Polimorfisme Dan Heterozigositas

Salah satu ukuran variasi genetik adalah proporsi lokus polimorfik atau polimorfisme (P)
dalam populasi. Dengan menggunakan teknik elektroforetik memeriksa 30 lokus gen di
Phoronopsis viridis yang tidak memiliki variasi pada lokus 12, yang memiliki variasi yakni
lokus 18 jadi 18/30=0,60 lokus adalah polimorfik. Tingkat polimorfisme dalam populasi adalah
0,60. Asumsikan bahwa P. viridis dan jumlah lokus polimorfik, dari 30 lokus yang diteliti,
adalah 15, 16, dan 14. Tingkat dalam ketiga populasi ini adalah 0,50, 0,53, dan 0,47, Kemudian
dapat dihitung polimorfisme rata-rata dalam empat populasi P. viridis (0,60 + 0,50 +
0,53+0,47)/ 4= 0,525
Polimorfisme populasi merupakan ukuran ketidaktepatan kadar variasi genetik
disebabkan sedikitnya jumlah lokus polimorfik yang tidak sebanyak pada lokus yang lain. Pada
lokus yang tepat ada 2 alel dengan frekuensi 0,95 dan 0,05, sedangkan lokus lain dengan 20 alel
masing-masing frekuensinya 0,05, terlihat lebih banyak variasi genetik ada pada lokus yang
kedua daripada yang pertama sebelum dihitung di bawah kriteria polimorfisme 0,95.
Kadar yang lebih baik dari variasi genetik yang tidak berubah dan tepat adalah frekuensi
rata-rata individu yang heterozigot per lokus atau heterozigositas (H) dari populasi. Hal ini
dihitung melalui frekuensi pertama yang dihasilkan dari individu heterozigot pada tiap
lokusnya dan diambil rata-rata frekuensi dari semua lokus. 4 lokus dari suatu populasi dan
diperoleh frekuensi heterozigot yakni: 0,25; 0,42; 0,09 dan 0. Maka heterozigositas populasi
berdasarkan 4 lokus tersebut yaitu (0,25+0,42+0,09+0)/4=0,19. Dapat disimpulkan bahwa
heterozigositas populasi adalah 19%. Perkiraan heterozigositas harus valid dan berdasarkan
pada sampel yang lebih dari 4 lokus, prosedur yang sama. Jika beberapa populasi dari spesies
yang sama diuji, yang pertama dihitung adalah heterozigositas dari masing-masing populasi
dan rata-ratanya. Misalnya 4 populasi dengan hasil 0,19; 0,15; 0,15; 0,17 jadi (0,19 + 0,15
+0,13 + 0,17)/4 = 0,16 rata-rata heterozigositas adalah 0,16. Heterozigositas populasi
merupakan kadar variasi genetik yang lebih dominan oleh sebagian besar populasi secara
genetik. Kadar variasi yang baik karena memperkirakan dari dua alel diambil secara acak dari
populasi yang berbeda (setiap gamet dari individu yang berbeda membawa alel pada setiap
lokus yang dapat dianggap sebagai sampel acak dari populasi). Namun, heterozigositas yang
diamati tidak mencerminkan dengan baik jumlah variasi genetik dalam populasi organisme
yang berkembang biak dengan pembuahan sendiri
Gel elektroforesis
Teknik elektroforesis gel dan uji enzim digunakan untuk mengukur variasi genetik pada
populasi alami. Sampel jaringan dari organisme secara individual dihomogenkan untuk
melepaskan enzim dan protein lain dari sel. Supernatan homogenat (fraksi cair) ditempatkan
dalam gel yang terbuat dari pati, agar, poliakrilamida, atau beberapa zat seperti jeli lainnya dan
mengalami arus listrik. Setelah gel dilepas dari medan listrik, ia diperlakukan dengan larutan
kimia yang mengandung substrat khusus untuk enzim yang akan diuji, dan garam yang bereaksi
dengan produk reaksi yang dikatalisasi oleh enzim. Pada posisi dalam gel di mana enzim
spesifik telah bermigrasi, suatu reaksi terjadi yang dapat ditulis sebagai berikut:
 produk + garam  tempat berwarna
Substrat enzim

