READING, QUESTION AND ANSWER (RQA)

REKOMBINASI

DISUSUN UNTUK MEMENUHI TUGAS MATAKULIAH

Genetika 2
Yang dibimbing oleh Prof. Dr.A. D. Corebina, M.Pd

Disusun oleh:
Kelompok 11 / Offering A
1. Dliya Amaliya (160341606104)
2. Lailatul Safitri (160341606065)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Oktober 2018
 BAB 7

REKOMBINASI : PENGERTIAN, HUBUNGAN DENGAN MUTASI, PERAN

TERHADAP PROSES EVOLUSI SERTA KEJADIANNYA

Pengertian Rekombinasi dan Hubungannya dengan Mutasi

Rekombinasi genetika atau rekombinasi gen sebagai peristiwa pembentukan suatu

aosiasi baru dari molekul-molekul DNA atau kromosom (Ayala, dkk., 1984). Rekombinasi
adalah proses yang berakibat terbentuknya kombinasi-kombinasi ge yang baru pada kromosom
(klug dan Cummings, 1994). Antara rekombinasi dan mutasi sebenarnya tidak ada hubungan,
terkecuali bahwa kedua peristiwa itu sma-sama menimbulkan perubahan materi genetik; dan
memang beberapa peristiwa rekombinasi juga menimbulkan perubahan fenotip yang lazimnya
merupakan dampak mutasi (Brown, 1989).

Peran Rekombinasi terhadap Proses Evolusi

1. Pindah silang bersama dengan rekombinasi secara bebas merupakan mekanisme-

mekanisme yang menghasilkan kombinasi-kombinasi gen baru. Proses seleksi alam
selanjutnya hanya mempertahankan kombinasi-kombinasi yang menyebabkan
organisme paling sesuai hidupnya. Rekombinasi memang merupakan suatu mekanisme
sumber variasi genetik. Peran rekombinasi sebagai suatu mekanisme sumber variasi
genetika, adalah evolusi mekanisme-mekanisme yang mendorong pertukaran genetik
antar individu benar-benar nyata dalam biologi seluruh organisme, mulai dari prokariot
hingga ke eukariot tinggi.
2. Rekombinasi memungkinkan sel untuk memperbaiki urut-urutan nukleitida yang
hilang, disaat molekul DNA mengalami kerusakan akibat radiasi ataupun senyawa
kimia, dengan cara mengganti bagian yang rusak dengan sepenggal unting DNA yang
berasal dari kromosom homolognya.
3. Tipe rekombinasi tertentu ikut mengatur ekspresi gen

Gambar 7.1 Model Rekombinasi Holliday intermediate yang mempertlihatkan urut-urutan

Kejadian Rekombinasi yang umum. Ini ditemukan pada E.coli terkait dengan plasmid colE,
sebagai hasil suatu proses in vivo.

Pada peristiwa Rekombinasi terdapat dua DNA yang terlibat yang merupakan
molekul-molekul berbed yang mempunyai suatu daerah homolog, pada daerah homolog itu
urut-urutann nukleotida sma atau sekurang-kurangnya sangat mirip. Molekul-molekul itu
berjajar berdampingan, serta berinteraksi melalui pertukaran bagian-bagian polinukleotida
yang identik. Pertukaran bagian-bagian itu dikatalisir oleh enzim endonukleease serta
dibantu oleh pergeseran unting yang berakibat terbentuknya suatu percabangan pindah
silang. Di lain pihak terbentuknya percabangan pindah silang itu menimbulkan suatu
heteroduplex; dan heteroduplex itu polinukletida yang terputus dibagi di antara ke dua helix
ganda. Celah atau bagian yang terputus itu ditutup oleh enzim ligase DNA, dan selanjutnya
unting-unting ditukar melalui migrasi cabang; titik pindah silang bermigrasi sepanjang
kedua molekul.
Pembentukan Struktur Holliday pada Makhluk Hidup Eukariotik

Model Holliday mempertimbangkan kejadia putusnya satu untung yang berlanjut

dengan berlangsungnya pertukaran resiprok unting-unting tunggal yang mengakibatkan
terbentuknya DNA heteroduplex yang simetris pada ke dua pihak yang terlibat pada proses
pertukaran. Di lain pihak analisis terhadap askus-askus menyimpang yang timbul pada
beberapa spesies jamur menunjukkan bahwa seringkali hanya satu pihak saja yang memiliki
heteroduplex. Yang berarti tidak terjadi pertukaran resiprok atau terjadi pertukaran untung
yang asimetrik. Sebagian besar kasus rekombinasi tidak dimulai oleh pertukaran unting timbal
balik.

Gambar 7.3 Model Meselson-Redding yang menjelaskan pertukaran unting asimetrik yang
menuju kepada terbentuknya struktur Holliday.
 Gabar 7.4 Model pemutusan unting
ganda dan perbaikannya yang
menjelaskan pertukaran unting
asimetrik yang meunju kepada
terbentuknya struktur Holliday.

