Anda di halaman 1dari 7

Jurnal Farmasi Klinik Indonesia, Maret 2015 Tersedia online pada:

Vol. 4 No. 1, hlm 1–7 http://ijcp.or.id


ISSN: 2252–6218 DOI: 10.15416/ijcp.2015.4.1.1
Artikel Penelitian

Analisis Penyebaran dan Genotipe Rubela di Jawa Barat Tahun 2011–2013


Acep T. Hardiana1, Ardini S. Raksanagara2, Rd. Tina D. Judistiani2,
Dyah Widhiastuti1, Novilia S. Bachtiar1
1
PT. Bio Farma, Bandung, Indonesia
2
Fakultas Kedokteran Universitas Padjadjaran, Bandung, Indonesia

Abstrak
Penyakit rubela menyebar di seluruh dunia dan berbahaya bagi ibu hamil karena dapat menyebabkan
abortus, kematian janin atau sindrom rubela kongenital (congenital rubella syndrome/CRS) hingga
90%. Penyebaran dan identifikasi genotipe rubela di Indonesia penting untuk memastikan adanya
virus endemis atau importasi yang menyebar di masyarakat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui
penyebaran dan genotipe rubela di Jawa Barat dalam upaya pencegahan yang efektif. Penelitian ini
dilakukan dengan memeriksa sampel urin penderita suspect campak menggunakan protokol WHO
melalui tahapan isolasi pada sel vero, uji PCR, uji sekuensing, dan analisis hasil sekuensing. Sampel
diambil dari program surveilans campak-rubela nasional pada tahun 2011 ̶ 2013. Sebanyak 251 sampel
urin yang diperiksa, diperoleh hasil sebanyak 32 sampel (12,7%) positif. Sebanyak 28 kasus (87,5%)
merupakan genotipe 1E sedangkan sisanya 4 kasus (12,5%) merupakan genotipe 2B. Penyebaran virus
rubela terutama terjadi di Kabupaten Kuningan, Garut, Tasikmalaya, Kota Bandung, Kota Cimahi, dan
Kota Tasikmalaya. Pencegahan penyebaran penyakit rubela dan surveilans CRS di wilayah endemis
perlu menjadi prioritas untuk memutus rantai penularan.

Kata kunci: Genotipe rubela 1E, genotipe rubela 2B, epidemiologi rubela

Distribution and Genotypic Analysis of Rubella Virus in West Java


on 2011–2013

Abstract
Rubella spreads around the world and dangerous especially for pregnant women because it can cause
abortion, fetal death or congenital rubella syndrome (CRS) almost 90% cases. Spread and identification
of rubella genotypes in Indonesia is important to ensure the indigenous or importation virus. The purpose
of this study was to determine the rubella genotype distribution and spread in West Java in effective
prevention efforts. This study was conducted by examining the urine samples of suspect measles patients
using WHO protocol through the virus isolation in vero cells, PCR, DNA sequencing, and analysis of
the sequencing results. Samples taken from the measles-rubella surveillance program nationwide in
2011 ̶ 2013. Of the 251 urine samples were examined, 32 samples (12.7%) were positive. A total of 28
cases (87.5%) were genotype 1E while the remaining 4 cases (12.5%) were genotype 2B. Rubella virus
spread primarily occurs in District of Kuningan, Garut, Tasikmalaya, Bandung City, Cimahi City, and
Tasikmalaya City. Prevention of the rubella diseases and CRS surveillance in endemic areas should be
priority task to break the chain of transmission.

Key words: Rubella genotype 1E, rubella genotype 2B, rubella epidemiology

Korespondensi: Acep T. Hardiana, SKM., Bagian Surveilans dan Epidemiologi, PT. Bio Farma, Bandung,
Indonesia, email: tantanhardiana@yahoo.com
Naskah diterima: 7 Juli 2014, Diterima untuk diterbitkan: 21 Oktober 2014, Diterbitkan: 1 Maret 2015

