Ingeniería en Biotecnología
BIOINFORMATICA
1. TEMA: Barcoding
2. INTRODUCCIÓN:
El barcoding consiste en identificar organismos utilizando un fragmento de ADN
cuya secuencia puede ser relacionada de forma unívoca con una especie (Lanteri ,
Analía A., 2017), de la misma manera como un código de barras identifica a un
producto en un supermercado. Para que una secuencia funcione como barcode debe
poseer una variabilidad intra específica baja y a la vez una variabilidad inter
específica alta. (Paz A., Gonzalez M., 2011)
Desde el origen del concepto, se establecieron tres criterios principales para probar
la eficiencia de las regiones de códigos de barras. Estos son (i) Primarios
universales para amplificar la región del código de barras (ii) Cálculo del espacio
del código de barras (distancia intra e interespecie) y (iii) Potencia de resolución de
la especie. (Sulma P., Jiménez P., 2012)
Existen al momento varias secuencias que son consideradas barcode universal para
diferentes grupos taxonómicos, pero es recomendable emplear genes de plástidos o
ADN ribosomal nuclear.
3. OBJETIVOS:
3.1 OBJETIVO GENERAL:
Ejecutar un barcoding mediante un programa bioinformático Staden Package.
4. MATERIALES Y METODOS
Equipos: Computador
Muestras: Secuencias
5. DESARROLLO
Fig.1: Utilizar Add Files en la pestaña “Files to Process” para cargar secuencias al
programa.
Secuencia ensamblada
CAAGATTCACATCAAACGTCGTCGTCATCGTAAGTCGAGCACTCATCACCACGCCTGC
CTCGCCGTGACAGCTTGCTGACCTGACTCCTAGGGGTTCGTACTACCACATCGTTCTT
TGAGTTCTCACTAGACAGCTTGCTGACGCCTTTGACAGCCACGTCGACTCTGGCAAGT
CGACCACCGTGAGTACTCCCGCCACCATGACCGCCTTATCTCGGTTGCATTACCCCGC
CATGACCAGCGCGGGGTATTCCTATTACTGCTTACTGACATTCATCAATAGACTGGTC
ACTTGATCTACCAGTGCGGTGGTATCGACAAGCGAACCATCGAGAAGTTCGAGAAGGT
TGGTCCTCTTTTTCCGATTTTATCCTCGATCGTCGGTCGATTCCCACGTCGCCGGTCC
TGCACCCGACGCACATTCTCGCCCCTCGATCAAATTTCCATACTGCAATTTTTTTTGG
TGGGGCGAATTTTACCCCTCCACACATTTGTGGTTGAAATTTGCCCCGCCCCACCCTA
GCATCCCAACCACAAACTCGAGCCTCGTCACATACTATGCACAGAATACTGACAACGT
CGCCTTACAGGAAGCCGCTGAGCTCGGCAAGGGTTCCTTCAAGTATGCCTGGGTTCTT
GACAAGCTCAAGGCTGAGCGTGAGCGTGGTATCACCATCGATATCGCCCTCTGGAAGT
TCGAGACTCCCCGCTACTTCGTCACCGTCATTGGTAAGTCGCAGCTGTCCATTTACCT
TGACCTGCTTGAACTTGTCCTAACTATTTGCCCACAGACGCTCCCGGACATCGTGATT
TCATCAAGAACATGATCACGG
6. RESULTADOS
a) ¿Qué fragmento de ADN está representado en las secuencias de KS29?
atggctcattaaatcagttatcgtttatttgatagtaccttactacttggataaccgtggtaattctagagctaatacatgctgaaaaccccaacttcgggaggggtgtatttattagataa
aaaaccaacgcccttcggggcttcttggtgattcatgataactttacggatcgcatggccttgcgccggcgacggttcattcaaatttctgccctatcaactttcgatggtaaggtattg
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ggccgggccttccttctggagaacctcatgcccttcactgggcgtgttggggaccakgacttttactttgaaaaaattagagtgttcaaagcaggcctttgctcgaatacgttagcat
ggaataatagaataggacgtgcggtcctattttgttggtttctaggaccgccgtaatgattaatagggacagtcgggggcatcagtattcaattgtcagaggtgaaattcttggatttat
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accatcgmccgatcctgatgtcttcggatggattkgagtaaragcatggctgtkgggacccgaaagakggtgaactatgcttgaatagggkgaagccrgagraaactctggtgg
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scccsgssrrkwrgsmagsskggrrgsyyskgaacraascytkggggtgaccccgggtcgaacggcctctagtg
ITS1, ITS2, rARN 18s, rARN 5.8s, rARN 18s, algunos intrones
8. Bibliografía
Lanteri , Analía A. (2017). Código de barras del ADN y sus posibles aplicaciones en el
campo de la Entomología. Scielo, 11.