KOMUNIKASI SINGKAT

analisis RNAseq untuk diagnosis distrofi otot

Hernan Gonorazky 1,2,3, a, Minggao Liang 2,4, a, Beryl Cummings 5,6, a, Monkol Lek 5,6, Johann Micallef 2,
Cynthia Hawkins 7, Raveen Basran 7, Ronald Cohn 2,3,4, Michael D. Wilson 2,4, Daniel MacArthur 5,6,
Christian R. Marshall 7, Peter N. Ray 2,4,7 & James J. Dowling 1,2,3,4,
1 Divisi Neurologi, Hospital for Sick Children, Toronto, Ontario, Kanada M5G A04
2 Program Genetika dan Genome Biology, Hospital for Sick Children, Toronto, Ontario, Kanada M5G A04
3 Departemen Pediatri, University of Toronto, Toronto, Ontario, Kanada M5G AO4
4 Departemen Genetika Molekuler, Universitas Toronto, Toronto, Ontario, Kanada M5G AO4
5 Analitik dan Translational Genetika Unit, Rumah Sakit Umum Massachusetts, Boston, Massachusetts 02114
6 Program Kedokteran dan Genetika Populasi, Broad Institute of Harvard dan MIT, Cambridge, Massachusetts
7 Pediatric Laboratorium Kedokteran, Hospital for Sick Children, Toronto, Ontario, Kanada M5G A04

Korespondensi
James J. Dowling, 15-09703 PGCRL, 686 Bay Street,
Toronto, Onatrio, Kanada M5G0A4. Tel: +1 (416)
813-8980; Fax: +1 (416) 8136334; E-mail:
james.dowling@sickkids.ca
Informasi pendanaan
Karya ini didukung oleh SickKids Pusat Otak dan
Kesehatan Mental Chasean-Idea hibah (Dowling).
Diterima: 23 Oktober 2015; Diterima: 25 Oktober 2015
Abstrak
Penyebab genetik yang tepat tetap sulit dipahami di hampir 50% pasien dengan penyakit neurogenetik
diduga, mewakili fi kan penghalang signifikan untuk perawatan klinis. Ini adalah meskipun kemajuan
yang signifikan dalam diagnosa genetik klinis, termasuk penerapan seluruh exome sequencing dan panel
gen berbasis sequencing generasi. Dalam studi ini, kami mengidentifikasi mutasi intronic jauh di dalam DMD
gen pada pasien dengan distrofi otot menggunakan kedua transcriptome konvensional dan RNAseq
berbasis analisis. Implikasi dari data kami yang noncoding mutasi mungkin terdiri dari sebuah sumber
penting dari penyakit genetik yang belum terselesaikan dan bahwa RNAseq adalah platform yang kuat
untuk mendeteksi mutasi tersebut.

Annals of Clinical dan Translational Neurology 2016;

3 (1): 55-60

doi: 10,1002 / acn3.267

Sebuah Kontribusi sama.

pengantar
penyakit neurogenetik adalah penyebab umum dari cacat berat, terkait
dengan beberapa morbiditas, mortalitas awal, dan signi fi biaya
ekonomi dan sosial tidak bisa. 1,2
distrofi otot (orthopaedi) adalah gangguan neurogenetik prototipe dalam
bahwa mereka klinis dan genetik heterogen tetapi bersatu dengan
dengan mengekspos pasien untuk pengujian berpotensi tidak perlu. 5 Hal ini juga
menghalangi penelitian patogenesis penyakit dan pengembangan terapi.
Whole-exome sequencing (WES), bersama dengan generasi panel
gen berbasis sequencing, mewakili signi fi muka teknis tidak bisa yang
telah meningkatkan diagnostik genetik. 6 Namun, masih ada sekelompok
besar pasien yang penyebab genetik belum ditemukan meskipun

