3.

BIOTEKNOLOGI
TEKNIK REKAYASA GENETIKA

Rekayasa genetika adalah kegiatan manipulasi gen dengan teknik DNA rekombinan dengan tujuan
mengubah, menghilangkan atau memunculkan ekspresi gen tersebut pada suatu organisme
hidup. Obyek rekayasa genetika mencakup hampir semua golongan organisme, mulai dari bakteri,
alga, fungi, tumbuh-tumbuhan, hewan tingkat rendah, dan hewan tingkat tinggi.
Ada beberapa tahapan utama dalam rekayasa genetika, yaitu:

1. Kloning gen
Kloning gen terdiri atas beberapa tahapan, diantaranya memotong DNA menjadi fragmen-fragmen
dengan ukuran beberapa ratus hingga ribuan kb (kilobase), selanjutnya fragmen ini dimasukkan ke
dalam vektor bakteri untuk kloning. Berbagai macam vektor didesain untuk membawa DNA dengan
panjang yang berbeda. Plasmid, kosmid, faga P1, BAC (bacterial artificial chromosome), dan YAC
(Yeast Artificial Chromosome) dapat membawa DNA hingga 20 kb, 40 kb, 90 kb, 200 kb, dan 1000 kb
secara berturut-turut. Setiap vektor, hanya mengandung satu fragmen DNA, dimasukkan ke dalam
bakteri, yang kemudian teramplifikasi, membentuk suatu klon. Sejumlah besar setiap fragmen DNA
kemudian diisolasi dari setiap klon. Ekspresi kloning gen telah disimpan dengan perbanyakan kloning
yang dilakukan pada bakteri yang mengandung fragmen DNA tersebut.

Teknik Kloning Gen

Kloning fragmen DNA secara langsung yang mengandung gen tertentu seringkali tidak bisa
dilakukan. Kloning cDNA yang tepat biasanya merupakan tahapan intermediat atau pertengahan.
Untuk tujuan ini, mRNA suatu jenis sel diretrotranskripsi menjadi DNA menggunakan enzim
reverse-transkriptase virus. DNA untai tunggal yang dihasilkan dengan caran ini kemudian diubah
mejadi DNA untai ganda menggunakan DNA polimerase. Fragmen DNA yang dihasilkan selanjutnya
dikloning ke dalam plasmid untuk menghasilkan bank cDNA.

2. Sequensing DNA
Sekuensing DNA terdiri atas penentuan urutan basa suatu fragmen DNA. Selama bertahun-
tahun sekuensing dilakukan dengan teknik yang butuh waktu dan proses lama. Sekarang proses ini
bersifat automatis dan dilakukan dalam skala industri dan memungkinkan mensekuensing beberapa
ribu kilobasa per hari.

3. Amplifikasi gen secara in-vitro

Teknik yang dikenal sebagai PCR (polymerase chain reaction) untuk amplifikasi DNA ini paling
sering digunakan oleh praktisi biologi molekuler Teknik PCR mensintesis untaian komplementer
suatu fragmen DNA yang dimulai dengan suatu primer. Untuk lebih jelasnya dapat dibaca pada
artikel Mengenal Teknik PCR (Polymerase Chain Reaction).
4. Konstruksi Gen
Penelitian gen seringkali membutuhkan konstruksi gen fungsional yang dimulai dari berbagai elemen
gen. Elemen-elemen ini mungkin daerah regulator atau mungkin daerah transkrip. Mereka bisa saja
dalam struktur asli atau hasil mutasi dengan eksperimen. Konstruksi gen dapat membantu
identifikasi daerah regulator yang mengontrol ekspresi gen. Daerah koding atau coding region
mungkin mengandung struktur aslinya. Konstruk gen bisa digunakan untuk mengkaji pengaruh gen
pada sel atau organisme secara menyeluruh. Daerah transkrip mungkin mengandung suatu gen
reporter yang menyandi protein yang bisa dengan mudah divisualisasi atau dikuantifikasi
berdasarkan aktifitas spesifik enzimnya.

Rekayasa genetika mungkin dapat digunakan pada skala industri untuk memprogram ulang sel atau
organisme untuk menghasilkan rekombinan sifat terkait farmasi dan untuk mencegah respon
penolakan imun pada sel atau organ hasil transplantasi.

