Estrutura do DNA.

As características estruturais do DNA precisam assegurar a replicação fiel.

Elementos estruturais do DNA.

O DNA contém três tipos de componentes químicos: (1) fosfato, (2) um açúcar denominado
desoxirribose e (3) quatro bases nitrogenadas — adenina, guanina, citosina e timina. O açúcar
no DNA é denominado “desoxirribose”, tendo em vista que ele apresenta apenas um átomo
de hidrogênio (H) no átomo de carbono 2′, contrariamente à ribose (um componente do RNA),
que apresenta um grupo hidroxila (OH) naquela posição. Duas das bases, adenina e guanina,
apresentam uma estrutura de anel duplo característica de um tipo de substância química
denominado purina. As outras duas bases, citosina e timina, apresentam uma estrutura de
anel único de um tipo denominado pirimidina.

Os componentes químicos do DNA estão dispostos em grupos denominados nucleotídios, cada

um composto por um grupo fosfato, uma molécula de açúcar desoxirribose e qualquer uma
das quatro bases.

Regras de Chargaff da composição de bases.

 A quantidade total de nucleotídios pirimidínicos (T + C) sempre é igual à quantidade

total de nucleotídios purínicos (A + G).
 A quantidade de T sempre é igual à quantidade de A e a quantidade de C sempre é
igual à quantidade de G. Mas a quantidade de A + T não é necessariamente igual à
quantidade de G + C.

Dupla-hélice.
O arcabouço de cada filamento é formado por unidades de fosfato e açúcar desoxirribose
alternadas, que estão conectadas por ligações fosfodiéster.

Uma ligação fosfodiéster conecta o átomo de carbono 5′ de uma desoxirribose ao átomo de

carbono 3′ da desoxirribose adjacente. Portanto, diz-se que cada filamento de açúcar e
fosfato apresenta uma polaridade, ou sentido, de 5′ para 3′ e a compreensão dessa
polaridade é essencial para compreender como o DNA atua. Na molécula de DNA
bifilamentar, os dois filamentos têm orientação oposta, ou antiparalela.

Dois filamentos de nucleotídios complementares pareados de modo antiparalelo assumem

automaticamente uma conformação de dupla-hélice (Figura 7.9), principalmente por meio da
interação dos pares de bases. Os pares de bases, que são estruturas planares achatadas,
ficam “empilhados” uns sobre os outros no centro da dupla-hélice (ver Figura 7.9 A). O
empilhamento aumenta a estabilidade da molécula de DNA ao excluir as moléculas de água
dos espaços entre os pares de bases.
A maior parte das associações DNA-proteína ocorre nos sulcos maiores. O formato helicoidal
do DNA depende totalmente do pareamento e do empilhamento das bases nos filamentos
antiparalelos.

Observe que o par G-C apresenta três ligações de hidrogênio, enquanto o par A-T apresenta
apenas duas.

Preveríamos que o DNA que contém muitos pares G-C seria mais estável do que o DNA que
contém muitos pares A-T. De fato, essa previsão é confirmada. O calor causa a separação dos
dois filamentos da dupla-hélice do DNA (um processo denominado dissociação do DNA ou
desnaturação do DNA); DNA com mais alto conteúdo de G + C necessita de temperaturas mais
altas para se dissociar, em virtude da maior atração do pareamento G-C.

Replicação semiconservativa.
Se esse modelo estiver correto, então cada molécula-filha deve conter uma cadeia de
nucleotídios parental e uma cadeia de nucleotídios recentemente sintetizada. Entretanto, um
pouco de ponderação demonstra que existem no mínimo três modos diferentes nos quais uma
molécula de DNA parental pode estar relacionada com as moléculas-filhas. Esses modos
hipotéticos de replicação são denominados semiconservativo (o modelo de Watson-Crick),
conservativo e dispersivo (Figura 7.12). Na replicação semiconservativa, a dupla-hélice de
cada molécula-filha de DNA contém um filamento da molécula de DNA original e um
filamento recém-sintetizado.

Forquilha de replicação.
Essa forquilha é o local no qual a dupla-hélice é desenrolada para produzir os dois filamentos
únicos que atuam como moldes para a cópia.