seperangkat pengamatan klinis dan diagnostik (kelemahan otot, peningkatan

penyelidikan menyeluruh dengan modalitas tersebut. 4,7

creatine phosphokinase (CPK), dan perubahan distrofik pada biopsi otot). 3 Sebuah
masalah yang ada penting dalam MD lapangan adalah bahwa sejumlah
signifikan dari anak-anak (~ 50%) dengan penyakit yang diduga belum
memiliki identifikasi mutasi gen fi ed (s) meskipun analisis genetik yang luas. 4
Fakta ini menyajikan penghalang utama untuk perawatan klinis dengan
memperpanjang pengembaraan diagnostik untuk pasien dan keluarga,
dengan membatasi rekomendasi perawatan dan informasi prognostik, dan
Salah satu sumber potensial dan dieksplorasi mutasi adalah variasi urutan
yang mengubah ekspresi RNA dan / atau pengolahan. mutasi tersebut dapat
terjadi pada batas ekson / intron, dan dengan demikian ditangkap oleh WES,
atau terjadi di luar dari exome standar (seperti di daerah-daerah intronic dan
intergenic dalam). Untuk saat ini, sementara 15% dari mutasi pada manusia
Mutasi Gen database diperkirakan untuk mengubah splicing dan / atau
ekspresi gen, hampir semua ini adalah

