TRANSFORMASI dan TRANSDUKSI BAKTERI

RQA IX (Reading, Questioning, and Answering)

Untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Genetika 2

yang diampu oleh Ibu Prof. Dr. Siti Zubaidah, M. Pd

Oleh:
Kelompok 1 Offering C 2016

Berthody Peresteroiko D. (160341606073)

Elvira Harum P. (160341606012)
Rama Maulidin R. A. (160341606023)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
PRODI S1 PENDIDIKAN BIOLOGI
Oktober 2018
 TRANSFORMASI BAKTERI

Transformasi adalah suatu proses transfer informasi genetik dengan bantuan potongan DNA
ekstraseluler (Russel, 1992).

Transformasi Alami dan Transformasi Buatan

 Pada transformasi alami, bakteri mampu mengambil fragmen DNA secara alami sehingga
mengalami transformasi secara genetik.
 Pada transformasi yang direkayasa, secara genetik bakteri telah diubah terlebih dahulu agar
memungkinkannya mengalami transformasi; dalam hal ini memungkinkannya mampu
mengambil fragmen DNA sehingga akhirnya secara genetik mengalami transformasi.
 Bakteri yang biasanya mengalami transformasi secara alami adalah Bacilus
subtilis; sedangkan contoh bakteri yang mengalami transformasi setelah terlebih dahulu
direkayasa antara lain E.coli.
 Spesies yang dapat mengalami transformasi adalah yang memiliki mekanisme enzimatik
yang terlibat pada peristiwa pengambilan fragmen DNA maupun pada proses rekombinasi.
 Sel-sel yang mampu secara aktif mengambil fragmen DNA sehingga memungkinkan
terjadinya proses transformasi disebut sebagai sel-sel kompeten.

Proses Transformasi
Proses transformasi berlangsung dalam beberapa tahap yaitu:
Tahap 1 : molekul DNA unting ganda berikatan pada tapak reseptor yang terdapat
dipermukaan sel. Perikatan ini bersifat reversible.
Tahap 2 : pengambilan DNA donor yang bersifat irreversible. Pada saat ini DNA donor
menjadi resisten terhadap enzim DNAase di dalam medium.
Tahap 3 : konnversi molekul DNA donor yang berupa unting ganda menjadi molekul
unting tunggal melalui degradasi nukleotida terhadap salah satu unting.
Tahap 4 : integrasi (insersi kovalen) seluruh atau sebagian unting tunggal DNA donor
tersebut kedalam kromosom resipien.
Tahap 5 : segregasi dan ekspresi fenotipik gen donor yang telah terintegrasi.
Pemetaan Kromosom Bakteri Melalui Kejadian Transformasi
Secara operasional transformasi dapat digunakan untuk mengungkap pautan gen, urutan gen,
serta jarak peta. Penanda-penanda genetik pada kromosom donor yang digunakan berdekatan
satu sama lain. Dalam hal ini jika letak penanda-penanda tersebut pada kromosom donor
berjauhan, maka penanda-penanda itu tidak akan pernah terbawa molekul DNA pentransformasi
yang sama; penanda-penanda itu selalu terletak pada fragmen DNA yang berlainan.
 BAB 12
Transduksi pada Bakteri

Transduksi adalah rekombinasi genetik pada bakteri yang diperantarai fag. Transduksi
terjadi setelah terlebih dahulu suatu partikel fag membawa sebuah kromosom dari satu bakteri
(donor) ke bakteri lain (resipien).
Fag virulen dan virulen sedang

Fag pada proses transduksi dibedakan menjadi sifat virulen ataupun virulen sedang. Fag virulen
memperbanyak diri dan memecah (lisis) sel inang setelah infeksi. Fag virulen setelah infeksi
dapat menjalani siklus litik ataupun lisogenik. Selama siklus litik, fag melakukan reproduksi dan
memecah sel inang pada akhirnya. Pada siklus lisogenik kromosom innang dan fag berintegrasi
dan bereplikasi. Pada siklus lisogenik integrasi kromosom inang dan fag dapat putus karena
mekanisme pengintegrasian terganggu dan karena faktor lingkungan.
Macam Tranduksi
Tranduksi Umum
Pada transduksi umum, potongan DNA bakteri yang ditangkap oleh fag yang kemudian
dipindahkan ke bakteri resipien, merupakan potongan acak kromosom bakteri. Potongan acak
DNA bakteri itu juga tidak diintegrasikan pada tapak-tapak perlekatan yang khusus, gen apapun
dapat ditransduksikan.
Gambar. Bagan kejadian transduksi umum antara strain-strain E.coli yang diprantarai oleh fag P1

