Anda di halaman 1dari 7

4/9/2012

Protein Kuliah Modul Biokimia PSPD Untan 2012
Protein
Kuliah Modul Biokimia
PSPD Untan
2012
Berdasarkan struktur rantai samping, dikenal ada 4 tipe AA : asam amino non polar rantai
Berdasarkan struktur rantai
samping, dikenal ada 4 tipe AA :
asam amino non polar
rantai samping bersifat hidrofobik
asam amino polar, tidak bermuatan
rantai samping bersifat hidrofilik
asam amino yang bersifat asam
asam amino yang bersifat basa
3
amino yang bersifat asam asam amino yang bersifat basa 3 Protein Merupakan dasar komponen struktur utama
Protein Merupakan dasar komponen struktur utama pada jaringan hewan dan manusia Protein merupakan polimer linear
Protein
Merupakan dasar komponen struktur utama
pada jaringan hewan dan manusia
Protein merupakan polimer linear dari asam
amino
2
dasar komponen struktur utama pada jaringan hewan dan manusia Protein merupakan polimer linear dari asam amino
dasar komponen struktur utama pada jaringan hewan dan manusia Protein merupakan polimer linear dari asam amino

4/9/2012

4/9/2012 Urutan asam amino dalam protein bersifat unik untuk setiap protein protein pada makhluk hidup ,
Urutan asam amino dalam protein bersifat unik untuk setiap protein protein pada makhluk hidup ,
Urutan asam amino dalam protein
bersifat unik untuk setiap protein
protein pada makhluk hidup , HANYA
tersusun dari kombinasi 20 jenis asam amino
saja
digambarkan oleh rangkaian nukleotida dari
DNA
dapat memberikan informasi genetik
pembacaan urutan asam amino dimulai dari
gugus amino ujung ke ujung gugus karboksil
Interaksi antara residu asam amino dalam suatu rantai polipeptida : (1) interaksi elektrostatis. (2) ikatan
Interaksi antara residu asam amino dalam suatu rantai polipeptida : (1)
interaksi elektrostatis. (2) ikatan hidrogen (3) interaksi hidrofobik dan (4)
ikatan disulfida
11
Peran penting asam amino sebagai penyusun protein beberapa asam amino sendiri mempunyai peran penting bagi
Peran penting asam amino
sebagai penyusun protein
beberapa asam amino sendiri mempunyai
peran penting bagi tubuh al :
glisin dan asam glutamat sbg chemical
messenger pada sel saraf pd bbrp organisme
tyrosin sbg bahan sintesis neurotransmitter
dopamin, dan sintesis adrenalin
histidin didalam tubuh dikonversi mjd histamin
8
The sequence of ribonuclease A
The sequence of ribonuclease A
Sifat amfoterisme asam amino dapat bereaksi baik sebagai asam maupun basa contoh : alanin, dengan
Sifat amfoterisme asam amino
dapat bereaksi baik sebagai asam maupun
basa
contoh : alanin, dengan suatu basa kuat
12

4/9/2012

13
13
Karena adanya zwitterion, maka asam amino mempunyai peranan penting menjaga kestabilan pH darah. 15
Karena adanya zwitterion, maka asam amino
mempunyai peranan penting menjaga
kestabilan pH darah.
15
Klasifikasi beberapa protein dan fungsinya Class of Protein Function in the body Examples Structural Provide
Klasifikasi beberapa protein dan fungsinya
Class of Protein
Function in the body
Examples
Structural
Provide structural
Collagen
components
Keratin
Contractile
Move muscles
Myosin
Actin
Transport
Carry essential
Hemoglobin
substances throughout
Lipoprotein
the body
Storage
Store nutrients
Casein
Ferritin
Hormone
Regulate body
metabolism and nervous
system
Insulin
Growth hormone
Enzyme
Catalyze biochemical
reactions in the cells
Sucrase
Trypsin
Protection
Recognize and destroy
foreign substances
immunoglobulins
Zwitterion dalam larutan biologis netral, asam amino utamanya berada bentuk ion dipolar yang disebut zwitterion.
Zwitterion
dalam larutan biologis netral, asam amino
utamanya berada bentuk ion dipolar yang
disebut zwitterion. Contoh : pada alanin
reaksinya dengan asam atau basa
14
Beragam sifat protein
1.Protein polimer linear yang tersusun dari
monomer berupa asam amino
2.Protein mgd banyak gugus fungsi, shg
memberikannya spektrum fungsi yang luas di
dalam tubuh.
3.Protein dapat berinteraksi satu sama lainnya
dan dengan makromolekul lainnya untuk
membentuk senyawa yang lebih kompleks.
4.Bbrp protein memiliki sifat yang kaku,
sementara yang lain memiliki sifat yang
fleksibel.
16
“Peptides” Merupakan polimer pendek asam amino Setiap unit disebut sebagai residu 2 residu - dipeptida
“Peptides”
Merupakan polimer pendek asam amino
Setiap unit disebut sebagai residu
2 residu - dipeptida
3 residu - tripeptida
12-20 residu - oligopeptida
lebih banyak residu (sampai 50 untaian asam
amino) – polipeptida
Jika terdapat lebih dari 50 untaian asam
amino disebut protein