Kegunaan metode ini terletak pada fakta bahwa genotipe pada gen lokus yang
mengkodekan enzim dapat disimpulkan untuk setiap individu pada sampel dari jumlah dan
posisi bintik-bintik yang diamati dalam gel.
Gel elektroforetik diwarnai untuk enzim phosphoglucomutase gel mengandung homogenat
dari 12 Drosophila pseudoobscura betina. Pengkode gen locus untuk enzim ini dikenal PgM.
Individu pertama dan ketiga dalam gel, mulai dari kiri, memiliki enzim dengan elektroforetik,
mobilitas, dan urutan asam amino yang berbeda, pergantian ini dikodekan oleh alel yang
berbeda. Individu pertama dan ketiga masing-masing hanya menunjukkan satu tempat
berwarna, disebut homozigot, dengan genotipe Pgm100 100 dan Pgm108 108 masing-masing.
Individu kedua menunjukkan dua bintik berwarna, menunjukkan migrasi yang sama seperti
individu pertama dan dikodekan oleh alel Pgm100 sedangkan tempat lainnya menunjukkan

migrasi yang sama seperti individu ketiga dan oleh alel Pgm108 dapat diketahui bahwa individu

kedua merupakan heterozigot, dengan genotipe Pgm100 108

Pada gel elektroforetik berwarna untuk enzim malat dehidrogenase, gel mengandung
sampel jaringan dari 12 Drosophila equinoxialis. Lokus yang mengkode malat dehidrogenase
sebagai Mdh. Individu kedua menunjukkan satu titik disebut homozigot, dengan genotipe
Mdh 94 94 . Individu pertama homozigot, dengan genotipe Mdh104 104 . Individu heterozigot
memiliki dua jenis polipeptida, sebagai A dan R yang dikodekan oleh alel Mdh 94 dan Mdh104
. Tiga bintik berwarna pada individu keempat pada terdapat protein yang terdiri dari empat atau
lebih subunit, pola elektroforetik individu heterozigot kemudian akan menunjukkan lima bintik
berwarna, keenam memiliki genotip heterozigot Mdh 94 104 .
Pada gel elektroforetik berwarna untuk enzim asam fosfatase, gel mengandung sampel
jaringan dari 12 Drosophila equinoxialis. Asam fosfatase adalah enzim dimerik karenanya
heterozigot menunjukkan tiga band. Empat alel yakni 88, 96, 100 dan 106 dalam gel. Lalat
pertama disebelah kiri memiliki genotip Acph88 100 , yang kedua Acph88 88 , yang ketiga

