Regulasi Ekspresi Gen pada Eukariotik

Disusun oleh : Kelompok 9 – Off C

Nama : Ayu Purwanti (160341606006)
Koko Murdianto (150341606345)

 Definisi Sel dalam Eukariotik Tingkat Tinggi

Dalam perkembangan sel eukariotik tingkat tinggi, zigot mengatur secara luas tipe sel
(pada hewan, sel kulit, sel syaraf, sel tulang, sel darah dan seterusnya) dengan menaikan
sel mitosisnya. Tipe sel yang berbeda memberikan beberapa fungsi metabolisme yang
spesifik. Dalam perkembangan makhluk hidup tingkat tinggi, ekspresi gen telah diregulasi
pada tahap transkripsi, proses pre-mRNA, transport mRNA, stability mRNA, translasi,
postransalasi, proses protein, stability protein, dan fungsi enzim.
Beberapa proses perkembangan pada eukariot tingkat tinggi dikontrol melalui
preprogrammed circuits dari ekspresi gen. Produk dari satu atau lebih dari fungsi gen yaitu
menghentikan transkripsi dari set pertama pada gen atau memulai transkripsi dari set kedua
dari gen. Pada eukariot, hormon-hormon dapat merangsang ekspresi sekelompok gen.
Selain itu, gen-gen regulatori juga dilibatkan dalam pengontrolan pola-pola diferensiasi .
 Contoh Neoklasik dari Ekspresi Gen yang di Gerakkan secara Evolusi
1. Transciption pada Kromosom Lampbrush di Oosit Amfibi
Fertilisasi akan merangsang peningkatan sintesis protein, yang diikuti
pembelahan nukleus dan pembelahan sel pada tahap pembelahan awal pada
embriogenesis. Semua komponen dibutuhkan untuk sintesis protein selama
embriogenesis pertama sebelum telur dibuahi. Transkripsi gen dalam membentuk
molekul m-RNA atau pre-mRNA harus disimpan dalam telur dalam keadaan
dormansi. Sebagian besar kromosom lampbrush dalam keadaan yang sangat
terkondensasi dan secara transkripsi merupakan bentuk inaktif sehingga disebut daerah
aksial dari kromosom. Segmen tertentu dari DNA pada masing-masing kromosom
lampbrush, nampak sebagai gembungan lateral yang melebar. Gembungan tersebut
terdiri atas molekul sentral DNA yang dikelilingi matriks RNA dan protein yang baru
disintesis. Gen-gen hasil transkripsi yang disintesis selama oogenesis dan dalam
keadaan inaktif tetapi bentuk tetap stabil hingga terjadinya proses feretilisasi.
2. Amplikasi Gen rRNA pada Oosit Amphibi
Laju inisiasi sintesis protein mengikuti fertilisasi, akan tetapi pada tahap
grastula tidak terjadi sintesis RNAr pada embrio amphibi. Telur dari amfibi
mengandung sangat banyak ribosom sekitar 1012 per telur yang masak. D. Brown dan
I. Dawid menunjukkan bahwa nukleus dari oosit X. laevis mengandung ratusan
nukleolus, masing-masing mengandung molekul DNA sirkuler yang membawa
gandaan berulang secara dua-dua dari gen rRNA. Setelah dibentuk,
ekstrachromosomal molekul DNA nampak bereplikasi dengan mekanisme rolling
circle. Replikasi selektif gen-gen rRNA dalam oosit merupakan contoh pengetahuan
terbaik dari tipe amplifikasi gen spesifik. Saat sejumlah besar protein spesifik diperlukan,
seperti pada kasus hemoglobin dalam sel darah merah, amplifikasi dapat diselesaikan pada
tahap translasi dan tiap molekul mRNA dapat ditranslasi berulangkali.
 Perbedaan Populasi Transkripsi Gen dalam Tipe yang Berbeda
Pada eukariot tingkat tinggi, hanya sebagian kecil proporsi dari genom yang
direpresentasikan diantara molekul mRNA dalam suatu tipe sel tertentu. RNA
ditambahkan ke hibridasi dalam jumlah yang banyak (relatif terhadap konsentrasi DNA)
sehingga sekuen DNA berkomplementer dengan sekuen-sekuen yang representatif dalam
populasi RNA dan akan membentuk hibrid DNA menjadi RNA. Pada eksperimen
hibridisasi penjenuhan RNA-DNA, pengukuran sel pertama dilakukan terhadap jumlah
RNA yang berlabel radioaktif dari suatu tipe sel yang berhibridisasi terhadap DNA
 genomik dengan ada atau tidak ada kompetisi RNA radioaktif dari tipe sel yang kedua.
Jika dua populasi RNA saling overlap, maka sejumlah RNA yang terlabeli hibridisasi akan
mengalami penurunan proporsi terhadap tingkat overlap. Penelitian hibridisasi competitif
RNA-DNA dari indikasi tipe ini menunjukkan sekuen RNA dalam populasi RNA
mengambil dari jaringan yang berbeda atau tipe sel yang berbeda perbedaannya yaitu
antara 10 hingga 100%. Histon yang sama biasanya ada dalam cromatin dari variasi tipe