1
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015

Pendahuluan Metode

Rubela adalah salah satu penyakit umum yang Sampel urin diambil dari suspect penderita
menyebar di seluruh dunia dan menyerang campak atau rubela dalam waktu <5 hari sejak
berbagai umur dengan gejala yang bervariasi. muncul ruam di tubuh penderita oleh petugas
Infeksi pada pada anak-anak ditandai dengan Dinas Kesehatan Kabupaten/Kota di Provinsi
adanya ruam pada kulit dan demam. Pada Jawa Barat lalu dikirim ke laboratorium
usia dewasa, infeksi rubela akan tampak Surveilans dan Epidemiologi PT. Bio Farma.
lebih nyata dengan timbulnya sakit kepala, Informasi kasus diperoleh secara berjenjang
mata merah dan berair, sakit pada persendian, dari puskesmas hingga ke dinas kesehatan
dan hilangnya nafsu makan. Gejala kelainan provinsi. Jumlah sampel yang dikirim ke
yang berat muncul pada wanita hamil apabila laboratorium dibatasi hanya tiga kasus untuk
infeksi terjadi pada usia kehamilan kurang setiap kejadian luar biasa (KLB). Setiap
dari 13 minggu. Infeksi pada masa tersebut kasus dilengkapi laporan C1 tentang identitas
dapat menyebabkan abortus, kematian janin, dan riwayat penderita. Jumlah sampel secara
atau sindroma rubela kongenital (congenital keseluruhan sangat bergantung pada aktivitas
rubella syndrome/CRS) hingga 90%.1-3 petugas dalam melacak kasus. Urin diambil
Dalam upaya eliminasi gobal rubela tahun sebanyak 10–50 mL ditampung dalam wadah
2020 diperlukan surveilans penyakit maupun steril bertutup, dikirim dalam keadaan dingin
genotipe dari virus rubela untuk memantau di dalam cold box 2–8 0C dan harus tiba di
penyebarannya dan memastikan tidak ada laboratorium dalam waktu <24 jam.8
lagi virus rubela endemis di setiap negara.2 Pengolahan urin dilakukan dengan cara
Program eradikasi rubela juga dapat tercapai sentrifugasi selama 15 menit dalam kecepatan
jika cakupan vaksinasi dipertahankan lebih 3000 rpm pada suhu 2–8 0C. Pelet dipisahkan
dari 95%, tetapi vaksinasi rubela di Indonesia dan dilarutkan pada 2 mL minimum essential
belum menjadi program nasional.4 medium (MEM) Sigma seri M3024 yang
Penyebaran dan genotipe virus rubela di mengandung penicilline-streptomycine, lalu
Indonesia belum menjadi prioritas penelitian. disimpan ke dalam tabung steril pada suhu
Program surveilans rubela pada umumnya -20 0C sebelum digunakan.
dilaksanakan bersamaan dengan surveilans Virus rubela diisolasi menggunakan sel
campak dikarenakan kedua penyakit tersebut Vero ke dalam tissue culture flask 25 cm2 dari
memiliki gejala klinis yang hampir sama.5,6 Nunc katalog 136196. Sebanyak 0,5–1,0 mL
Program surveilans campak dan rubela di Jawa sampel diinokulasikan ke dalam setiap flask
Barat telah dilaksanakan sejak tahun 1998. berisi 5 mL MEM dan diamati selama 2x7
Pada tahun 2002 Laboratorium Surveilans hari. Isolat digunakan untuk pemeriksaan
dan Epidemiologi Bio Farma ditunjuk sebagai polymerase chain reaction (PCR) virus rubela.
laboratorium rujukan campak dan rubela Pemeriksaan PCR untuk identifikasi genotipe
tingkat nasional. Pemeriksaan biomolekuler didasarkan pada genom E1 virus rubela.
dalam penentuan genotipe rubela dimulai Pemeriksaan dilakukan melalui tahapan
sejak tahun 2009 dari sampel urin. Virus ekstraksi ribonucleic acid (RNA), siklus PCR,
rubela dapat diidentifikasi dari cairan tubuh elektroforesis, dan dokumentasi gel.8 Ekstraksi
seperti saliva, urin, dan hapus tenggorok.7 RNA virus rubela menggunakan QIAmp
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui Viral RNA Mini Kit katalog 52904 produksi
penyebaran dan genotipe virus rubela di Qiagen. Isolat yang digunakan sebanyak 140
Provinsi Jawa Barat pada tahun 2011–2013. uL dan suspensi RNA akhir sebanyak 60 uL.

