EVOLUSI MOLEKULER

Makalah

Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Evolusi

Yang Dibimbing Oleh Bapak Dr. Abdul Gofur, M.Si

Oleh :

Kelompok 9 / Offering I

Fahrunnisa (15034260

Ghalia Nowafi (150342607224)

Faris

Dinda

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
September 2018
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Keturunan akan memiliki perbedaan dari neneng moyang, hal ini dikarenakan
adanya evolusi. Evolusi merupakan proses gradual, suatu organisme yang memungkinkan
spesies sederhana menjadi lebih komplek melalui akumulasi perubahan dari beberapa
generasi (Dharmayanti, 2011). Semua bagian dari organisme akan berubah karena adanya
evolusi. Evousi molekuler disinonimkan dengan evolusi yang terjadi pada tingkat protein,
karena sebagian besar evolusi tingkat molekulul dipelajari secara menyeluruh pada protein.
Protein merupakan molekul yang paling umum dan paling berdiversifikasi pada organisme.
Semenjak Charles Darwin mengemukakan gagasannya tentang teori evolusi yang
tertuang dalam bukunya “On the Origin of Species by Means of Natural Selection or the
Preservation of Favoured Races” telah banyak menuai atau menimbulkan pro dan kontra
di masyarakat. Terlepas dari pro dan kontra tersebut, teori evolusi (evolusi biologi/organik)
saat ini terus mengalami perkembangan seiring dengan berkembangnya ilmu pengetahuan
dan teknologi pada era globalisasi ini. Mulai dari teori evolusi masa Darwin hingga saat
ini pada masa evolusi modern yang memandang dan mengkaji teori evolusi dari berbagai
aspek dan pendekatan.
Pengkajian teori evolusi pada masa modern ini dilihat dari beberapa pendekatan
antara lain melalui pendekatan genetika populasi, evolusi ekologi, evolusi molekuler,
sistematik, dan paleontologi (Stearn & Hoekstra, 2003). Dengan demikian dapat
disimpulkan bahwa untuk mengkaji proses evolusi biologi dapat dilakukan melalui
berbagai pendekatan, sehingga masalah evolusi dapat dikaji secara lebih komprehensif dan
proporsional.
Pendekatan evolusi molekuler (molecular evolution) sebagai salah satu pendekatan
yang digunakan dalam mengkaji evolusi biologi pada saat ini (masa evolusi modern) sangat
banyak digunakan (Waluyo, 2005). Pendekatan molekuler ini mengkaji dan memandang
evolusi dari sejarah rekaman urutan DNA dan protein (Stearn & Hoekstra, 2003).
Selanjutnya dalam mengkaji masalah evolusi, maka terdapat dua area pembahasan evolusi
molekuler yaitu: (1) evolusi makromolekul, menunjuk kepada rata-rata dan pola perubahan
 yang tampak pada materi genetik (misalnya urutan DNA) dan produksinya (misalnya
protein) selama waktu evolusi serta mekanisme yang bertanggung jawab untuk sejumlah
perubahan itu; dan (2) rekonstruksi sejarah evolusi gen dan organisme (molecular
phylogeny), menjelaskan sejarah evolusi organisme dan makromolekul seperti adanya
keterlibatan data-data molekuler (Widodo, 2003).
Berdasarkan uraian di atas diketahui pentingnya evolusi molekuler untuk dikaji dan
dipelajari lebih lanjut. Makalah ini akan menguraikan sebagain kecil dari evolusi
molekuler.
B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas maka rumusan masalah dari makalah ini adalah
sebagi berikut :
1. Bagaimana konsep dari evolusi molekuler secara luas ?
2. Bagaimana prinsip dari evolusi molekuler ?
3. Bagaimana prosedur evolusi molekuler ?
C. Tujuan
Berdasarkan latar belakang dan rumusan masalah di atas, tujuan dari makalah ini
adalah sebagai berikut :
1. Mengetahui konsep evolusi molekuler secara luas.
2. Mengetahui prinsip evolusi molekuler.
3. Mengetahui prosedur evolusi molekuler.
 BAB II

