Abstrak
Penyakit rubela menyebar di seluruh dunia dan berbahaya bagi ibu hamil karena dapat menyebabkan
abortus, kematian janin atau sindrom rubela kongenital (congenital rubella syndrome/CRS) hingga
90%. Penyebaran dan identifikasi genotipe rubela di Indonesia penting untuk memastikan adanya
virus endemis atau importasi yang menyebar di masyarakat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui
penyebaran dan genotipe rubela di Jawa Barat dalam upaya pencegahan yang efektif. Penelitian ini
dilakukan dengan memeriksa sampel urin penderita suspect campak menggunakan protokol WHO
melalui tahapan isolasi pada sel vero, uji PCR, uji sekuensing, dan analisis hasil sekuensing. Sampel
diambil dari program surveilans campak-rubela nasional pada tahun 2011 ̶ 2013. Sebanyak 251 sampel
urin yang diperiksa, diperoleh hasil sebanyak 32 sampel (12,7%) positif. Sebanyak 28 kasus (87,5%)
merupakan genotipe 1E sedangkan sisanya 4 kasus (12,5%) merupakan genotipe 2B. Penyebaran virus
rubela terutama terjadi di Kabupaten Kuningan, Garut, Tasikmalaya, Kota Bandung, Kota Cimahi, dan
Kota Tasikmalaya. Pencegahan penyebaran penyakit rubela dan surveilans CRS di wilayah endemis
perlu menjadi prioritas untuk memutus rantai penularan.
Kata kunci: Genotipe rubela 1E, genotipe rubela 2B, epidemiologi rubela
Abstract
Rubella spreads around the world and dangerous especially for pregnant women because it can cause
abortion, fetal death or congenital rubella syndrome (CRS) almost 90% cases. Spread and identification
of rubella genotypes in Indonesia is important to ensure the indigenous or importation virus. The purpose
of this study was to determine the rubella genotype distribution and spread in West Java in effective
prevention efforts. This study was conducted by examining the urine samples of suspect measles patients
using WHO protocol through the virus isolation in vero cells, PCR, DNA sequencing, and analysis of
the sequencing results. Samples taken from the measles-rubella surveillance program nationwide in
2011 ̶ 2013. Of the 251 urine samples were examined, 32 samples (12.7%) were positive. A total of 28
cases (87.5%) were genotype 1E while the remaining 4 cases (12.5%) were genotype 2B. Rubella virus
spread primarily occurs in District of Kuningan, Garut, Tasikmalaya, Bandung City, Cimahi City, and
Tasikmalaya City. Prevention of the rubella diseases and CRS surveillance in endemic areas should be
priority task to break the chain of transmission.
Key words: Rubella genotype 1E, rubella genotype 2B, rubella epidemiology
Korespondensi: Acep T. Hardiana, SKM., Bagian Surveilans dan Epidemiologi, PT. Bio Farma, Bandung,
Indonesia, email: tantanhardiana@yahoo.com
Naskah diterima: 7 Juli 2014, Diterima untuk diterbitkan: 21 Oktober 2014, Diterbitkan: 1 Maret 2015
1
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015
Pendahuluan Metode
Rubela adalah salah satu penyakit umum yang Sampel urin diambil dari suspect penderita
menyebar di seluruh dunia dan menyerang campak atau rubela dalam waktu <5 hari sejak
berbagai umur dengan gejala yang bervariasi. muncul ruam di tubuh penderita oleh petugas
Infeksi pada pada anak-anak ditandai dengan Dinas Kesehatan Kabupaten/Kota di Provinsi
adanya ruam pada kulit dan demam. Pada Jawa Barat lalu dikirim ke laboratorium
usia dewasa, infeksi rubela akan tampak Surveilans dan Epidemiologi PT. Bio Farma.
lebih nyata dengan timbulnya sakit kepala, Informasi kasus diperoleh secara berjenjang
mata merah dan berair, sakit pada persendian, dari puskesmas hingga ke dinas kesehatan
dan hilangnya nafsu makan. Gejala kelainan provinsi. Jumlah sampel yang dikirim ke
yang berat muncul pada wanita hamil apabila laboratorium dibatasi hanya tiga kasus untuk
infeksi terjadi pada usia kehamilan kurang setiap kejadian luar biasa (KLB). Setiap
dari 13 minggu. Infeksi pada masa tersebut kasus dilengkapi laporan C1 tentang identitas
dapat menyebabkan abortus, kematian janin, dan riwayat penderita. Jumlah sampel secara
atau sindroma rubela kongenital (congenital keseluruhan sangat bergantung pada aktivitas
rubella syndrome/CRS) hingga 90%.1-3 petugas dalam melacak kasus. Urin diambil
Dalam upaya eliminasi gobal rubela tahun sebanyak 10–50 mL ditampung dalam wadah
2020 diperlukan surveilans penyakit maupun steril bertutup, dikirim dalam keadaan dingin
genotipe dari virus rubela untuk memantau di dalam cold box 2–8 0C dan harus tiba di
penyebarannya dan memastikan tidak ada laboratorium dalam waktu <24 jam.8
lagi virus rubela endemis di setiap negara.2 Pengolahan urin dilakukan dengan cara
Program eradikasi rubela juga dapat tercapai sentrifugasi selama 15 menit dalam kecepatan
jika cakupan vaksinasi dipertahankan lebih 3000 rpm pada suhu 2–8 0C. Pelet dipisahkan
dari 95%, tetapi vaksinasi rubela di Indonesia dan dilarutkan pada 2 mL minimum essential
belum menjadi program nasional.4 medium (MEM) Sigma seri M3024 yang
Penyebaran dan genotipe virus rubela di mengandung penicilline-streptomycine, lalu
Indonesia belum menjadi prioritas penelitian. disimpan ke dalam tabung steril pada suhu
Program surveilans rubela pada umumnya -20 0C sebelum digunakan.