2
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015

Hasil ekstraksi disimpan pada suhu -20 0C. sedangkan reagen yang digunakan adalah Big
Siklus pada PCR dilakukan menggunakan Dye Terminator Cycle Sequencing Kit versi
Thermal Cycler Verity dari Applied Biosystem, 3.1 katalog 4337455, Big Dye Terminator
sedangkan reagen yang digunakan adalah 5x Buffer dari Applied Biosystem dan
Qiagen One-step RT PCR kit katalog 210212 primer spesifik (RV8633, RV9112, RV8945,
dari Qiagen, primer spesifik (RV11, RV12, RV9577). Formula reagen siklus sekuensing
RV12.2), dan RNase inhibitor. Formula dibuat dengan cara mencampurkan 2,0 uL 5x
reagen PCR dibuat dengan mencampurkan Big Dye buffer, 2,0 uL Big Dye Terminator
10 uL 5x Qiagen One-Step RT PCR, 10 uL 5x reaction mix, 0,5 uL masing-masing primer
Q solution, 2uL dNTP mix, 0,5 uL RV11, 0,5 3,2 mMol, 5,0 uL RNase free water, 0,5 uL
uL RV12, 0,5 uL RV12.2, 19,5 uL RNase free sampel (pengenceran 1:4). Siklus sekuensing
water, 2 uL Qiagen One-Step enzyme mix, 0,5 dilakukan melalui tahapan amplifikasi 25x
uL RNase inhobitor, dan 5,0 uL sampel. Siklus dengan siklus 95 0C selama 30 detik, 50 0C
PCR dilakukan melalui tahapan inkubasi selama 15 detik, 60 0C selama 2 menit, dan
50 0C selama 30 menit dan 95 0C selama 15 tahap akhir 4 0C.
menit, amplifikasi 40x dengan siklus 94 0C Purifikasi terhadap hasil siklus sekuensing
selama 30 detik, 60 0C selama 30 detik, 72 0C dilakukan dengan menggunakan Big Dye X
selama 1 menit, dan tahap akhir 72 0C selama Terminator Purification Kit katalog 4376486
10 menit kemudian disimpan pada suhu 4 0C. dari Applied Bio System. Hasil purifikasi lalu
Elektroforesis gel dilakukan menggunakan dimasukkan ke dalam DNA Analyzer model
Muppid-Exu elektroforesis apparatus dengan 3130 dari Applied Biosystem untuk dilakukan
reagen gel agarose katalog 1613101 dari Bio elektroforesis kapiler. Elektroforesis kapiler
Rad, DNA ladder 100 pb katalog 1708202 pada DNA Analyzer dilakukan dengan cara
dari Bio Rad, bufer TBE 10x Invitrogen dan memasukkan 15 uL sampel hasil purifikasi
Gel Red sebagai pewarna DNA. Pembacaan dan 10 uL HiDi formamide dari Applied
dilakukan pada gel documentation system Biosystem ke dalam sumur sequencing plate
Bio Rad. Gel agarose dibuat 2% dalam TBE yang sesuai.
bufer dan penambahan 1 uL Gel Red untuk Analisis sekuensing dilakukan dengan
setiap 50 mL gel. Sampel dimasukkan ke menggunakan perangkat lunak Sequencing
dalam setiap sumur sebanyak 10 uL setelah analysis. Pemetaan virus dilakukan dengan
dicampur loading dye 2 uL. Gel dirunning menggunakan perangkat lunak Health Mapper
selama 30 menit pada 100 volt dengan DNA sedangkan proses pengeditan nukleotida,
ladder sebagai standar. klasifikasi genotipe, dan phylogenetic tree
Sekuensing untuk virus rubela dilakukan menggunakan perangkat lunak MEGA6.
dengan tahapan purifikasi hasil PCR, siklus
sekuensing, purifikasi hasil siklus sekuensing, Hasil
dan elektroforesis kapiler, serta analisis hasil.
Purifikasi hasil PCR menggunakan QIAquick Selama tahun 2011–2013 diperiksa sebanyak
PCR Purification Kit nomor 28104 atau 251 bahan pemeriksaan urin dari tersangka
QIAquick Gel Extraxtion Kit nomor 28704 dari penderita penyakit campak di Provinsi Jawa
Qiagen. Hasil purifikasi kemudian dilarutkan Barat. Pemeriksaan dilakukan melalui tahap
ke dalam 50 uL nuclease free water untuk pengolahan urin, isolasi pada sel Vero, PCR,
digunakan dalam pemeriksaan berikutnya. sekuensing, dan analisis hasil sekuensing
Siklus sekuensing dilakukan menggunakan dengan perangkat lunak sequencing analysis,
Thermal Cycler Verity dari Applied Biosystem, MEGA6, dan Health Mapper. Hasil dari