Pada model Meselson-Radding, rekombinasi diawali hanya oleh satu pemutusan unting
pada salah satu pihak dalam suatu pertukaran. Sintesis DNA dalam rangka perbaikan
menggunakan celah hasil pemutusan sebagi suatu primer. Sintesi DNA dalam rangka perbaikan
itu mengganti suatu unting tunggal yang menginvasi helix yang lain. Sintesis perbaikkan
bersama pada helix donor serta degradasi unting DNA pada helix resipien menyebabkan
erbentuknya suatu struktur Holliday. Dalam hubungan ini DNA heteroduplex terdapat hanya
pada helix resipien. Dalam hubungan dengan perbaikan perpasangan yang sala, model
meselson-Radding bermanfaaat untuk menjelaskan kebnyakan observasi atas gen conversion
maupun atas segregasi yang menyimpang pada jamur.

Pada model pemutusan unting ganda dan perbaikannya diduga bahwa rekombinasi
diawali oleh pembentukan suatu celah unting ganda. Ujung-ujung pada satu unting tunggal
menginvasi helix yang lain. Sintesis DNA berikutnya dalam rangka perbaikan pada ke dua
helix mengarah ke daerah-daerah DNA heteroduplex yang asimetrik pada helix resipien
maupun mengarah ke perbaikan celah pada helix donor melalui pergantian total dengan acuan
informasi pada helix resipien. Dalam hal ini terbentuklah sepasang strktur Holliday yang
resolusinya dapat menuju ke pasangan yang dapat atau tidak dapat menjadi rekombinasi bagi
penanda samping. Model pemutusan unting ganda dan perbaikannya tidak hanya menjelaskan
sejumlah observasi khas berkenaan dengan rekombinasi pada khamir, tetapi juga observasi
yang dapat dijelaskan dengan baik melalui model Mmeselson-Radding.
 BAB 8

REKOMBINASI PADA MAKHLUK HIDUP EUKARIOTIK

Rekombinasi melalui pindah silang yang pertama kali dilansir oleh T. H Morgan dan
secara fisik dibutuktikan pada pembelahan meiosis makhluk hidup seluler eukariotik oleh H.
B. Creighton dan B. Mc. Clintock serta C. Stern, “pindah silang umumnya terjadi selama
meiosis pada semua makhluk hidup berkelamin betina maupun jantan dan antara semua
pasangan kromosom homolog”.

Pindah Silang pada Meiosis Makhluk Hidup Eukariotik

Peristiwa pindah silang sudah jelas diketahui terjadi selama sinapsis dari kromosm-
kromoom homoloh pada zygoten dan pachiten dari profase I meiosis. Pindah silang pada
makhluk hidup yang pembelahan reduksinya berlangsung selama meiosis I. Karena replikasi
kromosom berlangsung selama interfase, maka peristiwa pindah silang itu terjadi pada tahap
tetrad pascareplika pada saat tiap kromosom telah mengganda, sehingga telah terbentuk empat
kromatid untuk tiap pasang kromosom homolog.

Pindah silang juga mencakup kromatid-kromatid sesaudara 9dua kromatid dari 1

kromosom), tetapi pindah silang tersebut secara genetik jarang dapat dideteksi karena
kromatid-kromatid sesaudara biasanya identik.

Gamabr 8.1 Bagan umum satu alternatif peristiwa pindah silang antara dua kromatid bukan
sesaudara dari suatu pasang kromosom homolog.
Gambar 8.2 Contoh persilangan testcoss (silang uji) pada D. melanogaster yang
memperlihatkan bahwaa pada individu jantan tidak pernah terjadi pindah silang.

Pindah silang pada Makhluk Hidup Eukariotik berlangsung Selama Tahap Tetrad Pasca
Reprikasi

N.crassa memiliki lima sifat yang menjadikannya sangat cocok digunakan dalam
pengkajian tertentuk di bidang genetika. Kelima sifat itu adalah :

1. Meiosis berlangsung setelah fusi kedua inti haploid dari dua tipe kelamin (mating tipe);
fusi tersebut menyebabkan terbentuknya satu inti diploid, sebagaimana peristiwa
fertilisasi pada tumbuhan dan hewan tinggi; meiosis tersebut juga sama kejadiannnya
sebagaimna yang terjadi pada tumbuhan dan hewan tingggi.
2. Ascospora-ascospora (haploid) hasil meiosis tersusun linier di dalam struktur serupa
tabung yang disebut ascus; setiap ascus mengandung empat ascospora hasil dari satu
kejadian meiosis; semua ascospora dalam setiap ascys biasanya dapat dipilah-pilah dan
dikaji;
3. Ascospora-asosprora haploid tumbuh dan berkembanng menghasilkan miselia
multiseluler, yang seluruh selnya tetap haploid (dengan demikian genotip tiap prosuk
meiosis dapat dideteksi tanpa pelaksanaan testcross atau manipulasi genetik lain);
karena miselium bersifat haploid, maka keberadaan alela penanda yang resesif tidak
tertutup oleh alela-alela domnan
4. N. Crassa dapat tumbuh pada suatu medium buatan sederhana yang hanya
mengandung garam-garam anorganik, suatu sumber karbohidrat (biasanya sukrose),
serta senyawa organik lain (vitamin dominan)
5. N. Crassa berbiak secara tak kawin maupun secara kawin; dalam hal ini strain
bergenotip tertentu dapat dipertahankan.

