Perencanaan yang disusun melalui pengenalan permasalahan secara
tepat berdasarkan data yang akurat, serta diperoleh dengan cara dan dalam waktu yang tepat, maka akan dapat mengarahkan upaya kesehatan yang dilaksanakan Puskesmas dalam mencapai sasaran dan tujuannya. Dalam upaya mencakup seluas mungkin sasaran masyarakat yang harus dilayani, serta mengingat ketersediaan sumber daya yang terbatas, maka pelayanan kesehatan harus dapat dilaksanakan secara terintegrasi baik lintas program maupun lintas sektor. Kepala Puskesmas harus mampu membangun kerjasama dan mengkoordinasikan program di internal Puskesmas dan di eksternal dengan mitra lintas sektor. Koordinasi dengan lintas sektor sangat diperlukan, karena faktor penyebab dan latar belakang masalah kesehatan tertentu kemungkinan hanya dapat diselesaikan oleh mitra lintas sektor. Peran pemerintah daerah sangat besar dalam menyelesaikan permasalahan kesehatan di masyarakat, oleh karenanya Puskesmas perlu mencari dukungan dari pemerintah daerah yang dimulai dari tingkat desa/kelurahan, kecamatan dan kabupaten/kota. Proses perencanaan Puskesmas harus terintegrasi kedalam sistem perencanaan daerah melalui forum Musyawarah Perencanaan Pembangunan (Musrenbang) yang disusun secara top down dan bottom-up. Proses perencanaan Puskesmas akan mengikuti siklus perencanaan pembangunan daerah, dimulai dari tingkat desa/kelurahan, selanjutnya disusun pada tingkat kecamatan dan kemudian diusulkan ke dinas kesehatan kabupaten/kota. Perencanaan Puskesmas yang diperlukan terintegrasi dengan lintas sektor kecamatan, akan diusulkan melalui kecamatan ke pemerintah daerah kabupaten/kota.