dilaksanakan bersamaan dengan surveilans Virus rubela diisolasi menggunakan sel
campak dikarenakan kedua penyakit tersebut Vero ke dalam tissue culture flask 25 cm2 dari
memiliki gejala klinis yang hampir sama.5,6 Nunc katalog 136196. Sebanyak 0,5–1,0 mL
Program surveilans campak dan rubela di Jawa sampel diinokulasikan ke dalam setiap flask
Barat telah dilaksanakan sejak tahun 1998. berisi 5 mL MEM dan diamati selama 2x7
Pada tahun 2002 Laboratorium Surveilans hari. Isolat digunakan untuk pemeriksaan
dan Epidemiologi Bio Farma ditunjuk sebagai polymerase chain reaction (PCR) virus rubela.
laboratorium rujukan campak dan rubela Pemeriksaan PCR untuk identifikasi genotipe
tingkat nasional. Pemeriksaan biomolekuler didasarkan pada genom E1 virus rubela.
dalam penentuan genotipe rubela dimulai Pemeriksaan dilakukan melalui tahapan
sejak tahun 2009 dari sampel urin. Virus ekstraksi ribonucleic acid (RNA), siklus PCR,
rubela dapat diidentifikasi dari cairan tubuh elektroforesis, dan dokumentasi gel.8 Ekstraksi
seperti saliva, urin, dan hapus tenggorok.7 RNA virus rubela menggunakan QIAmp
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui Viral RNA Mini Kit katalog 52904 produksi
penyebaran dan genotipe virus rubela di Qiagen. Isolat yang digunakan sebanyak 140
Provinsi Jawa Barat pada tahun 2011–2013. uL dan suspensi RNA akhir sebanyak 60 uL.
2
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015
Hasil ekstraksi disimpan pada suhu -20 0C. sedangkan reagen yang digunakan adalah Big
Siklus pada PCR dilakukan menggunakan Dye Terminator Cycle Sequencing Kit versi
Thermal Cycler Verity dari Applied Biosystem, 3.1 katalog 4337455, Big Dye Terminator
sedangkan reagen yang digunakan adalah 5x Buffer dari Applied Biosystem dan
Qiagen One-step RT PCR kit katalog 210212 primer spesifik (RV8633, RV9112, RV8945,
dari Qiagen, primer spesifik (RV11, RV12, RV9577). Formula reagen siklus sekuensing
RV12.2), dan RNase inhibitor. Formula dibuat dengan cara mencampurkan 2,0 uL 5x
reagen PCR dibuat dengan mencampurkan Big Dye buffer, 2,0 uL Big Dye Terminator
10 uL 5x Qiagen One-Step RT PCR, 10 uL 5x reaction mix, 0,5 uL masing-masing primer
Q solution, 2uL dNTP mix, 0,5 uL RV11, 0,5 3,2 mMol, 5,0 uL RNase free water, 0,5 uL
uL RV12, 0,5 uL RV12.2, 19,5 uL RNase free sampel (pengenceran 1:4). Siklus sekuensing
water, 2 uL Qiagen One-Step enzyme mix, 0,5 dilakukan melalui tahapan amplifikasi 25x
uL RNase inhobitor, dan 5,0 uL sampel. Siklus dengan siklus 95 0C selama 30 detik, 50 0C
PCR dilakukan melalui tahapan inkubasi selama 15 detik, 60 0C selama 2 menit, dan
50 0C selama 30 menit dan 95 0C selama 15 tahap akhir 4 0C.