Acph88 96 , yang keempat Acph88 106 , yang kelima Acph100 100 , dan seterusnya.
VARIASI ESTIMASI ELEKTROFORESIS
Teknik elektroforesis pertama kali di terapkan pada variasi estimasi genetik pada
populasi alami pada tahun 1966 yang berhubungan dengan manusia dan lalat Drosophila.
Banyak populasi beberapa mahluk hidup disurvei sejak saat itu. Dua penelitian yakni 20 lokus
variabel dari 71 pada populasi orang Eropa. Simbol untuk mewakil lokus, frekuensi individu
heterozigot dilokus untuk masing-masing lokus 20 populasi heterozigot ditemukan di 20
variabel jadi dibagi dengan total sampel menjadi 4.78/71=0.067. Sebanyak 39 gen lokus untuk
enzim telah dipelajari pada populasi cacing laut (Phronopsis viridis) dari Bodega Bay,
California. Menunjukkan pemberian simbol untuk menunjukkan 27 lokus dimana setidaknya 2
alel yang ditemukan.
Pada tabel 22.9 menunjukkan adanya heterozigositas dari observasi dan diharapkan.
Hasilnya frekuensi alel yang paling umum tidak lebih besar dari 0,95 dengan kriteria 28,2%
dari 39 lokus merupakan polimorpik, jadi menunjukkan heterizigositas yang diamati 7,2%
lebih rendah dari yang diharapkan yakni 9,4%. Perbedaan ini disebabkan karena adanya
pembelahan tunggal karena Phronopsis viridis merupakan hewan hermaprodit. Pada tabel
22.10 menunjukkan frekuensi alelik pada 27 lokus variabel pada 120 individu cacing laut
Phronopsis viridis. Dengan frekuensi peningkatan mobilitas dalam medan listrik dari protein
yang dikodekan oleh alel. Distribusi heterozigositas diantara 180 lokus gen yang telah
dipelajari oleh elektroforesis pada enam spesies kelompok Drosophila willistoni.
Heterosigositas rata-rata untuk semua lokus 180 yaitu 0,177
Variasi genetik dalam populasi alami
Variasi genetik yang cukup ada disebagian besar populasi alam. Hasil survei
elektroforesis diperoleh yakni 69 spesies tanaman dan 125 spesies hewan dimana lokus yang
telah diambil sampelnya. Diantara hewan tampaknya secara umum, invertebrata memiliki lebih
banyak variasi genetik daripada vertebrata, meskipun ada pengecualian. Heterozigoditas
rata-rata adalah 13,4% untuk invetebrata dan 6,0% untuk vertebrata. Tanaman menunjukkan
heterozigot rata-rata 12,1%, dengan keluar melintasi tanaman menunjukkan variasi genetik
yang lebih daripada yang mereproduksi individu itu sendiri.
Sejumlah besar variasi generik yang ditemukan dalam populasi alami adalah sebagai
berikut. Pertimbangan manusia, dengan heterozigot 6,7% terdeteksi oleh elektroforesis. Jika
diasumsikan bahwa ada 30.000 lokus gen struktural pada manusia, yang kurang mampu,
heterozigot pada 30.000 x 0,067=2.010 lokus. Individu secara teoritis dapat menghasilkan
605
2 2010 ≈ 10 jenis gamet yang berbeda. Individu heterozigot pada satu lokus bisa menghasilkan
dua macam gamet yang berbeda, alel satu dengan masing-masing;. Individu heterozigot pada
lokus gen n memiliki potensi menghasilkan 2 n gamet yang berbeda ini, jumlah gamet tidak akan
pernah dihasilkan oleh individu manapun. Namun, tidak juga oleh seluruh jenis manusia,
76
jumlah perkiraan total proton dan neutron di alam semesta yakni 10 , adalah sangat kecil
dengan perbandingan.
Tidak ada dua gamet manusia independen yang cenderung identik dan bahwa tidak
ada dua individu manusia (kecuali yang berasal dari zigot yang sama, seperti kembar identik)
jadi organisme yang bereproduksi secara seksual tidak ada dua individu yang dikembangkan
dari zigot yang terpisah yang besar identik secara genetis. Teknik elektroforesis telah
memungkinkan untuk mendapatkan perkiraan variasi genetik dalam populasi alami. Dua
kondisi diperlukan untuk membuat perkiraan yang tepat dari variasi genetik: (1) bahwa sampel
acak dari semua lokus gen diperoleh dan (2) bahwa semua alel terdeteksi disetiap lokus. Lokasi
gen harus mewakili sampel acak dari genom sehubungan dengan variasi.
Elektroforesis memisahkan protein berdasarkan diferensial dalam medan listrik.
Migrasi diferensial disebabkan perbedaan konfigurasi molekuler dan membedakan dalam
muatan listrik. Elektroforesis untuk mendeteksi hanya sebagian kecil dari semua perbedaan
dalam urutan asam amino. Beberapa metode telah digunakan untuk mendeteksi perbedaan
protein samar tidak dapat dibedakan dengan teknik elektroforesis standar. Salah satu metode
yakni elektroforesis sekuensial, yang terdiri dari melakukan elektroforesis sampel yang sama di
bawah kondisi yang beragam misalnya, dengan menggunakan buffer berbeda atau konsentrasi
gel yang berbeda. Metode lain contoh jaringan atau enzim untuk suhu tinggi atau beberapa agen
denaturing lain seperti urea. Dua protein dengan mobilitas elektroforesis yang identik dapat
dibedakan karena satu tetapi tidak yang lain didenaturasi dengan pengobatan.
Perubahan mobilitas elektroforetik protein sebagai fungsi konsentrasi gel.
elektroforesis dilakukan dalam gel dengan konsentrasi poliakrilamida yang berbeda. Pada
konsentrasi 5% lima protein memiliki mobilitas yang hampir identik, ketika konsentrasinya 7%
dapat dibedakan dengan jelas, pada konsentrasi lain kelima protein dpaat diidentifikasi. Pada
teknik “fingerprinting” dari dua enzim alkohol dehidrogenase, ketika metode standar
elektroforesis gel yang digunakan, kedua enzim tidak bisa dibedakan. Fingerprinting
F
mengungkap adanya peptida tambahan (21) di ADH elektromorph label ADH
Jumlah Alel Efektif
P, frekuensi lokus polimorfik per populasi, atau polimorfisme, dan H, frekuensi
rata-rata lokus heterozigot per individu, atau heterozigositas. Parameter lain yang digunakan
untuk mengukur variasi genetik adalah jumlah alel efektif, ne , yang berhubungan dengan H
oleh hubungan yang sederhana.
ne = 1/1(1-H)
 ne ,adalah kebalikan dari frekuensi homozigot. Berpikir tentang n, adalah
mempertimbangkan sebagai jumlah alel, jika terjadi pada frekuensi yang sama, akan
memberikan nilai heterozigositas dibawah perkawinan acak. Jika ne =1 maka H=0, jika ne =2

