Anda di halaman 1dari 12

TRANSKRIPSI DAN MODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI

RESUME
UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH
Genetika 1
yang dibina oleh Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, M. Pd dan
Andik Wijayanto, S.Si,M.Si

Oleh
Kelompok 12
1. Alifa Rizki Nabila Putri (140342601363) / Offering G
2. Dina Aribah (140342604576) / Offering G

UNIVERSITAS NEGERI MALANG


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
FEBRUARI 2016
TRANSKRIPSI DAN MODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI

A. Transkripsi

Pada organisme eukariotik, gen-gen kromosom yang mengandung DNA


berada di dalam inti sel, sedangkan protein disintesis di sitoplasma. Oleh karena itu,
DNA tidak dapat menjadi template (cetakan) untuk sintesis protein. Suatu untaian
DNA, yang disebut sense strand, digunakan sebagai cetakan untuk sintesis dari
sebuah untai komplementer dari RNA, yang disebut messenger RNA (atau mRNA)
atau pre-messenger RNA , dalam sebuah proses yang disebut transkripsi. Nantinya,
mRNA akan membawa informasi genetik dari tempat sintesisnya yang ada di dalam
nukeus menuju tempat sintesis protein, yaitu ribosom yang ada di dalam sitoplasma.
Sintesis dari mRNA (atau pre-mRNA) dalam nukleus dan pengangkutan berikutnya
menuju sitoplasma dapat didokumentasikan dalam eksperimen pulse-labeling,
eksperimen pulse-chase, dan autoradiografi. Jika sebuah sel dibiarkan terbuka
(dipaparkan) pada sebuah prekursor RNA radioaktif (seperti [3H] uridin atau [3H]
sitidin) selama beberapa menit dan lokasi intraselular dari radioktivitas gabungan
ditentukan melalui autoradiografi, diperoleh hasil bahwa hampir keseluruhan RNA
ditemukan di dalam nukleus. Dalam kata lain, jika pembukaan pendek (“pulse”) pada
prekursor RNA diikuti oleh sebuah periode pertumbuhan dalam medium
nonradioaktif (eksperimen ulse-chase) sebelum melakukan autoradiografi,
menunjukkan bahwa sebagian besar dari radioaktivitas gabungan ditemukan diangkut
menuju sitoplasma.

Bukti yang kuat untuk sebuah RNA perantara dalam sintesis protein juga
dihasilkan dari studi pada faga T2 yang menginfeksi sel-sel E.Coli. Protein faga
disintesis pada ribosom yang ada di dalam sel sebelum infeksi. E.Volkin dan
L.Astrachan mendemonstrasikan bahwa ada ledakan besar dari sintesis RNA segera
setelah infeksi faga T2, dan kemudian molekul RNA memiliki komposisi nukleotida
seperti DNA faga T2, dan tidak seperti DNA inang. Segera setelah itu, molekul RNA
yang tidak stabil tersebut terlihat komplementer terhadap segmen untaian DNA pada
kromosom faga. Banyak molekul faga mRNA yang telah diisolasi dan
memperlihatkan sintesis secara langsun dari protein faga yang spesifik melalui
sintesis protein secara in vitro.
RNA polimerase yang mengkatalisis transkripsi biasanya merupakan protein
yang kompleks dan multimerik. RNA polimerase pada E.Coli yang paling banyak
dipelajari dari semua jenis RNA Polimerase, memiliki berat molekul kira kira 490,000
dan terdiri dari enam polipeptida. Dua diantaranya bersifat identik, sehingga enzim
tersebut mengandung lima polipeptida yang berbeda. Salah satu dari sub unit ini, yaitu
faktor sigma (σ), hanya terlibat dalam proses inisiasi pada transkripsi dan tidak
memiliki fungsi katalitik. Molekul RNA Polimerase yang lengkap, yang disebut
holoenzim, mengandung dua α-polipeptida dan satu polipeptida dari masing-masing
tipe berikut: β, β’, ω, dan σ. Setelah inisiasi dari sintesis pada rantai RNA, faktor
sigma (σ) dilepaskan dan pemanjangan rantai dikatalisis oleh enzim yang disebut core
enzyme (enzim inti) yang memiliki komposisi 2α, β, β’, ω. Fungsi dari sigma adalah
untuk mengenali dan mengikatkan RNA polimerase pada lokasi inisiasi yang tepat,
yaitu promotor pada DNA.