PEMBAHASAN

A. Konsep Evolusi Molekuler

Pengkajian evolusi pada masa evolusi modern saat ini dilihat dari berbagai aspek
dan pendekatan sesuai dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi itu sendiri.
Pada masa sekarang ini masalah evolusi dikaji dari pendekatan genetika populasi, evolusi
ekologi, sistematik, evolusi molekuler dan paleontologi (Stearn & Hoekstra, 2003).
Berbagai pendekatan dalam mengkaji masalah evolusi ini diprediksikan akan terus
berkembang sesuai dengan dinamika perkembangan ilmu.
Evolusi molekuler (molecular evolution) pada dasarnya menjelaskan dinamika
daripada perubahan evolusi pada tingkat molekuler, disamping itu untuk mendukung
pemahaman tentang proses evolusi dan efek-efek berbagai macam mekanisme molekuler,
termasuk di dalamnya adalah evolusi genom, gen-gen, dan produk- produknya (Graur &
Hsiung Li, 2000). Lebih lanjut dikatakan bahwa studi tentang evolusi molekuler berakar
pada dua disiplin ilmu yang berbeda yaitu genetika populasi dan biologi molekuler.
Genetika populasi melengkapi tentang dasar teori untuk proses-proses evolusi, sementara
biologi molekuler melengkapi tentang data empirik. Jadi untuk memahami evolusi
molekuler tersebut sangat diperlukan pengetahuan dasar keduanya yaitu genetika populasi
dan biologi molekuler praktis.
Graur & Hsiung Li (2000) mengungkapkan pembahasan, lingkup, atau area evolusi
molekuler meliputi dua area yaitu: (1) evolusi makromolekul, dan (2) rekonstruksi sejarah
evolusi gen dan organisme. Area evolusi makromolekul menunjukkan karakteristik
perubahan dalam materi genetik (urutan DNA atau RNA) dan produk-produknya (protein
atau molekul RNA) serta terhadap rata-rata dan pola perubahan yang tampak. Sedangkan
area kedua filogeni molekuler menjelaskan sejarah evolusi organisme dan makromolekul
seperti adanya keterlibatan data-data molekuler dan metodologi pohon rekonstruksi. Stearn
dan Hoekstra (2003) secara lebih sederhana menyatakan bahwa evolusi molekuler
mengkaji dan memandang evolusi dari rekaman sejarah dalam urutan DNA dan protein.
Karmana (2009) menungkapkan pengertian dan lingkup dari evolusi molekuler adalah
suatu pendekatan pengkajian masalah evolusi yang berpijak pada populasi genetika dan
 biologi molekuler dengan area atau lingkup pengkajian pada perubahan materi genetik
(urutan DNA atau RNA) dan produknya (protein atau molekul RNA) serta rata-rata dan
pola perubahannya serta mengkaji pula sejarah evolusi organisme dan makromolekul yang
didukung data-data molekuler (filogeni molekuler).
B. Prinsip Evolusi Molekuler
C. Prosedur Evolusi Molekuler
Terbentuknya Planet Bumi
Pembentukan alam semesta diawali dari peristiwa Big Bang yang terjadi 20 milyar
tahun yang lampau. Sekitar 15 milyar tahun sesudah peristiwa tersebut, terbentuklah
gugusan awan yang tersusun atas gas dan debu, dimana pengaruh gravitasi menyebabkan
benda-benda tersebut berkondensasi membentuk bola gas yang disebut bintang. Bintang
ini dikelilingi oleh berbagai benda sferis yang disebut planet. Gas hidrogen dan helium
adalah komposisi utama pembentuk bintang, sementara sebagian kecil unsur-unsur berat
berperan menyusun berbagai planet.
Dalam tahap awal pembentukannya, planet bumi masih sangat panas hingga H2O
selalu dalam bentuk uap. Pada tahap selanjutnya, saat temperatur bumi mulai menurun,
molekul air dapat berkondensasi hingga terbentuk danau dan lautan. Kehidupan di bumi
diperkirakan berasal dari berbagai reaksi kimia di atmosfer yang diikuti dengan terjadinya
berbagai reaksi di perairan purba tersebut.