Gambar 8.3 Bagan daur hidup N. Crassa yang memperlihatkan darur reproduksi secara
tak kawin maupun reproduksi secara kawin.

Tiap ascospora dapat diisolasi, ditumbuhkan, dan dipelajari ciri-ciriya

(miselium). Satu ascus diperoleh empat data (dari tempat ascospora yang sudah
ditumbuhkan) atau disebut sebagai data tetrad. Data tetrad dengan dasar dua faktor
(gen) yang terletak pada suatu kromosom yang sama; kedua faktor itu digunakan
sebagai penanda. Data tetrad menunjukkan bahwa peristiwa pindah silang lebih sering
terjadi sesuadah replikasi/duplikasi (pada tahap tetrad) daripada mendahului replikasi
(pada tahap dua benang, antara kromosom-kromosom dalam tiap pasangan homolog).
Gambar 8.4 a) Alternatif kejadian pindah silang sebelum sebelum replikasi pada N.
Crassa (dalam satu ascus), serta hasil-hasilnya. b) Alternatif-alternatif kejadian pindah
silang sesudah replikasi pada N. Crassa (dalam satu ascus), serta hasilhasilnya.
Peristiwa pindah silang terjadi sebelum replikasi (ataupun duplikasi), semua hasil
(semua ascospora) dari suatu meiosisi (peristiwa pindah silang telah terjadi antara dua
faktor penanda) pasti memperlihatkan ciri tipe rekombinan. Akan tetapi, jika peristiwa
pindah silang terjadi setelah replikasi (pada thap tetrad), maka hanya dua dari empat
hasil suatu meiosisi yang memperlihatkan tipe rekombinan.
Gambar 8.5 Satu contoh peristiwa pada N.crassa yang memperlihatkan satu tetrad
yang seluruh ascosporanya merupakan tiper rekombinan. Dalam hal ini telah terjadi
dua pindah silang pada tahap tetrad; kedua pindah silang itu melibatkan keempat
kromatid.

Pemetaan Kromosom

A. H. Sturtevant membuktikan bahwa faktor-faktor (gen), tersusun secara linier

sepanjang kromosom; dan juka berhasil memanfaatkan data frektensi rekombinan
(akibat peristiwa pindah silang) untuk kepentingan pembuatan peta kromosom.
Pertukaran bagian-bagian antara kromosom-kromosom homolog, emmamg
menyebabkan perubahan posisi faktor (gen) tertentu dari kromosom ke pasangan
homolognya. Keadaan semacam ini berakibat munculnya tipe turunan yang bukan tipe
parental. Tipe turunan yang bukan tipe parental semacam ini disebut tipe rekombinan;
dan data turunan tipe rekombinan ini dapat direkam.
Gambar 8.6 Peta kromosom X D. melanogaster yang pertama ali dibuat oleh A. H
Sturtevant berdasarkan frekuensi rekombinan akibat peristiwa pindah silang. Posisi
relatif faktor (gen) Posisi relatif faktor (gen) y bersifat arbitrer.