ª 2015 Penulis. Annals of Clinical dan Translational Neurology diterbitkan oleh Wiley Periodicals, Inc atas nama Amerika Neurological Association. Ini adalah sebuah artikel akses terbuka di bawah ketentuan 55
Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs License, yang memungkinkan penggunaan dan distribusi dalam media apapun, asalkan karya asli benar dikutip, penggunaan non-komersial dan
tidak ada modi fi kation atau adaptasi yang dibuat .
RNAseq untuk diagnosis distrofi otot
dijelaskan di persimpangan sambatan-situs. Hanya sejumlah kecil kasus
ada di mana mutasi pada urutan intronic atau intergenik telah diidentifikasi
sebagai penyebab penyakit. 8 - 10
Aspek-aspek dari genom jarang diperiksa dalam konteks penyakit
neurogenetik; Selanjutnya, generasi sekuensing berdasarkan analisis
RNA transkrip (RNAseq) belum dipelajari dalam konteks ini. Di sini, kami
menyajikan kasus mutasi intronic mendalam sebagai penyebab
Duchenne MD, dan menunjukkan bahwa RNAseq merupakan modalitas
yang efektif untuk mendeteksi mutasi ini.
Metode dan Hasil
Kami mengalami seorang bocah berusia 6 tahun dengan onset
berbahaya kelainan gaya berjalan. Dia telah biasanya berkembang
sampai usia 2,5 tahun ketika ia mulai mengalami peningkatan perjalanan
dan jatuh. Setelah penilaian oleh dokter keluarga, studi serum CPK
dikirim, dan ditemukan ditinggikan di> 16.000 l / L (normal 55 - 300).
Pemeriksaan fisik adalah penting untuk bahu dan otot betis hipertrofi,
kelemahan otot ekstremitas-korset, kontraktur pergelangan kaki bilateral
ringan, tanda Gowers positif, dan kiprah waddling. Atas dasar fitur ini,
kami memulai pengujian genetik klinis untuk Duchenne MD, 11 termasuk
analisis penghapusan / duplikasi multiplex ligationdependent berbasis
kation penyelidikan penguat dari DMD gen dan Sanger sequencing
langsung DMD coding urutan dan intron / ekson batas. Penyelidikan ini
tidak mengungkapkan mutasi penyebab.
Karena gambaran klinis nya adalah konsisten dengan diagnosis MD,
kita selanjutnya mengirim generasi berbasis sequencing panel gen yang
diperiksa semua ekson coding anggota badan-korset gen MD yang dikenal
(35 gen, Emory Genetika Laboratorium). 4 Tidak ada mutasi penyebab
terdeteksi menggunakan strategi ini. Kami kemudian dilakukan biopsi otot
diagnostik, yang mengungkapkan perubahan histologis konsisten dengan
MD (Gambar. 1A). Immunostaining menunjukkan ekspresi distrofin absen
di sebagian besar serat-serat (Gambar. 1B dan C), sugestif dari mutasi di DMD
tempat. Oleh karena itu kami menggunakan bahan biopsi otot yang tersisa untuk
menganalisis DMD transkrip, menggunakan kedua pendekatan standar dan
RNA-seq.
Untuk analisis konvensional, kami melakukan reaksi RT-PCR tumpang
tindih mencakup seluruh yang DMD gen (Gambar. 1D). Kami mendeteksi
produk cDNA diubah (ukuran lebih besar dari yang diperkirakan) dengan
semua set primer yang termasuk baik ekson 37 dan 38. Kami sequencing
salah satu produk berubah dan menemukan sebuah novel 51 basis
pasangan penyisipan antara ekson 37 dan 38 sesuai dengan urutan
fragmen diskrit dalam intron 37 (Gambar. 1E). Kami selanjutnya
menganalisis DNA genom yang sesuai dengan daerah sekitarnya urutan
dimasukkan, dan identifikasi ed varian urutan tunggal di intron 37 (g.chrX:
32.366.860 A> C [c.5326-215 T> G]). Varian ini menciptakan sambatan
baru
56 ª 2015 Penulis. Annals of Clinical dan Translational Neurology diterbitkan oleh Wiley Periodicals, Inc atas nama Amerika Neurological Association.
H. Gonorazky et al.
situs akseptor, yang kemudian pasangan dengan situs sambatan donor
samar di intron untuk membuat menyimpang 51 basis pasangan ekson
(Gambar. 1D). ekson menyimpang ini menciptakan kodon stop frameshift dan
prematur di DMD coding sequence (Gambar. 1F), dan konsisten dengan
ekspresi protein absen dilihat oleh immunostaining. Atas dasar ini, kami
menyimpulkan bahwa varian urutan ini adalah penyebab penyakit pada
pasien kami.
analisis RNAseq terbukti sama-sama sebagai informatif. Kami
mengisolasi RNA dari ~ 15 mg biopsi dari pasien kami dan dari tiga
kontrol (nilai integritas RNA (RIN) nilai berkisar 7,2-9,5). Kami
dihasilkan perpustakaan dengan Illumina, San Diego, CA, USA. TruSeq
V2 mRNA kit perpustakaan dan dilakukan RNAseq pada Illumina HiSeq
2000 dengan rata-rata kedalaman 50 - 100 juta dipasangkan akhir
berbunyi urutan transkrip per sampel. 12
Reads yang disesuaikan dengan referensi hg19 perakitan menggunakan
RNA-STAR 13 dan Gencode Rilis 19 transcriptome penjelasan. 14 Untuk
mendeteksi transkrip unannotated dan isoform, kami melakukan perakitan
transcriptome terarah untuk setiap sampel menggunakan CUF tinta fl 15; ini
kemudian dijelaskan terhadap transcriptome referensi. analisis cluster
tanpa pengawasan berdasarkan tingkat ekspresi gen de fi nitively
dibedakan sampel pasien dari kontrol (Gambar. 2A). Pemeriksaan
transcriptome diidentifikasi diubah tingkat transkrip pasien (> tiga kali lipat)
di 1197 gen relatif terhadap kontrol (FDR-disesuaikan P> 0,05), dengan DMD
yang ketiga paling secara signifikan mengurangi transkrip (Gambar. 2B).
Pemeriksaan DMD transkrip menunjukkan penurunan yang relatif seragam
di semua ekson (Gbr. 2C), sedangkan interogasi berdedikasi DMD transkrip
identifikasi ed perubahan baru tunggal sesuai dengan penyisipan urutan
ditranskripsi dari intron 37 (Gbr. 2C dan D). Kami kemudian ditentukan
lokasi yang spesifik dan panjang urutan ini, dan itu berhubungan persis
dengan fragmen diubah kami mengidentifikasi ed oleh analisis
konvensional. Dalam semua, RNA-seq cepat dan benar identifikasi ed
kelainan penyebab di DMD salinan.
Untuk menguji utilitas potensi RNAseq sebagai teknik diagnostik
klinis, kami kemudian menganalisis data dalam mode semiblinded.
RNAseq sumber fi les dari pasien dan kontrol kami diberi nomor acak
dan terkirim dibutakan (tanpa informasi klinis atau genetik) untuk
analisis ke laboratorium McArthur. Kami (kelompok McArthur)
kemudian secara mandiri dan tegas identifikasi ed DMD transkrip
kelainan, termasuk deteksi varian urutan yang unik di intron yang
ditemukan oleh sekuensing DNA genom menjadi mutasi gen penyebab
(Gambar. 3A dan B). Seperti kita tertarik RNAseq sebagai potensi alat
diagnostik klinis, kami juga didokumentasikan cakupan yang luas dari
beberapa utama transkrip otot spesifik, termasuk DMD dan lainnya
besar, kompleks dan kemungkinan transkrip kelimpahan rendah (ex:
H. Gonorazky et al. RNAseq untuk diagnosis distrofi otot