3
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015

Gambar 1 Hasil Pemeriksaan PCR Rubela di Jawa Barat

pemeriksaan PCR rubela dapat dilihat pada berada di Provinsi Jawa Barat mengirimkan
Gambar 1 sedangkan perbedaan nukleotida sampel urin ke laboratorium selama periode
genotipe 1E dan 2B dapat dilihat pada Gambar 2. tahun 2011–2013. Sebanyak 32 (12,7%) dari
251 sampel urin dinyatakan positif rubela.
Pembahasan Hasil PCR menunjukkan beberapa sampel
positif dengan ukuran produk yang sama yaitu
Sebanyak 24 dari 26 kabupaten/kota yang 180 pb (Gambar 1).9 PCR digunakan hanya

Gambar 2 Beberapa Perubahan Nukleotida pada Posisi 545–590 Genotipe 1E dan 2B Virus
Rubela di Jawa Barat

4
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015

Gambar 3 Sebaran dan Genotipe Rubela di Jawa Barat

untuk identifikasi kualitatif suatu sampel dapat dilihat pada Gambar 2.


dinyatakan positif atau tidak. Pada identifikasi Sampel positif berasal dari 13 kabupaten/
genotipe dilakukan uji sekuensing dengan kota di Jawa Barat yaitu Kabupaten Bandung
melihat beberapa perubahan nukleotida yang Barat, Ciamis, Cianjur, Cirebon, Garut,

Rvi/Kuningan5044.INO/06.12
Rvi/Kt.Cimahi4003.INO/01.13
Rvi/Kuningan4045.INO/06.12
Rvi/Kt.Bandung4058.INO/07.12
Rvi/Kt.Bandung5059.INO/07.12
Rvi/Garut4054.INO/07.12
Rvi/Kt.Cimahi2053.INO/07.12
Rvi/Cianjur1050.INO/07.12
Rvi/Garut2026.INO/04.12
Rvi/Kt.Tsk2110.INO/12.11
RVI MYS 01 1E
Rvi/Garut1117.INO/12.11
Rvi/Kt.Bandung2040.INO/06.12
Rvi/Tskmly2101.INO/12.11
Rvi/Kt.Bandung3057.INO/07.12
Rvi/Kt.Bandung1075.INO/11.11 1E
Rvi/Garut3028.INO/04.12
Rvi/Bdg.Barat.INO/02.12
Rvi/Kuningan3099.INO/12.11
Rvi/Tskmly3115.INO/12.11
Rvi/Ciamis1088.INO/11.11
Rvi/Kuningan2098.INO/12.11
Rvi/Cirebon1087.INO/11.11
Rvi/Kt.Cimah3002.INO/01.13
Rvi/Tskmly1096.INO/12.11
Rvi/Kt.Tsk1091.INO/11.11
Rvi/Sumedang1084.INO/11.11
Rvi/Kt.Skbumi1044.INO/10.11
Rvi/Kt.Cimahi1054.INO/10.11
RVI Jerusalem.ISR 75 1B

RVI RA27.USA 64 1a Vac


RVI Linqing.CHN 00 1F
RVI Tokyo.JPN 90 1D
RVI Milan.ITA 46.92 1i
RVI Kagoshima.JPN 22.04 1j
RVI Ontario.CAN 05 1G
RVI Minsk.BLR 28.05 1h
RVI SLV 02 1C
RVI Moscow.RUS 97 2C
RVI Beijing.CHN 80 2A Vac
RVI Anqing.CHN 00 2B
Rvi/Kuningan6043.INO/06.12
Rvi/Kuningan7042.INO/06.12
Rvi/Kuningan8041.INO/06.12 2B
Rvi/Kt.Cirebon1039.INO/06.12

