Anda di halaman 1dari 18

TUGAS BIOLOGI MOLEKULER

DNA Repairing

Disusun oleh :
Alicya Dewi (150801568)
Noviea Veronika (150801570)
Trisiana Tri Soebagio (150801573)
Cindy Yong Kurnia Putri (150801578)
Fransisca Maria Khilda A K (150801580)
Prasetyo Ferry K (150801586)
Sherly (150801596)

FAKULTAS TEKNOBIOLOGI
UNIVERSITAS ATMA JAYA YOGYAKARTA
2016
I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

DNA repair merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami mutasi.
Mekanisme perbaikan yang terdapat ditingkat selular secara garis besar disesuaikan
dengan jenis kerusakan yang tentu saja terkait erat dengan jenis faktor penyebabnya. Sel-
sel menggunakan mekanisme-mekanisme perbaikan DNA untuk memperbaiki
kesalahan-kesalahan pada sekuens basa molekul DNA. Kesalahan dapat terjadi saat
aktivitas selular normal, ataupun dinduksi. DNA merupakan sasaran untuk berbagai
kerusakan: baik eksternal agent maupun secara spontan. Mutasi dibedakan menjadi 2
jenis yaitu mutasi alami dan buatan. Mutasi alami disebabkan oleh kesalahan dalam
replikasi DNA sedangkan mutasi buatan disebabkan oleh zat-zat dari luar tubuh seperti
mutagen.

B. Rumusan Masalah
1. Mengetahui proses mekanisme reparasi DNA

C. Tujuan
1. Untuk mengetahui proses mekanisme reparasi DNA
II. TINJAUAN PUSTAKA

A. DNA Repairing
DNA repair merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami
kerusakan / kesalahan yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak normal,
radiasi dengan sinar UV, radiasi ion, radiasi dengan bahan kimia, atau karena adanya
kesalahan dalam replikasi DNA. Mekanisme perbaikan yang terdapat ditingkat selular
secara garis besar disesuaikan dengan jenis kerusakan yang tentu saja terkait erat dengan
jenis factor penyebabnya. Sel-sel menggunakan mekanisme-mekanisme perbaikan DNA
untuk memperbaiki kesalahan-kesalahan pada sekuens basa molekul DNA. Kesalahan
dapat terjadi saat aktivitas selular normal, ataupun dinduksi. DNA merupakan sasaran
untuk berbagai kerusakan: baik eksternal agent maupun secara spontan.