Ratusan promotor telah diurutkan pada E.Coli. Dua rangkaian pendek dalam
promotor ini dikonservasi secukupnya untuk bisa dikenali. Titik tengah (midpoint)
dari dua rangkaian yang telah dikonservasi terjadi pada pasangan nukleotida ke 10
dan 35, sebelum lokasi inisiasi-transkripsi. Sehingga, masing-masing dari mereka
sering disebut Rangkaian-10 dan Rangkaian-35. Rangkaian-10 yang juga disebut
kotak Pribnow (Pribnow Box) memiliki konsensus TATAAT. Rangkaian-35 yang
juga disebut recognition sequence (rangkaian pengenalan) memiliki konsensus
TTGACA.

Pada eukariot, ada tiga RNA Polimerase yang berbeda, yaitu RNA Polimerase
I, II, dan III. RNA polimerase I berlokasi di nukleolus dan mengkatalisis sintesis
rRNA. RNA polimerase II dan III berada di nukleoplasma (diluar nukleolus). RNA
polimerase III mentranskripsi gen-gen untuk RNAs dan tRNAs.

RNA polimerase II mentranskripsikan mayoritas gen-gen struktural dan


bertanggung jawab untuk sintesis pre-mRNA. Perbandingan rangkaian promotor atau
lokasi berikatannya RNA polimerase II pada lebih dari 200 gen-gen eukariot yang
berbeda menunjukkan bahwa rangkaian konsensus terletak pada pasangan nukleotida
ke 25 dan 75, sebelum lokasi dimulainya transkripsi. Rangkaian konsensus untuk
“rangkaian (sekuens) -25” (yang juga disebut “Hogness box” dan “TATA box”)
adalah TATAAAA, sedangkan rangkaian konsensus untuk “rangkaian (sekuens) -75”
(yang juga disebut “CAAT box”) adalah GGCCAATCT.

Mekanisme sintesis RNA analog dengan sintesis DNA, kecuali bahwa (1)
prekursornya adalah ribonukleosida trifosfat, (2) hanya segmen terbatas dari untaian
tunggal yang digandakan, dan (3) RNA komplementer dilepaskan dari cetakannya
setelah disintesis. Perluasan kovalen juga terjadi seperti sintesis DNA, yaitu melalui
penambahan mononukleotida pada ujung 3’ dari rantai, dengan pelepasan pirofosfat.

Bagian akhir dari proses transkripsi terjadi pada terminator sequences


(rangkaian terminator) yang spesifik dalam DNA. Sebagian besar mRNA prokariotik
berakhir dengan rangkaian 5’ UUUUUUA-3’, dan memberi kesan bahwa rangkaian
3’-AAAAAAT-5’ pada sense strand dari DNA merupakan bagian akhir dari
transkripsi rangkaian terminator. Beberapa sinyal transkripsi-terminasi membutuhkan
keberadaan suatu protein yang disebut rho, sementara namun yang lain tidak.

Kedua untaian dari DNA biasanya ikut bereran dalam transkripsi, dengan
beberapa mRNA yang diranskripsikan dari satu untaian dan mRNA lain (dari gen
yang berbeda) yang ditranskripsikan dari untaian lain. Karena dua untaian ganda
DNA memiliki polaritas yang berlawanan, maka proses transkripsi menggunakan
untaian yang berlawanan sebagai cetakannya, dan akan berjalan dengan arah
berlawanan sepanjang molekul DNA.

