3 Replikasi Dna PDF

REPLIKASI DNA
Paramita Cahyaningrum Kuswandi

(email : paramita@uny.ac.id)
FMIPA UNY
2014
Why study DNA replication ?
 Materi genetis : perlu diketahui untuk
melihat pewarisan sifat
 Replikasi materi genetis : perlu diketahui

untuk mengetahui cara materi tersebut
diperbanyak dan diwariskan dari satu sel ke
sel berikutnya dan dari satu generasi ke
generasi baru makhluk hidup
 Bagaimana materi genetis diperbanyak secara

tepat dan cepat ?
Paramita Cahyaningrum
Kuswandi/FMIPA UNY/2014
Dimulai dari struktur molekul DNA...
 DNA adalah materi genetis dan membawa
informasi tersebut pada urutan basanya
 Model DNA yang ditemukan oleh Watson

dan Crick menunjukkan bahwa ‘ pasangan
basa dapat menjadi dasar mekanisme
penggandaan molekul DNA ‘
 Karena nukleotida berpasangan maka satu

untai DNA dapat menjadi cetakan (template)
untuk untai yang lain
3 model replikasi yang diusulkan pada
tahun 1950an...
1. Conservative model
2. Semiconservative model
3. Dispersive model
Conservative model
1. Kedua untai asal
bertindak sebagai
template / cetakan
2. Dihasilkan 2 molekul
DNA :
* 1 molekul asal/parent
* 1 molekul baru
Semiconservative model
1. Tiap untai bertindak

sebagai cetakan
2. Dihasilkan 2
molekul DNA baru,
masing-masing
terdiri dari 1 untai
asal dan 1 untai
baru
Dispersive model
1. Molekul DNA
terpotong-potong saat
replikasi
2. Potongan-potongan
tersebut melakukan
replikasi
3. Terbentuk potongan-
potongan baru
4. Potongan DNA asal dan
yang baru membentuk 2
molekul DNA yang
terdiri dari potongan-
potongan DNA baru
dam lama secara acak
Percobaan Meselson & Stahl
 Tahun 1958, membuktikan model replikasi
semiconservative
 Menggunakan bakteri E.coli
 Bakteri ditumbuhkan pada media yang
mengandung N15 dalam bentuk NH₄Cl.
 Bakteri kemudian ditumbuhkan pada
media yang megandung N14
 Sampel bakteri diambil pada waktu
tertentu dan dilihat densitasnya
 Menggunakan equilibrium density gradient
centrifugation
 Densitas lebih besar akan berada di bagian
yang lebih bawah di dalam tabung
Jika model conservative
 Garis densitas yang lebih berat selalu ada
(dari pita DNA asal)
 Tidak ada densitas intermediate/hybrid
 Densitas yang lebih ringan akan selalu
bertambah pada tiap relplikasi
Jika model dispersive
 Setelah satu kali replikasi akan terlihat
garis intermediate
 Pada replikasi selanjutnya hanya akan
terlihat satu garis (1 densitas)
 Garis tersebut akan semakin keatas
(makin ringan)
Apa saja yang diperlukan untuk
replikasi DNA ?
 Arthur Kornberg dkk., pada tahun 1955
menemukan suatu enzim yang
dibutuhkan untuk replikasi DNA
 Percobaan dilakukan pada bakteri
Percobaan Kornberg
 Melakukan sintesis DNA dengan campuran :
1. Fragmen DNA
2. Campuran dNTP (dATP, dGTP, dTTP, dCTP)
= deoxyribonucleic triphosphate precursor.
dNTP diberi label radioaktif untuk
mengukur jumlah DNA yang disintesis
3. Ekstrak E.coli
4. Dilakukan secara in vitro
Apa hasilnya ???
 Ditemukan enzim yang mampu melakukan
sintesis DNA
 Disebut Kornberg enzyme = DNA polymerase I

(DNA Pol I )
Percobaan lanjut...
 Dilakukan lagi penelitian secara in vitro :
1. Keempat macam dNTP
2. DNA Pol I
3. DNA E.coli, sebagai template
4. Primer (potongan kecil DNA yang
digunakan untuk memulai sintesis)
5. Ion magnesium supaya kerja Pol I secara
maksimal
Peran DNA polymerase
 Pada ujung untai DNA yang sedang
terbentuk, DNA polimerase menjadi katalis
untuk pembentukan ikatan fosfodiester
antara 3’-OH dari deoksi dengan 5’-fosfat
nukleotida berikutnya
 Mencari prekursor dNTP yang tepat , yang
komplementer dengan DNA template.
Penambahan sekitar 850 nukleotida tiap
detik pada E.coli dan 60-90 per detik pada
manusia
 Arah sintesis untai DNA yang baru adalah
dari 5’-3’
REPLIKASI DNA PADA PROKARYOT
1. Inisiasi
2. Replikasi DNA
secara
‘semidiscontinuous’
3. Rolling Circle
Replication
1. INISIASI
 Inisiasi replikasi dimulai dengan adanya
sekuen DNA yang disebut replicator
 Pada replicator terdapat origin of
replication
 Bagian pada untai DNA yang ‘membuka’
untuk direplikasi, disebut replication
bubble
 Untai DNA yang digunakan sebagai
template/cetakan, disebut template
strands
 Saat DNA membuka, terbentuk struktur
seperti sendok, yang disebut replication
fork
 Pada satu replication bubbles, terdapat 2

