“Pengaturan Ekspresi Gen dan

Perkembangan pada Eukariota”

RESUME

Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika II

Yang dibina oleh Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd

Disusun oleh :
Kelompok 1/Offering B 2016

Alifia Rosidatuz Zulfa NIM: 160341606005

Dhita Wulansari NIM: 160341606017
Ika Prastika Sari NIM: 140341605932

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI MALANG
September 2018
 RESUME 2

Diferensiasi seluler pada eukariot tingkat tinggi

Selama masa perkembangan pada sebuah eukariot tingkat tinggi sebuah

sel tunggal atau zigot jumlah selnya meningkat mmelalui proses mitosis sehingga
jumlahnya sangat banyak dan menjadi beberapa tipe sel diantara lain sel hewan,
sel kulit, sel saraf, sel tulang, sel darah dan sebagainya, dengan perbedaan
morfologi dan komposisi makromolekul yang sangat tinggi. Tipe sel yang berbeda
memiliki fungsi metabolik yang berbeda juga.

Sebagai contohnya sel darah merah hasil metabolisme hampir 90%

menghasilkan rantai hemoglobin. Sedangkan pada sel saraf munculsebagai
neurotansmitter.

Diferensiasi terjadi melalui regulasi ekspresi gen, dengan cara mengubah

komposisi genome. Hal ini telah dibuktikan oleh berbagai macam teknik.
Misalnya pada sel darah merah mamalia, nukleus dari sel darah merah ini dibuang
pada tahap akhir diferensiasi, sehingga nukleus tersebut dibutuhkan hanya dalam
waktu yang tidak lama.
Selama perkembangan tanaman dan hewan, ekspresi gen kelihatannya
diregulasi pada beberapa level yang berbeda, yaitu pada saat transkripsi,
pemprosesan pre-mRNA, stabilitas mRNA, translasi, pemprosesan protein post
translasi, stabilitas protein dan fungsi enzim. Akan tetapi, data yang ditunjukkan
saat ini bahwa ekspresi gen pada dasarnya diregulasi pada level transkripsi dan
pemprosesan pre-mRNA. Jelasnya, regulasi juga terjadi pada level- level lainnya.
Regulasi pada level translasi adalah hal yang penting untuk kontrol keseluruhan
proses metabolik pada makhluk hidup. Akan tetapi, mekanisme regulasi yang
memiliki efek terbesar terhadap fenotip yaitu pada level transkripsi dan
pemprosesan DNA.
Beberapa proses perkembangan pada eukariot tinggi dikontrol melalui
preprogrammed circuis of gene expression. Dalam hal ini, beberapa peristiwa
(misalnya pelepasan hormon dalam aliran darah atau fertilisasi telur) akan
merangsang ekspresi sekelompok gen tertentu. Hasil dari satu atau lebih gen-gen
ini merupakan fungsi dari turning off transkripsi dari sekelompok gen-gen
pertama, dan atau turning on transkripsi dari sekelompok gen kedua, dan begitu
seterusnya.
Pada eukariot, hormon-hormon dapat merangsang ekspresi sekelompok
gen. Selain itu, gen- gen regulatori juga dilibatkan dalam pengontrolan pola-pola
diferensiasi. Dalam beberapa kasus, elemen regulatori disebut sebagai
“enhancers” dan “silencers” yang mengatur ekspresi gen dari promoter
terdekatnya. Akan tetapi, ertanyaan tentang bagaimana enhancer dan silencer
bekerja dalam mengontrol ekspresi gen masih harus diteliti lebih lanjut.

Perkembangan Regulasi Ekspresi Gen

Gambaran mengenai transkripsi pada kromosom lampbrush dan
amplifikasi gen-gen RNA ribosomal pada oosit amphibi merupakan dua contoh
penting terkait peristiwa regulasi ekspresi gen yang mendahului teknologi DNA
rekombinan.

