献报道的结果, 即不同饮食组的肠道 U SA, 2006, 103 ( 32) : 12115 12120.
菌群结构差异大于不同基因组的肠道菌群结构差异。 [ 12] WH EELER W. O pt im ization alignm en t: the end of m u lt ip le sequ ence
短串长度的选择会对结果产生影响。通过比较 al ignm ent in phy logenet ics? [ J] . C lad is tics, 1996, 12( 1 ) : 1 9.
分析, 发现对 454测序的 V3序列, K 取值越大, 样本 [ 13] G E IGER D. S tretch cod ing and b lock coding: Tw o new strategies to
represen t qu est ionably aligned DNA sequences [ J ]. J M ol E volu t,
的聚类结果越稳定和可靠。第 1个数据 集中, K % 9
2002, 54 ( 2) : 191 199.
时基本能获得稳定且准确的群落结构信息。第 2 个 [ 14] Q I J, LUO H, HAO B. CV Tree: a phylogenetic tree reconstruction tool
数据集内, K = 18获得的结果最符合生物学分组。因 based on whole genom es [ J ] . N ucl A cids R es, 2004, 32 ( W eb Server
此, 我们建议对 454 测序的 V3区菌群数据, 采 用长 Issu e) : W 45.

度为 18的短串进行群落结构的分析。 [ 15] XU Z, HAO B. CVT ree update: a new ly des ign ed phy logenetic study
p latform us ing compos it ion vectors and w hole genom es[ J]. N u cl A cids
此外, CVT ree 由于其无需比对, 操作简单, 在计
R es, 2009, 37( W eb S erver issu e) : W 174.
算速度上与基于比对的方法相比, 有着明显的优势。 [ 16] W ANG H, XU Z, GA O L, et a.l A fungal phy logeny based on 82 com
对小鼠肠道的 454 测序数据进行分析时, CVT ree 所 p lete genom es us ing the com position vector m ethod [ J] . BM C E volu t
花费的时间约是传统方法的 1% 。 B io,l 2009, 9( 1) : 195.
[ 17 ] LV DOK L, BEN TELE K, VLAD IM IR OV N, et a.l R ole of t rans lational
综上, 本研究建立了 CVT ree在 454 高通量测序
coup ling in robustness of bacterial chem otaxis pathw ay[ J] . Plos B io,l
分析菌群结构信息的方法。该方法无需比对, 能快速
2009, 7 ( 8) : e1000171.
地进行群落结构的分析比较, 并且和基于比对的方法 [ 18] GAO L, Q I J. W hole genome m olecu lar phylogeny of large dsDNA vi
在结果上呈现较好的一致性, 为大规模数据的群落分 ru ses u sing com position vector m ethod [ J] . BM C Evolut B io,l 2007, 7
析提供了新思路和方法。 ( 1) : 41.
致谢: 本文工作得到 郝柏林 院士的 悉心指 导, 在 此谨 表诚 挚谢 [ 19] BA ILIN H, LE IG. Prokaryotic branch of th e tree of life: A composi
意。同时, 感 谢 863 专 题 项 目 ( 2008AA 02Z315 ) 和 自 然 基 金 项 目 tion vector approach [ J] . J Sys tem E volu t, 2008, 46( 3 ) : 258 262.
( 30730005、20875061) 、上海市科委国际合作项目 ( 075407001) 对本项 [ 20] LI M, W ANG B, ZHANG M, et a.l Sym b iotic gut m icrobes m odu late
目的资助。 hum an m etabolic phenotypes[ J] . PNA S U SA, 2008, 105 ( 6) : 2117.
[ 21] BCKH ED F, DWG H, W ANG T, et a.l The gu t m icrob iota as an envi
参考文献 ronm ental factor that regu lates fat s torage[ J ]. PNA S U SA, 2004, 101
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