DNA polimerases.
Essa enzima adiciona desoxirribonucleotídios na extremidade 3′ de uma cadeia de nucleotídios
em crescimento, utilizando como molde um filamento único de DNA que foi exposto pela
deselicoidização localizada da dupla-hélice.

Os substratos para a DNA polimerase são as formas trifosfato dos desoxirribonucleotídios,

dATP, dGTP, dCTP e dTTP. A adição de cada base ao polímero em crescimento é acompanhada
pela remoção de dois dos três fosfatos na forma de pirofosfato (PPi). A energia produzida pela
clivagem dessa ligação de alta energia e a subsequente hidrólise do pirofosfato em duas
moléculas de fosfato inorgânico auxiliam no direcionamento do processo endergônico de
construção de um polímero de DNA. Atualmente sabe-se que existem cinco DNA polimerases
na E. coli. A primeira enzima que Kornberg purificou atualmente é denominada DNA
polimerase I, ou pol I. Essa enzima apresenta três atividades, que aparentam estar localizadas
em diferentes partes da molécula:

1. Uma atividade de polimerase, que catalisa o crescimento da cadeia no sentido 5′ para

3′.
2. Uma atividade de exonuclease 3′ para 5′, que remove bases incorretamente pareadas.
3. Uma atividade de exonuclease 5′ para 3′, que degrada filamentos únicos de DNA ou
RNA.
Visão geral da replicação do DNA.
Na medida em que a DNA pol III avança, a dupla-hélice é continuamente desenrolada à
frente da enzima para expor comprimentos adicionais de filamentos de DNA simples que
atuarão como moldes.

A DNA pol III atua como a forquilha de replicação, a zona na qual a dupla-hélice está
desenrolando. Entretanto, tendo em vista que a DNA polimerase sempre adiciona
nucleotídios na extremidade 3′ em crescimento, apenas um dos dois filamentos
antiparalelos pode atuar como molde para a replicação na direção da forquilha de
replicação. Em relação a esse filamento, a síntese pode ocorrer de modo contínuo e suave
na direção da forquilha; o novo filamento no sentido líder, é denominado filamento
contínuo (no sentido líder, leading). A síntese do outro filamento também ocorre na
extremidade em crescimento 3′, mas essa síntese ocorre no sentido “errado”, tendo em
vista que, em relação a esse filamento, o sentido 5′ para 3′ da síntese está longe da
forquilha de replicação (ver Figura 7.16). Conforme veremos, a natureza do maquinário de
replicação requer que a síntese de ambos os filamentos ocorra na região da forquilha de
replicação. Portanto, a síntese que se afasta da forquilha de crescimento não pode
prosseguir por muito tempo. Ela tem de ocorrer em segmentos curtos: a polimerase
sintetiza um segmento, em seguida se movimenta de volta para a extremidade 5′ do
segmento, onde a forquilha em crescimento expôs o novo molde e inicia o processo
novamente. Esses trechos curtos (1.000 a 2.000 nucleotídios) de DNA recém-sintetizado
são denominados fragmentos de Okazaki.
Outro problema na replicação do DNA surge em virtude de a DNA polimerase conseguir
estender uma cadeia, mas não iniciar uma cadeia. Portanto, a síntese do filamento
contínuo e de cada fragmento de Okazaki tem de ser iniciada por um primer, ou uma
cadeia curta de nucleotídios, que se liga ao filamento-molde para formar um segmento de
ácido nucleico dúplex. O primer na replicação do DNA pode ser observado na Figura 7.17.
Os primers são sintetizados por um conjunto de proteínas denominado primossomo, do
qual um componente central é uma enzima denominada primase, um tipo de RNA
polimerase. A primase sintetiza um trecho curto (aproximadamente 8 a 12 nucleotídios) de
RNA complementar a uma região específica do cromossomo. No filamento contínuo, é
necessário apenas um primer inicial, tendo em vista que, após a ação do primer inicial, o
filamento de DNA em crescimento atua como primer para a adição contínua. Entretanto,
no filamento descontínuo, cada fragmento de Okazaki necessita de seu próprio primer. A
cadeia de RNA que compõe o primer em seguida é estendida como uma cadeia de DNA
pela DNA pol III.