Transkripsi Kromosom Lamphbrush Pada Oosit Amphibi

Kajian yang dilakukan terhadap organisme tingkat tinggi hingga saat ini
menunjukkan bahwa fertilisasi telur yang matang oleh sperma akan merangsang
peningkatan sintesis protein, yang kemudian diikuti oleh pembelahan inti dan
pembelahan sel pada tahap pembelahan awal embriogenesis. Pada sebagian besar
eukariot, sintesis protein tidak diikuti oleh sintesis RNA. Bahkan, semua
komponen yang diperlukan untuk sintesis protein selama embriogenesis awal
sudah ada di telur hingga terjadinya fertilisasi. Gen-gen hasil transkripsi, dalam
mbentuk mRNA atau molekul- molekul pre-mRNA harus disimpan dalam telur
dalam keadaan dorman. Translasi molekul- molekul mRNA dirangsang oleh
peristiwa- peristiwa yang berasosiasi dengan fertilisasi. Kajian oogenesis pada
vertebrata, khususnya amphibi menunjukkan bahwa transkripsi terjadi selama
profase I (khususnya tahap diploten) meiosis. Pada tahap ini, kromosom tampak
sebagai struktur lamphbrush.
Sebagian besar kromosom lamphbrush berada dalam keadaan yang sangat
terkondensasi, dan secara transkripsi merupakan bentuk inaktif sehingga disebut
area aksikal dari kromosom. Gen-gen hasil transkripsi yang disintesis selama
oogenesis harus disimpan dalam keadaaan inaktif tetapi tetap dalamm bentuk
yang stabil (kemungkinan sebagai kompleks RNA protein) hingga terjadinya
proes fertilisasi.
Pada kelompok amphibi atau kemungkinan pada sebagaian besar
vertebrata lainnya, program genetik yang mengontrol perkembangan awal (di atas
tahap blastula) ditentukkan selama oogenesis. Opada tahap akhir perkembangan,
saat diferensiasi sel mulai terjadi (dari tahap gastrula), maka diperlukan suatu
program ekspresi gen baru.

Amplifikasi Gen RNAr pada Oosit Amphibi

Meskipun inisiasi sintesis protein secara cepat mengikuti fertilisasi, akan
tetapi tidak terjadi sintesis RNAr pada embrio amphibi hingga tahap gastrula.
Pada kenyataannya, banyak sekali telur amphibi yang mengandung sejumlah
besar ribosom, pada umumnya yaitu 1012 per telur matang. Kebutuhan untuk
sintesis sejumlah besar ribosom tersebut pada gen-gen hasil transkripsi pada sel
tunggal dihasilkan dari mekanisme amplifikasi gen spesifik. Oosit amfibi, gen-gen
RNA r secara selektif diamplifikasi sekitar seribu kaliuntuk memfasilitasi sintesis
sejumlah besar RNAr yang disimpan dalam telur yang matang.
Replikasi selektif gen-gen RNAr di dalam oosit merupakan contoh terbaik
mekanise amplifikasi gen spesifik. Saat sejumlah besar protein spesifik
diperlukan, seperti pada kasus hemoglobin dalam sel darah merah, amplifikasi
dapat diselesaikan pada tahap translasi.

Mekanisme Regulasi Transkripsi Pada Eukariotik Tingkat Tinggi

Pada E. Coli , holoenzim, RNA polymerase mengandung semua informasi
yang dibutuhkan untuk inisiasi transkripsi dengan memberikan sinyal promoter
yang sesuai. Akan tetapi RNA polymerase II pada eukariot yang mentrankripsikan
sebagian besar gen-gen inti pengkode protein, tidak dapat menginisiasi transkripsi
secara tepat dalam keadaan in vitro tanpa adanya penambahan 4 protein asesori/
factor transkripsi pada umumnya. Kebutuhan terhadap transkripsi ini
membutuhkan tapak-tapak tambahan regulasi transkripsi lainnya dalam proses
regulasi transkripsi.

