TUGAS

POLIMERASE CHAIN REACTION (PCR)

Untuk memenuhi tugas mata kuliah Mikrobiologi Lanjut yang dibimbing oleh
Dr. Rieny Sulistijowati S, M.Si

Oleh :
Putu Arisna Damayanty
NIM. 705517003

PENDIDIKAN BIOLOGI
PASCASARJANA
UNIVERSITAS NEGERI GORONTALO
2018

i
 KATA PENGANTAR

Puji Syukur kita ucapkan kepada Tuhan Yang Maha Esa, yang telah
memberikan rahmat serta hidayahNya sehingga penulisan makalah yang berjudul
“Polimerase Chain Reaction (PCR)”, yang mana makalah ini disusun bertujuan
untuk memenuhi tugas mata kuliah Mikrobiologi Lanjut yang dibimbing oleh Dr.
Rieny Sulistijowati S, M.Si dalam menempuh pendidikan di Universitas Negeri
Gorontalo telah selesai.
Penulis menyadari bahwa masih banyak kekurangan dan keterbatasan dalam
penyajian data dalam makalah ini. Oleh karena itu, penulis mengharapkan kritik
dan saran yang membangun dari semua pembaca demi kesempurnaan makalah
ini. Semoga makalah ini berguna dan dapat menambah pengetahuan pembaca.
Demikian makalah ini disusun, mohon maaf apabila ada kata-kata yang
kurang berkenan dan banyak terdapat kekurangan dalam penulisan.

Gorontalo, 20 September 2018

Penulis

ii
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR........................................................................................ ii

DAFTAR ISI....................................................................................................... iii

BAB I PENDAHULUAN

A. Latar Belakang............................................................................................. 1

B. Rumusan Masalah........................................................................................ 2

C. Tujuan.......................................................................................................... 2

BAB II PEMBAHASAN

A. Ko-Evolusi................................................................................................... 3

B. Ko-Evolusi Tumbuhan-Hewan.................................................................... 4

C. Mutualisme................................................................................................... 6

D. Komensalisme.............................................................................................. 11

E. Warna dan Bentuk Pelindung...................................................................... 12

BAB III PENUTUP

A. Kesimpulan.................................................................................................. 15

DAFTAR PUSTAKA......................................................................................... 16

iii
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi dewasa ini berkembang
semakin pesat. Salah satu perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang
sering diterapkan adalah bioteknologi. Bioteknologi merupakan pemanfaatan
berbagai prinsip ilmiah dan rekayasa terhadap organisme, sistem, atau proses
biologis untuk menghasilkan atau meningkatkan potensi organisme maupun
menghasilkan produk dan jasa bagi kepentingan hidup manusia. Secara umum
bioteknologi dikelompokkan menjadi dua, yaitu bioteknologi tradisional dan
bioteknologi modern. Bioteknologi tradisional merupakan bioteknologi yang
memanfaatkan mikroba, proses biokimia, dan proses genetik yang terjadi secara
alami. Produk dari bioteknologi tradisional tersebut antara lain: tempe, oncom,
yoghurt, dan keju. Bioteknologi tradisional ini terus mengalami perkembangan
hingga ditemukannya struktur DNA yang diikuti dengan penemuan
lainnya.Dengan ditemukannya struktur DNA dan berkembangnya ilmu
pengetahuan tentang DNA, muncullah istilah bioteknologi modern. Bioteknologi
modern merupakan bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi atau rekayasa
DNA. Bioteknologi yang didasarkan pada manipulasi DNA ini dilakukan dengan
memodifikasi gen spesifik dan memindahkannya pada organisme yang berbeda,
seperti bakteri, hewan, dan tumbuhan.
Reaksi berantai polymerase (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah
suatu metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro. PCR ini
pertama kali dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis.Amplifikas
DNA pada PCR dapat dicapai bila menggunakan primer oligonukleotida yang
disebut amplimers.Primer DNA suatu sekuens oligonukleotida pendek yang
berfungsi mengawali sintesis rantai DNA. PCR memungkinkan dilakukannya
pelipatgandaan suatu fragmen DNA. Umumnya primer yang digunakan pada
PCR terdiri dari 20-30 nukleotida. DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA
yang akan dilipat gandakan dan berasal dari patogen yang terdapat dalam
spesimen klinik. Enzim DNA polimerase merupakan enzim termostabil Taq dari

1
bakteri termofilik Thermus aquaticus. Deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP)
menempel pada ujung 3‟ primer ketika proses pemanjangan dan ion magnesium
menstimulasi aktivasi polimerase.