sel yang berbeda. Banyak ilmuan yang percaya bahwa histon tidak memiliki fungsi seperti
repressor spesifik atau aktivator dari transkripsi.
 Mekanisme Regulasi Transkripsi pada Eukariotik Tingkat Tinggi
Pada E. coli, holoenzim RNA polymerase mengandung semua informasi yang
dibutuhkan untuk berlangsungnya inisiasi transkripsi sebagai sinyal promoter. RNA
polymerase II pada eukariot yang mentranskripsi kebanyakan gen nuclear pengkode
protein sehingga tidak dapat menginisiasi transkripsi secara invitro tanpa adanya empat
accesori protein tambahan (factor umum transkripsi).
 Kebanyakan Unit Transkripsi Eukariot adalah Monogenik
Set gen yang ditranskripsi pada tipe sel yang yang berbeda dalam eukariot tingkat tinggi
dan ekspresi gen yang berbeda pada tiap jaringan dikendalikan oleh protein trans-acting
yang dikode oleh gen regulasi yang ada pada sequence selama diferensiasi. Mekanisme
regulasi pada tahap transkripsi penting dalam diferensiasi sel. Pada eukariot tingkat tinggi,
operon jarang muncul bahkan tidak ada. Hal ini berbeda dengan eukariot tingkat rendah
yang masih bergantung sepenuhnya dengan system operon. Sebagian besar mRNAs
eukariot tingkat tinggi merupakan monogenic dimana mengandung sequence pengkode
satu gen structura
 Enchancer dan Silencer Mengatur Transkripsi Eukariot
Gen eukariotik diregulasi elemen promoter yang terletak diujung 5’ dari tempat inisiasi
transkripsi dengan pola yang mirip dengan regulasi gen prokariotik. Dalam penambahan
untuk promoter terdekat, banyak gen eukariotik juga diregulasi oleh elemen-elemen cis-
acting yang disebut enhancher dan silencer. Seperti kesan namanya Enhancher
meningkatkan transkripsi dan silencer menurunkan transkripsi gen-gen yang diregulasi.
Dasar utama dari enhancers yang membedakannya dengan promoter adalah sebagai
berikut:
- Enhancher dapat bekerja pada jarak yang relative jauh, yaitu lebih dari beberapa
ribu pasang nukleotida dari gen yang diregulasi.
 - Enhancer adalah orientasi yang bebas, mereka dapat berfungsi dengan salah satu
orientasi, baik itu normal atau bolak-balik.
- Enhancer adalah posisi yang bebas, mereka dapat berfungsi dengan baik pada posisi
ujung 5’ atau ujung 3’ dari gen /ada dalam intron gen.
Adanya minimicrosom dari virus simian 40 (SV40) yang merupakan sebuah virus dari
monyet yang telah diselidiki dalam cultur sel. SV40 enhancer mengandung dua ulangan
72 pasang basa, dan penghapusan dari kedua pengulangannya merupakan aktifitas
enhancer dalam penghapusan. Jika satu dari dua pengulangan itu berubah karena delesi
,insersi atau inversi. Enhancer ini juga dapat berpindah lokasi pada minikromosom tanpa
kehilangan fungsinya. Saat enhancer SV40 secara in vitro diletakkan pada gen β-globin
manusia, akan meningkatkan tingkat transkripsi gen. Secara invivo insersi dari enhancer
dalam beberapa ribu pasang nukelutida dari gen struktural dapat meningkatkan kecepatan
transkripsi sampai 100 kali lipat. Enhancer berada dalam intron dalam komplek heavy-
chain gen. Pada genom ayam berada diantara β-hemoglobin gen dan €-hemoglobin gen,
dia menstimulasi transkripsi dari €-globin selama perkembangan embrionik, dan pada β-
globin saat dewasa.
 Regulasi tahap Transkripsi oleh Metilasi DNA
Dalam kebanyakan tumbuhan tingkat tinggi dan hewan , DNA sering dimodifikasi
setelah adanya sintesis oleh enzim yang menkonversi banyak basa sitosin menjadi basa 5-
methylisitosin. Dalam beberapa bukti nyata yang ditemukan disini untuk mendukung
adanya regulasi pada tahap transkripsi oleh metilasi DNA. Metilasi terwariskan secara
klonal sehingga pola tersebut akan terus diwariskan pada keturunannya. Pelibatan pola
metilasi yan g sangat spesifik hanya dalam satu jaringan merupakan dasar pola metilasi
saat regulasi di tahap transkripsi.
 Bagaimana Z-DNA Memainkan Peran sebagai Regulator?
Salah satu penemuan baru yang menarik dalam sepuluh tahun terakhir adalah
mengenai segmen DNA yang memiliki urutan di mana purin dan pirimidin di sepanjang
untai dapat membentuk heliks ganda yang kidal (terpuntir ke kiri) disebut Z-DNA. Hal ini
berbeda dengan model DNA yang diusulkan oleh Watson-Crick, yaitu DNA-B yang berupa
heliks ganda terpuntir ke kanan.
 Gambar 1.1 Perbandingan struktur DNA-B dan DNA-Z. (Snustad, 2012)