Dari gambar tersebut terlihat bahwa pada tahap 1, sel donor E.coli yang tergolong wild
type terinfeksi fag P1 yang bersifat virulen sedang. Lebih lanjut DNA sel inang terpotong-potong
selama siklus litik (tahap 2), dan pada tahap 3 selama perakitan fag turunan beberapa potongan
kromosom bakteri dicakupkan kedalam beberapa fag turunan sehingga menghasilkan fag-fag
pentransduksi. Pada tahap 4, menyusul lisis sel sejumlah kecil fag pentransduksi ditemukan
didalam lisat fag. Pada tahap 5 fag pentransduksi sedang menginfeksi suatu bakteri resipien yang
bersifat auksotrofik, sedangkan pada tahap 6 terlihat suatu kejadian pindah silang ganda
mengakibatkan terjadinya pertukaran gen antara donor dan resipien. Akhirnya pada tahap 7
terbentuk suatu transduktan stabil. Semua turnan dari sel tersebut memiliki genotip yang sama.

Tidak semua fag virulen memperantarai transduksi. Misal T2, fag-fag tersebut melakuakn
degradasi atas DNA inang serta memanfaatkan kembali nukleotida-nukleotida untuk kepentingan
sintesis DNA fag. Se-sel yang membawahi fragmen pentransduksi yang tidak terintegrasi disebut
sebagai transductan abortif (Sel seacra parsial bersifat diploid).

Transduksi khusus

Transduksi khusus diperantarai oleh fag yang bersifat virulen sedang. Fag-fag tersebut
hanya mentransduksi fragmen tertentu dari kromosom bakteri. Salah satu contoh fag yang
melakukan transduksi khusus adalah fag λ yang menginfeksi E.coli. kromosom fag yang bersifat
virulen sedang semacam itu dapat melakukan replikasi secara otonom (tidak tergantung oleh
replikasi kromosom inang) serta dapat pula melakukan replikasi dalam keadaan terintegrasi
dengan kromosom inang (replikasi tersebut terjadi selayaknya kromosom fag merupakan bagian
dari kromosom inang). Oleh karena itu, terlihat bahwa kromosom fag berperilaku seperti episom.

Integrasi kromosom fag semacam λ yang melakukan transduksi khusus diperantarai atau
terjadi melalui suatu rekombinasi antara bentukan kromosom fag intraseluler yang sirkuler
dengan kromosom bakteri yang juga tergolong sirkuler.

Dalam keadaan terintegrasi dengan kromosom inang, kromosom fag disebut juga sebagai
profag. Di saat berada sebagai profag tersebut, gen-gen litik pada kromosom virus mengalami
represi. Gen-gen litik itu terlibat pada reproduksi virus maupun proses lisis sel inang. Mekanisme
represi tersebut berlangsung dalam suatu sistem sirkuit represor-represor-promotor, mirip dengan
yang dijumpai pada operator bakteri.

Dalam kondisi dimer atau tetramer protein represor itu itu berikatan dengan kedua daerah
operator yang mengontrol transasksi gen-gen λ yang terlibat pada pertumbuhan litik. Pengikatan
protein represor dengan kedua daerah operator itu menghalangi polymerase RNA berikatan
dengan kedua promoter, sehingga tidak dapat mengkatalisasi proses transkripsi (ke dua operator
yaitu OL dan OR tumpang tindih dengan urut-urutan promoter). Dengan cara seperti ini gen-gen
fag λ mengalami represi.

Suatu bakteri yang mengandung sebuah profag dinyatakan bersifat lisogenik, dan
hubungan antara profag-inang lazim disebut sebagai lisogeni. Sebuah sel yang lisogenik kebal
terhadap infeksi kedua (lanjutan) oleh fag yang sama, karena gen-gen litik fag yang sudah
menginfeksi mengalami represi seperti halnya yang terjadi pada profag.

Fag-fag yang bersifat virulen sedang jarang mengalami transisi spontan dari yang bersifat
lisogenik (profag) menjadi yang bersifat litik, yaitu sekitar satu di dalam 10 5 pembelahan sel.
Sebenarnya transisi semacam itu dapat juga diinduksi, misalnya dengan bantuan radiasi UV.
Yang terjadi selama transisi itu adalah profag terbebas dari kromosom inang. Setelah terbebas
dari kromosom inang, kromosom fag akan melakukan replikasi otonom. Proses terbebasnya
profag dari kromosom inang juga merupakan suatu proses yang spesifik tapak seperti layaknya
proses integrasi.

