Hanya kompleks CAP - cAMP yang mengikat promotor lac; dengan tidak adanya

cAMP, CAP tidak mengikat. Jadi cAMP sebagai molekul efektor, menentukan efek CAP pada
transkripsi lac operon. Konsentrasi cAMP intaseluler sensitif terhadap precense atau tidak
adanya glukosa. Konsentrasi glukosa yang tinggi menyebabkan penurunan tajam dalam
konsentrasi intraseluler cAMP. Bagaimana glukosa mengontrol konsentrasi cAMP tidak jelas.
Mungkin glukosa, atau beberapa metabolit yang terbentuk di hadapan konsentrasi glukosa yang
lemah, menghambat aktivitas adenilsiklase, enzim yang mengkatalisis pembentukan cAMP
dari ATP. Apapun mekanismenya, kehadiran glukosa menghasilkan penurunan konsentrasi
intraseluler cAMP. Dengan tidak adanya (atau di hadapan konsentrasi rendah) cAMP, CAP
tidak dapat mengikat promotor lac operon. Pada gilirannya, RNA polimerase tidak dapat
mengikat secara effektif terhadap promotor lac tanpa adanya CAP yang terikat. Hasil
keseluruhan dari kontrol positif dari transkripsi lac operon oleh kompleks CAP-cAMP adalah
topi di hadapan glukosa, lac operon trancrition tidak pernah melebihi 2 persen dari tingkat
induksi yang diamati dalam ketiadaan glukosa.

Sekuen pasangan nukleotida lengkap dari peraturan lac operon (promotor dan operator
sequnces) sekarang telah diketahui (gambar 14.7). Studi urutan nukleotida komparatif dari
promotor dan operator tipe mutan dan liar (ditambah in vitro CAP-cAMP, mulai memberikan
informasi rinci tentang sifat interaksi asam nukleat protein spesifik urutan yang penting ini.
Studi ini memberikan contoh yang sangat baik tentang keuntungan dari pengintegrasian
pendekatan genetik dan biokimia dalam upaya memahami fenomena biologis.

Peraturan rumit dari Operasi ara

Hampir rincian tentang mekanisme yang operon lac dan trp yang diatur diketahui dan
didukung oleh tubuh luas data eksperimen. Namun, operon lain seperti arabinose (ara) operon
E.coli menunjukkan pola regulasi yang jauh lebih rumit yang masih belum sepenuhnya
dipahami. Dalam lac dan trp operon produk dari gen regulator, represor, funtions dengan cara
negatif, mematikan trancription dari operon tersebut. Di sisi lain, protein aktivator katabolit
(CAP) memberikan kontrol positif atas lac operon dengan menstimulasi trancription operon.
Protein regulator utama dari ara operon menunjukkan efek regulasi negatif dan positif pada
transkripsi gen struktural operon tergantung pada kondisi lingkungan. Selain itu, komponen
regulasi yang mengontrol trancription dari operon ara termasuk salah satu elemen yang
bertindak dari jarak lebih dari 200 nukleotida-pasang dari promotor yang operon rangkaian
regulasi belum ditetapkan dengan jelas, model kerja saat ini didahulukan di sini untuk
memberikan siswa penghargaan atas kompleksitas regulasi datang operon bakteri.

The arabinose (ara) operon dari E.coli mengandung tiga struktural (araB, araA, dan
AaraD) yang menyandikan tiga enzim yang larut dalam katabolisme arabinose. (gambar 14.8a).
Ketiga gen ini terkontaminasi pada mRNA tunggal yang dimulai pada promotor yang disebut
PBAD (transport aktif arabinose ke dalam sel dilakukan oleh produk gen araE, araF, dan araG.
Gen-gen ini terletak di situs yang cukup jauh dari operon araBAD yang menarik di sini dan
protein dari ara operon (protein araC) dihasilkan dari transkrip yang dimulai pada promotor
yang disebut Pc. Promotor Pc hanya sedikit lebih dari 100 nukleotida-pasang dari PBAD tetapi
dua promotor memulai transkripsi di arah berlawanan (14.8a dan b). Protein araC bertindak
sebagai regulator negatif (represor) dari transkripsi gen araB, araA, dan araD dari promotor
PBAD ketika arabinose dan cAMP hadir. Jadi, tergantung pada keberadaan atau tidak adanya
molekul efektor arabinose dan cAMP, produk gen pengatur araC dapat memberikan efek positif
atau negatif pada transkripsi gen araB, araA dan araD struktural. Sejak ara operon i s tunduk
pada penindasan katabolit seperti lac operon (lihat bagian sebelumnya) dan dengan demikian
untuk kontrol positif oleh CAP dan cAMP, induksi ara operon tergantung pada efek regulasi
positif, dari dua protein, protein araC dan CAP (cAMP mengikat katabolit protein pengaktif).
Situs pengikatan untuk dua protein ini dan untuk RNA polimerase semuanya tampak terletak
di wilayah ara operon yang secara historis disebut araI (I untuk induksi)., Terletak di antara
tiga gen struktural operon dan gen pengatur (araC) ( gambar 14.8a)