Pada umumnya, DNA-Z memiliki urutan purin dan pirimidin yang tertukar
karena berada pada konsentrasi garam yang tinggi. Sebagai contoh, DNA-Z dapat
ditemukan pada kromosom raksasa kelenjar ludah Drosophila melanogaster dan di
macronukleus Stylonychia mytilus. Salah satu petunjuk yang memungkinan untuk
mengetahui bagaimana keterlibatan Z-DNA dalam mengatur ekspresi gen adalah pada
salah satu struktur protein regulator tertentu yang dapat terikat dalam alur utama heliks
ganda yang kidal dan tidak heliks ganda biasa. Protein represor mungkin bertindak dalam
arah yang berlawanan, menstabilkan urutan regulator dalam DNA-B dan mencegah
transkripsi. Meskipun fungsi DNA-Z masih belum diketahui, protein pengikat Z-DNA
spesifik telah dapat diisolasi dari Drosophila.

 Struktur Kromatin: Bagian Sensitif Nuclease yang Mendekat pada Gen Aktif
Gen yang sedang ditranskrip dikemas ke dalam nukleosom menunjukkan adanya
frekuensi dan jarak yang sama dengan nukleosom yang mengandung DNA dari gen yang
tidak sedang ditranskrip. Pada tahun 1976, M. Groudine dan H. Weintraub menunjukkan
bahwa gen hemoglobin hadir dalam kromatin dari sel darah merah ayam umur 18-hari
lebih yang sensitif terhadap degradasi oleh deoxyribonuclease pankreas I (DNase I) dari
pada yang gen ovalbumin (tidak diekspresikan dalam sel darah merah) di kromatin dari
sel-sel yang sama atau gen hemoglobin dalam kromatin diisolasi dari fibroblast atau sel-
sel otak dari ayam yang sama. Sensitivitas nuklease gen aktif tergantung pada kehadiran
dua protein non histon kromosom yang disebut HMG14 dan HMG 17. Ketika protein
HMG14 dan HMG 17 dikembalikan dari kromatin aktif, sensitivitas nuclease hilang dan
ketika ditambahkan kembali, sensitivitas dipulihkan.
 Kontrol Hormonal Pada Ekspresi Gen
 Komunikasi interseluler sangat penting pada makhluk hidup tingkat tinggi
(eukariot). Sinyal awal yang ada pada berbagai kelenjar dan atau sel sekret dapat
menstimulasi target yang berupa jaringan atau sel-sel untuk melakukan perubahan pada
pola metaboliknya. Perubahan yang terjadi termasuk perubahan pada pola diferensiasi
yang saling bergantung, sebagai contoh pada pola ekspresi gen dapat berubah. Hal ini
menunjukkan beberapa jenis molekul mampu membawa sinyal dari satu sel ke sel lain.
Mekanisme pemicuan pada pola perubahan ekspresi gen menggunakan hormon
peptida, seperti insulin dan hormon steroid ( seperti estrogen dan testosteron) yang
mewakili dua jenis sistem sinyal yang digunakan dalam komunikasi interselular.
Hormon steroid pada umumnya berupa molekul yang berukuran kecil dengan
konjugasi struktur empat cincin yang disintesis dari kolesterol. Adapun berbagai
hormon steroid memiliki perbedaan pada pola bagian rantai dan ikatan yang
membentuk cincin. Hal ini memungkinkan mereka untuk dikenali oleh protein reseptor
yang berbeda yang ada di sitoplasma berbagai sel target. Pada hewan tingkat tinggi,
hormon disintesis pada berbagai sel sekret yang spesifik dan diedarkan melalui aliran
darah. Hormon peptida pada umumnya tidak bisa secara normal memasuki sel karena
ukurannya yang terlalu besar sehingga harus dimasukkan dengan bantuan media protein
reseptor yang ada pada membrane sel (gambar 1.2)
Gambar 1.2 Mekanisme masuknya hormone peptide menggunakan bantuan protein reseptor pada
membran. (Snustad, 2012)

Mekanisme lain untuk ukuran hormone yang lebih kecil dapat dilakukan
dengan cara memasuki sel melalui membran sel saja. Selanjutnya, ketika hormone
peptide sudah berada di dalam sel target yang sesuai, hormon steroid akan terikat pada
protein reseptor spesifik. Protein reseptor ini hanya ada di sitoplasma sel target.(gambar
1.3)

Gambar 1.3 Mekanisme masuknya hormone peptide menggunakan bantuan protein reseptor di
dalam sitoplasma sel target. (Snustad, 2012)