maka H=0,50 (dua alel dalam frekuensi yang sama menghasilkan genotip A1 A1 , A2 A2 , A1 A2
dengan frekuensi 0.25, 0.25 dan 0.50)
Peningkatan variasi genetik yang lebih baik diukur dengan n, dibandingkan H.
Perubahan dari dua alel, masing-masing dengan frekuensi 0,5, hingga empat alel,
masing-masing dengan frekuensi 0,25. Peningkatan heterozigositas adalah 0,50 hingga 0,75,
dan perbedaannya adalah H' - H = 0,25, atau peningkatan 50% dari nilai asli (juga, H' / H =
0.75/0.50 = 1,50). Dua alel dengan frekuensi yang sama keempat alel dengan frekuensi yang
sama adalah penggandaaan variasi genet. Tercermn dalam rasio antara jumlah alel yang efektif
yakni ne' / ne =4/2=2

Polimorfisme DNA
Hanya sebagian kecil dari semua perbedaan urutan DNA tercermin dalam variasi
protein. Perbedaan antara kodon identik tidak mengubah asam amino yang dikodekan dan 90%
atau lebih dari DNA tidak diterjemahkan menjadi protein. DNA yang tidak diterjemahkan
termasuk Urutan intervensi (intron) antara daerah pengkode (ekson) serta antar-urutan yang
memisahkan satu gen dari selanjutnya.
Banyak variasi genetik (perbedaan dalam urutan DNA) yang ada di luar itu yang
mempengaruhi urutan asam amino protein (meskipun banyak dari variasi DNA tambahan
mungkin memiliki signifikasi yang kurang adaptif daripada variasi yang memodifikasi urutan
protein). Analisi restriksi endonuklease dan pengurutan DNA telah membuka penyelidikan

tersebut. Pada distribusi lokal perbedaan nukleotida antara dua gen alelik
A
ˠ. penggantian

nukleotida ditunjukkan penghapusan atau penyisipan. Daerah hitam yakni ekson yang putih
adalah intron.
Pada perbedaan nukleotida antara dua alel, berasal dari dua kromosom homolog dari