B. Mutagen
Mutagen adalah agen yang dapat membawa perubahan dalam urutan nukleotida
dalam DNA dari suatu organisme. Mutagen menyebabkan perubahan kerusakan di DNA
yang dapat menyebabkan kanker, dan dikenal sebagai karsinogen.
1.Mutagen fisika
Radiasi Ultraviolet di atas 260 nm menginduksi lesi molekul tertentu dalam DNA
yang dikenal sebagai dimer pirimidin. Didalamnya, timin dan sitosin basa yang
berdekatan membentuk ikatan kovalen antara satu sama lain. Dimer pirimidin
cyclobutane dan 6,4 photoproduk adalah produk yang umum terbentuk.
Radiasi Pengion seperti sinar-X dan sinar gamma biasanya menyebabkan
kerusakan pada untai DNA. Paparan radiasi tersebut mungkin memiliki efek
deterministik, di mana sebagian besar sel-sel baik rusak berat atau dibunuh. Kadang-
kadang, ini mungkin memiliki efek stokastik, yang mengarah ke kanker dan mungkin
perubahan dalam DNA gamet. Setelah paparan radiasi pengion, mungkin diperlukan
waktu beberapa tahun untuk menadi kanker. Kadang-kadang, peluruhan radioaktif
dapat berubah isotop karbon C-14 menjadi nitrogen.
2.Mutagen kimiawi
Agen kimia tertentu bereaksi dengan DNA dengan sejumlah cara untuk
menimbulkan perubahan dalam urutan DNA. Jenis oksigen reaktif seperti
superoksida, hidrogen peroksida, dan radikal hidroksil. Bahan kimia ini memberikan
banyak pembentukan adduct dasar, lintas hubungan, dan torehan dalam DNA.
Deaminasi bahan kimia seperti bisulfit dan nitrous menghidrolisis sitosin untuk urasil
dan melepaskan amonia dalam prosesnya. Analog basa adalah bahan kimia yang
secara struktural mirip dengan basa nukleotida dan kadang-kadang diganti di tempat
basa nukleotida, 2-aminopurin dan bromouracil adalah contoh umum dari agen kimia
ini. Agen alkylating tertentu seperti N-metil-N’-nitro-N-nitrosoguanidin (MNNG),
Etilmetana sulfonat (EMS), dan Etiletana sulfonat (EES) mentransfer metil atau gugus
etil ke pangkalan atau gugus fosfat, yang menyebabkan pemasangan tidak cocok,
hubungan lintas DNA, dan torehan dalam DNA. Agen interkalasi seperti acridine
orange, proflavina, dan ethidium bromida dapat disisipkan di antara basa nitrogen
dalam DNA dan menyebabkan mutasi frameshift dalam DNA.
3.Mutagen biologis
Virus biasanya menginfeksi sel inang dan menyuntikkan materi genetiknya ke
dalam genom inang, ini kadang-kadang menyebabkan perubahan dalam sel inang dan
dapat mengubah mereka menjadi sel-sel kanker. Contoh virus tersebut adalah virus
Human papilloma, Kaposi sarcoma terkait virus herpes, virus hepatitis C, dll
Infeksi bakteri seperti Helicobacter pylori telah dikaitkan dengan membawa
tentang perubahan dalam genom host dan peningkatan prevalensi kanker lambung.
Selanjutnya, diduga bahwa turunan metabolisme dari bakteri sitotoksin dapat
langsung merusak DNA.
Transposon adalah urutan DNA yang dapat menghapus atau memasukkan dirinya
dalam genom. Mereka juga dikenal sebagai gen pelompat. Transposon berpindah dari
satu bagian ke bagian lain dari DNA, mereka cenderung untuk membuat beberapa
perubahan dalam genom sehingga menimbulkan mutasi dan perubahan genom.

C. Mutasi
Berdasarkan penyebabnya, dapat dibedakan menjadi :
1.Mutasi Spontan
Mutasi spontan terjadi tanpa diketahui sebabnya secara pasti. Mutasi ini terjadi
karena mekanisme tertentu didalam sel yang tidak sempurna. Menurut Hendaryono
(2000), mutasi Spontan terjadi karena adanya peristiwa depurinasi dan deaminasi.
Depurinasi terjadi karena adanya pemotongan ikatan kimia antara basa purin dengan
gula deoksiribosa yang menyusun heliks DNA. Menurut Malacinski (2003),
depurinasi menyebabkan hilangnya basa purin sekitar 5000 basa/sel/hari.Jika dalam
depurinasi saat kehilangan purin tidak diperbaiki maka saat replikasi tidak terbentuk
pasangan basa komplementer yang lazim (Panno, 2005).
Menurut Panno (2005), deaminasi sitosin akan akan menghasilkan urasil yang
berpasangan dengan adenin, sehingga pasangan GS menjadi AU. Pada deaminasi,
urasil (sebagian hasil deaminasi) bukan merupakan basa yang lazim pada DNA. Oleh
karena itu sebagian besar urasil tersebut akan disingkirkan kembali dan diganti
dengan sitosin melalui suatu perbaikan. Proses perbaikan itu meminimalkan dampak
mutasi. Tapi jika tidak diperbaiki ,maka hal itu akan menyebabkan pengadaan adenin
pada untai DNA baru hasil replikasi berikutnya. Menurut Malacinski (2003),
deaminasi terjadi dalam sel sebanyak 100 basa/sel/hari.
Bila cacat spontan terjadi terus meneurs, maka DNA menjadi rusak. Akibatnya
replikasi dan translasi tidak terjadi dan gen fungsional tidak dapat terekspresi.

