20/03/2018

DISCIPLINA: “BIOQUÍMICA”

Aula 05: Aminoácidos,

peptídeos e proteínas
Dr. Douglas Gatte-Picchi
douglas.picchi@frb.edu.br

Salvador
19/03/2018

CONTEÚDO PROGRAMÁTICO

1. Aminoácidos

2. Peptídeos e proteínas

3. Trabalhando com proteínas

4. A estrutura de proteínas

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1. AMINOÁCIDOS

Proteínas controlam praticamente todos os processos que ocorrem em

uma célula, exibindo uma quase infinita diversidade de funções.

macromoléculas biológicas mais abundantes, ocorrendo em todas

as células e em todas as partes das células.

As proteínas são os instrumentos moleculares pelos

quais a informação genética é expressa.
proteínas de todos
organismos são construídas a
partir do mesmo conjunto de
20 aminoácidos
Alfabeto da linguagem da
MONÔMEROS aminoácidos
estrutura proteica é lida

células produzem proteínas com ligando os mesmos 20

propriedades e atividades aminoácidos em combinações e
completamente diferentes sequências muito diferentes.
1. AMINOÁCIDOS

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1. AMINOÁCIDOS

resíduo de aminoácido unido ao seu vizinho

Proteínas são polímeros de aminoácidos
por um tipo específico de ligação covalente

~300 aminoácidos: mas apenas 20 deles são codificados pelo DNA e constituem proteínas
aminoácidos proteinogênicos

Aminoácidos compartilham características estruturais comuns α-aminoácidos

O carbono α é quiral (= assimétrico)

centro estereogênico

arranjo tetraédrico dos orbitais de

ligação em volta do átomo de carbono-
α, os quatro grupos diferentes podem
ocupar dois arranjos espaciais únicos

estereoisômeros

1. AMINOÁCIDOS

configuração absoluta

Sistema D, L
enantiômeros

Os resíduos de
aminoácidos em
proteínas são
estereoisômeros L

são imagens especulares não sobreponíveis uma da outra

Todas as moléculas com um centro quiral também são
opticamente ativas – isto é, elas giram o plano da luz polarizada

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1. AMINOÁCIDOS

Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R

aminoácidos agrupados em cinco classes principais com

base nas propriedades dos seus grupos R
polaridade ou tendência para
interagir com a água em pH biológico

tendem a se agrupar no interior de proteínas, Todos podem participar em interações hidrofóbicas. O

estabilizando a estrutura proteica por meio de grupo Tyr-OH pode formar ligações de hidrogênio e é
interações hidrofóbicas um importante grupo funcional em algumas enzimas.

1. AMINOÁCIDOS

Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R

Absorção de luz por moléculas: a Lei de Lambert-Beer

Quanto maior a [ ],
maior será a absorbância.

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1. AMINOÁCIDOS

Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R

A cisteína é prontamente oxidada

para formar um aminoácido dimérico
ligado de modo covalente chamado
cistina, no qual duas moléculas ou
resíduos de cisteína são ligadas por uma
ligação dissulfeto

são mais solúveis em água

Fundamental para estabilização das estrutura proteica

1. AMINOÁCIDOS

Aminoácidos podem ser classificados pelo grupo R

carga positiva significativa em pH 7,0

Lisina: 2º grupo amino primário na posição ε

Arginina: grupo guanidínio
Histidina: grupo imidazol aromático

carga negativa final em pH 7,0

aspartato e o glutamato: segundo grupo carboxila

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1. AMINOÁCIDOS

• Quanto à produção de aminoácidos no organismo, são

classificados em:

 Não essenciais ou naturais: são os aminoácidos produzidos

pelo organismo.

 Essenciais: são os aminoácidos que não são produzidos

pelo organismo. Eles são obtidos unicamente pela dieta
(alimentação).

Obs.: Precisamos de todos os aminoácidos para os processos de

produção de proteínas.

1. AMINOÁCIDOS

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1. AMINOÁCIDOS

Aminoácidos incomuns também têm funções importantes

as proteínas podem conter resíduos criados por modificações
de resíduos comuns já incorporados em um polipeptídeo
colágeno, proteína fibrosa
5-hidroxilisina, derivada da lisina
de tecidos conectivos

6-N-metil-lisina é um constituinte da miosina (proteína contrátil do músculo)

desmosina, derivada de 4
resíduos Lys, encontrada na
proteína fibrosa elastina

1. AMINOÁCIDOS

Aminoácidos incomuns também têm funções importantes

Alguns resíduos de aminoácidos em uma proteína podem ser modificados
transitoriamente para alterar as funções da proteína
aumentar ou diminuir a
> grupos fosforil, metil, acetil, adenilil, ADP-ribosil
atividade de uma proteína

ornitina e a citrulina: intermediários-chave

na biossíntese de arginina e no ciclo da ureia

fosforilação é uma modificação reguladora particularmente comum

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1. AMINOÁCIDOS

Grupo NH2 tem caráter básico

em pH baixo se protona (“liga” ao H+ da solução)

