Sindrom Waardenburg tipe 1 disebabkan oleh mutasi pada gen PAX3.

Para peneliti percaya bahwa

mutasi pada gen PAX3 menghancurkan kemampuan protein PAX3 untuk berikatan dengan DNA dan
mengatur aktivitas gen lain. Akibatnya, sel-sel pigmen (melanosit) tidak berkembang di daerah-
daerah tertentu dari kulit, rambut, mata, dan telinga bagian dalam, yang menyebabkan hilangnya
pendengaran dan hilangnya pigmentasi yang tidak sempurna yang merupakan ciri khas sindrom
Waardenburg. Selain itu, mutasi ini mengganggu perkembangan tulang kraniofasial tertentu,
menyebabkan mata luas yang unik untuk sindrom Waardenburg tipe 1