Gambar 2. Deaminasi Sitosin (a); Deaminasi 5-Methylcytosine (Hartl and Jones, 2009).
Gambar 3. Depurinasi guanin dan deaminasi sitosin menjadi urasil (Karp, 2007).
2.Mutasi Buatan
Mutasi buatan disebut juga mutasi induksi yaitu mutasi yang terjadi karena
campur tangan manusia. Mutasi buatan adalah mutasi yang disebabkan oleh zat yang
tidak berasal dari tubuh seperti mutagen.
Berdasarkan jenisnya, dapat dibedakan menjadi :
a. Perubahan basa tunggal
a. Subtitusi dasar
Subtitusi basa tunggal disebut point mutation. Point mutation merupakan jenis
yang paling umum dari mutasi dan terdapat dua jenis yaitu:
1.Transisi
Merupakan penggantian purin yang satu menjadi purin yang lain atau pirimidin
yang satu menjadi pirimidin yang lain dan umumnya terjadi selama replikasi
DNA karena tautomerisma. Pada peristiwa ini terjadi pergeseran elektron yang
menyebabkan bentuk molekul menjadi sedikit berubah. Pergeseran tautomer
pada basa DNA mengubah sifat pasangan basa sehingga A dapat berpasangan
dengan C dan T dengan G.
2.Transversi
Merupakan penggantian basa purin menjadi pirimidin atau penggantian basa
pirimidin menjadi purin.
b. Frameshift Mutasi
Frameshift mutasi adalah mutasi menyebabkan pergeseran pembacaan pesan
kode genetik. Tipe mutasinya yaitu insersi dan delesi. Delesi merupakan peristiwa
penghapusan atau pengurangan satu basa nitrogen pada gen. Insersi adalah
peristiwa penambahan satu basa nitrogen pada gen (Firmansyah dkk., 2007).
Peristiwa ini memiliki pengaruh yang lebih besar dibandingkan mutasi oleh
penggantian basa nitrogen. Jika suatu gen memiliki 300 buah urutan basa nitrogen
maka akan terbentuk polipeptida yang mengandung 100 urutan asam amino. Jika
satu basa nitrogen disisipkan atau dihilangkan di tengah-tengah urutan basa maka
semua urutan basa akan berubah, demikian juga dengan urutan asam aminonya
(Firmansyah dkk., 2007).
Terjadi pengurangan 1 basa nitrogen (delesi) yang menyebabkan perubahan
urutan asam amino (jadi yang dari awalnya harusnya di baca histidin lalu ada
pengurangan basa, diambil basa G dan berubah dari yang awalnya AAG menjadi
AAA pada dna dan yang mRNA dari UUC jd UUU sehingga pembacaannya
berubah pula dari histidin menjadi treonin).
c. Mutasi Titik (Point)
Mutasi titik adalah jenis yang paling umum dari mutasi gen. Juga disebut
substitusi pasangan basa, jenis mutasi perubahan pasangan basa nukleotida
tunggal. Mutasi titik dapat dikategorikan menjadi tiga jenis yaitu:
1.Mutasi Diam (Silent)
Mutasi diam (silent mutation), yaitu perubahan suatu pasangan basa dalam
gen (pada posisi 3 kodon) yang menimbulkan perubahan satu kode genetik
tetapi tidak mengakibatkan perubahan atau pergantian asam amino yang
dikode. Mutasi diam biasanya disebabkan karena terjadinya mutasi transisi dan
transversi.
2.Mutasi Tanpa Arti (Nonsense Mutation)
Mutasi tanpa arti (Nonsense Mutation), yaitu perubahan kodon asam
amino tertentu menjadi kodon stop. Hampir semua mutasi tanpa arti mengarah
pada inaktifnya suatu protein sehingga menghasilkan fenotip mutan. Mutasi ini
dapat terjadi baik oleh tranversi, transisi, delesi, maupun insersi.