Proses terbebasnya profag dari kromosom inang (proses eksisi) biasanya berlangsung
sangat teliti dalam pengertian bahwa pemotongan atau pemisahan profag tersebut terjadi persis
dengan ukurannya di saat integrasi. Namun demikian kadang-kadang pemotongan profag terjadi
pada suatu tapak lain dan bukan tapak pelekatan yang mula-mula.

Kesalahan pemotongan dan pemisahan profag seperti tersebut adalah penyebab

terbentuknmya partikel-partikel pentransduksi khusus. Dalam hal ini hanya gen-gen inang yang
terletak berdekatan dengan tapak insersi profag dapat terpisah bersama DNA fag serta
terbungkus di dalam partikel-partikel fag. Biasanya fag λ hanya mentransduksi penanda gal dan
bio. Fag λ melakukan integrasi pada daerah antara gen gal dan gen bio; gen gal dibutuhkan
dalam rangka pemanfaatan galaktosa sebagai sumber energi, sedangkan gen bio dibutuhkan
(esensial) dalam rangka sintesis biotin. Di lain pihak fag pentransduksi khusus f80 melakukan
integrasi di dekat gen trp E.coli. Oleh karena itu fag f80 berkembang mentransduksi penanda
(gen) trp (yang dibutuhkan dalam rangka sintesis asam amino triptofan).

Jika partikel pentransduksi khusus terbentuk selama pemisahan profag dan kromosom
inang, maka hanya lisat fag yang dihasilkan oleh induksi sel-sel lisogenik seharusnya memiliki
aktifitas pentransduksi. Jika bakteri diinfeksi oleh fag-fag pentransduksi khusus pada kondisi
litik, maka tidak aka nada partikel pentransduksi di dalam lisat fag. Frekuensi partikel
pentransduksi di dalam lisat yang dihasilkan melalui induksi sel-sel lisogenik adalah sekitar satu
dalam 106 partikel turunan.

Komposisi kromosom transduktan yang dihasilkan oleh transduksi khusus berlainan dari
yang dimiliki transduktan hasil transduksi umum maupun dari yang dimiliki transforman yang
merupakan hasil transforamsi. Pada transduksi umum dan transformasi, rekombinasi menganti
suatu segmen kromosom resipien dengan suatu segmen kromosom donor. Akan tetapi pada
transduksi khusus segmen DNA donor dan kromosom fag ditambahkan kepada kromosom
reispien menghasilkan suatu transduktan diploid parsial.

Fenomena diploid parsial dampak transduksi khusus tersebut mengundang beberapa

konsekuensi penting. Fag λ tersebut besifat defentif karena gen-gen yang dibutuhkan untuk
pertumbuhan dan pematangan pada kondisi litik sudah diganti oleh DNA bakteri. Oleh karena itu
partikel pentransduksi λdg hanya dapat bereproduksi jika ada suatu fag λ wild type yang berperan
sebagai helper.
Bilamana lisogen λ gal+ diinduksi oleh radiasi UV, partikel-partikel λ dengan yang jarang
terbentuk, membawahi satu gen atau lebih dari satu gen gal+ donor, tergantung kepada ukuran
segmen DNA bakteri yang dibawah bersama. Jika partikel-partikel λ dg menginfeksi sel-sel
resipien gal, maka partikel tersebut berintegrasi dengan bantuan suatu peristiwa pindah silang di
daerah gal atau pada tapak pelekatan λ.
Sebuah sel lisogenik kebal terhadap infeksi kedua oleh fag yang sama. Dalam hubungan
ini, karena gen-gen λ pengontror kekebalan ada pada kromosom λdg, maka transduktan diploid
parsial juga kebal terhadap infeksi λ lanjutan. Jika transduktan berupa lisogen ganda λ dg – λ`
diinduksi dengan radiasi UV, maka lisogen tersebut tersebut akan menghasilkan lisat yang
megandung 50% partikel λdg dan 50% partikel λdg. Kedua profag itu akan dilepaskan dan akan
bereplikasi dengan efisiensi seimbang menggunakan produk gen yang dikode oleh genom λ +.
Lisat semacam yang telah dikemukakan disebut sebagai lisat Hft (High frequency transduction
lysates).

PERTANYAAN DAN JAWABAN

 BERTHODY P. D
1. Bagaimana proses terjadinya transduksi umum?
Jawab:

Proses terjadinya transduksi umum adalah potongan DNA bakteri ditangkap oleh fag, kemudian
dipindahkan ke bakteri resipien. Potongan acak DNA bakteri tersebut diintegrasikan pada tapak-
tapak pelekatan khusus. Dalam hal ini gen-gen apapun dapat ditransduksikan. Transduksi umum
diperantai oleh beberapa fag virulen dan yang bersifat virulen tertentu yang kromosomnya tidak
terintegrasi di tapak perlekatan khusus kromosom inang, dan partikel-pertikel fag yang terlibat
pada transduksi umum diproduksi selama siklus litik.