Gambar 8.7 Data persilangan testcross (silang uji ) pada D. melanogaster dari induk
b pr >< ++; simbol ++ di sini sama saja dengan b+ pr+.
Perhitungan frekuensi rekombinan faktor-faktor aibat peristiwa pindah silang
yang melibatkan faktor-faktor (gen) yang terletak pada kromosom 2 D. melanogaster,
perlu diperhatikan bahwa peristiwa pindah silang hanya berlangsung selama meiosis
pada individu betina.
Gambar 8.7 Data persilangan testcross (silang uji) pada Drosophila melanogaster dari
induk y+w >< y w+
Data testcross D. melanogaster yang sipergunakan untuk perhitungan frekuensi
rekobinan faktor-faktor yang terpaut kelamin X. Cara perhitungan frekuensi
rekombinan faktor-faktor yang terpaut kelamin pun sama saja dengan cara sebelumnya
(untuk yang terpaut autosom). Pindah silang hanya berlangsung selama meiosis pada
individu betina. Frekuensi tipe-tipe rekombinan adalah sebesar 0,010 atau 1%. Angka
tersebut diperoleh dari 4/390, dan sama sekali tidak melibatkan frekuensi gabungan
parental dan tipe-tie rekombinan. Keadaan ini terjadi karena genotip untuk faktor (gen)
y tak dapat diketahui, sebagai akibat dari kenyataan bahwa pada testcross ini semua
individu betina memeperolah faktor y+ dari induk jantan.
Data frekuensi adalah jarak relatif anara dua faktor (gen) pada suatu kromosom.
Jarak relatif anatara dua faktor (gen) itulah yang selanjutnya digunakan untuk
memperlihatkan posisi relatif faktor-faktor (gen) pada kromosom itu, dalam arti posisi
salah satu faktor, secra arbitter dipandang sebagai posisi awal atau 0,0. Dengan
demikian bahwa sarana persilangan yanag digunakan adalah minimal yang secara
khusus memperlihatkan dua tanda beda (faktor gen) pada suatu kromosom. Satuan jarak
yang digunakan untuk memerlihatkan posisi faktor satu dengan yang lainnnya pada
suatu kromosom disebut sebagai unit peta (map unit). Satu unit peta setara dengan 1 %
frekuensi rekombinan.
1) Pemetaan Kromosom yang Memanfaatkan Sarana Persilangan Trhibridisasi
Gambar 8.9 Data persilangan testcross (silang uji) pada D. melanogaster dari induk
+++♀>< strain ywn♂ serta hasil perhitungan frekuensi tipe-tipe rekombinan.
Data persilangan testcross memperlihatan delapan kombinasi gamet, seolah-
olah ke tiga faktor (y, w, dan m ) terletak pada kromosom yang berlainan. Akan tetapi
perhitungan frekuensi tipe—tipe rekombinan memperlihatkan gambaran yang jelas
kurang dari 50%. Jelaslah bahwa gambaran frekuensi tipe-tipe rekombinan semacam
itu terjadi karena faktor-faktor itu (y, w, dan m) memang letaknya pada satu kromosom
(dalam kromosom X). Macam-macam tipe rekombinan yang muncul dari persilangan
testcross ini membuktikan bahwa telah terjadi piindah silang paada individu betina
selama meiosis. Dalam hal ini terlihat bahwa pindah silang terjadi antara w, dan m, y
dan w serta antara y dan m. Data tipe-tipe rekombinan hasil persilangan testcross itu
juga memperlihatkan bahwa tipe-tipe rekombinan itu terbentuk sebagai akibat dua
peristiwa pindah silang selama periode meiosis yang sama. Dalam hal ini terbukti
bahwa semua tipe rekombinan tidak dapat terbentuk sendiri-sendiri satu sama lain.
Bukti ini pun mempertegas konsepsi bahwa faktor-faktor gen ini (tiga) tersusun secara
linier.
 Gambar 8.10 tiga alternatif urutan faktor-faktor (gen) y, w dan m yang mungkin pada
kromatid kromosom kelamin X D. melanogaster.

Gambar 8.11 Peta parsial kromsom D. melanogaster yang dibuat oleh A. H Sturtevant
dkk. Kromosom I adalah Kromosom kelamin X.
2) Interferensi Genetik

Apabila letak faktor-faktor (gen) tidak terlalu jauh, maka frekuensi rekombinan dapat
dipandang sebagai suatu perkiraan probabilitas bahwa suatu peristiwa rekombinasi (karena
peristiwa pindah silang) akan terjadi antara faktor-faktor itu. Perkiraan ini dapat digunakan
untuk menentukan apakah peristiwa-peristiwa rekombinasi yang terjadi pada suatu kromosom
berdiri sendiri-sendiri satu sama lain. Rekombinasi pada suatu kromosom tersebut, berdiri
sendiri satu sam lain atau ada interferensi. Interferensi (sisingkat I) disini menunjuk kepada
adanya

Pemetaan Gen pada Neurospora crassa, Khamir, dan Chlamydomonas reinhardii

Neurospora crassa, Khamir, dan Chlamydomonas reinhardii adalah tiga contoh

makhluk hidup eukariotik yang juga menjalani siklus hidup haploid (gametodit) secara
signifikan di smaping siklus hidup diploid (sporofit), dll. Pemetaan gen atas dasar frekuensi
pindah silang sebagaimana yang diterapkan pada makhluk hidup eukariotik diploid, juga dapat
diterapkan pada yang sedanga berada dalam siklus haploid. Secara teknis spora-spora
Neurospora crassa dan Khamir dapat diinduksi untuk tumbuh, sehingga individu haploid yang
dihasilkan itu dapat dianalisis. Demikian pula produk meiosis, yang berkemampuan bergerak
leluasa dalam air, dapat dianalisis secara langsung.

Gambar 8.12 memperlihatkan suatu persilangan yang dilakukan dalam rangka

pemetaan gen. Persilangan itu melibatknan tiga tanda beda. Suatu strain wild-type N. Crassa
sisilangkan dengan suatu strain lain yang memiliki tiga gen mutan pada kromosom yang sama.
Hasil persilangan itu adalah turunan (zigot) diploid yang heterozigot. Jika zigot itu mengalami
meiosis maka akan dihasilkan turunan yang haploid. Secara potensial turunan-turunan itu
terkelompok dalam delapan macam genotip (maupun fenotip). Sebenarnya gambaran hasil
turunan secamam itu juga dijumpai pada F2 silang uji tida tanda beda (three-point testcross)
di kalangan makhluk hidup diploid. Perbedaannya adalah bahwa turunan yang dihasilkan dan
yang dianalisis di sini bukan merupakan hasil dari persilangan menuju ke F2, tetapi hasil dari
persilangan induk (F1) yang mengalami meiosis, dan hasil meiosis itu langsung ditumbuhkan
untuk selanjutnya dianalisis. Oleh karena itu pada silang uji tiga tanda beda di kalangan
makhluk diploid yang lazzim, turunan (F2) yang dianalisis memang juga diploid, tetapi pada
persilangan pemetaan gen di sini (gambar 8.12) turunan yang dianalisis adalah haploid.