3.Mutasi Salah Arti (Missens Mutation)


Mutasi salah arti (Missens Mutation), yaitu perubahan suatu kode genetic
(umumnya pada posisi 1 dan 2 pada kodon) sehingga menyebabkan asam
amino terkait (pada polipeptida) berubah.
III. PEMBAHASAN

Ada beberapa mekanisme reparasi DNA yaitu fotoreaktivasi, eksisi, perbaikan post
replikasi, dan perbaikan SOS, berikut penjelasannya.

A. Fotoreaktivasi
Fotoreaktivasi merupakan proses yang membutuhkan cahaya. Proses perbaikan
dibantu oleh cahaya yang kelihatan dalam rentang 320-370 nm (cahaya biru) , dimer
timin (atau dimer pirimidin lain) langsung berbalik pulih menjadi bentukan semula.
Fotoreaktivasi dikatalisasi oleh enzim fotoliase yang diduga berfungsi sebagai
‘pembersih’ sepanjang unting ganda mencari bonggol yang terbentuk akibat dimer timin
(atau pirimidin lain). Enzim fosfoliase akan menyingkirkan dimer jika diaktivasi oleh
suatu foton.

Gambar 1. Gambar dimer timin


Gambar 2. Mekanisme perbaikan fotoreaktivasi

B. Eksisi atau Perbaikan Gelap


Eksisi atau perbaikan dengan cara memotong kerusakan yang disebabkan oleh
deaminasi, depurinasi dan dimerisasi. Misalnya dilakukan untuk memperbaiki keadaan
adanya dimer pirimidin dalam suatu rantai melalui proses enzimatik multistep, dengan
cara menarik untai tunggal DNA yang rusak dari untai ganda. Proses resintesis
dilakuakan dengan menggunakan untai yang sehat sebagai cetakan. Pada proses eksisi
pada molekul tersebut digunakan enzim endonuklease yang mengenal distorsi. Enzim
tersebut memotong satu sampai dua tempat pada ikatan fosodiester dari kedua sisi yang
rusak. Gugus 3’-OH dihasilkan dari pemotongan 5’ dan DNA polimerase
menggunakannya sebagai primer dan mensintesis DNA baru dengan membuang
potongan yang rusak. Langkah terakhir dari proses perbaikan ini adalah menyambung
ujung 3’-OH dengan 5’-P yang menggunakan DNA ligase sebagai enzim pemateri DNA.
Gambar 3. Proses perbaikan eksisi.
Eksisi pada E.coli, molekul DNA yang mengalami deaminasi spontan tidak dapat
diperbaiki dengan jalan eksisi langsung, dan harus melalui proses yang panjang. Sistem
perbaikan melalui pemotongan pada E. Coli tidak hanya memperbaiki dimer pirimidin,
tetapi juga berbagai distorsi lain dari helix DNA. Distorsi helix ditemukan oleh enzim
endonuklease avr ABC. Enzim tersebut merupakan gabungan enzim-enzim yang masing-
masing dikode oleh gen avr A, B, dan C. enzim tersebut memotong unting DNA yang
rusak pada posisi 8 nukleotida ke arah ujung 5’ dari titik kerusakan dan nukleotida kea
rah ujung 3’ dari titik posisi dimer tadi. Dengan demikian terlihat bahwa penggalan DNA
yang dipotong adalah seukuran 12 nukleotida dan di dalam penggalan yang terpotong
tersebut memang terdapat kerusakan. Selanjutnya pada celah sepanjang 12 nukleotida
berlangsung polimerisasi DNA yang dikatalis oleh enzim polymerase I DNA, penggalan
yang baru terbentuk itu selanjutnya disambung ke penggalan lama dengan bantuan enzim
ligase DNA. Terkadang saat berlangsungnya polimerisasi DNA dalam rangka perbaikan
itu terjadi pula kesalahan dan kesalahan tersebut merupakan sumber lain dari mutasi
yang terjadi karena radiasi UV, sebagian besar sebab dari kesalhan tersebut adalah
perpasangan yang tidak benar antara nukleotida baru dengan nukleotida yang terdapat
pada untai cetakan (template).
Perbaikan Dengan Bantuan Glikosilase
Basa yang rusak (cacat) dapat juga disingkirkan dari molekul DNA dengan bantuan
enzim glikosilase. Enzim tersebut mendeteksi basa yang tidak lazim dan selanjutnya
megkatalisasi penyingkiran dari gula deoksiribosa. Aktivitas katalik enzim tersebut (yang
menyingkirkan suatu basa cacat) menimbulkan suatu lubang pada DNa. Lubang ini
disebut sengan tapak AP atau Ap site. Tpak AP merupakan tapak apurinik (tidak ada
purinberupa guanine dan adenine) atau tapak pirimidin (tidak ada pirimidin yang berupa
triosin dan timin). “Lubang” tadi juga terbentuk akibatnya lepasnya basa secara spontan
alami. “Lubang” ini kemudian ditemukan oleh suatu enzim khusus yang disebut
endonuklease AP. Enzim tersebut selanjutnya memotong ikatan fosfodiester disamping
basa yang lepas tadi. Pemotongan tersebut memungkinkan bekerjanya enzim polymerase
I DNA. Selanjutnya enzim polymerase I DNA menyingkirkan beberapa nukleotida di
depan basa yang lepas itu dengan menggunakan aktivitas eksonuklease dalam arah 5’-3’
dan sebaliknya melakukan polimerisasi mengisi celah yang terbentuk dengan
menggunakan aktivitas polimerisasinya. Pada akhirnya enzim ligase DNA menyambung
penggalan nukleotida baru itu kea rah ujung 3’ dengan penggalan nukleotida yang lama.
Gambar 4. Mekanisme eksisi pada E.coli.