Grupo COOH tem caráter ácido

em pH alto libera seu próton H+

“Zwitterion”
(anfotérico)

FORMA ISOELÉTRICA

1. AMINOÁCIDOS

Em solução ácida o aminoácido se comporta como uma base

Em solção básica o aminoácido se comporta como um ácido

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1. AMINOÁCIDOS

O estado de ionização de um aminoácido dependo do pH

1. AMINOÁCIDOS

Aminoácidos têm curvas de titulação características

titulação ácido-base envolve a adição ou remoção gradual de prótons
[ ] iguais
CURVA DE TITULAÇÃO DE UMA FORMA doador/aceptor

DIPRÓTICA DE GLICINA

[ ] iguais
doador/aceptor íon bipolar
desprotonação de dois zwitteríon

grupos diferentes na glicina

pH muito baixo, completamente protonada:
+H N - CH - COOH
3 2

pH muito alto, completamente desprotonada:

H2N - CH2 – COO-

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1. AMINOÁCIDOS

Aminoácidos diferem em suas propriedades acidobásicas

aminoácidos com um grupo R ionizável têm curvas de titulação mais complexas,
com três estágios correspondendo às três etapas possíveis de ionização

2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS

Peptídeos são cadeias de aminoácidos

Duas moléculas de aminoácidos podem ser ligadas de modo covalente por meio de uma
ligação amida substituída (ligação peptídica) a fim de produzir um dipeptídeo.

Aminoácido 1 Aminoácido 2

Peptídeos < 5 aa
Oligopeptídeo ?
Polipeptídeos < 1000 aa
Proteínas >1000 aa
Ligação Péptica

reação de condensação

Água
Dipeptídeo

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2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS

pentapetídeo seril-glicil-tirosil-alanil-leucina
Ser–Gly–Tyr–Ala–Leu
SGYAL

Alanil-glutamil-glicil-lisina.
Este tetrapeptídeo tem um grupo a-amino livre, um
grupo a-carboxila livre e dois grupos R ionizáveis.

2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS

Peptídeos e polipeptídeos biologicamente ativos ocorrem em uma

ampla variação de tamanhos e composições

> Imitam a sacarose quando

interagem com receptores gustativos

> Não são metabolizados e

contribuem pouco para metabolismo

> Aprovado para uso em 1981

Metanol?!?

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2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS

Fígado é equipado para lidar com

methanol em quantidades modestas
1º oxida metanol a formaldeído e então a ácido
fórmico que pode ser excretado pelos rins.

2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS

Peptídeos e polipeptídeos biologicamente ativos ocorrem em uma

ampla variação de tamanhos e composições

vários hormônios de vertebrados

ocitocina (nove resíduos de

aminoácidos), secretada pela
glândula neuro-hipófise, que
estimula as contrações uterinas

fator de liberação de tireotropina (três

resíduos), formado no hipotálamo e que
estimula a liberação de outro hormônio,
tireotropina, da glândula adeno-hipófise

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2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS

Amanitina
veneno
Amanita phalloides

Valinomicina
antimicrobiano Streptomyces sp.

2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS

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2. PEPTÍDEOS E PROTEÍNAS

Algumas proteínas contêm outros grupos químicos

algumas proteínas contêm componentes químicos permanentemente
associados além dos aminoácidos → proteínas conjugadas

parte não aminoácido de uma proteína conjugada é o grupo prostético.

3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

Para estudar em detalhe uma proteína, o pesquisador deve ser capaz

de separá-la de outras proteínas na forma pura e deve dominar as
técnicas para determinar suas propriedades.

Proteínas podem ser separadas e purificadas

células contêm milhares de preparação pura é essencial para a
diferentes tipos de proteínas determinação das propriedades e
atividades de uma proteína

Métodos clássicos para separação de proteínas tamanho, a carga e as

Propriedades que variam de uma proteína para outra propriedades de ligação
clonagem do DNA
sequenciamento do genoma

primeira etapa é romper as células: separar as proteínas em diferentes

liberando suas proteínas em uma solução frações com base em uma propriedade
extrato bruto fracionamento

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3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

Etapas iniciais de
fracionamento em Solubilidade
uma purificação (função complexa do pH, temperatura, concentração de sais)

solubilidade de proteínas é reduzida

em presença de alguns sais salting out
precipitar seletivamente
algumas proteínas

(NH4)2SO4

3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

diálise é um procedimento que separa proteínas de solutos pequenos se

aproveitando do tamanho maior das proteínas.

extrato parcialmente purificado

membrana semipermeável

retém as proteínas
grandes no interior da
bolsa membranosa

remover o sulfato de amônio

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3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

Os métodos mais eficientes para

fracionar proteínas utilizam a
cromatografia em
coluna
diferenças na carga,
tamanho, afinidade de
ligação e outras propriedades

(1) material sólido poroso (fase estacionária)

(2) solução tamponada (fase móvel) migra

através da fase estacionária.