Gambar 1. Dalam mutasi intronic di DMD gen sebagai penyebab distrofi otot. (SEBUAH - C) hasil biopsi otot Diagnostik. (A) Hematoksilin dan Eosin pewarnaan mengungkapkan pola distrofik
khas (daerah fibrosis, lemak di Infiltrasi, dan degenerasi dan regenerasi serat-serat). (B) IHC untuk distrofin menunjukkan ekspresi absen, dengan pengecualian beberapa serat-serat reversi
(panah). (C) Inmunohistochemistry (IHC) untuk-sarcoglycan menunjukkan pola pewarnaan yang normal. analisis (D) RT-PCR menggunakan cDNA dari otot pasien dan tumpang tindih primer
set yang berlangsung beberapa ekson DMD. Primer set termasuk baik ekson 37 dan 38 menghasilkan lebih besar dari band-band yang diharapkan (panah). (E) Sanger sequencing dari
sebuah fragmen RT-PCR dengan ekson 37/38 mengungkapkan sepasang penyisipan 51 basis intron 37 urutan. (F) Skema mutasi dan konsekuensinya.

lama2, RYR1 dan COTOK, Gambar. 3C). Kami juga memastikan bahwa di baca Trols atau 150 sampel dari GTEx). Ini data tambahan sehingga con fi rm
kami kedalaman 100 juta berbunyi kami menemukan dalam sampel pasien kami ~ yang RNAseq dapat mengidentifikasi penyakit yang terkait transkrip varian
20 berbunyi mendukung intron 37 inklusi DMD transkrip (sebagai lawan nol dalam secara nonbiased, dan memberikan dasar pengukuran yang
con- yang menyarankan RNAseq bisa

ª 2015 Penulis. Annals of Clinical dan Translational Neurology diterbitkan oleh Wiley Periodicals, Inc atas nama Amerika Neurological Association. 57
RNAseq untuk diagnosis distrofi otot H. Gonorazky et al.