B. Transkripsi dan Translasi Berpasangan pada Prokariot


Pada prokariot, translasi oleh molekul mRNA seringkali dimulai sebelum
proses transkripsi selesai. Hal ini mungkin karena molekul mRNA melakukan kedua
proses (transkripsi dan translasi) pada 5’ ke ujung 3’, dan karena tidak ada pemisahan
proses transkripsi dari translasi oleh membran nukleus seperti pada eukariot.
Penggabungan ini antara transkripsi dan translasi difasilitasi oleh ekspresi gen yang
sangat cepat dan efisien untuk mengaktifkan dan mematikan yang telah diobservasi
dalam prokariot.
O. L. Miller, B. A. Hamkalo, dan rekannya telah mengembangkan tehnik yang
dapat memvisualisasikan transkripsi dan translasi secara langsung menggunakan
mikroskop elektron yang menggambarkan penggabungan transkripsi dan translasi
dari gen E. coli.
Transkripsi, Pemrosesan dan Pengangkutan RNA, serta Translasi pada Eukariotik
Pada eukariot, transkripsi dan translasi tidak dapat terjadi secara berpasangan,
transkripsi terjadi di dalam nukleus sedangkan translasi terjadi di dalam sitoplasma.
Transkripsi dan translasi pada eukariot lebih komplek jika dibandingkan dengan
prokariotik. mRNA pada eukariotik berasal dari transkripsi gen primer dengan
beberapa proses. Proses tersebut adalah sebagai berikut :
1. Pemotongan precursors RNA (pre-mRNAs) yang berukuran besar ke mRNA
yang berukuran kecil.
Pemotongan ini meliputi pengurangan untaian yang menjadi pemimpin (leader
sequence)dari 5’ ke kodon translasi, dan untaian nonkoding (noncoding sequences=
intervening sequence=intron) yang berlokasi diantara coding sequences.
2. Penambahan 7-methyl guanosine group (mRNA “cap”) pada 5’ akhir dari
molekul.
3. Penambahan kurang lebih 200 nukleotida untaian panjang dari adenylate
nucleotides (“poly-A tails) pada 3’ akhir dari molekul
4. Membentuk protein yang spesifik. Perubahan dari pre-mRNAs menjadi
mRNAs.
Sebagian besar RNA nonribosomal disintesis di nukleus dari sel eukariotik
yang terdiri dari molekul yang sangat besar yang bervariasi dalam ukuran (10S-200S
atau 1000-50.000 panjang nukleotida). RNA ini disebut dengan heterogeneous
nuclear RNA (hnRNA), di mana kebanyakan hnRNA sebetulnya adalah pre-mRNA.
Pemrosesan cepat hnRNA besar atau molekul pre-mRNA di dalam nukleus segera
setelah transkripsi menghasilkan (1) bagian terbesar RNA non-ribosomal yang
disintesis dalam nukleus terdegradasi secara cepat, dan (2) pembentukan molekul
mRNA yang lebih kecil yang akan diangkut ke sitoplasma.
Fakta yang serupa untuk pemrosesan hnRNA atau pre-mRNA dalam
pembentukan molekul mRNA yang matang kini tersedia bagi banyak transkrip gen
eukariotik. Pemrosesan ini melibatkan pemotongan / penghilangan noncoding
intervening sequences atau disebut juga introns yang terletak di antara coding
sequences (disebut exons untuk ekspresi). Sebagai tambahan, mRNA beberapa virus
eukariotik diketahui mengandung leader sequences (rangkaian dari ujung 5’ ke kodon
inisiasi translasi dari mRNA) yang ditranskripsi dari rangkaian DNA yang tidak
berdekatan dengan gen struktural. Beberapa mRNA yang berbeda dapat mengandung
leader sequences yang identik.
Translasi pada eukariotik tampak analog dengan translasi pada prokariot,
kecuali bahwa (1) gugus amino methionyl tRNA (Met = inisisasi tRNA) tidak
terbentuk dan (2) sebagian besar mRNA eukariotik tampak monogenic, artinya hanya
satu jenis polipeptida yang ditranslasikan dari tiap mRNA. Pada prokariot, banyak
mRNA yang poligenik yaitu dua atau lebih polipeptida yang berbeda disintesis dari
segmen mRNA yang tidak saling tumpang tindih.
Penghilangan Urutan Intron dengan cara Penyambungan RNA
Sebagian besar gen eukariot tinggi mengandung noncoding intervening
sequences atau introns yang memisahkan coding sequences atau exons. Gen eukariot
yang lebih rendah juga mengandung noncoding introns. Dalam kasus gen yang “split”
atau “mosaic” (coding sequences dipisahkan oleh noncoding sequences), transkrip
primer mengandung keseluruhan urutan gen dan noncoding sequences “disambung”
keluar selama pemprosesan.
Mekanisme penyambungan harus sangat tepat, artinya harus menggabungkan
urutan exon dengan akurasi pada nukleotida tunggal untuk menjamin bahwa kodon
pada bagian distal exons sampai introns dibaca dalam kerangka pembacaan yang
tepat. Akurasi untuk tingkat ini tampaknya membutuhkan sinyal penyambungan yang
sangat tepat, kemungkinannya adalah urutan nukleotida di dalam intron dan di
persimpangan exon-intron. Meskipun begitu, dalam transkrip primer dari gen nuklear
milik hewan tinggi, satu-satunya urutan intron berbeda yang secara lengkap
diawetkan adalah urutan dinukleotida pada ujung intron.
Cabang-cabamg ekson-intron berbeda dalam kasus gen tRNA dan gen
struktular pada mitokondria dan kloroplas yang menggunakan mekanisasi pemisahan
RNA yang berbeda. Hanya ada satu pembentukan rantai sequences pendek dalam
intron pada gen nuklear, yang disebut “TACTAAC box”. “TACTAAC box”