Uma DNA polimerase diferente, pol I, remove os primers de RNA com sua atividade de
exonuclease 5′ para 3′ e preenche as lacunas com sua atividade de polimerase 3′ para 5′.
Outra enzima, a DNA ligase, une a extremidade 3′ do DNA que preencheu a lacuna à
extremidade 5′ do fragmento de Okazaki dowstream. O novo filamento assim formado é
denominado filamento descontínuo (lagging). A DNA ligase une os fragmentos do DNA ao
catalisar a formação de uma ligação fosfodiéster entre a extremidade 5′-fosfato de um
fragmento e o grupo 3′-OH adjacente de outro fragmento. Parte do motivo da precisão da
replicação do DNA é que ambas a DNA pol I e a DNA pol III possuem atividade de
exonuclease 3′ para 5′, que atua como uma função de “revisão” por meio da excisão de
bases incorretamente inseridas. A adição de uma base incorreta com frequência ocorre em
virtude de um processo denominado tautomerização. Cada uma das bases no DNA pode se
apresentar em uma de diversas formas, denominadas tautômeros, que são isômeros que
diferem nas posições de seus átomos e nas ligações entre os átomos. As formas estão em
equilíbrio. A forma ceto de cada base normalmente está presente no DNA, mas em casos
raros, uma base pode ser alterada para a forma imino ou enol. As formas imino e enol
podem parear com a base errada, formando um par errôneo (Figura 7.18). Quando uma C
é alterada para a sua forma rara imino, a polimerase adiciona uma A em vez de uma G
(Figura 7.19). Felizmente, tal erro normalmente é detectado e removido pela atividade de
exonuclease 3′ para 5′. Após a remoção da base incorreta, a polimerase tem outra chance
de adicionar a base G complementar correta.
Além disso, tendo em vista que a primase não apresenta uma função de revisão, o primer de
RNA apresenta maior probabilidade de conter erros do que o DNA. A necessidade de manter a
alta fidelidade da replicação é um motivo pelo qual os primers de RNA nas extremidades dos
fragmentos de Okazaki precisam ser removidos e substituídos por DNA. Apenas após a
remoção do primer de RNA a DNA pol I catalisa a síntese do DNA para substituir o primer. O
assunto do reparo do DNA será comentado em detalhoes no cap 16.
Deselicoidização da dupla-hélice

Deselicoidização da dupla-hélice
Atualmente sabemos que o replissomo contém duas classes de proteínas que abrem a hélice
e evitam a helicoidização excessiva: elas são as helicases e as topoisomerases,
respectivamente.

As helicases são enzimas que rompem as ligações de hidrogênio que mantêm os dois
filamentos da dupla-hélice juntos. Assim como a proteína grampo, a helicase se adéqua como
uma rosquinha ao redor do DNA; a partir dessa posição, ela rapidamente desenrola a dupla-
hélice à frente da síntese do DNA. O DNA desenrolado é estabilizado por meio de proteínas de
ligação a filamento simples (SSB, do inglês, single-strand-binding), que se ligam ao DNA
unifilamentar e evitam a reestruturação do dúplex.

O desenrolar da forquilha de replicação pelas helicases causa torção extra em outras regiões e
são formadas superespirais para liberar a tensão da torção extra. Tanto as torções quanto as
superespirais têm de ser removidas para possibilitar que a replicação continue. Essa super-
helicoidização pode ser criada ou relaxada por enzimas denominadas topoisomerases, das
quais um exemplo é a DNA girase (Figura 7.21). As topoisomerases relaxam o DNA super-
helicoidizado por meio da quebra de um único filamento de DNA ou de ambos os filamentos, o
que possibilita que o DNA gire tornando-se uma molécula relaxada. As topoisomerases
encerram reunindo os filamentos da molécula de DNA agora relaxada.
Montagem do replissomo | Início da replicação

Replicação do DNA e ciclo celular de levedura.