Gambar 2. Analisis RNA-seq otot dari pasien dengan intronic DMD mutasi. (A) Berpasangan heatmap korelasi sampel RNA-seq berdasarkan Pearson korelasi nilai ekspresi gen log untuk semua
gen. ekspresi gen (jumlah) ditentukan dan dinormalisasi dengan ukuran perpustakaan yang efektif menggunakan DESeq2. (B) Counts untuk empat gen menurunkan regulasi di DMD pasien
dibandingkan kontrol sebagai peringkat oleh signifikansi. Bar plot menunjukkan jumlah untuk pasien (biru) dan sarana sampel untuk kontrol (merah). Kesalahan bar mewakili interval dence con fi
95%. Lingkaran mewakili jumlah sampel individu. (C) Per-ekson membaca jumlah dan ekson diferensial penggunaan untuk DMD pada pasien dibandingkan sampel kontrol. Novel DMD ekson
terdeteksi sebagai ekson yang paling berbeda diungkapkan antara pasien dan kontrol (E049 di chrX: 32.366.809-32.366.856; ditandai dengan panah). ekson Novel tambahan yang terdeteksi
(E050, E090, E091) tapi kemungkinan mewakili suara transkripsi. (D) screenshot UCSC genom browser sinyal RNA-seq baku dinormalisasi untuk ukuran perpustakaan di DMD lokus yang sesuai
dengan daerah yang diarsir di (C) (panel atas). Sebuah zoom-in dari wilayah kotak termasuk novel DMD ekson ditampilkan dalam panel yang lebih rendah (Novel ekson ditandai dengan panah).

berfungsi sebagai alat diagnostik klinis untuk berbagai gangguan otot.
Diskusi
Studi kasus ini menggambarkan dua konsep penting. Pertama, hal itu menambah
sebuah kelompok kecil tetapi berkembang dari kasus di mana noncoding mutasi
berbaring di luar intron / batas ekson yang diidentifikasi sebagai penyebab penyakit
neurogenetik. 8 - 10,16
Ini menyediakan dukungan untuk prediksi kami bahwa fraksi yang
signifikan dari saat kohort “terpecahkan” pasien dengan MD dan penyakit
genetik serupa lainnya adalah karena mutasi yang mengubah pengolahan
RNA dan / atau ekspresi.
Identifikasi dari mutasi tersebut mungkin akan memerlukan analisis dari
sumber urut nonexomic, termasuk RNA (seperti yang dilakukan dalam kasus
ini) dan DNA noncoding genom.
Kedua, penelitian kami menunjukkan untuk pertama kalinya utilitas
potensi RNAseq untuk pengidentifikasian mutasi yang mengubah RNA
pengolahan transkrip dan / atau ekspresi. 17 Menggunakan RNAseq, kami
dapat dengan cepat dan akurat mendeteksi mutasi noncoding di DMD. Mengingat
bahwa pada dasarnya semua terkenal gen penyakit otot secara memadai
ditangkap dan diwakili oleh RNAseq, teknologi ini kemungkinan berlaku di
seluruh spektrum yang luas dari penyakit otot. Hal ini terutama berlaku
mengingat bahwa bahan biopsi otot yang tersedia untuk analisis dalam
banyak kasus.

58 ª 2015 Penulis. Annals of Clinical dan Translational Neurology diterbitkan oleh Wiley Periodicals, Inc atas nama Amerika Neurological Association.
H. Gonorazky et al. RNAseq untuk diagnosis distrofi otot

Gambar 3. RNA-seq sebagai alat untuk mendeteksi mutasi pada distrofi otot. (A) RNA-seq membaca untuk DMD transkrip dari pasien dan kontrol perwakilan. Perhatikan keberadaan transkrip
fragmen menyimpang dalam semua membaca dari pasien DMD (panah). (B) Pemeriksaan pada resolusi pasangan basa individual dari transkrip fragmen menyimpang. evaluasi langsung
mengungkapkan varian urutan penyebab pada pasien (kotak). (C) Plot penggunaan ekson data (dinormalisasi sebagai membaca per juta) untuk empat besar, otot-spesifik transkrip.
Perhatikan bahwa ada cakupan yang memadai ini transkrip besar di seluruh gen. Pengecualian adalah DMD, yang menunjukkan ekspresi seragam rendah dalam sampel pasien (kontrol warna
biru, pasien merah).