Sebagian Besar Unit Transkripsi Eukariotik Bersifat Monogenik

Pola yang berbeda dari ekspresi gen dalam jaringan yang berbeda
dikendalikan oleh protein trans-acting. Pada eukariota yang lebih tinggi, sangat
jelas bahwa operon tidak penting. Meskipun ada bukti untuk operon atau unit
mirip operon di eukariota bawah (mis., Jamur), operon tampaknya tingkat atau
tidak ada pada eukariota yang lebih tinggi. Sebagian besar mRNA dari eukariota
yang lebih tinggi yang dicirikan hingga saat ini adalah monogenik (mengandung
urutan pengkodean satu gen struktural). Dalam beberapa kasus, transkrip primer
adalah poligenik dan dibelah untuk menghasilkan mRNA monogenik.

Peningkat dan Peredam Modulasi Transkripsi pada Eukariota

Gen Eukaryotik diatur oleh elemen promotor yang terletak tepat di hulu (5')
dari situs inisiasi transkripsi dengan cara yang sangat mirip dengan regulasi gen
prokariotik. Gen eukariotik diatur oleh promotor dan juga diatur oleh elemen cis-
acting yang lebih jauh yang disebut peningkat dan peredam. Seperti namanya,
peningkat meningkatkan transkripsi dan peredam mengurangi transkripsi gen
yang diatur. Fitur dasar peningkat yang membedakannya dari promotor adalah
sebagai berikut:
1. Peningkat dapat bertindak atas jarak yang relatif besar hingga beberapa
ribu pasangan nukleotida dari gen yang teregulasi (s).
2. Peningkat adalah orientasi independen - keduanya berfungsi dengan baik
dalam orientasi, normal atau dalam posisi tegak (ujung-untuk-ujung)
3. Peningkat adalah posisi independen, mereka berfungsi sama baik apabila
terletak di hulu (5') dari gen, hilir (3') dari gen, atau hadir di dalam intron
suatu gen.

Peningkat adalah elemen yang relatif besar, hingga beberapa ratus nukleotida
berpasangan. Mereka kadang-kadang mengandung urutan berulang yang memiliki
aktivitas penambah parsial sendiri. Sebagian besar elemen penambah berfungsi
dengan cara lengkap atau sebagian-jaringan spesifik, yaitu, mereka sering hanya
akan meningkatkan transkripsi gen dalam jaringan target tertentu (jaringan-
jaringan di mana produk-gen diperlukan). Peningkat yang paling ekstensif
dipelajari adalah yang hadir pada minichromosome dari virus simian 40 (SV40),
virus monyet yang dapat diselidiki dalam kultur sel. Banyak peningkat sekarang
telah dicirikan bahwa memainkan peran kunci dalam pengaturan ekspresi gen.
Fitur mencolok dari peningkat yang dikarakterisasi adalah bahwa mereka
menunjukkan spesifikasi jaringan. Faktor-faktor yang terikat pada urutan
penambah dan urutan promotor dapat bertindak secara kooperatif, baik secara
positif maupun negatif. Ini menunjukkan bahwa protein-protein ini mungkin
bersentuhan, paling tidak beberapa waktu, dan menunjukkan bahwa DNA atau
lipatan yang menyela memungkinkan kontak ini. Model aksi penambah dan
silincer menyerupai mekanisme pengaturan ara operon dalam E. coli. kecuali
bahwa banyak lagi protein pengatur tampaknya terlibat dalam eukariota yang
lebih tinggi. Misalnya, dalam kasus gen B-hemoglobin ayam, bukti tersedia yang
berimplikasi pada pengikatan setidaknya lima protein yang berbeda ke peningkat.
Karena dua faktor transkripsi yang sama berikatan dengan kedua unsur, promotor
dan penambah, data yang tersedia menunjukkan bahwa setidaknya delapan protein
yang berbeda berpartisipasi dalam mengatur transkripsi gen B-globin ayam.
Tentunya, pengaturan transkripsi pada eukariota yang lebih tinggi adalah
kompleks.