Berbagai metode ekspresi gen (Sumber: Houdebine, 2003)

Pada semua kasus, gen harus dikonstruksi secara eksprimen. Konstruks gen mengandung sedikitnya
daerah promoter, daerah transkrip, dan daerah terminator. Dengan demikian, suatu konstruk gen
kemudian bisa disebut sebagai vektor ekspresi.

Konstruksi gen mengimplikasikan penggunaan enzim restriksi yang memotong DNA pada daerah
spesifik, sintesis oligonukleotida secara kimiawi, amplifikasi fragmen DNA secara in-vitro
menggunakan teknik PCR, serta menyambungkan fragmen DNA yang berbeda dengan ikatan
kovalen menggunakan enzim ligase. Sebagian besar, fragmen ini ditambahkan pada plasmid yang
kemudian ditransfer ke dalam bakteri. Klon bakteri kemudian diselksi dan diamplifikasi.

Pemilihan elemen yang ditambahkan pada konstruk tergantung pada tujuan eksperimen dan
khususnya pada jenis sel dimana konstruk tersebit akan diekspresikan. Kode genetik bersifat
universal, bahkan jika beberapa kodon sering digunakan secara efektif pada jenis sel tertentu
dibandingkan sel lain. Kode yang menentukan aktifitas sekuen regulator bersifat spesifik bagi setiap
organisme. Promoter dari suatu gen bakteri tidak akan aktif pada sel tumubuhan maupun hewan,
begitu pula sebaliknya.

5. Transfer gen ke dalam sel

Suatu gen hasil isolasi dapat ditranskripsi secara in-vitro dan mRNAnya juga dapat ditranslasikan
pada suatu sistem bebas sel. Teknik ini memungkinkan peneliti memperoleh sejumlah protein dalam
jumlah kecil, yang mungkin tidak cukup untuk beberapa penelitian biokimia, atau untuk penentuan
aktifitas biologi protein tersebut secara in vivo atau menentukan strukturnya melalui proses
kristalisasi.

Untuk dikodekan secara efektif dan ditranslasikan menjadi protein, suatu gen harus ditransfer ke
dalam sel, yang secara alami mungkin mengandung semua faktor-faktor yang diper.lkan dalam
proses transkripsi dan translasi. Ada berbagai teknik yang bisa digunakan untuk proses transfer gen,
diantaranya: 1). Fusi sel; 2). Penggunaan senyawa kimia; 3). Elektroporasi; 4). Injeksi menggunakan
vektor virus; 5) Mikroinjeksi.
PEMANFAATAN FLORA-FAUNA UNTUK TEKNOLOGI INDUSTRI : PANGAN, OBAT, DLL

1. Manfaat dari Segi Ekonomi

Jenis hewan (fauna) dan tumbuhan (flora) dapat diperbarui dan dimanfaatkan secara berkelanjutan.
Beberapa jenis kayu memiliki manfaat bagi kepentingan masyarakat.Indonesia maupun untuk
kepentingan ekspor. Jenis kayu-kayu tersebut antara lain adalah Kayu Ramin, Gaharu, Meranti, dan Jati
jika di ekspor akan menghasilkan devisa bagi negara. Beberapa tumbuhan juga dapat dijadikan sebagai
sumber makanan yang mengandung karbohidrat, protein, vitamin serta ada tumbuhan yang dapat
dimanfaatkan sebagai obat-oabatan dan kosmetika. Sumber daya yang berasal dari hewan dapat
dimanfaatkan sebagai sumber makanan dan untuk kegiatan industri.
Dua pertiga wilayah Indonesia adalah perairan yang dapat dijadikan sumber daya alam yang bernilai
ekonomi. Laut, sungai, dan tambak merupakan sumber-sumber perikanan yang berpotensi ekonomi.
Beberapa jenis diantaranya dikenal sebagai sumber bahan makanan yang mengandung protein.

2. Manfaat dari Segi Wisata dan Ilmu Pengetahuan

Kekayaan aneka flora dan fauna sudah sejak lama dimanfaatkan untuk pengembangan ilmu
pengetahuan. Hingga saat ini masih banyak jenis hewan dan tumbuhan yang belum dipelajari dan belum
diketahui manfaatnya. Dengan demikian keadaan ini masih dapat dimanfaatkan sebagai sarana
pengembangan pengetahuan dan penelitian bagi berbagai bidang pengetahuan. Misalnya penelitian
mengenai sumber makanan dan obat-obatan yang berasal dari tumbuhan. Umumnya secara langsung
manusia menjadikan hewan sebagai objek wisata atau hiburan.