4/9/2012

“Protein” Jika memiliki satu rantai polipeptida disebut monomeric protein Jika lebih dari satu disebut multimeric
“Protein”
Jika memiliki satu rantai polipeptida disebut
monomeric protein
Jika lebih dari satu disebut multimeric protein
Homomultimer – satu tipe rantai
Heteromultimer – dua atau lebih tipe rantai
Contoh : Hemoglobin, suatu heterotetramer,
karena memiliki dua rantai alfa dan dua rantai
beta
Struktur Protein Bentuk - globular atau fibrous Tingkat struktur protein - Primary – sequence (backbone)
Struktur Protein
Bentuk - globular atau fibrous
Tingkat struktur protein
- Primary – sequence (backbone)
- Secondary - local structures - H-bonds
(backbone plus side chains)
- Tertiary - overall 3-dimensional shape
(ribbon structure)
- Quaternary - subunit organization
(space-filling structure)
Quaternary - subunit organization (space-filling structure) Protein – Ukuran besar Insulin – Rantai A tdd 21
Protein – Ukuran besar Insulin – Rantai A tdd 21 residu, Rantai B tdd 30
Protein – Ukuran besar
Insulin – Rantai A tdd 21 residu, Rantai B
tdd 30 residu –BM total 5,733
Glutamine synthetase - 12 subunits yang
masing-masing mengandung 468 residues
BM total of 600,000
–BM total 5,733 Glutamine synthetase - 12 subunits yang masing-masing mengandung 468 residues BM total of
–BM total 5,733 Glutamine synthetase - 12 subunits yang masing-masing mengandung 468 residues BM total of

4/9/2012

Faktor yang mempengaruhi struktur protein Primary structure – ditentukan oleh ikatan kovalen Secondary, Tertiary,
Faktor yang mempengaruhi
struktur protein
Primary structure – ditentukan oleh ikatan
kovalen
Secondary, Tertiary, Quaternary structures
semua ditentukan oleh ikatan yang lebih
lemah, yaitu : ikatan hidrogen, interaksi ion
(ikatan ionik), ikatan van der Waals
interactions dan hydrophobic interactions
Pemahaman tentang proses pengendapan protein penting oleh karena protein merupakan molekul yang berbeda dengan molekul
Pemahaman tentang proses pengendapan
protein penting oleh karena protein
merupakan molekul yang berbeda dengan
molekul lainnya.
Bentuk fisik pada protein sama pentingnya
dengan struktur kimianya. Jika bentuk
fisiknya berubah, maka aktivitas protein juga
akan berubah.
Pengukuran protein, al : metode spektrofotometri metode kromatografi PCR metode penting, yang dapat digunakan
Pengukuran protein, al :
metode spektrofotometri
metode kromatografi
PCR
metode penting, yang dapat digunakan untuk
diagnosis cepat penyakit2 infeksi, serta
deteksi kasus patologi yang jarang spt mutasi
yang dapat menyebabkan kanker.
Penggunaannya dalam kasus forensik juga
makin meningkat
29
PROTEIN PRECIPITATION Presipitasi merupakan teknik yang umum digunakan pada proses recovery biomolekul terutama
PROTEIN PRECIPITATION
Presipitasi merupakan teknik yang umum
digunakan pada proses recovery biomolekul
terutama protein
Proses pengendapan protein biasa dilakukan
dengan cara :
1. menambahkan suatu garam atau suatu
pelarut organik
2. dengan mengatur pH untuk merubah kondisi
larutan
PROTEIN DENATURATION Denaturation of a protein terjadi bila terdapat gangguan pada tiap ikatan yang menstabilkan
PROTEIN DENATURATION
Denaturation of a protein terjadi bila terdapat
gangguan pada tiap ikatan yang menstabilkan struktur
sekunder, tersier dan kuartener. Struktur primer tidak
terpengaruh. Protein dapat terdenaturasi akibat
Panas = menganggu ikatan hidrogen dan gaya tarik
hidrofobik antar gugus R
Acids and bases = mengganggu ikatan hidrogen
Organic compounds = mengganggu gaya tarik
hidrofobik antar gugus R
Ion Logam berat = mengganggu ikatan disulfida
Agitation = mengganggu ikatan hidrogen dan gaya
tarik hidrofobik antar gugus R , dengan cara
menyebabkan peregangan rantai polipeptida.
Protein turnover Didalam tubuh terjadi proses sintesis dan degradasi protein (protein turnover) Protein turnover
Protein turnover
Didalam
tubuh
terjadi
proses
sintesis
dan
degradasi protein (protein turnover)
Protein turnover pada tubuh kita sekitar 1-2 %
dari total protein tubuh kita dan mencapai tingkat
degradasi protein tertinggi misalnya pada
jaringan uterus (selama kehamilan); jaringan
otot (kondisi kelaparan)
Asam amino yang dilepas pada proses
degradasi tsb, 75 % nya akan digunakan
kembali untuk mensintesis protein. Sisa
kelebihan nitrogen yang ada akan membentuk
urea.
Tubuh tidak menyimpan kelebihan nitrogen,
seperti halnya pada karbohidrat (glikogen) dan
lipid (trigliserida)