satu individu, dari gen manusia goblin

A
ˠ. Ada 13 substitusi nukleotida satu dengan yang lain
dan tiga segmen dihapus di salah satu alel (atau disisipkan ke yang lain). Tidak ada substitusi
terjadi pada ekson, sebagian besar (sembilan) terkonsentrasi di setengah 5' dari intron yang
panjang. Dua penghapusan masing-masing 4 np panjang (posisi 741-744 dan 791-794 urutan),
yang ketiga terdiri dari 18 pasang nukleotida bersebelahan (mulai pada posisi 1080). Jika

substitusi dipertimbangkan maka heterozigositas nukleotida dari

A
ˠ adalah 13/1647=0.008

tetapi jika penghapusan diperhitungkan maka setiap segmen yang dihapus, dihitung satu
perbedaan secara independen dari panjangnya. Ada tiga perbedaan tambahan antara dua alel
dan heterozigosinya yakni 16/1647=0.010 jika setiap nukleotida yang dihapus, dihitung satu
perbedaan yakni 39/1647=0.024. Setelah koreksi selama substitusi diam, 2-4% substitusi
nukleotida pada terjemahan DNA menghasilkan 5-9% perbedaan asam amino. Pada studi
electrophoretic dari sistem enzim pada S. intermedius memberikan sebuah perkiraan
heterozigosit 0.18, yang sangat tidak berbeda dari rata-rata nilai untuk invertebrata.
Jika H= 0.18 kurang lebih koresponden untuk perbedaan asam amino per 5 protein, dan
rata-rata panjang dari protein adalah 300 asam amino, data electrophoretic harus direfleksikan
jadi satu substitusi per 1500 asam amino. Nilai heterozigosit dihasilkan dari data gabungan
sekitar 100 kali lebih besar (5-9% substitusi asam amino sekitar 1 dalam 15). Dapat
disimpulkan, sebuah perkiraan sementara sampai data lebih tersedia, yang rata-rata
heterozigositas nukleotida untuk gen struktural dan rangkaian DNA tunggal yang lain dari
makhluk hidup eukariot sekitar 1 atau 2%.

Question and Answer:

1. Bagaimana menentukan kadar variasi genetik yang lebih dominan pada suatu populasi ?
Jawab:
Yakni dengan memperkirakan dari dua alel diambil secara acak dari populasi yang berbeda
(setiap gamet dari individu yang berbeda membawa alel pada setiap lokus yang dapat
dianggap sebagai sampel acak dari populasi), jadi nantinya tidak berubah dan tepat agar
mendapatkan kadar variasi yang baik pada suatu populasi.
2. Bagaimana cara kerja dari teknik elektroforesis?
Jawab:
Teknik elektroforesis gel dan uji enzim digunakan untuk mengukur variasi genetik pada
populasi alami. Sampel nantinya dihomogenkan dan ditempatkan dalam gel kemudian dialiri
arus listrik diperlakukan dengan larutan kimia yang mengandung substrat khusus untuk
enzim yang akan diuji, dan garam yang bereaksi dengan produk reaksi yang dikatalisasi oleh
enzim. Pada posisi dalam gel di mana enzim spesifik telah bermigrasi, suatu reaksi terjadi
yang dapat ditulis sebagai berikut:
 produk + garam  tempat berwarna
Substrat enzim

genotipe pada gen lokus yang mengkodekan enzim dapat disimpulkan untuk setiap individu
pada sampel dari jumlah dan posisi bintik-bintik yang diamati dalam gel.
3. Kondisi seperti apa yang diperlukan untuk membuat perkiraan yang tepat dari variasi
genetik?
Jawab:
Jadi teknik elektroforesis telah memungkinkan untuk mendapatkan perkiraan variasi
genetik dalam populasi alami. Dua kondisi diperlukan untuk membuat perkiraan yang
tepat dari variasi genetik adalah yakni: (1) bahwa sampel acak dari semua lokus gen
diperoleh dan (2) bahwa semua alel terdeteksi disetiap lokus. Lokasi gen harus mewakili
sampel acak dari genom sehubungan dengan variasi.