Anda di halaman 1dari 12

Tugas Biokimia II

Rangkuman Replikasi, Transkripsi dan Translasi DNA

DISUSUN OLEH :

NAMA :MUHAMMAD FAJAR


NIM :F1C1 16 026
KELAS :KIMIA B

JURUSAN KIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HALU OLEO
KENDARI
2018
REPLIKASI DNA

A. Bahan Baku

Proses ini memerlukan bahan baku deoksiribonukleatida, enzim dan


nukleotida.

B. Tahapan

Proses replikasi DNA akan menghasilkan rantai DNA baru yang sama.
Rangkaian peristiwa yang terjadi selama replikasi DNA telah dijelaskan di bawah ini.

1. Inisiasi

Pelepasan untai DNA

Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi,
yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator
DnaA. Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk
perakitan protein lain dan enzim penting untuk replikasi DNA. Sebuah enzim yang
disebut helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses penguraian/seperti
membuka resleting) heliks dalam alur tunggal.
Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang
tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu
replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi). Setelah heliks yang terbuka, protein yang disebut untai tunggal
mengikat protein (SSB) mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk
menempel kembali. Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan
dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.
2. Sintesis Primer

Sintesis DNA Primer


Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi. Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan
nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang
merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan pendek
RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri dari 9-12
nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan untuk
mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua untai, DNA
polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti
spiral yang mengganggu) di wilayah garpu berikutnya. Ini superkoil DNA dibuka
oleh enzim khusus yang disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA
depan garpu replikasi. Ini menciptakan memotong pada untai DNA dalam rangka
untuk meringankan supercoil tersebut.

3. Sintesis leading strand

Replikasi DNA untaian pengawal


(leading strand)
DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3′
dari untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3′ saja.
Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis DNA pada
satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian pengawal
(leading strand). Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3′ OH ujung
RNA primer, dan menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi
berlangsung, nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga
menghasilkan untai baru.

4. Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)

Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan


serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3’. Fragmen ini disebut
fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus
menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak
proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.

sintesis lagging Strand

Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai


terbuka. DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida baru,
dan jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian,
perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk
memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di
tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi.

5. Penghapusan Primer

Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru
terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA
polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA melalui ‘5→ 3’
aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida
baru dengan 5 ‘→ 3’ aktivitas polimerase DNA.

menghilangkan primer RNA


6. Ligasi

Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah


antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan menyumbat
celah tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3’ gugus
hidroksil fragmen yang berdekatan.

Ligasi

7. Terminasi (pemutusan)

Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan
nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus
yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase.
Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan untai tunggal protein
pengikat terdekat.

Pemutusan
C. Perbedaan

Ada banyak perbedaan yang signifikan antara replikasi DNA prokariotik dan
eukariotik. Salah satu perbedaan tersebut adalah kompleksitas dari proses replikasi sel
eukariotik dibandingkan dengan kesederhanaan dari proses replikasi dalam sel
prokariotik. Perbedaan besar lainnya adalah kecepatan di mana replikasi berlangsung.

Tabel Perbedaan Replikasi DNA Prokariotik dan Eukariotik

Replikasi DNA Replikasi DNA


Komponen
prokariotik eukariotik

Replikasi DNA Replikasi DNA

Situs prokariotik terjadi di eukariotik terjadi di

dalam sitoplasma dalam nukleus

Asal replikasi banyak


Hanya ada satu asal
(lebih dari 1000) dalam
Asal replikasi replikasi per molekul
setiap kromosom
DNA
eukariotik

Terbentuk sekitar 100- Terbentuk sekitar 150


Nukleotida
200 atau lebih nukleotida nukleotida
Replikasi DNA terjadi Replikasi DNA terjadi di

pada satu titik di setiap beberapa titik secara


Titik replikasi
molekul DNA bersamaan di setiap

prokariotik kromosom.

Hanya dua cabang


Sejumlah cabang
replikasi dibentuk di
replikasi terbentuk secara
Cabang replikasi setiap kromosom
bersamaan di setiap DNA
prokariotik, replikasi
replikasi.
DNA adalah dua arah

Molekul DNA eukariotik

memiliki sejumlah besar

replikon (50.000 atau


kromosom prokariotik
Replikon lebih), tetapi replikasi
memiliki satu replikon
tidak terjadi secara

bersamaan pada semua

replicon

Gelembung replikasi Satu gelembung replikasi Banyak gelembung

terbentuk selama replikasi terbentuk dalam

replikasi DNA satu molekul DNA


bereplikasi.