3. Manfaat dari Segi Sosial dan Budaya

Masyarakat Indonesia ada yang menetap di wilayah pegunungan, dataran rendah, maupun dekat
dengan wilayah perairan. Masyrakat tersebut telah terbiasa dan menyatu dengan keadaan lingkungan
sekitarnya. Kegiatan memanen hasil hutan maupun pertanian merupakan kebiasaan yang khas bagi
masyarakat yang tinggal di pegunungan atau dataran tinggi.
Masyarakat tersebut yang hidup berdekatan dengan laut, sungai, dan hutan memiliki aturan tertentu
dalam upaya memanfaatkan tumbuhandan hewan. Masyarakat memiliki kepercayaan tersendiri
mengenai alam. Dengan adanya aturan-aturan tersebut, keanekaragaman hayati akan terus terjaga
kelestariannya.

4. Manfaat dalam Ekologi

Keanekaragaman hayati merupakan komponen ekosistem yang sangat penting, misalnya hutan hujan
tropis. Hutan hujan tropis memiliki nilai ekologis atau nilai lingkungan yang penting bagi bumi, antara
lain:
· Merupakan paru-paru bumi Kegiatan fotosintesis hutan hujan tropis dapat menurunkan kadar
karbondioksida (CO2) di atmosfer, yang berarti dapat mengurangi pencemaran udara dan dapat
mencegah efek rumah kaca.
· Dapat menjaga kestabilan iklim global, yaitu mempertahankan suhu dan ke lembaban udara. Selain
berfungsi untuk menunjuang kehidupan manusia, keanekaragaman hayati memiliki peranan dalam
mempertahankan keberlanjutan ekosistem. Masing-masing jenis organisme memiliki peranan dalam
ekosistemnya. Peranan ini tidak dapat digantikan oleh jenis yang lain. Sebagai contoh, burung hantu dan
ular di ekosistem sawah merupakan pemakan tikus. Jika kedua pemangsa ini dilenyapkan oleh manusia,
maka tidak ada yang mengontrol populasi tikus. Akibatnya perkembangbiakan tikus meningkat cepat
dan di mana-mana terjadi hama tikus.
Selain berfungsi untuk menunjuang kehidupan manusia, keanekaragaman hayati memiliki peranan
dalam mempertahankan keberlanjutan ekosistem. Masing-masing jenis organisme memiliki peranan
dalam ekosistemnya. Peranan ini tidak dapat digantikan oleh jenis yang lain. Sebagai contoh, burung
hantu dan ular di ekosistem sawah merupakan pemakan tikus. Jika kedua pemangsa ini dilenyapkan oleh
manusia, maka tidak ada yang mengontrol populasi tikus. Akibatnya perkembangbiakan tikus meningkat
cepat dan di mana-mana terjadi hama tikus.
Tumbuhan merupakan penghasil zat organik dan oksigen, yang dibutuhkan oleh organisme lain. Selain
itu, tumbuh-tumbuhan dapat membentuk humus, menyimpan air tanah, dan mencegah erosi.
Keanekaragaman yang tinggi memperkokoh ekosistem. Ekosistem dengan keanekaragaman yang rendah
merupakan ekosistem yang tidak stabil. Bagi manusia, keanekaragaman yang tinggi merupakan gudang
sifat-sifat unggul (plasma nutfah) untuk dimanfaatkan di kemudian hari.

5. Manfaat dalam Farmasi

Manusia telah lama menggunakan sumber daya hayati untuk kepentingan medis. Selain pengobatan
tradisional, pengobatan moderenpun sangat tergantung pada keragaman hayati terutama tumbuhan
dan mikroba. Sumber daya dari tanaman liar, hewan dan mikroorganisme juga sangat penting dalam
pencarian bahan-bahan aktif bidang kesehatan. Banyak obat-obatan yang digunakan saat ini berasal
dari tanaman; beberapa antibiotik, berasal dari mikroorganisme, dan struktur kimia baru ditemukan
setiap saat.

6. Manfaat dalam Ilmu pengetahuan dan Teknologi

Kekayaan aneka flora dan fauna sudah sejak lama dimanfaatkan untuk pengembangan ilmu
pengetahuan. Hingga saat ini masih banyak jenis hewan dan tumbuhan yang belum dipelajari dan belum
diketahui manfaatnya. Dengan demikian keadaan ini masih dapat dimanfaatkan sebagai sarana
pengembangan pengetahuan dan penelitian bagi berbagai bidang pengetahuan. Misalnya penelitian
mengenai sumber makanan dan obat-obatan yang berasal dari tumbuhan.