menit, amplifikasi 40x dengan siklus 94 0C Purifikasi terhadap hasil siklus sekuensing
selama 30 detik, 60 0C selama 30 detik, 72 0C dilakukan dengan menggunakan Big Dye X
selama 1 menit, dan tahap akhir 72 0C selama Terminator Purification Kit katalog 4376486
10 menit kemudian disimpan pada suhu 4 0C. dari Applied Bio System. Hasil purifikasi lalu
Elektroforesis gel dilakukan menggunakan dimasukkan ke dalam DNA Analyzer model
Muppid-Exu elektroforesis apparatus dengan 3130 dari Applied Biosystem untuk dilakukan
reagen gel agarose katalog 1613101 dari Bio elektroforesis kapiler. Elektroforesis kapiler
Rad, DNA ladder 100 pb katalog 1708202 pada DNA Analyzer dilakukan dengan cara
dari Bio Rad, bufer TBE 10x Invitrogen dan memasukkan 15 uL sampel hasil purifikasi
Gel Red sebagai pewarna DNA. Pembacaan dan 10 uL HiDi formamide dari Applied
dilakukan pada gel documentation system Biosystem ke dalam sumur sequencing plate
Bio Rad. Gel agarose dibuat 2% dalam TBE yang sesuai.
bufer dan penambahan 1 uL Gel Red untuk Analisis sekuensing dilakukan dengan
setiap 50 mL gel. Sampel dimasukkan ke menggunakan perangkat lunak Sequencing
dalam setiap sumur sebanyak 10 uL setelah analysis. Pemetaan virus dilakukan dengan
dicampur loading dye 2 uL. Gel dirunning menggunakan perangkat lunak Health Mapper
selama 30 menit pada 100 volt dengan DNA sedangkan proses pengeditan nukleotida,
ladder sebagai standar. klasifikasi genotipe, dan phylogenetic tree
Sekuensing untuk virus rubela dilakukan menggunakan perangkat lunak MEGA6.
dengan tahapan purifikasi hasil PCR, siklus
sekuensing, purifikasi hasil siklus sekuensing, Hasil
dan elektroforesis kapiler, serta analisis hasil.
Purifikasi hasil PCR menggunakan QIAquick Selama tahun 2011–2013 diperiksa sebanyak
PCR Purification Kit nomor 28104 atau 251 bahan pemeriksaan urin dari tersangka
QIAquick Gel Extraxtion Kit nomor 28704 dari penderita penyakit campak di Provinsi Jawa
Qiagen. Hasil purifikasi kemudian dilarutkan Barat. Pemeriksaan dilakukan melalui tahap
ke dalam 50 uL nuclease free water untuk pengolahan urin, isolasi pada sel Vero, PCR,
digunakan dalam pemeriksaan berikutnya. sekuensing, dan analisis hasil sekuensing
Siklus sekuensing dilakukan menggunakan dengan perangkat lunak sequencing analysis,
Thermal Cycler Verity dari Applied Biosystem, MEGA6, dan Health Mapper. Hasil dari
3
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015
pemeriksaan PCR rubela dapat dilihat pada berada di Provinsi Jawa Barat mengirimkan
Gambar 1 sedangkan perbedaan nukleotida sampel urin ke laboratorium selama periode
genotipe 1E dan 2B dapat dilihat pada Gambar 2. tahun 2011–2013. Sebanyak 32 (12,7%) dari
251 sampel urin dinyatakan positif rubela.
Pembahasan Hasil PCR menunjukkan beberapa sampel
positif dengan ukuran produk yang sama yaitu
Sebanyak 24 dari 26 kabupaten/kota yang 180 pb (Gambar 1).9 PCR digunakan hanya
Gambar 2 Beberapa Perubahan Nukleotida pada Posisi 545–590 Genotipe 1E dan 2B Virus
Rubela di Jawa Barat
4
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015
Rvi/Kuningan5044.INO/06.12
Rvi/Kt.Cimahi4003.INO/01.13
Rvi/Kuningan4045.INO/06.12
Rvi/Kt.Bandung4058.INO/07.12
Rvi/Kt.Bandung5059.INO/07.12
Rvi/Garut4054.INO/07.12
Rvi/Kt.Cimahi2053.INO/07.12
Rvi/Cianjur1050.INO/07.12
Rvi/Garut2026.INO/04.12
Rvi/Kt.Tsk2110.INO/12.11
RVI MYS 01 1E
Rvi/Garut1117.INO/12.11
Rvi/Kt.Bandung2040.INO/06.12
Rvi/Tskmly2101.INO/12.11
Rvi/Kt.Bandung3057.INO/07.12
Rvi/Kt.Bandung1075.INO/11.11 1E
Rvi/Garut3028.INO/04.12
Rvi/Bdg.Barat.INO/02.12
Rvi/Kuningan3099.INO/12.11
Rvi/Tskmly3115.INO/12.11
Rvi/Ciamis1088.INO/11.11
Rvi/Kuningan2098.INO/12.11
Rvi/Cirebon1087.INO/11.11
Rvi/Kt.Cimah3002.INO/01.13
Rvi/Tskmly1096.INO/12.11
Rvi/Kt.Tsk1091.INO/11.11
Rvi/Sumedang1084.INO/11.11
Rvi/Kt.Skbumi1044.INO/10.11
Rvi/Kt.Cimahi1054.INO/10.11
RVI Jerusalem.ISR 75 1B
0.01
5
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015
6
Jurnal Farmasi Klinik Indonesia Volume 4, Nomor 1, Maret 2015