Gambar 8.12 Persilangan untuk pemetaan gen pada N. Crassa ataupun khamir selama
tenggang siklus hidup haploid.
Rekombinasi Somatik

Pada mamalia ditemukan lima kelas protein antibody atau immunoglobulin (Ig) yaitu Ig A, Ig
D, Ig E, Ig G, dan Ig M. Masing-masing kelompok antibody itu mempunyai rantai H (heavy)
yang berbeda yaitu α, β, ε, γ, dan μ. Rantai L (Light) ataupun H (Heavy) memiliki 2 macam
daerah, daerah konstan (C) (urutan tetap untuk semua antibodi) dan daerah variabel (V) (tapat
pengikatan gen, memiliki urutan yang bervariasi pada tidap antibodi).

Berdasarkan penjabaran diatas, produksi molekul tersebut mencakup sintesis rantai

polipeptida yang konstan dan yang bervariasi pada tiap molekul. Pada makhluk hidup terjadi
rekombinasi rantai L dan rantai H yang berpasangan secara acak, sehingga membentuk
keanekaragaman antibodi. Keanekaragaman ini dibentuk melalui rekombinasi somatik. Pada
rekombinasi tersebut terjadi penataan kembali molekul DNA, meliputi penyambungan
berbagai segmen gen membentuk suatu gen, lalu ditranskripsi menghasilkan rantai Ig. Proses
rekombinasi ini berlangsung selama perkembangan sel B.

Rekombinasi Somatik Gen Pengkode Polipeptida rantai L (daerah V)

Terdapat tiga tipe segmen gen pada DNA garis benih mencit pengkode polipeptida K rantai L,
yaitu:

a. Segmen L-Vk, terdiri dari leader sequence atau L, dan Vk yang bervariasi. Vk mengkode
sebagian besar asam amino daerah variabel rantai L. Rantai L mengkode asam amino
sebagai sinyal sekresi molekul Ig.
b. Segmen Ck pengkode asam amino polipeptida K daerah konstan rantai L.
c. Segmen Jk menghubungkan Vk dan Ck, untuk membentuk suatu gen polipeptida K rantai
L yang fungsional.

Ketiga segmen gen diatas, terdapat pada sel induk B tersebar luas pada kromosom.
Segmen L-Vk tersusun dengan jarak satu sama lain sekitar 7 kb, dan memiliki panjang 400
pasang nukleotida. Segmen Jk memiliki panjang 30 pasang nukleotida, dan memiliki jarak
satu sama lain 20 kb. Jarak segmen Jk dan Ck berukuran 2-4 kb. Pada mencit mengalami 1400
rekombinasi somatik dalam pembentukan daerah variabel rantai K, karena ditemukan 350
segmen gen Ck.

Perakitan gen pengkode polipeptida λ rantai L mencit juga melalui mekanisme

rekombinasi somatik. Tetapi, daerah variabel polipeptida λ rantai L lebih kecil daripada
polipeptida k rantai L. Keragaman polipeptida K rantai L terjadi, karena:

a. Berubahnya urutan dari segmen gen Vk

b. Berubahnya urutan dari keempat segmen gen Jk
c. Berubahnya jumlah pasangan nukleotida hilang atau terdelesi pada daerah sambungan
Vk- Jk.

Rekombinasi somatik gen pengkode polipeptida rantai H (daerah V)

 Gen pengkode polipeptida rantai H pada mencit juga dibentuk dari segmen VH, JH dan
CH. Terdapat gen D (Diversity) yang menyebabkan keragaman yang terletak antara VH- JH.
Macam molekul antibody yang tebentuk tergolong Ig M, Ig D, Ig G, Ig E atau Ig A, hal ini
tergantung dengan segmen CH yang digunakan.

Rekombinasi Mitosis
Pindah silang dapat berlangsung selama mitosis yang ditemukan oleh C. Stem, saat
melakukan persilangan strain Drosophila seperti yellow (y) dan singed (sn). Pada keturunan
betina yang dihasilkan berfenotip wild-type (warna tubuh dan bristle normal) dan betina
dengan tubuh kuning (yellow) dengan bristle pendek keriting; bagian tubuh lain berwarna
coklat normal serta bristle yang normal.