C. Perbaikan Post Replikasi


Kadang-kadang kerusakan DNA agak sulit diperbaiki dengan jalan eksisi biasa,
misalnya pada DNA dengan dimer timin yang lebih dari 1 buah dan teradapat pada untai
yang berlainan dari DNA heliks ganda. Replikasi DNA berlangsung sesudah terjadi
pembentukan dimer timin akibat iradiasi sinar ultraviolet. Proses replikasi berlangsung
dan berhenti pada dimer timin untuk beberapa saat, karena adanya distorsi kemudian
dilanjutkan dengan arah yang berlawanan dan sister kromosom akan mengadakan
rekombinasi menjadi DNA yang utuh. Proses ini juga memerlukan Nuklease, DNA
polimerase dan DNA ligase.
Perbaikan kerusakan DNA pada manusia biasanya dilakukan kultur sel. Terdapat
manusia yang peka terhadap sinar ultraviolet maupun ionisasi radiasi, akibat sensitivitas
yang secara genetis menurun terhadap agen mutagenik. Penyakit tersebut dikenal dengan
nama xeoderma pigmentosum. Kulit penderita menunjukkan sensitivitas terhadap sinar
matahari yang sering menimbulkan tumor pada sel epidermis pada daerah yang tidak
tertutup.
DNA yang mengandung dimer pirimidin mengalami replikasi. DNA yang
mengalami dimer terdiri dari untai indukan yang rusak dan untai gap daughter akan
direkombinasi dengan duplex DNA yang normal. DNA yang normal bagian untai induk
dipotong dan dipindahkan ke gap daughter. Terjadi proses ligasi maka menghasilkan
DNA yang normal.