4/9/2012

ikan membuang (ekskresi) ammonia yang toksik dengan cara mengekskresikan air secara terus menerus burung membuang
ikan membuang (ekskresi) ammonia yang
toksik dengan cara mengekskresikan air
secara terus menerus
burung membuang kelebihan nitrogen
dengan cara mengekskresikan asam urat
(bentuk semisolid)
manusia membuang kelebihan nitrogen
dalam bentuk urea yang larut air dan non
toksik. Peningkatan kadar urea pada penyakit
ginjal akibat gangguan fungsi ginjal
Metabolisme Protein Tubuh dapat mensintesis 100,000 sampai 140,000 protein yang berbeda dalam berbagai bentuk, fungsi
Metabolisme Protein
Tubuh dapat mensintesis 100,000 sampai
140,000 protein yang berbeda dalam
berbagai bentuk, fungsi dan struktur walau
hanya terdiri dari kombinasi yang berbeda
dari 20 asam amino saja .
Dalam kondisi normal, protein sel secara
terus menerus mengalami recycle di dalam
sitosol. Ikatan peptida akan dipecah, dan
asam amino bebas akan digunakan kembali
untuk membuat protein baru .
Jika sumber energi lainnya tidak mencukupi,
mitokondria akan membuat ATP dengan cara
memecah asam amino didalam siklus TCA.

Asam Nukleat

Contoh :

DNA

DeoxyriboNucleic

Acid

RNA

RiboNucleic Acid

DNA RNA
DNA
RNA
32
32
Fig. 25-12, p. 934
Fig. 25-12, p. 934
Fungsi: DNA genetic material stores information genes blueprint for building proteins DNA RNA proteins transfers
Fungsi: DNA genetic material stores information genes blueprint for building proteins DNA RNA proteins transfers

Fungsi:

DNA
DNA

genetic material

stores information

genes blueprint for building proteins

DNA

RNA proteins

transfers information

building proteins DNA RNA proteins transfers information proteins blueprint for new cells blueprint for next
proteins
proteins

blueprint for new cells blueprint for next generation

proteins DNA RNA proteins transfers information proteins blueprint for new cells blueprint for next generation

4/9/2012

Asam Nukleat Bahan penyusun = nucleotides nucleotide – nucleotide – nucleotide – nucleotide 5 different
Asam Nukleat Bahan penyusun = nucleotides nucleotide – nucleotide – nucleotide – nucleotide 5 different
Asam Nukleat
Bahan penyusun =
nucleotides
nucleotide – nucleotide – nucleotide – nucleotide
5 different nucleotides
different nitrogen bases
A, T, C, G, U
Nitrogen bases
I’m the
A,T,C,G or U
part!
N base
sugar
phosphate

DNA

Double strand twists into a double helix

weak bonds between nitrogen bases join the 2 strands

A pairs with T A :: T C pairs with G C :: G

the two strands can separate when our cells need to make copies of it

T A :: T C pairs with G C :: G the two strands can separate
weak bonds
weak bonds
Newly copied strands of DNA
Newly copied strands
of DNA

DNA replication

Copying DNA

pairing of the bases allows each strand to serve as a pattern for a new strand

Nucleotide chains N base sugar Nucleic acids phosphate nucleotides chained into a polymer N base
Nucleotide chains
N base
sugar
Nucleic acids
phosphate
nucleotides chained into
a polymer
N base
sugar
DNA
phosphate
double-sided
double helix
A, C, G, T
strong bonds
N base
sugar
RNA
phosphate
single-sided
A, C, G, U
N base
sugar
phosphate
RNA

Copying DNA

Replication

copy DNA 2 strands of DNA helix are complementary

they are matching have one, can build other have one, can rebuild the whole

strands of DNA helix are complementary they are matching have one, can build other have one,
strands of DNA helix are complementary they are matching have one, can build other have one,