Melalui persilangan tersebut diketahui adanya hasil resiprok dari kejadian pindah silang
selama mitosis hal ini ditunjukkan dengan bercak kembar yang selalu berdekatan.
Pindah silang pada mitosis terjadi pada suatu tahap tetrad meiosis. Pindah silang juga
ditemukan pada kapang Aspergillus. Tahap vegetative bersifat haploid, beberapa sel
melakukan fusi. Hasil fusi berupa sel diploid dan dilanjutkan membelah secara mitosis.
Pada Drosophila tahap diploid pindah silang juga terjadi diantara gen-gen terpaut,
sehingga menghasilkan sel-sel rekombinan.

Rekombinasi pada Organel

Rekombinasi selain melibatkan gen kromosom dalam inti, juga melibatkan gen
sitoplasmik pada organela semacam mitokondria. Rekombinasi pada gen sitoplasmik
dilaporkan pada Chlamydomonas dengan menyilangkan strain yang peka terhadap
antibiotic neamin dan streptomisin, dan menghasilkan 20% merupakan tipe rekombinan,
padahal gen yang terkait terletak pada genom kloroplas yang sirkuler.
 BAB 9

ENZIM-ENZIM PADA PROSES REKOMBINASI

Enzim-enzim yang Dikode Gen recA, recB dan recC

Terdapat enzim-enzim yang dikode oleh gen recA, recB dan recC. yang tersangkut paut
dalam mutan E.coli. Protein recA adalah enzim yang berperan dalam rekombinasi umum
maupun perbaikan DNA. Pada kondisi in vitro protein recA yang telah dimurnikan
membantu pembentukan struktur Holliday. Protein tersebut berikatan dan membutuhkan
ATP untuk membuka DNA unting ganda. Setelah terbentuk struktur Holliday, akan diikuti
dengan migrasi jembatan silang (Holiday).

Rekombinasi juga berlangsung pada plasmid E.coli, hasil pemotongan plasmid Col
E pada tapak restriksi dengan bantuan enzim endonuclease EcoR1. Bentukan angka 8
merupakan perantara rekombinasi yang dikatalisasi oleh protein recA antara molekul
plasmid. Bentukan angka 8 ditemukanpada preparat DNA yang berasal dari sel E.coli yang
memiliki gen recB- atau recC- . Jadi produk dari 2 gen ini baru bekerja setelah protein rec A
bekerja. Gen recB+ dan recC+mengkode dua subunit suatu nuklease yang tergantung ATP.
Nuklease berperan sebagai "resolvase" yang memotong jembatan silang pada struktur
Holliday untuk menyempurnakan proses rekombinasi.

Protein recA juga memegang peran dalam perbaikan DNA, dapat diketahui melalui
radiasi UV maupun agen kimiawi lainnya. Protein recA memiliki aktivitas proteolitik yaitu
memotong sekurang-kurangnya dua macam molekul repressor, salah satunya repressor
lambda, yang menyebabkan induksi profag. Molekul repressor lainnya yaitu produk dari gen
lex A, yang mengatur tingkat ekspresi gen recA maupun sejumlah gen yang terlibat pada
mekanisme perbaikan DNA serta fungsi survival (fungsi SOS). Apabila sel terancam
mengalami kerusakan DNA, maka aktivitas proteolitik protein recA diaktivasi
menghancurkan repressor lex A, mengakibatkan induksi uvr dan induksi gen lainnya yang
membantu pemulihan sel.
Pembentukan maapun pembongkaran struktur Holliday berada dibawah kontrol
genetik, model rekombinan ini juga terdapat pada makhluk suatu ujung dupleks yang bebas.

Aktivitas kedua dari enzim recBC berfungsi membuka lilitan DNA, enzim inilah
yang mendorong adanya rekombinasi pada DNA yang mengandung satu tapak yang disebut
Chi. DNA E. coli mempenyai sekitar 1000 urut-urutan Chi atau sekitar satu tapak Chi per
lima gen. Tetapi pada sel E. coli yang normal molekul DNA tidak memiliki ujung bebas.
Tapak Chi justru berfungsi pada saat konjugasi.
Enzim nuklease maupun protein lain yang diperlukan dalam sintesis DNA juga
berperan dalam proses rekombinasi. Enzim nuklease memotong sambungan Holliday
sehingga memisahkan molekul DNA rekombinan. Protein pada sintesis DNA antara lain
protein SSB yang membantu fungsi protein enzim recA. Dan juga terdapat enzim polymerase
DNA yang menyambun baian yang hilang akibat DNA rekombinan yang terpotong, dan
DNA ligase yang menutup celah yang tertinggal setelah enzim polymerase DNA bekerja.
Enzim pada insersi λ ke dalam genom E. coli yang terjadi melalui rekombinasi
Fag λ mengkode enzim integrase yang berperan saat insersi DNA fag ke dalam genom
E. coli, melalui rekombinasi pada tapak spesifik ke dua genom dan menghasilkan satu
molekul sirkuler baru yang lebih besar.

Selain enzim integrase, juga terdapat protein IHF (integration host factor) di tapak
spesifik rekombinasi yaitu attP (genom fag λ) dan attB (genom E. coli). Enzim Integrase
berperan sebagai suatu enzim topoisomerase, yang membuat suatu pemutusan dalam posisi
menyamping.