Teori Asal Usul Kehidupan oleh Oparin

Radiasi UV dari matahari bersama dengan percikan listrik dari halilintar diduga
menyebabkan berbagai gas di atmosfer bereaksi dan membentuk senyawa organik
sederhana. Senyawa tersebut akan jatuh kebumi dan terlarut dalam lautan dan terus
bereaksi hingga tercipta bentukan seperti sup yang disebut ”primitive soup”. Sup purba ini
mengandung beragam senyawa seperti asam amino, gula, dan basa asam nukleat. Pada
tahap selanjutnya senyawa dalam sup tersebut mulai mengalami polimerisasi dan
menghasilkan bentukan seperti kantung. Kantung inilah yang diduga kelak akan menjadi
sel-sel purba yang pertama muncul di muka bumi. Teori ini diajukan oleh pakar biokimia
dari Rusia bernama Alexander Oparin di tahun 1920-an. Charles Darwin sendiri juga
pernah memprediksikan bahwa kehidupan pertama muncul dari suatu kolam yang
mengandung amonia dan senyawa lain yang dibutuhkan. Dalam hal ini Oparin memberi
penekanan bahwa kehidupan muncul di bumi sebelum adanya oksigen. Hal ini disebabkan
oksigen adalah senyawa yang reaktif dan bila bereaksi dengan molekul-molekul prekursor
tersebut dan terjadi oksidasi, maka senyawa yang baru terbentuk tersebut akan terurai
menjadi air dan CO2.

Senyawa kompleks yang tertimbun membentuk sop purba di lautan tersebut selanjutnya
berkembang sehingga memiliki kemampuan dan sifat sebagai berikut :

a) memiliki sejenis membran yang mampu memisahkan ikatan-ikatan kompleks yang

terbentuk dengan molekul-molekul organik yang terdapat disekelilingnya;
b) memiliki kemampuan untuk menyerap dan mengeluarkan molekil-molekul dari dan
ke sekelilingnya;
c) memiliki kemampuan untuk memanfaatkan molekul-molekul yang diserap sesuai
denagn pola-pola ikatan didalamnya;
d) mempunyai kemampuan untuk memisahkan bagian-bagian dari ikatan-ikatannya.
Kemampuan semacam ini oleh para ahli dianggap sebagai kemampuan untuk
berkembang biak yang pertama kali.

Senyawa kompleks dengan sifat-sifat tersebut diduga sebagai kehidupan yang

pertamakali terbentuk. Jadi senyawa kompleks yang merupakan perkembangan dari sop
purba tersebut telah memiliki sifat-sifat hidup seperti nutrisi, ekskresi, mampu mengadan
metabolisme, dan mempunayi kemampuan memperbanyak diri atau reproduksi. Walaupun
dengan adanya senyawa-senyawa sederhana serta energi yang berlimpah sehingga dilautan
berlimpah senyawa organik yang lebih kompleks, namun Oparin mengalami kesulitan
untuk menjelaskan mengenai mekanisme transformasi dari molekul-molekul protein
sebagai abenda tak hidup kebenda hidup.