B. Rumusan Masalah
1. Apa yang dimaksud dengan Polymerase Chain Reaction (PCR)?
2. Apa saja tahapan-tahapan Polymerase Chain Reaction (PCR)?
3. Alat dan bahan apa saja yang dibutuhkan dalam Polymerase Chain Reaction
(PCR)?
4. Apakah komponen-komponen yang dibutuhkan dalam proses Polymerase
Chain Reaction (PCR)?

C. Tujuan
Dari rumusan masalah tersebut, maka beberapa tujuan yang ingin dicapai antara
lain: 1. Untuk mengetahui apa yang dimaksud dengan Polymerase Chain
Reaction (PCR). 2. Untuk mengetahui apa saja tahapan-tahapan Polymerase
Chain Reaction (PCR). 3. Untuk mengetahui alat dan bahan apa saja yang
dibutuhkan dalam Polymerase Chain Reaction (PCR). 4. Untuk mengetahui
apakah komponen-komponen yang dibutuhkan dalam proses Polymerase Chain
Reaction (PCR). 5. Untuk mengetahui apa saja manfaat dari Polymerase Chain
Reaction (PCR).

D. Manfaat
Manfaat yang diperoleh dari penulisan ini untuk dapat memperoleh pengetahuan
tentang proses Polymerase Chain Reaction (PCR) serta manfaat dari PCR bagi
mahasiswa/peneliti.

2
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Pengertian Polymerase Chain Reaction (PCR)

Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain
Reaction (PCR), merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk
melipatgandakan suatu sekuens nukleotida tertentu secara in vitro. Metode ini
dikembangkan pertama kali oleh Kary B. Mulis pada tahun 1985. Metode ini
sekarang telah banyak digunakan untuk berbagai macam manipulasi dan analisis
genetik. Pada awal perkembanganya metode ini hanya digunakan untuk
melipatgandakan molekul DNA, tetapi kemudian dikembangkan lebih lanjut

3
sehingga dapat digunakan pula untuk melipatgandakan dan melakukan kuantitas
molekul mRNA.
Dengan menggunakan metode PCR dapat meningkatkan jumlah urutan
DNA ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula, sekitar 106-107 kali. Setiap
urutan basa nukleotida yang diamplifikasi akan menjadi dua kali jumlahnya. Pada
setiap siklus PCR akan diperoleh 2n kali banyaknya DNA target. Kunci utama
pengembangan PCR adalah menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada
urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target. Metode PCR
dapat dilakukan dengan menggunakan komponen dalam jumlah yang sangat
sedikit, misalnya DNA cetakan yang diperlukan hanya sekitar 5µg,
oligonukliotida yang digunakan hanya sekitar 1 mM dan reaksi ini biasa
dilakukan dalam volume 50-100 µl. DNA cetakan yang digunakan juga tidak
perlu dimurnikan terlebih dahulu sehingga metode PCR dapat digunakan untuk
melipat gandakan suatu sekuens DNA dalam genom bakteri.
PCR adalah reaksi polimerase berantai, yaitu reaksi yang melibatkan
enzim polimerase yang dilakukan secara berulang-ulang. Yang diulang-ulang
adalah proses pemisahan untai ganda DNA menjadi untai tunggal, hibridisasi
primer untuk mengawali replikasi DNA dilanjutkan dengan proses penambahan
basa pada cetakan DNA oleh enzim polimerase, untuk melakukan kegiatan ini
dibutuhkan tabung PCR yang bersifat reponsif dengan perubahan suhu dan mesin
thermal cycler, suatu mesin yang mampu menaikkan dan menurunkan suhu
dengan cepat, dan bahan-bahan untuk membuat reaksi PCR.
PCR merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi) DNA
secara enzimatik tanpa menggunakan organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat
dihasilkan dalam jumlah besar dengan waktu relatif singkat sehingga
memudahkan berbagai teknik lain yang menggunakan DNA. Teknik ini dirintis
oleh Kary Mullis pada tahun 1983 dan ia memperoleh hadiah Nobel pada tahun
1994 berkat temuannya tersebut. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang
biokimia dan biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan
jumlah sampel yang kecil. PCR (Polimerase Chain Reaction) atau reaksi berantai
polimerase adalah suatu metode in vitro yang digunakan untuk mensintesis
sekuens tertentu DNA dengan menggunakan dua primer oligonukleotida yang