 Aktivasi Transkripsi dengan Hormon Steroid

Studi autoradiografi dengan menggunakan hormon steroid berlabel radioaktif
telah menunjukkan bahwa kompleks protein hormon-reseptor dapat dengan cepat
terakumulasi di nukleus sel target. Kompleks protein reseptor hormon akan
mengaktifkan transkripsi pada gen target dengan cara berikatan dengan sekuens DNA
spesifik yang ada pada daerah regulator. Perkiraan lain kompleks protein reseptor
berinteraksi dengan protein kromosomal nonhiston spesifik (di kromatin sel target).
Interaksi ini menstimulasi transkripsi pada gen yang tepat. Secara umum, kompleks
 protein reseptor hormon berfungsi sebagai regulator positif atau aktivator dari proses
transkripsi. Penelitian pada ayam, menunjukkan bahwa protein reseptor hormon
mengaktifkan transkripsi dari suatu gen khusus.
Protein kromosom non histon dapat mengontrol wilayah transkripsi dari suatu
gen (J Stein, G Stei and Klein), dimana histon disintesis selama fase S dari siklus sel.
Ketika kromatin dari fase S ditranskripsi secara in vitro, mRNA histon disintesis.
Ketika kromatin dari fase G1 digunakan, tidak ada mRNA histon yang disintesis.
Ketika protein non histon dihilangkan dari kromatin fase G1 dan digantikan dengan
protein kromosom non histon dari kromatin fase S, mRNA histon disintesis. Disisi lain,
ketika non histon pada kromatin penyusun dari fase G1 dan DNA serta histon dari fase
S, maka tidak ada mRNA histon yang disintesis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa
protein non histon di kromatin menentukan apakah pengkode gen untuk histon perlu
ditranskripsi. Dari hasil penelitian diketahui bahwa protein nonhiston kromosom juga
memegang peran penting pada regulasi ekspresi gen eukariot.
 Aktivasi Hormon Glucocorticoid Melalui Element Enhacer
Hormon steroid seperti glukokortikoid (misalnya kortisol) dan esterogen
(misalnya β-estradiol) mampu mengaktifkan gen pada sel target spesifik melalui
protein perantara terjadinya interaksi dengan sekuen regulator cis-acting. Sekuen cis-
acting disebut enhancer. Hormon glukokortikoid bekerja dengan cara mengikat protein
reseptor yang hadir dalam sitoplasma sel target. Protein reseptor hormon kemudian
terakumulasi dalam inti sel dan mengikat urutan DNA, disebut elemen respon
glukokortikoid (Gres). Kompleks reseptor-hormon glukokortikoid ini akan
mengaktifkan transkripsi gen target dengan mengikat urutan GREs (glucocorticoid
response elements). Ikatan ini selanjutnya akan merangsang mekanisme transkripsi
gen. Ikatan reseptor-hormon ke enhancer akan mengaktifkan promoter dari gen target
yang berdekatan sehingga promoter terbuka dan mengakibatkan RNA polimerase
melekat pada binding site-nya dan terjadilah transkripsi. Elemen respon hormon yang
mengikat protein reseptor hormon steroid mengandung urutan DNA yang berbeda.