Juga, adalah mungkin untuk melakukan analisis RNA pada Myotubes berasal
dari transdifferentiation myoD-didorong dari broblasts fi, 18 Oleh karena itu
menghindarkan kebutuhan untuk bahan biopsi otot untuk menghasilkan data
RNAseq digunakan. Hal ini membuka kemungkinan yang lebih luas dari aplikasi
RNAseq untuk berbagai gangguan neurogenetik, menggunakan misalnya,
neuron berasal in vitro baik melalui pemrograman ulang langsung 19 atau dari
menginduksi Plupripotent stem (iPS) sel. 20
mengungkap mutasi tersebut, atau jika analisis RNA akan menjadi elemen
yang diperlukan penting untuk membangun patogenisitas noncoding mutasi.
Dengan kecepatan dan ketepatan potensi RNAseq (serta harga, yang setara
dengan WES), adalah mungkin bahwa itu mungkin merupakan modalitas
terkait atau bahkan disukai.

Ucapan Terima Kasih

Terakhir, dari catatan, spesifik mutasi diidentifikasi dalam kasus kami
tidak biasa seperti yang terjadi jauh di dalam intron dan menciptakan
ekson novel dengan sambatan akseptor dan donor independen dari ekson
sekitarnya. Yang penting, penyelidikan varian genom ini dengan
gabungan penjelasan tergantung deplesi (CADD) tempat analisis hanya di
persentil ke-10 dalam hal patogenisitas, yang berarti bahwa itu
kemungkinan akan peringkat hanya di 300.000 atas varian
penyakit-relevan dalam genom pasien kami . Berdasarkan ini, adalah
mungkin bahwa mutasi ini tidak akan dianggap patogen dengan tidak
adanya data transkrip, dan sebagai gantinya akan telah dikodekan
sebagai VOUS atau bahkan varian jinak. Mengingat tingkat berpotensi
tinggi VOUS dalam genom noncoding, ini menimbulkan pertanyaan
apakah seluruh genom sequencing sendiri akan cukup untuk
Kami berterima kasih kepada Etsuko Tsuchiya, Marianne Eliou,
Jennifer Orr, dan Dax Tori (Donnelly Sequencing Pusat) untuk
dukungan teknis. Karya ini didukung oleh SickKids Pusat Otak dan
Kesehatan Mental Chase-an-Idea hibah (Dowling). informasi pasien
dan material dikumpulkan sesuai dengan protokol REB-disetujui. ML
dan MDW didukung oleh Canada Research Chair dan NSERC hibah
436.194-2.013.
penulis Kontribusi
HG dan JM mempresentasikan data klinis, membantu dengan analisis
RNA-seq, dan dibantu dalam menulis naskah. M.
L., MW, BC, ML, dan D. MCA. semua bekerja pada