A síntese do DNA ocorre na fase S (síntese) do ciclo celular eucariótico.

Telômeros e telomerase | Término da replicação.

Portanto, os genes de eucariotos superiores normalmente são compostos por segmentos

denominados éxons (que se referem às regiões expressas), que codificam partes das proteínas,
e segmentos denominados íntrons (que se referem às regiões intercalares), que separam os
éxons. Como você aprenderá neste capítulo, uma cópia de RNA que contém tanto éxons
quanto íntrons é sintetizada a partir de um gene. Uma máquina biológica (denominada
spliceossomo) remove os íntrons e une os éxons (em um processo denominado recomposição
ou splicing do RNA), para produzir um RNA maduro que contém a informação contínua
necessária para sintetizar uma proteína. Como os éxons e os íntrons estão relacionados com
uma baixa contagem de genes humanos? Por enquanto, é suficiente dizer que o RNA transcrito
a partir de um gene pode ser recomposto de modos alternativos. Embora apresentemos
apenas aproximadamente 21.000 genes, esses genes codificam mais de 100.000 proteínas,
graças ao processo de splicing alternativo do RNA.

A transferência da informação do gene para o produto gênico ocorre em diversas etapas. A

primeira etapa, que é o foco deste capítulo, é copiar (transcrever) a informação em um
filamento de RNA com a utilização do DNA como um molde. Em procariotos, a informação no
RNA codificador de proteína é quase imediatamente convertida em uma cadeia de
aminoácidos (proteína) por meio de um processo denominado tradução. Essa segunda etapa é
o foco do Capítulo 9.

Em eucariotos, a transcrição e a tradução são separadas espacialmente: a transcrição ocorre

no núcleo e a tradução no citoplasma. Entretanto, antes que os RNA estejam prontos para ser
transportados para o citoplasma para tradução ou outros usos, eles são submetidos a um
processamento extensivo, incluindo a remoção de íntrons e a adição de um revestimento (cap)
especial em 5′ e uma cauda de nucleotídios adenina em 3′. Um tipo de RNA totalmente
processado, denominado RNA mensageiro (mRNA), é o intermediário na síntese das proteínas.
Além disso, em procariotos e eucariotos, existem outros tipos de RNA que nunca são
traduzidos. Esses ncRNA realizam muitos papéis essenciais. A função do DNA e do RNA durante
a transcrição tem por base dois princípios:

1. A complementaridade de bases é responsável pela determinação da 2. 8.1 sequência

do transcrito de RNA na transcrição. Por meio do pareamento das bases
complementares, a informação codificada no DNA passa para o RNA, e os complexos
proteicos associados aos ncRNA são guiados até regiões específicas no RNA para
regular a sua expressão.

2. Determinadas proteínas reconhecem sequências de bases específicas no DNA e no

RNA. Essas proteínas de ligação a ácidos nucleicos se ligam a essas sequências e atuam
nelas.

Propriedades do RNA

Consideraremos as características gerais do RNA. Embora ambos o RNA e o DNA sejam

ácidos nucleicos, o RNA difere do DNA em diversos aspectos importantes.

1. O RNA apresenta o açúcar ribose em seus nucleotídios, em vez da desoxirribose

observada no DNA. Conforme o nome sugere, os dois açúcares diferem na
presença ou na ausência de apenas um átomo de oxigênio. O açúcar do RNA
contém um grupo hidroxila (OH) ligado ao átomo de carbono 2′, enquanto o
açúcar do DNA apresenta apenas um átomo de hidrogênio ligado ao átomo de
carbono 2′.

2. O RNA normalmente é uma cadeia unifilamentar de nucleotídios, não uma dupla-

hélice como o DNA. Uma consequência é que o RNA é mais flexível e consegue
formar uma variedade muito maior de formas moleculares tridimensionais
complexas do que o DNA bifilamentar consegue. Um filamento de RNA pode
dobrar-se de tal modo que algumas de suas próprias bases pareiam entre si. O
referido pareamento de bases intramolecular é um determinante importante da
forma do RNA.