0.01

Gambar 4 Phylogenetic Tree Genotipe Virus Rubela di Jawa Barat

5
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015

Kuningan, Sumedang, Tasikmalaya, Kota Genotipe 1E dan 2B merupakan genotipe yang


Bandung, Kota Cimahi, Kota Cirebon, Kota paling banyak menyebar di seluruh dunia.15
Sukabumi, dan Kota Tasikmalaya. Sampel Genotipe 1E paling dominan di China sejak
positif terutama berasal dari Kabupaten ditemukan tahun 2001.16,17 Penyebaran virus
Kuningan, Garut, Kota Bandung, dan Kota saat ini sudah lintas batas karena mudahnya
Cimahi. Hal ini berkaitan dengan banyaknya transportasi antar negara termasuk ke China
kejadian luar biasa (KLB) yang dilaporkan di dan Malaysia. Identifikasi genotipe masing-
daerah tersebut.9 masing negara penting untuk menyatakan
Pada Gambar 3 ditunjukkan penyebaran status negara sudah berhasil mengeliminasi
rubela terutama terjadi di wilayah Jawa Barat genotipe tertentu dengan tidak ditemukan lagi
bagian Tengah dan Timur (Kota Bandung, genotipe yang biasa bersirkulasi di negara
Kota Cimahi, Garut, Tasikmalaya, Kota tersebut. Dengan kata lain untuk memastikan
Tasikmalaya, Kuningan, dan Cirebon). Jika apakah virus yang ditemukan di suatu negara
pembagian didasarkan pada wilayah rural merupakan virus indigenous atau importasi.
dan urban maka kondisi penyebaran rubela
di Jawa Barat dianggap tidak ada perbedaan Simpulan
yang jelas, hal ini sejalan dengan penelitian
Al-Shereef10 dan Ouyahia11 yang menyatakan Virus rubela menyebar di 50% kabupaten/kota
tidak terdapat perbedaan penyebaran rubela yang ada di Jawa Barat selama tahun 2011–
antara daerah urban dan rural. Perlu perhatian 2013. Penyebaran terutama di Jawa Barat
dari pemerintah untuk mencegah penyebaran bagian tengah dan timur. Genotipe virus rubela
rubela ke daerah lain yang memiliki kondisi yang ditemukan di Jawa Barat adalah 1E dan
sama. Penyebaran rubela di daerah tertentu 2B. Genotipe 2B merupakan genotipe baru
seperti ini perlu pencegahan melalui tindakan yang ditemukan tahun 2012 dan menyebar
vaksinasi sebagai prioritas. di Kabupaten Kuningan dan Kota Cirebon.
Analisis pada genotipe rubela dilakukan Penelitian lebih lanjut mengenai faktor risiko,
berdasarkan kandungan nukleotida pada gen luas penyebaran virus rubela, dan surveilans
E1 (nukleotida ke 8291–9469).12,13 Genotipe CRS di wilayah endemis diperlukan untuk
virus rubela yang menyebar di Jawa Barat melakukan tindakan pencegahan yang efektif.
sebagian besar adalah genotipe 1E sebanyak
28 kasus (87,5%), sedangkan sisanya 4 kasus Ucapan Terima Kasih
(12,5%) merupakan genotipe 2B seperti yang
terlihat pada Gambar 4. Berdasarkan penelitian Ucapan terima kasih penulis sampaikan
Zheng14, Abernathy2, dan laporan dari WHO8, kepada PT Bio Farma Bandung dan Dinas
Indonesia hanya memiliki satu genotipe Kesehatan Kabupaten/Kota dan Provinsi Jawa
sampai tahun 2010, yaitu 1E. Pada penelitian Barat yang telah membantu penyelesaian
ini diperoleh hasil genotipe 2B di Kabupaten artikel ini.
Kuningan dan Kota Cirebon tahun 2012.
Berdasarkan galur keturunan, genotipe Daftar Pustaka
virus rubela yang menyebar di Jawa Barat
berasal dari dua kelompok, yaitu genotipe 1. WHO. The immunological basis for
1E yang galurnya sejenis dengan galur di immunization series: modul 11: rubella.
Malaysia (RVI/MYS/01) dan genotipe 2B Geneva: Dept. Immunization, Vaccine
yang memiliki jenis yang sama dengan galur and Biological; 2008.
dari Anqing, China (RVI/ANKING.CHN/00). 2. Albernaty ES, Hubschen JM, Muller CP,