7. MANFAAT INDUSTRI

Keanekaragaman hayati dapat dijadikan sebagai sumber pendapatan (dapat mendatangkan devisa untuk
industri). Misalnya untuk bahan baku industri, rempah-rempah, dan perkebunan. Bahan-bahan industri
misalnya: kayu gaharu dan cendana untuk industri kosmetik, kayu jati dan rotan untuk meubel, teh dan
kopi untuk industri minuman, gandum dan kedelai untuk industri makanan, dan ubi kayu untuk
menghasilkan alcohol. Rempah-rempah, misalnya lada, vanili, cabai, bumbu dapur. Perkebunan
misalnya: kelapa sawit dan karet.

B. Manfaat keanekaragaman hayati untuk masyarakat:

Ø Merupakan sumber kehidupan, penghidupan dan kelangsungan hidup bagi umat manusia, karena
potensial sebagai sumber pangan, papan, sandang, obat-obatan serta kebutuhan hidup yang lain
Ø Merupakan sumber ilmu pengetahuan dan tehnologi
Ø Mengembangkan sosial budaya umat manusia. Pemanfaatan keanekaragaman hayati bagi masyarakat
ini harus dilakukan secara berkelanjutan yaitu manfaat yang tidak hanya untuk generasi sekarang tetapi
juga untuk generasi yang akan dating. Oleh karena itu, mari kita lestarikan keanekaragaman hayati yang
ada di sekitar kita agar dapat dimanfaatkan oleh generasi yang akan datang.

C. Nilai Keanekaragaman Hayati

1. Kebutuhan dasar, yaitu kebutuhan yang bersifat mutlak , seperti:

· sandang (ulat sutra, bulu domba, kapas)
· pangan (serealia/biji - bijian, umbi - umbian, sayur, buah, telur, daging, susu dan sebagainya)
· papan (meranti, jati, sengon, pohon sawo, dan sebagainya)
· udara bersih (pepohonan)
· keanekaragamn hayati yang dapat menghasilkan suatu produk yang bermanfaat untuk hidup dan
menjaga kesehatan manusia dikatakan memiliki nilai biologi.

2. Kebutuhan Sekunder, kebutuhan untuk lebih menikmati hidup, misalnya:

· transportasi (kuda, onta, sapi)
· rekreasi (hutan, taman bunga, tanaman hias, keindahan bawah laut, hewan piaraan dan
sebagainya)

3. Keanekaragaman hayati dapat menghasilkan produk berupa materi atau jasa yang manfaatnya
dapat ditukar dengan uang, misalnya bahan kebutuhan pokok atau pangan yang diperdagangkan,
dikatakan memiliki nilai ekonomi.
4. Bagi suatu negara tertentu, keanekaragaman hayati dapat memberikan kebanggaan karena
keindahan atau kekhasannya, seperti: karapan sapi di madura, ukiran jepara dari kayu jati, lukisan
wayang dari kulit domba dan sebagainya. Keanekaragaman hayati tersebut memiliki niali budaya.

5. keanekaragaman hayati masih terus diteliti oleh para ahli, karena sebagai sumber ilmu atau tujuan
lain (misalnya :pemuliaan hewan dan tumbuhan, pelestarian alam, pencarian alternatif bahan pangan
dan energi dan sebagainya). jadi keanekaragaman hayati memiliki nilai pendidikan.

D. MANFAAT MEMPELAJARI KEANEKARAGAMAN HAYATI

Keanekaragaman hayati telah banyak dipelajari oleh menusia sejak zaman dahulu. Hal tersebut
dilakukan selain untuk memenuhi kebutuhan sandang dan pangan juga untuk keperluan kesehatan dan
pengobatan suatu penyakit. Contohnya seperti sirih, lengkuas, kumis kucing, dan Pennicillium. Manfaat
mempelajari keanekaragaman hayati antara lain:
· mengetahui manfaat masing-masing jenis bagi kehidupan manusia
· mengetahui adanya saling ketergantungan makhluk hidup
· mengetahui ciri-ciri dan sifat masing-masing jenis
· mengetahui kekerabatam antar makhluk hidup
· mengetahui manfaat keanekaragaman dalam mendukung kelangsungan hidup manusia