Conforme você verá posteriormente neste capítulo, a presença do grupo hidroxila no átomo
de carbono 2’ facilita a ação do RNA em muitos processos celulares importantes.
Além disso, a uracila é capaz de parear com G. As bases U e G formam pares de bases apenas
durante o dobramento do RNA, não durante a transcrição. As duas ligações de hidrogênio
que podem se formar entre U e G são mais fracas do que as duas que se formam entre U e A. A
capacidade de U parear-se tanto com A quanto com G é o principal motivo pelo qual o RNA
consegue formar estruturas extensas e complicadas, muitas das quais são importantes em
processos biológicos

Classes de RNA.

Os RNA podem ser agrupados em duas classes gerais. Uma classe de RNA codifica a
informação necessária para produzir cadeias polipeptídicas (proteínas). Fazemos referência a
essa classe como RNA mensageiro (mRNA), tendo em vista que esses RNA, assim como um
mensageiro, atuam como o intermediário que transmite a informação do DNA para a proteína.
Fazemos referência à outra classe como RNA funcional, tendo em vista que o RNA não codifica
informação para produzir proteínas. Em vez disso, o próprio RNA é o produto funcional final.

RNA mensageiro. As etapas por meio das quais um gene influencia o fenótipo são
denominadas expressão gênica. Em relação à vasta maioria dos genes, o transcrito de RNA é
apenas um intermediário necessário para a síntese de uma proteína, que é o produto funcional
final que influencia o fenótipo.

RNA funcional. Na medida em que mais é aprendido a respeito dos detalhes íntimos da
expressão e da regulação gênica, torna-se aparente que os RNA funcionais pertencem a uma
diversidade de classes e que desempenham papéis diversos. Novamente, é importante
enfatizar que os RNA funcionais são ativos como RNA; eles nunca são traduzidos em
polipeptídios. As principais classes de RNA funcionais contribuem para as diversas etapas na
transferência da informação do DNA para a proteína, no processamento de outros RNA e na
regulação do RNA e dos níveis de proteínas na célula. Duas dessas referidas classes de RNA
funcionais são observadas em procariotos e em eucariotos:

RNA transportadores e RNA ribossômicos:

As moléculas de RNA transportador ou de transferência (tRNA) são responsáveis por

transportar o aminoácido correto até o mRNA no processo de tradução

As moléculas de RNA ribossômico (rRNA) são os principais componentes dos ribossomos, que
são grandes máquinas macromoleculares que guiam a montagem da cadeia de aminoácidos
pelos mRNA e tRNA.

Transcrição.

A primeira etapa na transferência da informação do gene para a proteína é produzir um

filamento de RNA cuja sequência de bases seja complementar à sequência de bases de um
segmento de DNA, por vezes seguida por uma modificação daquele RNA para prepará-lo para
os seus papéis celulares específicos. Portanto, o RNA é produzido por meio de um processo
que copia a sequência de nucleotídios do DNA. Tendo em vista que esse processo é
reminiscente da transcrição (cópia) de palavras escritas, a síntese do RNA é denominada
transcrição. Diz-se que o DNA é transcrito em RNA, e o RNA é denominado transcrito.

O DNA como modelo da transcrição.

Como a informação codificada na molécula de DNA é transferida para o transcrito de RNA? A

transcrição depende do pareamento complementar de bases. Considere a transcrição de um
segmento cromossômico que constitui um gene. Primeiramente, os dois filamentos da dupla-
hélice de DNA são separados localmente e um dos filamentos separados atua como molde
para a síntese de RNA. No cromossomo em geral, ambos os filamentos de DNA são utilizados
como moldes, mas, em qualquer gene, apenas um filamento é utilizado e, naquele gene, é
sempre o mesmo filamento, com início na extremidade 3′ do gene-molde.