6
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015

Jin L, Brown D, Komase K, et al. Status of Touabti A, Lacheheb A. Seroprevalence


global virologic surveillance for rubella of rubella among woman of childbearing
viruses. J Infect Dis. 2011;204(Suppl age in Algeria. Is there a need for a
1):S524 ̶ 32. doi: 10.1093/infdis/jir099. rubella vaccination?. Int J Publ Health
3. Castillo-Solorzano C, Marsigli C, Bravo- Epid. 2013;2(1):56 ̶ 9.
Alcantara P, Flannnery B, Matus CR, 12. Zhou Y, Ushijima H, Frey TK. Genomic
Tambini G, et al. Elimination of rubella analysis of diverse rubella virus genotype.
ang congenital rubela syndrome in the J General Virol. 2006;88(3):932–41. doi:
America. J Infect Dis. 2011;204(Suppl 10.1099/vir.0.82495-0
2):271 ̶ 78. doi: 10.1093/infdis/jir472 13. Cloete LJ, Tanov EP, Muhire BM,
4. WHO. Status report on progress towards Martin DP, Harkins GW. The influence
measles and rubella elimination. SAGE of secondary structure, selection and
Working Group on Measles and Rubella. recombination on rubella virus nucleotide
Geneva: Dept of IVB, WHO; 2013. substitution rate estimates. Virol J.
5. CDC. Epidemiology and prevention of 2014;11(166):1–12. doi: 10.1186/1743-
vaccine-preventable diseases, the pink 422X-11-166.
book. Chapter 19: Rubela. Edisi ke-12. 14. Zheng DP, Frey TP, Icegnole J, Kato
Atlanta: CDC; 2012. S, Abernathy S, Song K, et al. Global
6. Ditjen P2MPL. Petunjuk teknis surveilans distribution of rubella virus genotypes.
campak. Jakarta: Depkes RI; 2008. Emerging Infec Dis. 2003;9(12):1523–
7. Rota PA, Brown KE, Hubschen JM, 30. doi: 10.3201/eid0912.030242
Muller CP, Icenogle J, Chen MH, et al. 15. Padhi A, Ma L. Molecular evolutionary
Improving global virologic surveillance and epidemiological dynamics of
for measles and rubella. J Infec Dis. genotypes 1G and 2B of rubella virus.
2011;204(Supl 1):506–13. doi: 10.1093/ PLoS One. 2014;9(10):1–7. doi: 10.1371/
infdis/jir117. journal.pone.0110082.
8. SEARO WHO. Protocols for molecular 16. Zhu Z, Ciu A, Wang H, Zhang Y, Liu C,
epidemiology of measles virus and Wang C, et al. Emergence and continuous
rubella virus. Bangkok: NIH; 2010. evolution of genotipe 1E rubella viruses in
9. Bio Farma. Laporan tahunan Divisi China. J Clin Microbiol. 2012;50(2):353–
Surveilans dan Uji Klinis. Bandung: PT. 63. doi: 10.1128/JCM.01264-11.
Bio Farma (Persero); 2012. 17. Chen M, Zhu Z, Liu D, Huang G,
10. Al-Sheref F, Jefrri OH, El-Sayed Z. Huang F, Wu J, et al. Rubella epidemic
Seroprevalence of rubella among pregnant caused by genotipe 1E rubella viruses in
woman and young females. Egyptian J Beijing, China, in 2007–2011. Virol J.
Med Microbiol. 2010;19(1):119 ̶ 28. 2013;10:122. doi: 10.1186/1743-422X-
11. Ouyahia A, Segueni A, Laouamri S, 10-122.

Anda mungkin juga menyukai