 Ecdison dan kromosom “Puffs” Pada Lalat
Puff merupakan pita kromosom yang memiliki struktur berwarna dengan
tingkat kerapatan yang rendah. Mekanisme pembentukannya disebut dengan puffing.
Pada kromosom kelenjar ludah spesies lalat seperti Drosophila dan Chironomus
tentans, pita dari kromosom individu tersebut mengalami perubahan secara morfologi.
Pita individual meluas dan membaur, dengan struktur pewarnaan kurang merata dimana
 pita ini disebut “gembungan” atau Puff. Struktur Puff ini menunjukkan adanya segmen
kromosom yang melebar dan berperan untuk memfasilitasi transkripsi sekelompok gen.
Struktur Puff mengandung sekuen DNA yang komplementer dengan sekuen RNA yang
dijumpai pada mRNA sitoplasmik.
Selama tahap larva dari pengembangan di D. melanogaster, Puff yang ada
sebelum perlakuan ecdison mulai terbentuk dalam waktu 5 menit setelah perlakuan.
Puff awal ini bisa muncul sebanyak 100-125 dalam beberapa jam. Dengan
menggunakan inhibitor dari sintesis protein seperti cycloheximide, susunan dari Puff
yang “terlambat” membutuhkan sintesis protein setelah ecdison diberi perlakuan. Pada
proses penggumpalan kromosom tadi terjadi pada saat molting. Jika pada saat molting
lalat disuntik dengan hormon ecdison, maka gumpalan atau Puff kromosom yang terjadi
adalah identik dengan yang terjadi pada molting alami. Edison menginduksi bagian
puffing sequensial sebagai efek dari hormon steroid pada ekspresi gen.
 Regulasi dengan Jalan Alternasi pada Pemotongan Transkrip
Seperti yang telah diketahui bahwa regulasi dimulai dengan mengubah salinan
dengan pengangkutan yang berbeda ke sitoplasma, dan dengan translasi yang berbeda
dari proses penyalinan. Salah satu contoh dari transkrip splicing terjadi dalam kasus
gen tropomiosin Drosophila. Tropomiosin terkait dengan protein dimana merupakan
perantara dari interaksi antara aktin dan troponin yang mengatur kontraksi otot.
Jaringan yang berbeda antara otot dan bukan otot dikarakteristikkan dengan kehadiran
tropomiosin. Pada jaringan yang berbeda yaitu antara otot dan bukan otot ditandai
dengan adanya isoform tropomiosin. Isoform tropomiosin dihasilkan dari gen yang
sama sebagai pemotongan alternatif.
 Regulasi Sirkuit Kompleks pada Ekspresi Gen di Eukariot
Menurut model Britten-Davidson, gen sensor spesifik merupakan situs
pengikatan urutan spesifik yang merespon sinyal tertentu. Ketika gen sensor menerima
sinyal yang tepat, transkripsi gen integrator yang berdekatan menjadi aktif. Integrator
gen-produk selanjutnya akan berinteraksi dengan gen reseptor tertentu. Tujuan dari
penelitian Britten dan David adalah untuk mengetahui produk dari gen integrator adalah
berupa activator dari RNAs yang berinteraksi langsung dengan gen reseptor untuk
memicu transkripsi dari gen. Namun, mereka masih belum yakin apakah integrator gen-
produk aktif berupa molekul RNA atau protein.