4
menghibridisasi pita yang berlawanan dan mengapit dua target DNA.
Kesederhanaan dan tingginya tingkat kesuksesan amplifikasi sekuens DNA yang
diperoleh menyebabkan teknik ini semakin luas penggunaannya. Konsep asli
teknologi PCR mensyaratkan bahwa bagian tertentu sekuen DNA yang akan
dilipatgandakan harus diketahui terlebih dahulu sebelum proses pelipatgandaan
tersebut dapat dilakukan. Sekuen yang diketahui tersebut penting untuk
menyediakan primer, yaitu suatu sekuens oligonukleotida pendek yang berfungsi
mengawali sintesis rantai DNA dalam reaksi berantai polimerasi.

B. Tahap-tahap Polymerase Chain Reaction (PCR)

Proses PCR terdiri dari tiga tahapan, yaitu denaturasi DNA templat,
penempelan (annealing) primer, dan polimerisasi (extension) rantai DNA.
Denaturasi merupakan proses pemisahan utas ganda DNA menjadi dua utas
tunggal DNA yang menjadi cetakan (templat) sebagai tempat penempelan primer
dan tempat kerja DNA polimerase, dengan pemanasan singkat pada suhu 90-950C
selama beberapa menit. Penjelasan ringkas tentang setiap siklus reaksi PCR
adalah sebagai berikut:

1. Denaturasi
Selama proses denaturasi, DNA untai ganda akan membuka menjadi
dua untai tunggal. Hal ini disebabkan karena suhu denaturasi yang tinggi
menyebabkan putusnya ikatan hidrogen diantara basa-basa yang
komplemen.Pada tahap ini, seluruh reaksi enzim tidak berjalan, misalnya
reaksi polimerisasi pada siklus yang sebelumnya. Denaturasi biasanya
dilakukan antara suhu 900C – 950C.
2. Penempelan Primer
Pada tahap penempelan primer (annealing), primer akan menuju
daerah yang spesifik yang komplemen dengan urutan primer. Pada proses
annealing ini, ikatan hidrogen akan terbentuk antara primer dengan urutan
komplemen pada templat. Proses ini biasanya dilakukan pada suhu 500C –

5
600C. Selanjutnya, DNA polymerase akan berikatan sehingga ikatan hidrogen
tersebut akan menjadi sangat kuat dan tidak akan putus kembali apabila
dilakukan reaksi polimerisasi selanjutnya misalnya pada 720C.
3. Reaksi Polimerisasi (Extension)
Umumnya, reaksi polimerisasi atau perpanjangan rantai ini, terjadi
pada suhu 720C. Primer yang telah menempel tadi akan mengalami
perpanjangan pada sisi 3‟nya dengan penambahan dNTP yang komplemen
dengan templat oleh DNA polimerase. Jika siklus dilakukan berulang-ulang
maka daerah yang dibatasi oleh dua primer akan diamplifikasi secara
eksponensial (disebut amplikon yang berupa untai ganda), sehingga mencapai
jumlah copy yang dapat dirumuskan dengan (2n)x. Dimana n adalah jumlah
siklus dan x adalah jumlah awal molekul DNA. Jadi, seandainya ada 1 copy
DNA sebelum siklus berlangsung, setelah satu siklus, akan menjadi 2 copy,
sesudah 2 siklus akan menjadi 4, sesudah 3 siklus akan menjadi 8 kopi dan
seterusnya. Sehingga perubahan ini akan berlangsung secara eksponensial.
PCR dengan menggunakan enzim Taq DNA polimerase pada akhir dari setiap
siklus akan menyebabkan penambahan satu nukleotida A pada ujung 3‟ dari
potongan DNA yang dihasilkan. Sehingga nantinya produk PCR ini dapat di
kloning dengan menggunakan vektor yang ditambahkan nukleotida T pada
ujungujung 5‟-nya.Proses PCR dilakukan menggunakan suatu alat yang
disebut thermocycler. Selain ketiga proses tersebut, secara umum PCR
didahului dan diakhiri oleh tahapan berikut:
a. Pradenaturasi
Dilakukan selama 1-9 menit di awal reaksi untuk memastikan
kesempurnaan denaturasi dan mengaktifasi DNA Polymerase (jenis hot-
start alias baru aktif kalau dipanaskan terlebih dahulu).
b. Final Elongasi
Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-720C) selama 5-
15 menit untuk memastikan bahwa setiap utas tunggal yang tersisa sudah
diperpanjang secara sempurna. Proses ini dilakukan setelah siklus PCR
terakhir.