ª 2015 Penulis. Annals of Clinical dan Translational Neurology diterbitkan oleh Wiley Periodicals, Inc atas nama Amerika Neurological Association. 59
RNAseq untuk diagnosis distrofi otot
Analisis RNA-seq dan interpretasi. CRM, RB, dan
PDR dilakukan analisis RNA konvensional pada biopsi pasien. CH
menafsirkan biopsi otot. RC membantu dengan interpretasi data dan
evaluasi klinis. J.
JD dikandung penelitian, membantu dengan semua interpretasi data, dan
menulis naskah. Semua penulis dibantu dalam mengedit naskah.
Konflik Menarik
Tidak ada dinyatakan.
Referensi
1. Landfeldt E, Lindgren P, Bell CF, et al. Beban Duchenne distrofi otot:
sebuah studi cross sectional internasional. Neurology 2014; 83: 529 - 536.
2. Lopez-Bastida J, Oliva-Moreno J. Biaya penyakit dan evaluasi ekonomi di
penyakit langka. Adv Exp Med Biol 2010; 686: 273 - 282.
3. Chelly J, Desguerre I. Progresif distrofi otot. Handb Clin Neurol 2013;
113: 1343 - 1366.
4. Ankala A, da Silva C, Gualandi F, et al. Pendekatan genomik komprehensif untuk
penyakit neuromuskuler memberikan hasil diagnostik yang tinggi. Ann Neurol
2015; 77: 206 - 214.
5. Wong SH, McClaren BJ, Archibald AD, et al. Sebuah studi metode campuran
dari usia saat diagnosis dan pengembaraan diagnostik untuk Duchenne
distrofi otot. Eur J Hum Genet 2015; 1294 - 300.
6. Jiang T, Tan MS, Tan L, Yu JT. Penerapan teknologi sequencing
nextgeneration di Neurology. Ann transl Med 2014; 2: 125.
7. Yang Y, Muzny DM, Reid JG, et al. Klinis seluruh exome sequencing untuk
diagnosis gangguan Mendel. N Engl J Med 2013; 369: 1502 - 1511.
8. Baskin B, Banwell B, Khater RA, et al. Becker distrofi otot disebabkan
oleh mutasi intronic mengurangi e fi siensi situs sambatan donor dari
intron 26 dari gen distrofin. Neuromuscul Disord 2009; 19: 189 - 192.
60 ª 2015 Penulis. Annals of Clinical dan Translational Neurology diterbitkan oleh Wiley Periodicals, Inc atas nama Amerika Neurological Association.
H. Gonorazky et al.
9. Ruggieri A, Ramachandran N, Wang P, et al. -Coding non penghapusan VMA21
menyebabkan miopati X-linked dengan autophagy berlebihan. Neuromuscul
Disord 2015; 25: 207 - 211.
10. Trabelsi M, Beugnet C, Deburgrave N, et al. Ketika variasi midintronic gen
DMD menciptakan situs ESE. Neuromuscul Disord 2014; 24: 1111 - 1117.
11. Bushby K, Finkel R, Birnkrant DJ, et al. Diagnosis dan manajemen
Duchenne distrofi otot, bagian 1: diagnosis, dan manajemen
farmakologis dan psikososial. Lancet Neurol 2010; 9: 77 - 93.
12. Irimia M, Weatheritt RJ, Ellis JD, et al. Sebuah program yang sangat dilestarikan
dari microexons neuron yang misregulated dalam otak autis. Sel 2014; 159: 1511 - 1523.
13. Dobin A, Davis CA, Schlesinger F, et al. STAR: ultrafast yang universal
RNA-seq aligner. Bioinformatika 2013; 29: 15 -
21.
14. Harrow J, Frank A, Gonzalez JM, et al. GENCODE: referensi manusia
penjelasan genom untuk The ENKODE Project. Genom Res 2012; 22:
1760 - 1774.
15. Trapnell C, Hendrickson DG, Sauvageau M, et al. analisis diferensial
regulasi gen pada resolusi transkrip dengan RNA-seq. Nat Biotechnol
2013; 31: 46 -
53.
16. Kevelam SH, Taube JR, van Spaendonk RM, et al. Diubah PLP1 splicing
menyebabkan hypomyelination struktur myelinating awal. Ann Clin transl
Neurol 2015; 2: 648 - 661.
17. Ku CS, Wu M, Cooper DN, et al. Exome vs transcriptome sequencing
dalam mengidentifikasi coding varian wilayah. Ahli Rev Mol Diagn
2012; 12: 241 - 251.
18. Waddell LB, Monnier N, Cooper ST, et al. Menggunakan DNA pelengkap
dari broblasts fi MyoD-ditransduksi untuk urutan gen otot besar. Otot
saraf 2011; 44: 280 - 282.
19. Tsunemoto RK, Eade KT, Blanchard JW, Baldwin KK. Maju teknik
keragaman neuronal menggunakan pemrograman ulang langsung. EMBO
J 2015; 34: 1445 - 1455.
20. Bellin M, Marchetto MC, Gage FH, Mummery CL. Diinduksi sel induk
berpotensi majemuk: pasien baru? Nat Rev Mol Sel Biol 2012; 13: 713 - 726.