replication fork
 Secara umum, replikasi DNA berjalan dua

arah = bidirectional
Inisiasi replikasi pada E.coli
 Replicator pada E.coli adalah oriC (245 bp
DNA)
 oriC terdiri dari : 3 sekuen dengan banyak
AT (13 bp)
 Initiator protein (dihasilkan oleh dnaA gene)
melekat pada replicator dan menghancurkan
daerah yang mengandung AT banyak
 Kemudian DNA helicase dibawa oleh DNA
helicase loader protein, untuk membuka
untai DNA
 Kemudian, DNA helicase merekrut DNA
primase (dihasilkan oleh dnaG gene),
membentuk suatu kompleks yang disebut
primosome
 DNA primase berfungsi membentuk RNA

primer (sekitar 5-10 nukleotida) yang kemudian
dilanjutkan oleh DNA polymerase
 Primer berfungsi sebagai untai awal DNA yang

baru
2. Semidiscontinuous DNA replication
 Setelah DNA helicase berhasil membuka untai
ganda DNA (disebut DNA denaturation = DNA
melting), protein SSB (single-strand DNA-binding
protein) menempel pada tiap untai DNA yang
sudah membuka, menjaga supaya tidak menutup
lagi
 RNA primer berada pada ujung 5’ untai baru

DNA untuk satu untai template DNA
 RNA primer juga terdapat pada template DNA

yang lain
 DNA helicase terus bergerak maju, membuka 2
untai DNA asal/parent
 Terdapat DNA gyrase (enzim topoisomerase) yang

berada di depan replication fork untuk mengurangi
tegangan pada untai DNA
 DNA polymerase III menambah nukleotida pada

RNA primase membentuk untai DNA yang baru
 DNA polymerase hanya dapat menambahkan

nukleotida pada ujung 3’ untai nukleotida sehingga
replikasi DNA berjalan dari arah 5’ 3’
Leading strand & Lagging strand
 Leading strand :
Pada salah satu template DNA (1 untai
DNA yang direplikasi), dengan RNA primase
yang selalu menjauh dari arah replikasi, akan
terbentuk untai baru yang kontinu
 Lagging strand
Pada template yang lain, akan terbentuk
untai baru secara bertahap, terdiri dari
potongan-potongan DNA yang baru
Pada lagging strand....
 Potongan-potongan DNA baru disebut
Okazaki fragments (ditemukan oleh Reiji &
Tuneko Okazaki, dkk)
 Okazaki fragments membentuk untai DNA
yang utuh dengan bantuan 2 enzim : DNA
polymerase I dan DNA ligase
 DNA polymerase I menghilangkan RNA
primer dan menambah sisa nukleotida yang
dibutuhkan
 DNA ligase memperbaiki celah yang
terbentuk setelah primer dihilangkan
Semidiscontinuous
 Karena leading strand terbentuk secara
kontinu dan lagging strand terbentuk
secara bertahap maka replikasi DNA
secara keseluruhan bersifat
semidiscontinuous
Replisome =
mesin replikasi
DNA
 Replisome
terdiri dari
protein-protein
/ enzim yang
diperlukan
dalam replikasi
DNA
3. Rolling circle replication
 Biasanya terjadi pada virus e.g. Bacteriophage
λ
 DNA double strand berbentuk cincin /
lingkaran mereplikasi membentuk DNA
linear
 Dibuat suatu celah (nick) pada salah satu
strand DNA
 Ujung 5’ ditarik keluar dari model cincin
untuk membuat replication fork (seperti
pada contoh sebelumnya)
 Ujung 3’ bertindak sebagai primer supaya
DNA polymerase dapat memulai sintesis
 Dari ujung 5’ yang keluar dari bentuk
cincin, akan terbentuk untai DNA
baru
 Metode ini merupakan metode

discontinuous karena pembentukan
untai DNA baru dari lagging strand

3 Replikasi Dna PDF

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

3 Replikasi Dna PDF

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

REPLIKASI DNA

Paramita Cahyaningrum Kuswandi

 Replikasi materi genetis : perlu diketahui

 Bagaimana materi genetis diperbanyak secara

 Model DNA yang ditemukan oleh Watson

 Karena nukleotida berpasangan maka satu

1. Tiap untai bertindak

 Percobaan dilakukan pada bakteri

 Disebut Kornberg enzyme = DNA polymerase I

 Pada satu replication bubbles, terdapat 2

 Secara umum, replikasi DNA berjalan dua

 DNA primase berfungsi membentuk RNA

 Primer berfungsi sebagai untai awal DNA yang

 RNA primer berada pada ujung 5’ untai baru

 RNA primer juga terdapat pada template DNA

 Terdapat DNA gyrase (enzim topoisomerase) yang

 DNA polymerase III menambah nukleotida pada

 DNA polymerase hanya dapat menambahkan

 Metode ini merupakan metode

Anda mungkin juga menyukai