Polimerisasi Monomer Hingga Menghasilkan Makromolekul

Polimerisasi suatu monomer untuk menghasilkan makromolekul seperti proein dan

asam nukleat membutuhkan energi untuk membangun ikatan dan pelepasan H2O. Tidak
seperti sel masa kini yang menggunakan pospat berenegi tinggi, sel di masa lampau
menggunakan sumber energi yang lain. Protein yang pertama kali tercipta adalah suatu
polimer yang memiliki urutan asam amino yang acak disebut sebagai proteinoid. Senyawa
ini dapat dibuat dengan cara memanaskan asam amino kering pada suhu 150oC selama
beberapa jam. Bila protein masa kini membangun ikatan antar asam amino pada gugus
amin dan hidroksil, maka protein di masa lampau bahkan dapat membuat ikatan pada gugus
rantai samping. Proteinoid ini terkadang tersusun atas 250 asam amino dan sudah memiliki
kemampuan enzimatik.

Terbentuknya proteinoid ini diperkirakan terjadi disekitar gunung berapi.

Pengamatan tentang terbentuknya proteinoid banyak dilakukan oleh seorang pakar
bernama Sydney Fox. Terjadinya polimerisasi asam amino juga dapat terjadi melalui
pengikatan dengan mineral tanah liat yang disebut ”clay”. Ikatan antara tanah liat ini
dengan molekul-molekul kecil organik dapat memicu terjadinya reaksi polimerisasi.
Sebagai contoh, jenis tanh liat tertentu seperti Montmorillonite dapat mengkondensasi
asam amino menjadi polipeptida sepanjang 200 residu. Polimerisasi asam amino juga
dapat terjadi dalam suatu larutan yang mengandung agen kondensasi. Beberapa agen
kondensasi yang telah dikenal adalah sejenis derivat sianida reaktif yang disebut
poliphospat.

Polifosfat dapat bereaksi dengan beragam molekul organik untuk menghasilkan

fosfat organik. Salah satu produk dari reaksi ini adalah asam amino asil fosfat dan
fosforamidat. Asil fosfat adalah asam amino yang memiliki gugus fosfat yang terikat pada
gugus karboksil, sedangkan fosforamidat adalah asam amino yang gugus fosfatnya
berikatan pada gugus amin. Bila senyawa derivat semacam ini dipanaskan, maka akan
terbentuk polipeptida. Melalui cara yang serupa, molekul AMP dapat dibuat dari adenin
yang ditambah polifosfat, dan selanjutnya dapat terbentuk polipeptida melalui
polimerisasi.

Asal Mula Makromolekul sebagai Materi Genetik

Informasi genetik suatu organisme diwariskan pada keturunannya melalui suatu

untaian nukelotida. Campuran polifosfat, purin, dan pirimidin dapat menghasilkan rantai
asam nukleat, tentu dengan adanya ribosa atau deoksiribosa. Bila suatu RNA template
diinkubasikan dalam campuran nukleotida dan suatu agen kondensasi, maka dapat
terbentuk untai RNA komplementer. Kemudian bila campuran nukleosida trifosfat (atau
campuran nukleotida dan polifosfat) diinkubasikan dalam kondisi seperti bumi di masa
lampau, lalu menggunakan Zn sebagai katalis, maka pada akhirnya dapat terbentuk satu
untai RNA. Proses polimerisasi seperti ini berjalan sangat lambat. Namun untuk
selanjutnya, bila polimer RNA telah ada, maka RNA ini dapat berperan sebagai template
untuk pembuatan RNA komplemen selanjutnya.

Polimerasi dari monomer-monomer akan terjadi pembentukan banyak

makromolekul dan biasanya akan menyisakan atau pembebasan H2O (air). Makromolekul
yang dibentuk berupa protein dan asam-asam amino membutuhkan energi untuk
pembentukan dan menyisakan air. Proteinoid merupakan polimer protein imitasi yang
berisi susunan asam-asam amino secara acak (random). Proteinoid dapat dibentuk dengan
pemanasan kering asam amino dengan suhu berkisar 1500C selama beberapa jam. Dalam
struktur biologi bahwa protein tersusun atas 2 gugus yakni α-NH2 dan α-COOH dari asam
amino Selain pemanasan kering, pembentukan proteinoid juga menggunakan mineral lilin
(clay) sebagai substrat.