D. Perbaikan SOS
Mekanisme perbaikan DNA dengan sistem SOS dapat dilihat sebagai jalan pintas
yang memungkinkan replikasi tetap berlangsung meskipun harus melintasi dimer.
Hasilnya berupa untai DNA yang utuh tetapi sering kali sangat defektif. Oleh karena itu,
mekanisme SOS dapat dikatakan sebagai sistem perbaikan yang rentan terhadap
kesalahan.
Ketika sistem SOS aktif, sistem penyuntingan oleh DNA polimerase III justru
menjadi tidak aktif. Hal ini dimaksudkan agar polimerisasi tetap dapat berjalan melintasi
dimer. Untai DNA yang baru akan mempunyai dua basa adenin berurutan pada posisi
dimer (dalam kasus timin dimer). Dengan sendirinya, kedua adenin ini tidak dapat
berpasangan dengan timin karena kedua timin berada dalam bentuk dimer. Sistem
penyuntingan tidak dapat memperbaiki kesalahan ini karena tidak aktif, sedangkan
sistem perbaikan salah pasangan sebenarnya dapat memperbaikinya. Namun, karena
jumlah dimer di dalam setiap sel yang mengalami iradiasi UV biasanya begitu banyak,
maka sistem perbaikan salah pasangan tidak dapat memperbaiki semua kesalahan yang
ada. Akibatnya, mutasi tetap terjadi. Pengaruh mutagenik iradiasi UV memang hampir
selalu merupakan akibat perbaikan yang rentan terhadap kesalahan.
Tanggapan SOS, seperti perbaikan rekombinasi, tergantung pada RecA. Ketika
ada kerusakan DNA yang luas yang menyebabkan sintesis DNA untuk berhenti, ia
meninggalkan banyak celah dalam DNA (ex. Akan paparan UV luas atau dimer timin
yang luas (pembentukan T-T)). RecA protein mengikat kesenjangan ini. Hasil RecA
mengikat dalam perbaikan rekombinasi diinisiasi. Bersamaan dengan ini, RecA
mengambil fungsi coprotease - ini mengarah pada penghancuran protein represor LexA
yang merupakan represor transkripsi (ini disebut otoproteolisis). Penghancuran LexA
meningkatkan transkripsi gen untuk perbaikan eksisi dan perbaikan rekombinasi. (Gen
perbaikan uvrA, UvrB, uvrC ditranskripsi dan uvrABC endonuklease (perbaikan eksisi)
diaktifkan)
IV. PENUTUP

A. Kesimpulan

1.Mekanisme reparasi DNA yaitu fotoreaktivasi, eksisi, perbaikan post replikasi, dan
perbaikan SOS. Fotoreaktivasi adalah perbaikan dengan cahaya. Eksisi adalah
pemotongan kerusakan yang disebabkan oleh deaminasi, depurinasi dan dimerisasi.
Perbaikan post replikasi adalah reparasi untuk kerusakan yang lebih parah dari
fotoreaktivasi dan eksisi. Perbaikan SOS adalah jalan pintas reparasi DNA yang
memungkinkan replikasi tetap berlangsung meskipun harus melintasi dimer.
DAFTAR PUSTAKA

Campbell, N. A., Reece, J. B., dan Nitchel, L. G. 2004. Biologi Edisi Kelima Jilid 3.
Erlangga, Jakarta.

Hartl, D. L, and Jones, E. W. 2009. Genetics: Analysis of Genes and Genomes. Jones and
Bartlett Publisher, Canada.

Hendaryono, D. P. S. 2000. Pembibitan Anggrek dalam Botol. Penerbit Kanisius,


Yogyakarta.

Karp, J. E. 2007. Acute Mylogenous Leukemia. Humana Press, New Jersey.

Malacinski, G. M. 2003. Essentials of Molecular Biology. Jones and Bartlett Publishers,


Canada.

Murray, R.K. et al 2003. Biokimia Harper Edisi 25. Kedokteran EGC, Jakarta.

Panno, J. 2005. The Cell: Evolution of the First Organism. Fact On File, Inc, New York.

Robbins dan Cotran. 2006. Dasar Patologis Penyakit. EGC, Jakarta.

Sofro, A. S. M. 1994. Keanekaragaman Genetik. Andi Offset, Yogyakarta.