Peraturan Tingkat Transkripsi oleh DNA Methylation

Ekspresi gen juga ditentukan oleh penambahan gugus metil. Sehingga

metilasi dapat menyebabkan perbedaan ekspresi gen pada jaringan. Beberapa
bukti yang menunjukkan bahwa gugus metil berpengaruh terhaadap peraturan
tingkat transkripsi yaitu:
1. Sejumlah studi menunjukkan hubungan antara tingkat ekspresi gen dan
tingkat metilasi, misalnya: jika metilasi rendah maka ekspresi gennya
tinggi.
2. Pola metilasi merupakan jaringan spesifik.
3. Ekspresi gen pada jaringan dalam keadaan normal tidak dapat terekspresi
bagaimanapun, kunci tahapan sejumlah model pengaturan ekspresi gen
 atau diferensiasi melalui metilasi DNA melibatkan pola metilasi, formasi
jaaringan spesifik.

Apakah Z-DNA Memiliki Peranan dalam proses Regulasi?

Bentuk heliks ganda DNA ke aarah kiri dinamakan Z-DNA untuk jalur zig-
zag dari molekul kerangka gula-fosfat. Biasanya Z-DNA yang terdiri atas purin
dan pirimidin yang tersusun berselang-seling pada untaian DNA hanya terjadi
pada konsentrasi garam yang tinggi. Namun Z-konfirmasi justru stabil pada
konsentrasi garam yang rendah. Dengan demikian Z-DNA kemungkinan tersusun
dari basa purin dan pirimidin yang berselang-seling, yang mengandung basa metal
mungkin stabil secara in vivo. Selain itu, stabilitas ditingkatkan oleh kation,
termasuk poliamina seperti spermine, berdasarkan supercoil negaatif, dan oleh
DNA protein spesifik untuk Z-DNA. Petunjuk lain dari kemungkinan keterlibatan
Z-DNA dalam mengatur ekspresi gen adalah bahwa struktur protein regulator
tertentu menunjukkan bahwa mereka dapat mengikat dalam alur utama heliks
ganda ke arah kiri, tetapi tidak heliks ke aarah kanan.

Struktur Kromatin: Situs Sensitif Nukleus Berdekatan dengan Gen Aktif

Sensitivitas nuklease dari gen-gen yang aktif tergantung pada dua
protein kromosomal non histon, yaitu HMG14 dan HMG17, HMG adalah High
Mobility Group. Apabila gen ini dipindahkan pada gen aktif maka sensitivitasnya
akan menghilang, namun jika ditambahkan kembali maka sensitivitasnya tersebut
akan kembali lagi. Daerah Hypersensitive berlokasi di ujung promotor gen yang
di transkripsi. Bentuk DNA tidak selalu sama, karena DNA dapat mengalami
modifikasi pada daerah hypersensitive menjadi bentuk lain. Daerah hypersensitive
ada pada ujung promotor gen dan juga dapat berada pada enhancer yang dapat
mengalami transkripsi.

Pengendalian Hormon pada Ekspresi Gen

Pada tumbuhan dan hewan tingkat tinggi, komunikasi intraseluler berperan

sangat penting dalam kelangsungan hidupnya. Jaringan atau sel target yang
beperan dalam komunikasi intraseluler dirangsang oleh hormon yang dihasilkan
dari kelenjar atau sel sekretori.Hormon tersebut akan dikeluarkan ke aliran
darah.Hormon peptida misalnya insulin. Hormon peptida ini tidak dapat
memasuki sel target secara langsung,tetapi melalui perantara protein reseptor yang
terdapat pada membran sel target. Contoh lainnya yakni hormon steroid misalnya
estrogen dan testosterone.Hormon ini dapat memasuki sel target atau jaringan
secara langsungmelalui membran plasma karena ukurannya relatif kecil. Pada sel
target yang sesuai, hormon ini akan terikat dengan kuat pada protein reseptor.
Protein ini hanya ada pada sitoplasma sel target.