menampilkan preverensi yang kuat untuk purin atau pirimidin pada tiap lokasi. Residu
adenine pada posisi ke-6 dalam “TACTAAC box” telah sepenuhnya dikonserfasikan
dan diketahui mempunyai peranan penting dalam reaksi pemisahan. Susunan sisa
intron (seringkali sangat besar) dari gen nuklear sangat divergen dan nampak susunan
acak secara keseluruhan. Intron dari gen mitokondria dan kloroplas mengandung
susunan yang dikonversikan yang berbeda dari gen nuklear.
C. Prekursor Penyambungan RNA: Nuklease dan Ligase yang Khas
Reaksi penyambungan prekursor tRNA telah dikerjakan secara detail pada ragi
Saccharomyces cerevisiae. Penghilangan atau pemotongan intron dari prekursor
tRNA ragi terjadi dalam dua tahapan. Pertama, endonuklease (nuclear membrane-
bound splicing endonuclease) membuat dua potongan secara seksamapada bagian
akhir dari intron. Kemudian, ligase (splicing ligase) bergabung untuk memproduksi
bentukan yang matang dari molekul tRNA.
Pembelahan dari prekursor tRNA menghasilkan ujung 5’OH dan 2’-3’
kelompo fosfat siklik pada ujung 3’. Proses ligasi pada tahapan kedua biasanya
melibatan empat reaksi yang terpisah. (1) Reaksi pertama adalah penambahan gugus
fosfat pada ujung 5’-OH, reaksi ini membutuhkan aktivitas kinase dan sebuah donor
fosfat (ATP). (2) Kemudian, gugus 5’fosfat diaktivasi melalui transfer gugus AMP ke
ujung dari AMP perantara ligase (AMP-ligase intermediate) (3) 2’-3’ fosfat siklik
terbuka melalui sebuah aktivitas fosfodiesterase yang menghasilkan sebuah 2’ fosfat
dan sebuah 3’ hidroksil bebas. (4) Reaksi ligasi akhir terjadi melalui serangan
nukleofilik dari 3’-OH bebas pada bagian interior 5’ fosfat dengan melepaskan AMP.
Keempat reaksi ini dikatalisis oleh splicing ligase. Pada akhirnya, kelompok 2’ fosfat
dihilangkan melalui aktivitas fosfatase untuk menghasilkan molekul tRNA.
D. Penyambungan Autokatalitik pada Prekursor rRNA Tetrahymena
Penemuan bahwa intron dalam prekursor rRNA dari Tetrahymena thermophila
dihilangkan tanpa melibatkan protein cukup mengejutkan bagi ahli biologi.
Bagaimanapun, dapat dijelaskan bahwa aktivitas penyambungan yang menghilangkan
intron dari prekursor rRNA ini pada hakekatnya merupakan molekul RNA itu sendiri.
Selain itu, self-splicing (penyambungan sendiri) atau aktivitas autokatalitik
diperlihatkan terjadi pada prekursor rRNA dari beberapa eukariot rendah dan dalam
sejumlah besar prekursor rRNa, tRNA, dan mRNA dalam mitokondria dan kloroplas
pada banyak spesies yang berbeda.
Penghilangan intron pada pekursor rRNA Tetrahymena secara autokatalitik
tidak memerlukan sumbr energi eksternal (tidak membutuhkan ATP, dll) serta tidak
membutuhkan protein. Malah, hal tersebut melibatkan rangkaian transfer ikatan
fosfoester, dengan tidak ada ikatan yang hilang atau ditambah dalam proses tersebut.
Reasi tersebut membutuhkan sebuah nukleosida guanin atau nukleotida dengan
sebuah gugus 3’ – OH bebas (GTP, GDP, GMP, atau Guanosin) sebagai kofaktor
ditambah kation monovalen dan kation divalen. Adanya G-3’-OH merupakan suatu
syarat yang mutlak, tidak ada basa lain yang dapat disubstitusikan dalam kofaktor
nukleosida ataupun nukleotida. Intron dihilangkan melalui transfer dua ikatan
fosfoester, dan intron yang dihilangkan tersebut selanjutnya dapat beredar pada
transfer ikatan fosfoester yang lain.
Penggabungan Pre-mRNA : snRNAs, snRNPs, dan Spliosom
Intron dalam prekursor mRNA inti dihilangkan / dipotong dalam dua tahap.
Bagaimanapun, intron tidak dihilangkan dengan nuklease atau ligase yang sederhana,
atau juga secara autokatalitik. Penggabungan pre-mRNA inti dijalankan oleh struktur
RNA/Protein yang kompleks, yang diseut spliosom. Spliosom mengandung satu set
molekul RNA sederhana yang disebut snRNAs (small nuclear RNAs) dan satu set
protein yang belum digambarkan secara lengkap.
Lima snRNAs yang disebut U1, U2, U3, U4, U5, dan U6 terlibat dalam
penggabungan inti pre-mRNA sebagai komponen dari spliosom. Tahapan pertama
dari penggabngan inti pre-mRNA melibatkan pembelahan pada lokasi penggabungan
intron 5’ dan pembentukan ikatan fosfodiester intramolekul antara karbon 5’ dari G
pada lokasi pembelahan dan karbon 2’ dari sebuah residu yang telah dikonservasi
didekat ujung 3’ intron. Tahapan ini terjadi pada spliosom yang lengkap dan
memerlukan hidrolisis ATP. U2 snRNP berikatan pada rangkaian konsensus yang
mengandung residu Adan membentuk tiik percabangan pada intron yang
digabungkan. U5 snRNP berikatan pada lokasi penggabungan 3’, dan U4 / U6 snRNP
ditambahkan pada kompleks tersebut untuk menghasilkan spliosom yang lengkap.
Ketika lokasi penggabungan intron 5’ membelah pada tahapan 1, U4 snRNA
dilepaskan dari spliosom. Pada tahapan kedua dari reaksi penggabungan, lokasi
penggabungan 3’ dari intron membelah, dan dua ekson bergabung melalui ikatan
fosfodiester 5’ sampai 3’. mRNA gabungan kini telah siap utuk diekspor ke
sitoplasma dan translasi di ribosom.
PERTANYAAN