Inisiasi replikasi DNA di Inisiasi replikasi DNA

Inisiasi prokariota dilakukan oleh dilakukan oleh protein

DnaA protein dan DnaB multisubunit

Enzim girase DNA Enzim girase DNA


Enzim
diperlukan diperlukan

Okazaki fragmen besar, Okazaki fragmen pendek,

Okazaki fragmen 1000-2000 nukleotida 100-200 nukleotida

panjang panjang

Replikasi sangat cepat, Replikasi lambat,

Kecepatan ditambahkan sekitar ditambahkan sekitar 100

2000 nukleotida per detik nukleotida per detik

TRANSKRIPSI DNA

A. Bahan Baku
Transkripsi membutuhkan tiga komponen utama yaitu DNA template
(Template strand) dimana hanya satu untai molekul DNA digunakan untuk
transkripsi, Bahan baku seperti ribonukleosida trifosfat (rNTPs) dan Alat Transkripsi
berupa enzim yang dibutuhkan untuk memulai dan proses yang berkelanjutan dari
transkripsi.

B. Tahapan

Transkripsi DNA dilakukan tiga langkah utama: inisiasi, elongasi dan


terminasi.

1. Inisiasi

Transkripsi DNA terjadi di hadapan enzim RNA polimerase. Ada urutan


nukleotida spesifik yang mengatur RNA polimerase di mana untuk memulai dan di
mana untuk mengakhiri sintesis itu. RNA polimerase menempel pada DNA pada area
spesifik disebut daerah promoter.

2. Elongasi

Protein yang dikenal sebagai faktor transkripsi membuka untai DNA untuk
memungkinkan enzim RNA polimerase untuk menuliskan untai tunggal DNA
menjadi satu untai RNA polimer. Ini untai RNA polimer dikenal sebagai messenger
RNA atau mRNA. Untai mRNA berfungsi sebagai template dan disebut untai
antisense dan untai yang tidak ditranskripsi dikenal sebagai untai sense.

3. Terminasi

Enzim RNA polimerase bergerak di sepanjang untai DNA sampai menemukan


kodon terminator. Pada ti-tik terminator sequnece RNA polimerase melepaskan
polimer mRNA dan melepaskan diri dari molekul DNA.

C. Perbedaan

Perbedaan Transkripsi antara Prokariotik dan Eukariotik yaitu pada Prokariota


tidak memiliki inti terorganisir, sehingga bahan inti atau DNA dalam sitoplasma. Oleh
karena itu, transkripsi terjadi dalam sitoplasma dan semua prekursor yang diperlukan
untuk transkripsi ditemukan di sitoplasma. Transkripsi prokariotik membutuhkan
enzim polimerase RNA agar transkripsi berhasil diselesaikan. enzim berisi lima
subunit (α, β, β ‘, ω) dan mengikat faktor sigma dan wilayah promotor, dan kemudian
memulai transkripsi dengan menyelesaikan holoenzyme tersebut. Pada prokariota,
DNA tidak terikat histon. Dengan demikian, transkripsi memulai langsung. Ini bisa
menjadi menguntungkan ketika gen prokariota telah tumpang tindih. Transkripsi
dimulai pada daerah promotor dan memanjang melalui daerah coding dan berakhir
ketika RNA polimerase membaca sinyal terminasi. Ada dua jenis sinyal terminasi,
Rho-dependent dan independent. Ditranskripsi mRNA akan benar-benar
diterjemahkan selama transkripsi, dan tidak ada proses pasca-transkripsi.
Sedangkan Transkripsi Eukariotik lebih kompleks dari transkripsi eukariotik
dan terjadi di dalam nukleus. Tidak seperti prokariota, eukariota mengandung lima
jenis RNA polimerase sesuai dengan kebutuhan transkripsi dan mengandung 10-17
subunit. Misalnya, RNA polimerase I menuliskan mRNA besar dan RNA polimerase
II menuliskan snRNA, snoRNA, dan Mirna, dll. Kelima enzim yang ditemukan
berbeda dalam organisme, misalnya, RNA polimerase IV dan V hadir hanya pada
tanaman. Pertama-tama, DNA melepaskan dari protein histon dan terurai di dekat
wilayah promotor. RNA polimerase dan faktor transkripsi lainnya termasuk enhancer
akan terikat pada daerah promoter. Transkripsi dimulai di lokasi inisiasi transkripsi
dan naik ke sinyal terminasi transkripsi. Tidak seperti prokariota, transkrip ini sangat
panjang dan melewati proses yang luas. mRNA yang baru terbentuk disebut pre-
mRNA. Ini diproses dengan memotong non-coding, dan daerah coding akan
bergabung kembali bersama-sama. Ini disebut mRNA matang, dan siap untuk
diterjemahkan. Ini adalah proses lengkap transkripsi.