Sistem katalisis menggunakan clay sama halnya dengan prinsip “key and lock”
asam amino acak akan tersusun pada permukaan clay, ketika beberapa susunan terbentuk,
masing-masing asam amino akan terhubung menjadi polipeptida misalnya hingga 200
panjangnya hasil residu. Polimerasi asam amino pula terjadi dengan kehadiran komponen
asing berupa agen kondensi yang ditambahkan dalam gugus asam amino. Misalnya
polipospat yang paling banyak digunakan dalam proses biologi. Polipospat dapat bereaksi
dengan beragam jenis molekul dalam membentuk polipospat organik yang sebelumnya
anorganik. Asam amino dapat bereaksi dengan polipospat dengan menghasilkan 2
kemungkinan produk molekul yakni Acyl Phosphat dari pemutusan rantai di ujung gugus
Karboksil (α-COOH) asam amino, serta Phosporamidates dari pemutusan rantai di ujung
Amina (α-NH2).

Asal Mula Terbentuknya Sel

Terbentuknya molekul organik dalam dunia purba adalah tahap pertama

pembentukan sel primitif. Diduga bahwa protein dan lipida terkumpul di sekitar RNA atau
DNA primitif sehingga menghasilkan bentukan serupa kantung. Sel primitif ini mulai
mengembangkan kemampuan untuk menggunakan RNA sebagai materi genetiknya. Lipid
berperan membangun membran yang melindungi berbagai komponen sel. Walau protein
dan RNA memiliki kemampuan enzimatik, tetapi bila protein lebih dominan dalam
perannya, maka RNA akan mengurangi peran katalitiknya.

DNA baru ditemukan pada tahap evolusi berikutnya. Karena DNA lebih stabil
daripada RNA, maka DNA dapat menyimpan dan mentransfer informasi genetik dengan
tingkat kesalahan yang rendah. Sel primitif ini sangat mirip dengan bakteri, sel ini hidup
dalam media senyawa organik yang disebut primitive soup. Akan tetapi media ini
menyediakan suplai energi yang terbatas. Secara perlahan sel primitif ini mulai mencari
sumber energi baru, yaitu sinar matahari. Bentuk awal fotosintesis di muka bumi ini berupa
proses yang mengolah energi sinar matahari dan belerang.

Bentuk fotosintesis pada tahap selanjutnya tidak lagi memakai belerang, tetapi
memakai H2O dan melepaskan O2 ke atmosfer. Keberadaan oksigen di atmosfer mulai
mengubah wajah bumi, karena dengan adanya oksigen, maka kemampuan respirasi mulai
terbentuk. Sel pada tahap selanjutnya mampu menghasilkan energi dengan cara
mengoksidasi zat makanannya. Fotosintesis melepas oksigen dan mengambil karbohidrat,
sementara respirasi melakukan sebelumnya. Proses ini membuka jalan terbentuknya
ekosistem dimana flora dan fauna berinteraksi saling melengkapi.
 BAB III

PENUTUP

Kesimpulan
 Daftar Rujukan

Dharmayanti, N.L.P.I. 2011. Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi Organisme Berdasarkan

Sejarah Evolusi. Wartazoa. Vol. 21 (1). Hal : 1-10.

Graur, D & Hsiung Li, W. 2000. Fundamental of Molecular Evolution. Second Edition.
Massachusetts: Sinaur Associates, Inc, Publisher.

Karmana, I Wayan. 2009. Kajian Evolusi Berbasis Urutan Nukloitida. Ganec Swara. Vol. 3 (3).
Hal : 75-81.

Stearn, S.C. & Hoekstra, R.F. 2003. Evolution an Introduction. New York: Oxford University
Press.

Waluyo, L. 2005. Evolusi Organik. UMM Press. Malang.

Widodo. 2003. Evolusi (Program Semi Que-IV) Direktorat Pendidikan Tinggi. Proyek
Peningkatan Manajemen Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional. Jakarta.