Extrato de proteína: colocada no topo da coluna

3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

Coletar frações Coletar frações

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3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

A cromatografia de troca iônica

explora as diferenças no sinal e
magnitude da carga elétrica final de
proteínas em um determinado pH

pH (que determina o
estado de ionização
da molécula)

separação por
mudanças graduais
no pH da fase móvel de
modo a criar
um gradiente de pH

3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

A cromatografia de exclusão por

tamanho, também chamada de
filtração em gel, separa as proteínas
de acordo com o tamanho

proteínas grandes
emergem da coluna
mais cedo do que as
proteínas menores
estimativa do tamanho
de uma proteína

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3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

A cromatografia de afinidade se baseia na afinidade de ligação

qualquer proteína com

afinidade para esse ligante
se liga aos grânulos, e sua
migração através da
matriz é retardada

Proteína ligada é
eluída por uma
solução contendo
uma alta [SAL]

sal enfraquece a ligação

da proteína ao ligante
imobilizado

3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

Métodos cromatográficos são aperfeiçoados com a utilização de HPLC, ou

cromatografia líquida de alto desempenho.
bombas de alta pressão que aceleram o movimento
das moléculas de proteína coluna abaixo

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3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

agarose
Eletroforese em gel DNA PENEIRAS MOLECULARES

método para a separação de acrilamida Separam de acordo com o

macromoléculas de diferentes tamanho ou a conformação.
Proteínas
tamanhos e cargas. retardam mais a passagem
das moléculas grandes que
das moléculas pequenas

BROMETO DE ETÍDIO: intercalante

3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

agarose
Eletroforese em gel DNA PENEIRAS MOLECULARES

método para a separação de acrilamida Separam de acordo com o

macromoléculas de diferentes tamanho ou a conformação.
Proteínas
tamanhos e cargas.

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3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

agarose
Eletroforese em gel DNA PENEIRAS MOLECULARES

método para a separação de acrilamida Separam de acordo com o

macromoléculas de diferentes tamanho ou a conformação.
Proteínas
tamanhos e cargas.
VISUALIZAÇÃO DE GÉIS: FOTODOCUMENTARES

3. TRABALHANDO COM PROTEÍNAS

Métodos cromatográficos são frequentemente impraticáveis nas fases iniciais

medida que cada etapa de purificação se completa,

o tamanho da amostra geralmente se torna menor

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4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS

A estrutura de grandes moléculas, tais como proteínas, pode ser descrita

em vários níveis de complexidade

A conformação de uma proteína é

estabilizada por interações fracas

4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS

A função de uma proteína depende

de sua sequência de aminoácidos

(1) Proteínas com funções diferentes sempre possuem

sequências de aminoácidos diferentes

(2) Milhares de doenças genéticas humanas foram

rastreadas para a produção de proteínas defeituosas.

(3) Proteínas funcionalmente semelhantes de diferentes

espécies têm sequências de aminoácidos semelhantes

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4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS

Estrutura Primária
É a sequência dos aminoácidos na cadeia peptidica, e é escrita na direção
amino terminal carboxila terminal

4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS

Estrutura Secundária
Qualquer segmento de uma cadeia polipeptídica e descreve
o arranjo espacial de seus átomos na cadeia principal Alfa-hélices

arranjo espacial dos

resíduos de aminoácidos
adjacentes em um
segmento polipeptídico

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4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS

Estrutura Secundária
Qualquer segmento de uma cadeia polipeptídica e descreve
o arranjo espacial de seus átomos na cadeia principal
Beta-conformação
organizam as cadeias
polipeptídicas em forma de folha

arranjo espacial dos

resíduos de aminoácidos
adjacentes em um
segmento polipeptídico

4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS

Estrutura terciária
Inclui aspectos de alcance mais longo da sequência de aminoácidos, que mesmo
distantes na sequência polipeptídica e em diferentes tipos de estruturas secundárias
podem interagir na estrutura da proteína completamente dobrada.

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4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS

Estrutura quartenária
Algumas proteínas contêm duas ou mais cadeias polipeptídicas distintas, ou
subunidades, que podem ser idênticas ou diferentes. O arranjo destas subunidades
proteicas em complexos tridimensionais constitui a estrutura quaternária

4. A ESTRUTURA DE PROTEÍNAS

Desnaturação
A forma espacial das proteínas pode ser afetada pela temperatura, pH, polaridade,
salinidade, solventes, radiações etc. As proteínas perdem parcialmente o arranjo
espacial.

A perda de estrutura da proteína

resulta na perda de função

A proteína desnaturada apresenta as seguintes alterações:

Físicas: aumento da viscosidade; não podem ser cristalizadas ou auto-organizadas.

Químicas: maior reatividade: devido a exposição de grupos químicos que estavam

encobertos por estruturas; diminuição da solubilidade, consequente precipitação.

Biológicas: perda de suas propriedades enzimáticas, antigênicas e hormonais;

facilmente digeridas por enzimas hidrolíticas.

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REVISÃO

Elencar os assuntos
abordados na aula
(alunos)

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