2. Apakah semua fag virulen dapat memperantai transduksi? Jelaskan alas an mengapa fag virulen
tersebut tidak dapat memperantai proses transduksi!
Jawab:

Tidak semua fag virulen dapat memperantai proses transduksi. Contohnya adalah fag T yang
bernomor genap (T2, T4, dan T6). Fag-fag tersebut melakukan degradasi atas DNA inang serta
memanfaatkan kembali nukleotida-nukleotidanya untuk kepentingan sintesis DNA fag. Selain itu,
mungkin fag-fag ini sama sekali tidak melakukan degradasi terhadap DNA inang karena ukuran
kromosom inang yang terlalu besar sehingga menyulitkan pembungkusannya secara utuh, maka
fag-fag terseut tidak dapat membentuk partikel-partikel pentransduksi. Demikian fag-fag yang
lain proses pematangannya dapat bersifat spesifik untuk DNA fag yang menghalangi
pembungkusan fragmen-fragmen DNA inang. Dalam hal ini hanya sejumlah kecil fag virulen
yang diketahui memperantai transduksi.

 Elvira Harum P.

1. Bagaimanakah mekanisme represi pada gen-gen fag λ?

Jawab:
 Dalam kondisi dimer atau tetramer protein represor itu itu berikatan dengan kedua daerah
operator yang mengontrol transasksi gen-gen λ yang terlibat pada pertumbuhan litik. Pengikatan
protein represor dengan kedua daerah operator itu menghalangi polymerase RNA berikatan
dengan kedua promoter, sehingga tidak dapat mengkatalisasi proses transkripsi (ke dua operator
yaitu OL dan OR tumpang tindih dengan urut-urutan promoter).

2. Bagaimana mekanisme terjadinya transduksi umum strain E-coli?

Jawab: 1, sel donor E.coli yang tergolong wild type terinfeksi fag P1 yang bersifat virulen
sedang. Lebih lanjut DNA sel inang terpotong-potong selama siklus litik. 2. selama perakitan fag
turunan beberapa potongan kromosom bakteri dicakupkan kedalam beberapa fag turunan
sehingga menghasilkan fag-fag pentransduksi. 3. menyusul lisis sel sejumlah kecil fag
pentransduksi ditemukan didalam lisat fag. 4. fag pentransduksi sedang menginfeksi suatu
bakteri resipien yang bersifat auksotrofik. 5. terlihat suatu kejadian pindah silang ganda
mengakibatkan terjadinya pertukaran gen antara donor dan resipien. 6. terbentuk suatu
transduktan stabil. Semua turnan dari sel tersebut memiliki genotip yang sama.

 RAMA MAULIDIN R.A

1. Pada tahapan proses transformasi, apakah semua tahapan bersifat spesifik untuk DNA yang
homolog? Jelaskan!
Jawab: tidak, karena ketiga tahap pertama (tahap 1, 2 dan 3) dari proses transformasi yang telah
disebutkan tidak bersifat spesifik untuk DNA homolog. Tetapi tahap keempat (tahap integrasi)
bersifat spesifik untuk DNA homolog. Dalam hal ini sudah diketahui bahwa suatu bakteri
kompeten (resipien) akan menjalani tahap 1, 2, dan 3 sama baiknya disaat akan mengambil DNA
thymus anak sapi maupun disaat akan mengambil DNA asing lainnya. Selain itu, integrasi
segmen-segmen DNA yang heterolog (asing) tidak pernah terjadi, tetapi jika terjadi maka
frekuensi kejadiannya sangat rendah, jika dibandingkan dengan frekuensi integrasi DNA yang
homolog.
2. Seperti yang telah kita ketahui, urutan gen pada kromosom bakteri ditetapkan atas dasar data
transformasi. Berilah contoh urutan gen atas dasar data transformasi agar memudahkan
pemahaman kita?
Jawab: Urutan gen pada kromosom bakteri, sebagaimana yang telah dikemukakan, dapat juga
ditetapkan atas dasar data transformasi. Sebagai contoh, jika gen p dan q sering mengalami
kotransformasi, demikian pula gen p dan o juga sering mengalami kotransformasi, tetapi gen o
dan p jarang mengalami kotransformasi, maka tentu saja urutan gen pada kromosom bakteri itu
adalah p - q - o.