Pertanyaan
1. Bagaimana pengaruh tingkat konsentrasi garam terhadap Z-form?
Jawaban:
Pada keadaan normal Z-form dari pergantian purin dengan pirimidin sekuen DNA
hanya terjadi saat konsentrasi garamnya tinggi. Ketika beberapa basa pada sekuen Z-form
yang potensial mengandung metil maka comformasi Z yang stabil yaitu pada saat
konsentrasi garam rendah.
2. Bagaimana apabila elemen enhancer yang ada pada sekuens DNA spesifik
(Glucocorticoid Response Elements/ GREs) mengalami delesi atau insersi, maka akibat
apa yang akan ditimbulkan?
Jawaban:
Apabila elemen enhancer yang ada pada sekuens DNA spesifik (Glucocorticoid Response
Elements/ GREs) mengalami delesi atau insersi, maka ada dua kemungkinan yang terjadi.
Pertama apabila elemen enhancer hanya mengalami delesi atau insersi satu dari dua
pengulangan sekuens, maka enhancer tersebut masih fungsional sehingga masih
memungkinkan untuk terjadinya proses transkripsi. Namun apabila elemen enhancer
mengalami delesi atau insersi pada dua pengulangan sekuens maka kemungkinan besar
enhancer tidak fungsional sehingga tidak memungkinkan terjadinya transkripsi.
3. Bagaimana hubungan antara enchancer dan silencer dalam pengaturan Transkripsi
Eukariot ?
Jawab : seperti namanya, Enhancher meningkatkan transkripsi dan silencer menurunkan
transkripsi gen-gen yang diregulasi. Enhancher dapat bekerja pada jarak yang relative
jauh, yaitu lebih dari beberapa ribu pasang nukleotida dari gen yang diregulasi. Enhancer
adalah orientasi yang bebas, mereka dapat berfungsi dengan salah satu orientasi, baik itu
normal atau bolak-balik. Enhancer adalah posisi yang bebas, mereka dapat berfungsi
dengan baik pada posisi ujung 5’ atau ujung 3’ dari gen /ada dalam intron gen.
4. Bagaimana laju inisiasi pada amphibi dapat berjalan lurus dengan proses fertilisasi yang
terjadi ? jelaskan alasan saudara.
Jawab : Laju inisiasi sintesis protein mengikuti fertilisasi, saat tahap grastula tidak terjadi
sintesis RNAr pada embrio amphibi. Telur dari amfibi mengandung sangat banyak ribosom
sekitar 1012 per telur yang masa nukleus dari oosit X. laevis mengandung ratusan nukleolus,
masing-masing mengandung molekul DNA sirkuler yang membawa gandaan berulang
secara dua-dua dari gen rRNA. Setelah dibentuk, ekstrachromosomal molekul DNA
nampak bereplikasi dengan mekanisme rolling circle. Replikasi selektif gen-gen rRNA
dalam oosit merupakan contoh tipe amplifikasi gen spesifik.