6
C. Komponen-Komponen Polymerase Chain Reaction (PCR)
Beberapa komponen-komponen PCR antara lain:
1. Enzim DNA Polymerase
Dalam sejarahnya, PCR dilakukan dengan menggunakan Klenow fragment
DNA Polimerase I selama reaksi polimerisasinya. Enzime ini ternyata tidak aktif
secara termal selama proses denaturasi, sehingga peneliti harus menambahkan
enzim di setiap siklusnya. Selain itu, enzim ini hanya bisa dipakai untuk
perpanjangan 200 bp dan hasilnya menjadi kurang spesifik. Untuk mengatasi
kekurangan tersebut, dalam perkembangannya kemudian dipakai enzim Taq DNA
polymerase yang memiliki keaktifan pada suhu tinggi. Oleh karenanya,
penambahan enzim tidak perlu dilakukan di setiap siklusnya, dan proses PCR
dapat dilakukan dalam satu mesin
2. Primer
Primer merupakan oligonukleotida pendek rantai tunggal yang mempunyai
urutan synthesizer. komplemen dengan DNA templat yang akan diperbanyak.
Panjang primer berkisar antara 20-30 basa. Untuk merancang urutan primer, perlu
diketahui urutan nukleotida pada awal dan akhir DNA target.Primer
oligonukleotida di sintesis menggunakan suatu alat yang disebut DNA.

3. Reagen lainnya
Selain enzim dan primer, terdapat juga komponen lain yang ikut
menentukan keberhasilan reaksi PCR. Komponen tersebut adalah dNTP untuk
reaksi polimerisasi, dan buffer yang mengandung MgCl2. Konsentrasi ion
Mg2+dalam campuran reaksi merupakan hal yang sangat kritis. Konsentrasi ion
Mg2+ ini sangat mempengaruhi proses primer annealing, denaturasi, spesifisitas
produk, aktivitas enzim dan fidelitas reaksi.

D. Manfaat Polymerase Chain Reaction (PCR)

Polymerase Chain Reaction (PCR) dapat digunakan untuk: a. Amplifikasi
urutan nukleotida. b. Menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang
mengalami mutasi. c. Bidang kedokteran forensik. d. Melacak asal-usul sesorang

7
dengan membandingkan “finger print”. Saat ini PCR sudah digunakan secara luas
untuk berbagai macam kebutuhan, diantaranya:
1. Isolasi Gen.
Kita tahu bahwa DNA makhluk hidup memiliki ukuran yang sangat besar,
DNA manusia saja panjangnya sekitar 3 miliar basa, dan di dalamnya
mengandung ribuan gen. Fungsi utama DNA adalah sebagai sandi genetik, yaitu
sebagai panduan sel dalam memproduksi protein, DNA ditranskrip menghasilkan
RNA, RNA kemudian diterjemahkan untuk menghasilkan rantai asam amino alias
protein. Dari sekian panjang DNA genome, bagian yang menyandikan protein
inilah yang disebut gen, sisanya tidak menyandikan protein atau disebut junk
DNA ‟DNA sampah‟ yang fungsinya belum diketahui dengan baik. Para ahli
seringkali membutuhkan gen tertentu untuk diisolasi. Sebagai contoh, dulu kita
harus mengekstrak insulin langsung dari pankreas sapi atau babi, kemudian
menjadikannya obat diabetes, proses yang rumit dan tentu saja mahal serta
memiliki efek samping karena insulin dari sapi atau babi tidak benar-benar sama
dengan insulin manusia.
Berkat teknologi rekayasa genetik, kini mereka dapat mengisolasi gen
penghasil insulin dari DNA genome manusia, lalu menyisipkannya ke sel bakteri
(dalam hal ini E. coli) agar bakteri dapat memproduksi insulin. Hasilnya insulin
yang sama persis dengan yang dihasilkan dalam tubuh manusia, dan sekarang
insulin tinggal diekstrak dari bakteri, lebih cepat, mudah, dan tentunya lebih
murah ketimbang cara konvensional yang harus „mengorbankan‟ sapi atau babi.
Untuk mengisolasi gen, diperlukan DNA pencari atau dikenal dengan nama
„probe‟ yang memiliki urutan basa nukleotida sama dengan gen yang kita
inginkan. Probe ini bisa dibuat dengan teknik PCR menggunakan primer yang
sesuai dengan gen tersebut.
2. DNA Sequencing
Urutan basa suatu DNA dapat ditentukan dengan teknik DNA Sequencing,
metode yang umum digunakan saat ini adalah metode Sanger (chain termination
method) yang sudah dimodifikasi menggunakan dye-dideoxy terminator, dimana
proses awalnya adalah reaksi PCR dengan pereaksi yang agak berbeda, yaitu
hanya menggunakan satu primer (PCR biasa menggunakan 2 primer) dan adanya

