Hampir semua sampel biologis tubuh seperti darah dan bercak darah, seminal, cairan

vaginal, dan bercak kering, rambut (baik rambut lengkap dengan akarnya atau hanya batang
rambut), epitel bibir (misal pada puntung rokok), sel buccal, tulang, gigi, saliva dengan
nukleus (pada amplop, perangko, cangkir), urine, feces, kerokan kuku, jaringan otot,
ketombe, sidik jari, atau pada peralatan pribadi dapat digunakan untuk sampel tes DNA,
tetapi yang sering digunakan adalah darah, rambut, usapan mulut pada pipi bagian dalam
(buccal swab), dan kuku. Untuk kasus-kasus forensik, sampel sperma, daging, tulang, kulit,
air liur atau sampel biologis lain yang ditemukan di tempat kejadian perkara (TKP) dapat
dijadikan sampel tes DNA.
Tahapan Pemeriksaan DNA Profiling:
1. Ekstraksi/ Isolasi DNA
Jika jumlah jaringan sedikit, seperti darah, rambut atau kulit, bila perlu dilakukan
penggandaan dengan “Polimerase Chain Reaction” (PCR).
Proses penghancuran sel (lysis) secara kimia dilakukan dengan pemanfaatan senyawa
kimia seperti EDTA (ethilendiamin tetraasetat) sebagai penghancur sel dengan
mengikat ion magnesium, serta SDS (sodium dodesil sulfat) yang merupakan sejenis
deterjen, dapat digunakan unntuk merusak membran sel.
Debris sel yang ditimbulkan akibat proses penghancuran sel dapat dibersihkan dengan
sentrifuge, sehingga yang tertinggal di dasar tabung hanya DNA dan RNA serta
protein (molekul nukleotida). Protein dapat dihilangkan dengan enzim proteinase, dan
RNA dengan RNAase, sehingga DNA dapat diisolasi seutuhnya.

2. Mengukur Kadar dan Kemurnian DNA

Menggunakan metode UV Spectrophometer yang didasarkan pada prinsip iradiasi
sinar UV yang diserap oleh nukleotida dan protein dalam larutan.

3. Amplifikasi Polimerase Chain Reaction (PCR)

Polymerase adalah enzim yang berperan mengkopi materi genetik, meneliti dan
mengkoreksi kopian dari DNA. Setelah enzim melekat pada DNA, DNA double helix
tersebut membentuk dua single strand DNA. Salah satu molekul DNA polimerase
mengikat salah satu strand DNA, kemudian ikatan tersebut bergerak sepanjang strand
dan kemudian mengsintesis strand nukleotida dan setelah strand dikopi, dobel helix
menutup kembali.
Proses pencampuran PCR mengikuti 3 tahapan, yaitu:
 Denaturasi, annealing primer dan replikasi DNA.
a. Satu potong DNA original didenaturasi pada suhu 94-99oC, double helix strand
dipisahkan mengjadi single strand.
b. Primer mengikat masing-masing strand DNA pada suhu sekitar 50-65oC
c. Suhu dinaikkan sampai 72oC untuk replikasi DNA

4. Electrophoresis dan Staining

Apabila sampel DNA telah cukup dilipatgandakan, maka dilanjutkan dengan proses
elektroforesis. Merupakan monitor hasil analisa DNA, yang nantinya akan tampak
sebagai bentukan pita/band pada gel. Gel merupakan bahan kimia yang terpenting
dalam elektroforesis.
Ada 2 gel yang selama ini digunakan, yakni gel agarose dan gel polyacrylamid. DNA
yyang bermuatan negatif akan bergerak menuju kutub positif setelah adanya aliran
listrik. Pergerakan DNA ini dipengaruhi oleh beberapa faktor :
- Ukuran molekul DNA
- Konsentrasi gel
- Konformasi DNA
- Voltase yang digunakan
- Komposisi larutan buffer
Proses elektroforesis selesai langsung dilanjutkan ke pengecatan/staining. Biasanya
menggunakan silver staining. Sehingga akan nampak pita DNAnya pada gel
elektroforesis.

5. Sekuensing
Merupakan proses mengurutkan nukleotida-nukleotida dari hasil amplifikasi PCR.

Sumber :
- Soekry Erfa Kusuma, Ahmad Yudianto., Forensik Molekuler, Ilmu Kedokteran
Forensik dan Medikolegal Ed. Kedelapan., FK Unair, 2012.
- Elza Ibrahim., Aplikasi Analisis DNA Dalam Bidang Forensik, FKG UI, 1995