Next-generation sequencing

Studi genetik saat ini berfokus pada channelopathies yang diwariskan dan
berhubungan dengan SCD yang dilakukan menggunakan metode sekuens Sanger.
Metode analisis genetik ini disebut sesuai dengan nama penemunya, Frederick
Sanger, yang pada tahun 1975 mengembangkan proses sekuensing deoxynucleotide
atau disebut juga metode Sanger. Meskipun lambat dan mahal, teknik ini tetap
digunakan sebagai gold standard. Seperti disebutkan sebelumnya, beberapa gen
berhubungan dengan aritmia yang mematikan, dan semuanya harus diuji dengan
analisis genetika, pilihan terbaik yang hemat biaya adalah menganalisis hanya empat
gen (SCN5A, KCNQ1, KCNH2, dan RyR2). Hal ini sesuai dengan rekomendasi
utama dari Heart Rhythm Society atau pedoman dari European Heart Rhythm
Association. Namun, dalam 10 tahun terakhir, teknologi baru telah dikembangkan
untuk mengurutkan banyak gen sekaligus (bahkan keseluruhan atau genom), dalam
beberapa jam dan dengan biaya rendah. Teknologi genetik ini disebut Next-
Generation Sequencing (NGS).
Meskipun teknologi NGS memiliki kelebihan yang lebih besar dibandingkan dengan
metode Sanger, ada beberapa kekurangan, seperti spesifisitas yang tinggi dari
kemurnian dan integritas DNA dalam proses persiapan sampel. Masalah lain dari
teknologi NGS adalah jumlah data yang disediakan. Untuk mengelola masalah ini,
alat bioinformatika baru muncul terus menerus. Bagaimapun tantangan terbesar saat
ini adalah membedakan antara mutasi patogen dan varian jinak langka, dan
interpretasi klinis dari semua data genetik ini. Meskipun dalam prediksi in silico
patogenisitas, studi in vitro varian yang dipilih, genotipe pemisahan dalam kerabat
dan proyek database global termasuk frekuensi varian genetik yang signifikan tidak
diketahui (GVUS), sebagian besar dari GVUS ini tetap tidak diklasifikasikan, tanpa
patogenitas yang solid. Selain itu, banyak varian langka lainnya yang belum di
masukkan ke dalam pedoman. Solusi paling akurat untuk sejumlah besar pasien dari
asal etnis yang berbeda yang memiliki fenotip kardiovaskular yang sangat akurat.
Meskipun tergabung dalam pedoman forensik saat ini, beberapa pusat telah
memasukkan teknologi Sanger dikasus yang tidak terpecahkan setelah otopsi.
Penelitian terbaru menggunakan metode Sanger mengidentifikasi 25% dari kasus
yang membawa cacat genetik yang dapat menjelaskan kematian mendadak. Studi ini
hanya menganalisis antara lima dan sepuluh gen yang terkait dengan aritmia
mematikan dan SCD. Sejauh ini, setiap penelitian yang menggunakan teknologi NGS
dalam kasus forensik yang dicurigai SCD belum pernah dilaporkan. Untuk menjawab
hal ini, kelompok kami telah menerbitkan studi pertama dalam kasus SIDS
menggunakan panel resequencing target (Campuzano et al., (Dalam peninjauan)).
Kami percaya bahwa penggunaan teknologi NGS dalam forensik dapat membantu
mengidentifikasi lebih banyak kerusakan genetik pada otopsi yang tidak konklusif. Itu
bisa menjelaskan penyebab kematian dalam sejumlah besar kasus dalam waktu yang
lebih singkat dan biaya yang lebih sedikit, menjadi opsi yang hemat biaya dalam
waktu dekat. Otopsi molekuler harus ditanggung oleh institusi yang sama yang
membayar untuk pemeriksaan histologis dan histologis, baik rumah sakit atau
lembaga hukum ketika kematian tetap tidak terpecahkan setelah otopsi lengkap.