Aktivasi Transkripsi oleh Hormon Steroid

Kompleks protein reseptor suatu hormon terakumulasi pada nukleus sel

target. Hasil studi dari G.Thomkins dan rekannya pada tikus, serta B.W.O Malley
pada ayam membuktikan bahwa protein reseptor hormon memicu transkripsi pada
set suatu gen. Aktivasi ini terjadi dengan pengikatan protein tersebut pada
sequence DNA yang ada pada cis-acting dari suatu gen. Regulasi transkripsi pada
eukariotik merupakan interaksi antara DNA,histon dan nonhiston protein
kromosom. Ilustrasi pengaruh hormon steroid pada ekspresi gen yakni sebagai
berikut:

Hormon disintesis pada sel sekretori dan didistribusikan ke jaringan

organisme melalui sistem peredaran. Ukurannya yang kecil memudahkan untuk
masuk ke dalam sel melalui membran plasma. Sel target yang memiliki protein
reseptor akan mengikat molekul hormon.Kompleks protein reseptor-hormon
steroid kemudian memasuki celah selubung nuklear dan mengumpul pada nukleus
sel target. Kompleks tersebut mengikat (sebagai dimer) pada rangkaian DNA pada
daerah penambah atau promoter setiap gen yang diaktivasi. Ikatan ini memicu
transkripsi pada gen struktural. Ikatan kompleks menambahkan pengikatan RNA
polimerase pada daerah promoter.

Peran Hormon Glukokortikoid melalui Elemen Penambah.

Hormon glukokortikoid diketahui dapat mengaktifkan gen target spesifik

oleh protein perantara yang berinteraksi dengan sequence regulator cis-acting atau
sering disebut dengan enhancers(penambah). Pengaruh hormone glukokortikoid
terhadap aktivasi ekspresi gen telah dianalisis dengan menggunakan hormone
sintetik yang dikenal dengan dexamethasome. Hormon glukokortikoid terikat
pertama pada protein reseptor yang ada di sitoplasma sel target. Lalu kompleks
tersebut berkumpul pada nucleus sel dan terikat pada sequence DNA spesifik
yang disebut dengan glucocorticoid respons elements (GRes). Ketiadaan hormone
menyebabkan protein reseptor bergabung dengan protein sitoplasma lainnya dan
memiliki afinitas rendah pada DNA.Kompleks tanpa adanya hormone ni disebut
dengan Hps90 dan menetap pada sitoplasma.Penggabungan protein sitoplasma
mencegah protein reseptor dari pembentukan dimer yang mana ikatan DNA yang
aktif pada reseptor. Ikatan hormone menyebabkan perubahan konformasi
allosteric pada protein reseptor sehingga tidak dapat terikat lebih lama pada
protein reseptor .

Ekdison dan Kromosom “Puffs” pada Lalat

Pita pada individu mengembang dan membaur,struktu pewarnaan tidak

begitu rapat disebut dengan puff. Fenomena ini disebut dengan “puffing”. Selama
perkembangan pada lalat diptera hormone steroid ekdison dilepas dan memicu
adanya molting. Jika larva D.melanogaster dan C.tetans diperlakukan dengan
ekdison pada tahap perkembangan sebelum atau antara molting., pola kromosom
puffing terjadi sama dengan yang terjadi selama molting alami. Dengan
menggunakan penghambat pada sintesis protein misalnya cycloheximide,
pembentukan “late” puff telah menunjukkan kebutuhan sintesis protein setelah
perlakuan ekdison.Namun, “early” puffs terbentuk pada ketiadaan posttreatment
sintesis protein.