Segmen tapak attP sepanjang 250 nukleotida melingkari enzim integrase membentuk
semacam struktur sepertri nukleosom yang terkondensasi. Enzim integrase membutuhkan
suatu homologi urut-urutan pada daerah inti, seperti urutan tempat pengikatnya. Profag λ
dapat mengalami eksisi, DNA fag maupun bakteri terlepas dan bebas. Hal ini dibantu oleh
protein eksionase yang memungkinkan enzim integrase mengkatalisis rekombinasi.
 BAB 10

BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI

Rekombinasi Spesifik Tapak

Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada tapak khusus
pada DNA. Hal ini tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC. Contohnya,
rekombinasi dengan integrase DNA fag ke genom E. coli yang membutuhkan tapak attP dan
attB. Jika tapak attB delesi, maka integrase profag akan terjadi pada tapak lain, tetapi dalam
frekuensi rendah.
Rekombinasi Spesifik Tapak Menjamin Penataan Kembali DNA yang Teliti
Pindah silang umumnya tetap mempertahankan susunan urutab DNA pada kromosom
homolog, tetapi juga terdapat sel yang memanfaatkan rekombinasi untuk menata kembali
urutan DNA, segmen DNA dapat dipindah melalui rekombiansi spesifik tapak.
Rekombinasi spesifik Tapak Mengatur Ekspresi Gen
Rekombinasi akan berakibat terlepasnya segmen atau inversi segmen, hal ini
dimamfaatkan oleh sel untuk membentuk 2 protein untuk diekspresikan. Contoh, antigen flagel
dari Salmonella. Hal ini akibat dari ekspresi dua protein flagel, H1 dan H2 yang bergantian.
Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA yang Rusak
Peristiwa Pindah silang untuk memperbaiki kerusakan DNA, contohnya bakteri recA-
yang mutan sangat mudah mati akibat radiasi yang mengakibatkan merusaknya DNA.
Mekanisme perbaikan DNA seperti berikut, celah yang terbentuk akibat kerusakan ketika
replikasi terhenti, kedua unting dapat dipulihkan dengan cara membuangnya melalui
rekombinasi.
Rekombinasi tidak selalu bersifat resiprok pada tapak Pindah Silang Konversi Gen
Rekombinasi yang tidak resiprok terjadi antara tapak yang berdekatan disebut konversi
gen, akibat dari pemotongan DNA dan sintesis perbaikan DNA pada daerah heterodupleks
selama proses pemutusan dan penyambungan.
Rekombinasi Illegitimate
Rekombinasi Illegitumate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul DNA yang
non homolog, tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC. Contohnya, insersi
elemen transposable (Is) ke dalam suatu lokus gen, akibatnya fungsi gen akan terganggu atau
hilang. Insersi elemen Is ke dalam lokus, mengakibatkan mterganggunya metabolisme
galaktose.
Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA
Rekombinasi tidak terait dengan peristiwa replikasi DNA. Saat 2 genotip fag, a+ dan b+
diinfeksi ke sel inang yang tumbuh, genotip fag yang tidak bereplikasi menunjukkan genotip
++, hal ini membuktikan bahwa rekombinasi berlangsung secara independen terhadap replikasi
DNA.
Pertanyaan dan Jawaban
1. Bagaimana mekanisme rekombinasi spesifik tapak?
jawab:
Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada tapak khusus
pada DNA. Hal ini tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC. Contohnya,
rekombinasi dengan integrase DNA fag ke genom E. coli yang membutuhkan tapak attP
dan attB yang dikode oleh gen int dan xis pada genom fag. Oleh karena itu integrase fag
hampir selalu terjadi pada tapak attB yang terletak antara lokus gal dan bio. Jika Jika tapak
attB delesi, maka integrase profag akan terjadi pada tapak lain, tetapi dalam frekuensi
rendah.
2. Mengapa mekanisme rekombinasi yang spesifik tapak dapat mengatur ekspresi gen?
Jawab:
Rekombinasi akan berakibat terlepasnya segmen atau inversi segmen, hal ini
dimamfaatkan oleh sel untuk membentuk 2 protein untuk diekspresikan. Contoh, antigen
flagel dari Salmonella. Hal ini akibat dari ekspresi dua protein flagel, H1 dan H2 yang
bergantian. Promoter untuk gen H2 terletak pada suatu segmen DNA dan diikat berulang
dalam orientasi berlawanan. Apabila segmen DNA (yang mengandung promoter)
mengarah dalam arah yang sama, maka letak promoter adalah samping gen H2, hal ini akan
ditranskripsikan dan demikian pula gen lain di dekatnya yang mengkode suatu protein
repressor dari gen pengkode flagel H1 yang letaknya jauh. Kerja gen H1 dihalangi,
sedangkan gen H2 ditranskripsikan. Tetapi jika H2 tidak ditranskripsikan, gen pengkode
repressor untuk gen H1 juga tidak ditranskripsi. Oleh karena itu protein H1 dibentuk.
3. Bagaimana fungsi gen recA dalam peristiwa Rekombinasi?
Jawab:
Protein recA adalah enzim yang berperan dalam rekombinasi umum maupun
perbaikan DNA. Pada kondisi in vitro protein recA yang telah dimurnikan membantu
pembentukan struktur Holliday. Protein tersebut berikatan dan membutuhkan ATP
untuk membuka DNA unting ganda. Setelah terbentuk struktur Holliday, akan diikuti
dengan migrasi jembatan silang (Holiday).
Protein recA juga memegang peran dalam perbaikan DNA, dapat diketahui
melalui radiasi UV maupun agen kimiawi lainnya. Protein recA memiliki aktivitas
proteolitik yaitu memotong sekurang-kurangnya dua macam molekul repressor, salah
satunya repressor lambda, yang menyebabkan induksi profag. Molekul repressor
lainnya yaitu produk dari gen lex A, yang mengatur tingkat ekspresi gen recA maupun
 sejumlah gen yang terlibat pada mekanisme perbaikan DNA serta fungsi survival
(fungsi SOS). Apabila sel terancam mengalami kerusakan DNA, maka aktivitas
proteolitik protein recA diaktivasi menghancurkan repressor lex A, mengakibatkan
induksi uvr dan induksi gen lainnya yang membantu pemulihan sel.
4. Mengapa Rekombinasi mitosis dapat terjadi?
Jawab:
Pindah silang pada mitosis terjadi pada suatu tahap yang serupa atau mirip
dengan tahap tetrad meiosis. Dalam hal ini dinyatakan bahwa (sagat jarang) sesudah
tiap kromosom mengalami replikasi, mendahului metaphase, dua kromatid yang
berasal dari tiap kromosom induk jantan maupun betina berkumpul membentuk suatu
tetrad yang analog dengan tetrad meiosis dan pada tahap itulah (semacam tetrad) pindah
silang dapat terjadi. Pada Drosophila selama tahap diploid ini kadang pindah silang
terjadi di antara gen yang terpaut, sehingga menghasilkan sel-sel rekombinan.