Nama : Alifa Rizki Nabila Putri


NIM : 140342601363
1. Penghentian transkripsi (terminasi) ada 2 macam, yaitu yang tidak melibatkan protein
rho dan melibatkan protein rho. Jelaskan!
Jawab:
Penghentian transkripsi (terminasi) ada 2 macam, yaitu yang tidak melibatkan protein rho
dan melibatkan protein rho.
A. Rho-independent, yaitu terminasi yang dilakukan tanpa melibatkan protein
khusus, namun ditentukan oleh adanya urutan nukleotida tertentu pada bagian
terminator. Ciri urutan adalah adanya hairpin yang kaya akan basa CG. Akibat
struktur itu, RNA polimerase berhenti dan membuka bagian dari sambungan
DNA-RNA. Sisa hibrid merupakan urutan oligo U (rU) yang tidak cukup stabil
berpasangan dengan A (dA), akibatnya ikatannya lemah dan RNA hasil
transkripsi lepas.
B. Rho-dependent, yaitu terminasi yang memerlukan protein rho. Faktor rho terikat
pada RNA transkrip kemudian mengikuti RNA polimerase sampai ke daerah
faktor. Faktor rho membentuk destabilisasi ikatan DA-RNA hingga RNA
terlepas.
2. Jelaskan fungsi RNA Polimerase!
Jawab :

Fungsi RNA Polimerase dalam transkripsi diantaranya:

a. Mencari tempat inisiasi DNA


b. Membuka DNA heliks ganda untuk menghasilkan cetakan DNA untai tunggal
c. Memilih ribonukleotida yang cocok dan mengkatalisis pembentukan ikatan
fosfodiester
d. Mendeteksi sinyal terminasi yang menspesifikasi tempat berakhirnya transkripsi
e. Berinteraksi dengan protein akivator dan represor yang mengendalikan kecepatan
transkripsi
Nama : Dina Aribah
NIM : 140342604576
1. Bagaimama perbedaan transkripsi dan translasi pada prokariot dan eukariot ?
Jawab : Proses transkripsi dan translasi pada eukariotik lebih kompleks daripada
prokariotik. Pada prokariotik translasi dimulai sebelum transkripsi selesei. Hal ini
dimungkinkan karena pada prokariotik tidak adanya membran inti yang memisahkan
antara proses transkripsi dan translasi.
2. Mengapa pada prokariot transkrip primer biasanya setara dengan mRNA, namun pada
eukariot, transkrip primer masih sebagai pre-mRNA?
Jawab: Karena prokariot tidak memiliki intron dan ekson pada DNAnya. Pada sebagian
besar eukariot, transkrip primer merupakan pre-mRNA untuk mengeksisi intron pada gen.

Anda mungkin juga menyukai