TRANSLASI DNA

A. Bahan Baku
Translasi merupakan sintesis polipeptida yang terjadi di bawah arahan mRNA.
Selama tahap ini terjadi perubahan bahasa. Sel harus menerjemahkan atau
mentranslasi sekuens basa molekul mRNA menjadi sekuens asam amino polipeptida.
Tempat terjadinya translasi ini adalah di ribosom. Untuk inisiasi dan elongasi rantai
dibutuhkan sejumlah energi, energy disediakan oleh GTP.

B. Tahapan

Translasi DNA dilakukan tiga langkah utama yaitu:

1. Tahap inisiasi

Membawa bersama-sama mRNA, sebuah tRNA yang memuat asam amino


pertama dari polipeptida dan dua subunit ribosom. Pertama, subunit ribosom kecil
mengikatkab diri pada mRNA dan tRNA inisiator khusus. Subunit ribosom kecil
melekat pada segmen leader pada ujung 5’ dari mRNA. Penyatuan mRNA, tRNA
inisiator dan subunit ribosom kecil diikuti oleh perlekatan subunit ribosom besar,
menyempurnakan kompleks inisiasi translasi. Saat penyelesaian proses inisiasi, tRNA
inisiator berada pada tempat P dari ribosom, dan tempat A yang kosong siap untuk
tRNA-aminoasil berikutnya. Sintesis polipeptida dimulai pada ujung aminonya.

2. Tahap elongasi

Pada tahap elongasi dari translasi, asam-asam amino ditambahkan satu per
satu pada asam amino pertama. Tiap penambahan melibatkan partisipasi beberapa
protein yang disebut faktor elongasi dan terjadi dalam siklus tiga tahap yaitu
pengenalan kodon, pembentukan ikatan peptida dan translokasi.

3. Tahap terminasi

Elongasi berlanjut hingga kodon stop mencapai tempat A di ribosom. Triplet


basa yang istimewa ini (UAA, UAG, dan UGA) tidak mengkode suatu asam amino
melainkan bertindak sebagai sinyal untuk menghentikan translasi. Suatu protein yang
disebut sebagai faktor pelepas langsung mengikatkan diri pada kodon stop di tempat
A. Fakntor pelepas ini menyebabkan penambahan molekul air, bukan asam amino,
pada rantai polipeptida. Reaksi ini menghidrolisis polipeptida yang sudah selesai ini
dari tRNA yang berada di tempat P, melepaskan polipeptida dari ribosom

C. Perbedaan
Pada prokariot, translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya
dirampungkan. Hal ini dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di
translasikan berdasarkan arah dari ujung 5` ke ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot
tidak terdapat membran inti, sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi dan
translasi (sebagaimana yang terjadi pada eukariot) sehingga translasi dapat segera
dilakukan.
Pada eukariot transkripsi terjadi tidak bersamaan dengan translasi. Dengan
adanya membran inti, pada eukariot dapat dibedakan tempat terjadinya transkripsi
dan translasi, transkripsi terjadi di dalam inti sedang translasi terjadi di sitoplasma.
Waktunya pun tidak dapat terjadi secara bersamaan, sebab sebelum dapat melakukan
translasi, harus merampungkan terlebih dahulu proses transkripsi. Proses transkripsi
dan translasi pada eukariotpun lebih kompleks daripada prokariot.