Regulasi oleh Jalur Lain dari Penyambungan Transkrip

Model lain dari penyambungan transkrip terjadi pada gen tropomyosin

dari D.melanogaster dan vertebrata. Tropomyosin adalah family terdekat yang
berhubungan dengan protein yang memerantarai interaksi antara aktin dan
troponin dan membantu dalam pengendalian kontraksi otot. Pada jaringan
berbeda, antara otot dan bukan otot dikarakterkan dengan adanya perbedaan
isoform tropomiosin.
Regulasi Sirkuit Kompleks dari Ekspresi Gen pada Eukariotik

Britten dan E.H. Davidson menyatakan alasan yang masuk akal mengenai
pola dari interpresi sequence DNA yang berulang-ulang dan copy tunggal DNA.
Sequence DNA mengandung beberapa gen regulator (sensor, integrator, dan gen
reseptor). Studi lebih lanjut telah membandingkan RNA nuclear heterogen
(hnRNA) populasi dan populasi mRNA pada tipe sel berbeda. Populasi hRNA
lebih kompleks daripada populasi mRNA. Hal ini menunjukkan regulasi terjadi
secara posttranskripsi selama proses RNA,yakni hnRNA menuju tahap mRNA.

Observasi ini membuat Davidson dan Britten mencetuskan model kedua

yakni gen struktural terletak pada unit transkripsi konstitutif yang di transkrip
pada dasar di semua sel. “integrating regulatory transcript” mengandung sequence
yang berulang-ulang yang berinteraksi dengan transkrip gen structural yang
berbeda. Perbedaan dengan model pertama yakni regulasi terjadi secara
postranskripsi selama proses RNA lebih daripada transkripsional sebagai model
awal.

QUESTION AND ANSWER

1. Bagaimana penjelasan singkat tentang regulasi gen?

Jawab : Selama perkembangan tanaman dan hewan, ekspresi gen
kelihatannya diregulasi pada beberapa level yang berbeda, yaitu pada saat
transkripsi, pemprosesan pre-mRNA, stabilitas mRNA, translasi,
pemprosesan protein post translasi, stabilitas protein dan fungsi enzim.
Akan tetapi, data yang ditunjukkan saat ini bahwa ekspresi gen pada
dasarnya diregulasi pada level transkripsi dan pemprosesan pre-mRNA.
Jelasnya, regulasi juga terjadi pada level- level lainnya. Regulasi pada
level translasi adalah hal yang penting untuk kontrol keseluruhan proses
metabolik pada makhluk hidup. Akan tetapi, mekanisme regulasi yang
memiliki efek terbesar terhadap fenotip yaitu pada level transkripsi dan
pemprosesan DNA.
2. Apa saja bukti yang menunjukkan bahwa gugus metil memberikan
pengaruh dalam ekspresi gen?
Jawab: Beberapa bukti yang menunjukkan bahwa gugus metil
berpengaruh terhaadap peraturan tingkat transkripsi yaitu:
Sejumlah studi menunjukkan hubungan antara tingkat ekspresi gen
dan tingkat metilasi, misalnya: jika metilasi rendah maka ekspresi
gennya tinggi.
Pola metilasi merupakan jaringan spesifik.
Ekspresi gen pada jaringan dalam keadaan normal tidak dapat
terekspresi bagaimanapun, kunci tahapan sejumlah model
pengaturan ekspresi gen atau diferensiasi melalui metilasi DNA
melibatkan pola metilasi, formasi jaaringan spesifik.

3. Bagaimana perbedaan aktivator transkripsi pada prokariotik dan

eukariotik?
Jawab: Perbedaan aktivator pada eukariotik dengan prokariotik yakni jika
pada eukariotik adalah kompleks CAP-cAMP, sedangkan pada prokariotik
yakni kompleks hormon-protein reseptor.

4. Pada regulasi dengan hormone glukokortikoid, bagaimana apabila

hormone ini tidak ada pada proses regulasi ekspresi gen?
Jawab: Dalam keadaan dimana hormone glukokortioid tidak tersedia
maka akan menyebabkan protein reseptor yang seharusnya berikatan
dengan hormon menjadi bergabung dengan protein sitoplasma yang lain
dan memiliki afinitas yang rendah terhadap DNA. Hal ini menyebabkan
terjadinya pencegahan protein reseptor membentuk dimer dan akhirnya
menimbulkan perubahan konformasi allosteric pada protein reseptor yang
menjadikan tidak dapat terikat lebih lama pada protein sitoplasma.