Em seguida, os ribonucleotídios que foram sintetizados quimicamente em outro local na célula

formam pares estáveis com suas bases complementares no molde. O ribonucleotídio A pareia
com T no DNA, G com C, C com G e U com A. Cada ribonucleotídio é posicionado oposto à sua
base complementar pela enzima RNA polimerase. Essa enzima se liga ao DNA e se movimenta
ao longo dele, ligando os ribonucleotídios alinhados para produzir uma molécula crescente
de RNA, conforme demonstrado na Figura 8.4 A. Portanto, já vemos em ação os dois princípios
da complementaridade das bases e da ligação ácido nucleico–proteína (nesse caso, a ligação
da RNA polimerase).
Observamos que o RNA apresenta uma extremidade 5′ e uma extremidade 3′. Durante a
síntese, o crescimento do RNA é sempre no sentido 5′ para 3′; em outras palavras, os
nucleotídios são sempre adicionados a uma ponta em crescimento 3′, conforme demonstrado
na Figura 8.4 B. Tendo em vista que os filamentos complementares de ácido nucleico estão
orientados de modo oposto, o fato de o RNA ser sintetizado de 5′ para 3′ significa que o
filamento-molde deve estar orientado de 3′ para 5′.

À medida que a molécula de RNA polimerase se movimenta ao longo do gene, ela desenrola a
dupla-hélice de DNA à sua frente e enrola novamente o DNA que já foi transcrito. Conforme a
molécula de RNA é progressivamente alongada, a extremidade 5′ do RNA é deslocada do
molde e a bolha de transcrição se fecha atrás da polimerase. Sucessões ou moléculas
sucessivas de RNA polimerases, cada uma sintetizando uma molécula de RNA, movimentamse
ao longo do gene.

Estágios da transcrição.

A sequência codificadora de proteína em um gene é um segmento relativamente pequeno do

DNA inserido em uma molécula de DNA muito mais longa (o cromossomo). Como o segmento
apropriado é transcrito em uma molécula de RNA unifilamentar de comprimento e sequência
de nucleotídios corretos? Tendo em vista que o DNA de um cromossomo é uma unidade
contínua, a maquinaria de transcrição deve estar direcionada para o início de um gene para
iniciar a transcrição no local certo, continuar transcrevendo o comprimento do gene, e
finalmente interromper a transcrição na outra extremidade. Esses três estágios distintos da
transcrição são denominados iniciação, alongamento e término. Embora o processo geral de
transcrição seja notavelmente semelhante em procariotos e em eucariotos, existem diferenças
importantes. Por esse motivo, acompanharemos os três estágios primeiramente em
procariotos (com a utilização da bactéria intestinal E. coli como exemplo) e em seguida em
eucariotos.

Transcrição em eucariotos.

Como você verá, os eucariotos lidam com essa situação de diversos modos. Primeiramente,
eles dividiram o trabalho da transcrição entre três polimerases diferentes:

A RNA polimerase I transcreve os genes de rRNA (excluindo o rRNA 5S)

A RNA polimerase II transcreve todos os genes codificadores de proteínas, em relação aos

quais o transcrito final é o mRNA, e transcreve alguns snRNA A

RNA polimerase III transcreve os pequenos genes de RNA funcional (tais como os genes para
tRNA, alguns snRNA e o rRNA 5S). Nesta seção, focaremos nossa atenção na RNA polimerase II.

Antes que o RNA deixe o núcleo, ele deve ser modificado de diversos modos. Essas
modificações são coletivamente denominadas processamento do RNA. Para distinguir o RNA
antes e após o processamento, o RNA recém-sintetizado é denominado transcrito primário ou
pré-mRNA, e o termo mRNA é reservado para o transcrito totalmente processado que pode
ser exportado para fora do núcleo. Conforme veremos, a extremidade 5′ do RNA é submetida
ao processamento enquanto a extremidade 3′ ainda está sendo sintetizada. Portanto, a RNA
polimerase II deve sintetizar o RNA enquanto coordena simultaneamente um arranjo diverso
de eventos de processamento. Por esse motivo, entre outros, a RNA polimerase II é uma
enzima formada por multissubunidades, mais complexa que a RNA polimerase procariótica. Na
verdade, ela é considerada outra máquina molecular. A coordenação do processamento e da
síntese do RNA pela RNA polimerase II será discutida na seção sobre o alongamento da
transcrição em eucariotos.

Iniciação da transcrição em eucariotos.