5. Bagaimana peran Rekombinasi terhadap Proses Evolusi ?

Jawab :
1. Pindah silang bersama dengan rekombinasi secara bebas merupakan mekanisme-
mekanisme yang menghasilkan kombinasi-kombinasi gen baru. Proses seleksi alam
selanjutnya hanya mempertahankan kombinasi-kombinasi yang menyebabkan
organisme paling sesuai hidupnya. Rekombinasi memang merupakan suatu mekanisme
sumber variasi genetik. Peran rekombinasi sebagai suatu mekanisme sumber variasi
genetika, adalah evolusi mekanisme-mekanisme yang mendorong pertukaran genetik
antar individu benar-benar nyata dalam biologi seluruh organisme, mulai dari prokariot
hingga ke eukariot tinggi.
2. Rekombinasi memungkinkan sel untuk memperbaiki urut-urutan nukleitida yang
hilang, disaat molekul DNA mengalami kerusakan akibat radiasi ataupun senyawa
kimia, dengan cara mengganti bagian yang rusak dengan sepenggal unting DNA yang
berasal dari kromosom homolognya.
3. Tipe rekombinasi tertentu ikut mengatur ekspresi gen
6. Mengapa N.crassa menjadikannya sangat cocok digunakan dalam pengkajian
tertentuk di bidang genetika ?
1. Meiosis berlangsung setelah fusi kedua inti haploid dari dua tipe kelamin (mating tipe);
fusi tersebut menyebabkan terbentuknya satu inti diploid, sebagaimana peristiwa
fertilisasi pada tumbuhan dan hewan tinggi; meiosis tersebut juga sama kejadiannnya
sebagaimna yang terjadi pada tumbuhan dan hewan tingggi.
2. Ascospora-ascospora (haploid) hasil meiosis tersusun linier di dalam struktur serupa
tabung yang disebut ascus; setiap ascus mengandung empat ascospora hasil dari satu
kejadian meiosis; semua ascospora dalam setiap ascys biasanya dapat dipilah-pilah dan
dikaji;
3. Ascospora-asosprora haploid tumbuh dan berkembanng menghasilkan miselia
multiseluler, yang seluruh selnya tetap haploid (dengan demikian genotip tiap prosuk
meiosis dapat dideteksi tanpa pelaksanaan testcross atau manipulasi genetik lain);
karena miselium bersifat haploid, maka keberadaan alela penanda yang resesif tidak
tertutup oleh alela-alela domnan
4. N. Crassa dapat tumbuh pada suatu medium buatan sederhana yang hanya
mengandung garam-garam anorganik, suatu sumber karbohidrat (biasanya sukrose),
serta senyawa organik lain (vitamin dominan)
5. N. Crassa berbiak secara tak kawin maupun secara kawin; dalam hal ini strain
bergenotip tertentu dapat dipertahankan.