8
tambahan dideoxynucleotide yang dilabel fluorescent. Karena warna fluorescent
untuk setiap basa berbeda, maka urutan basa suatu DNA yang tidak diketahui bisa
ditentukan.
3. Identifikasi Forensik
Seseorang yang terlibat kejahatan (baik pelaku maupun korban), atau
korban kecelakaan/bencana kadang sulit dilakukan.Jika identifikasi secara fisik
sulit atau tidak mungkin lagi dilakukan, maka pengujian DNA adalah pilihan yang
tepat. DNA dapat diambil dari bagian tubuh manapun, kemudian dilakukan
analisa PCR untuk mengamplifikasi bagian-bagian tertentu DNA yang disebut
fingerprints alias DNA sidik jari, yaitu bagian yang unik bagi setiap orang.
Hasilnya dibandingkan dengan DNA sidik jari keluarganya yang memiliki
pertalian darah, misalnya ibu atau bapak kandung.Jika memiliki kecocokan yang
sangat tinggi maka bisa dipastikan identitas orang yang dimaksud. Banyak orang
yang juga yang memanfaatkan pengujian ini untuk menelusuri orang tua
„sesungguhnya‟ dari seorang anak jika sang orang tua merasa ragu.
4. Diagnosa Penyakit
Penyakit Influenza A (H1N1) yang sebelumnya disebut flu babi sedang
mewabah saat ini, bahkan satu fase lagi dari fase pandemi. Penyakit berbahaya
seperti ini memerlukan diagnosa yang cepat dan akurat. PCR merupakan teknik
yang sering digunakan. Teknologi saat ini memungkinkan diagnosa dalam
hitungan jam dengan hasil akurat. Disebut akurat karena PCR mengamplifikasi
daerah tertentu DNA yang merupakan ciri khas virus Influenza A (H1N1) yang
tidak dimiliki oleh virus atau makhluk lainnya

9
 BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain
Reaction (PCR), merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk
melipatgandakan suatu sekuens nukleotida tertentu secara in vitro. PCR
merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi) DNA secara
enzimatik tanpa menggunakan organisme. Tahapan-Tahapan Polymerase Chain
Reaction (PCR), denaturasi DNA templat, penempelan (annealing) primer, dan
polimerisasi (extension) rantai DNA. Komponen-Komponen Polymerase Chain
Reaction (PCR), Enzim DNA Polymerase: enzim Taq DNA polymerase yang

10
memiliki keaktifan pada suhu tinggi; Primer merupakan oligonukleotida pendek
rantai tunggal yang mempunyai urutan komplemen dengan DNA templat yang
akan diperbanyak. Panjang primer berkisar antara 20-30 basa; Reagen lainnya
berupa dNTP untuk reaksi polimerisasi, dan buffer yang mengandung MgCl2.
Manfaat Polymerase Chain Reaction (pcr), yaitu: amplifikasi urutan nukleotida,
menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami mutasi,
bidang kedokteran forensik, melacak asal-usul sesorang dengan membandingkan
DNA “finger print”.
B. sdvs

11
BAB III
PENUTUP

12