Awalnya, ilmuwan yang mempelajari pengaturan ara operon berpikir bahwa semua
situs pengikatan untuk protein pengatur araC dan kompleks cAMP-CAP berada di wilayah aral.
Penemuan yang mengejutkan adalah bahwa penindasan pada ara operon tergantung pada
pengikatan protein araC di sebuah situs yang disebut araO2 (O untuk operator, 2 karena itu
operator ara kedua yang diidentifikasi) terletak 211 nukleotida-pasang di hulu (relatif terhadap
arah trancription dari PBAD) dari situs pengikatan protein araC di araI (gambar 14.8b).
(Operator araDI- operator ara pertama yang akan diidentifikasi-mengontrol transkripsi gen
pengatur araC yang dimulai pada Pc). Model yang saat ini diterima untuk penindasan opon ara
adalah bahwa protein araC harus mengikat (sebagai dimer) di situs araI dan situs araO2, dan
bahwa protein ini kemudian mengikat satu sama lain untuk membentuk loop DNA (gambar
14.8c). ). Bahkan, sekarang ada banyak bukti untuk mendukung model ini. Misalnya, jika lima
pasang nukleotida dimasukkan atau dihapus di wilayah antara araI dan araO2, penindasan
normal operon tidak dapat terjadi. Penyisipan atau penghapusan seperti itu akan memutar satu
situs pengikatan araC cprotein di sekitar heliks ganda (ke wajah yang berlawanan) relatif
terhadap situs pengikatan protein araC lainnya. Hal ini agaknya akan menyulitkan atau tidak
mungkin bagi dimer araC yang terikat pada araI dan araO2 untuk berinteraksi dan membentuk
lingkaran yang diperlukan untuk represi.

Ketika struktur loop (gambar 14.8c) adalah formd, itu harus hadir atau antarmuka
dengan pengikatan RNA polimerase pada promotor yang berdekatan (PBAD) dari operon
(gambar 14.8b) di hadapan arabinose dan cAMP, operon ara adalah diinduksi. Selain itu, di
bawah kondisi ini, protein araC telah terbukti menjadi aktivator transkripsi operon. Rincian
mekanisme dimana arabinose menyebabkan protein araC menjadi pengatur positif transkripsi
operon tidak jelas. Entah bagaimana, kompleks protein arabinose-araC dan kompleks cAMP-
CAP harus membuka loop dengan mengikat di situs araI mereka. Ini, pada gilirannya, harus
mengizinkan RNA polimerase untuk mengikat di situs PBAD dan memulai transkripsi gen ara
struktural (gambar 14.8d).

Jelas, pengaturan transkripsi ara operon E.coli jauh lebih kompleks daripada pengaturan
transkripsi lac operon dari bakteri ini. Akan menarik untuk menggerogoti apakah atau tidak
mekanisme pembentukan loop ini biasanya digunakan dalam pengaturan transkripsi operon
lain dalam prokariot atau gen pada eukariota.

Represi Lamba Prophage Selama Lysogeny

Ketika bakteriophage basah seperti lambda ada dalam keadaan profag di sel lisogenik,
gen yang mengkode produk yang terlibat dalam jalur litik-yaitu, gen yang mengendalikan
replikasi DNA fag, morfogenesis fag, dan lisis sel inang tidak boleh menyatakan. Ini dilakukan
oleh sirkuit represor-operator-promotor, seperti yang terlibat dalam operon bakteri. Secara
khusus, gen C1 kode lambda fag untuk represor, protein yang dikarakterisasi dengan baik
dengan berat molekul 27.000, yang dalam keadaan dimer atau tetramer mengikat dua daerah
operator yang mengontrol transkripsi gen lambda yang terlibat dalam pertumbuhan litik
(fig.14.9) . dua wilayah operator ini, disebut OL (untuk transkripsi dalam arah ke kiri) dan OR
(untuk transkripsi dalam arah rigtward), tumpang tindih dengan urutan promotor dimana RNA
polimerase mengikat dan memulai transkripsi gen yang mengontrol perkembangan litik. Jadi
dengan represor terikat ke dua operator, RNA polimerase tidak dapat mengikat ke dua
promotor dan tidak dapat, oleh karena itu memulai transkripsi. Dengan cara ini gen-gen fag
dijaga agar tetap tertindas, memungkinkan ramalan "dorman" ditransmisikan dari sel induk
orangtua ke sel progeni generasi demi generasi.
 Dalam percobaan di mana operator dan daerah promotor lambda fag disekuensing,
setiap operator secara tidak terduga ditemukan mengandung tiga situs pengikatan represer
dengan sekuens yang sama, tetapi tidak identik, dari 17 pasangan nukleotida. Setiap situs
pengikatan represor memiliki simetri parsial ganda di sekitar pasangan basa pusat (yaitu,
sebagian palindromik). Telah berspekulasi bahwa simetri parsial ini banyak interaksi fasilitistik
dengan dimer repressor, yang mungkin juga memiliki simetri ganda. Meskipun ini adalah
posibilitas yang menarik, tidak lebih dari itu saat ini.

Interaksi represor lambda dengan sekuens DNA OLPL dan ORPR dengan baik
menjelaskan bagaimana gen profang lambda dipertahankan dalam keadaan tertekan.
Mekanisme yang bertanggung jawab untuk keputusan antara pengembangan litik dan
perkembangan lisogenik setelah infeksi sel E.coli dengan fag lambda jauh lebih rumit,
melibatkan interferensi di antara beberapa gen pengatur lambda lainnya. Pembaca
direferensikan ke salah satu makalah oleh Ptashne dan cowokers untuk diskusi tentang
mekanisme dimana pilihan antara jalur litik dan jalur lysogenic dibuat.