Ujian Tengah Semester (UTS)

Rekayasa Genetika

Oleh :
Rio Putra Nusantara Pardede
1606541002

Prodi Agroekoteknologi
Fakultas Pertanian
Universitas Udayana
2018
 1. Gen
1.1 Pengertian Gen
Gen adalah bagian dari kromosom atau salah satu kesatuan kimia (DNA) dalam
kromosom yaitu dalam lokus yang mengendalikan ciri-ciri genetis dari suatu makhluk hidup.
Gen diturunkan atau diwariskan oleh satu individu kepada keturunannya, yaitu melalui suatu
proses reproduksi. Oleh karena itu, informasi yang menjaga keutuhan bentuk serta fungsi
kehidupan suatu organisme dapat terpelihara/terjaga
1.2 Fungsi Gen
1. Menyampaikan informasi mengenai genetika dari generasi ke generasi.
2. Mengontrol, mengatur metabolisme dan perkembangan tubuh.
3. Menentukan sifat-sifat pada keturunannya. Seperti yang di contohkan pada fakta di depan.
Sifat-sifat itu dapat berupa bentuk rambut, bentuk badan, warna kulit dan lain sebagainya.
4. Proses reaksi kimia di dalam tubuh dapat terjadi secara berurutan. Pada setiap tahap
reaksinya dibutuhkan enzim. Pembentukan dan juga pengontrolan kerja enzim tersebut
dilakukan oleh gen. Pada proses perkembangan yang membutuhkan hormon juga diatur
oleh gen.

2. Ekpresi Gen
Ekspresi gen merupakan rangkaian proses penerjemahan informasi genetik (dalam
bentuk urutan basa pada DNA atau RNA) menjadi protein, dan fenotipe. Informasi yang
dibawa oleh bahan genetik tidak bermakna apa pun bagi suatu organisme jika tidak
diekspresikan menjadi fenotipe. Ekspresi gen adalah proses penentuan sifat suatu
organisme oleh gen. Suatu sifat yang dimiliki oleh organismemerupakan hasil
metabolisme yang terjadi di dalam sel. Gen tersusun dari molekul DNA, sehingga gen
menentukan sifat suatu organisme. Langkah pertama dalam ekspresi gen adalah transkripsi
DNA menjadi RNA.
3. Enzim Restriksi
Enzim Restriksi adalah suatu enzim yang bisa memotong untaian DNA secara
spesifik sesuai dengan urutan yang dikenalinya. Urutan nukleotida yang dikenali tersebut
bersifat palindromik, yaitu suatu urutan DNA yang sama jika dibaca dengan arah berlawanan
pada setiap untainya. Oleh karena itu, posisi pemotongan di dalam molekul DNA dapat
diprediksi sehingga memungkinkan segmen DNA tertentu dipotong dari molekul DNA yang
lebih panjang. Kemampuan memotong urutan DNA tertentu ini sangat penting dalam kloning
gen dan seluruh aspek lain teknologi DNA rekombinan
 4. Jenis – Jenis Enzim Nuklease
 Endonuklease
Endonuklease adalah sejenis nukleases yang memotong asam nukleat dari tengahnya.
Ini mengenali urutan nukleotida spesifik asam nukleat dan memutus ikatan kimia antara
nukleotida. Ini juga dikenal sebagai endonuklease pembatasan karena mereka mencari situs
pembatasan tertentu dan membelah ikatan tersebut dan menghasilkan fragmen restriksi.
Lebih dari 100 restriksi endonuklease diidentifikasi pada bakteri dan archaea dan diperoleh
untuk tujuan komersial.

 Eksonuklease

Exonuclease adalah enzim nuklease yang memisahkan ikatan kimia antara nukleotida
pada ujung rantai asam nukleat 3 atau 5. Ini menghancurkan satu nukleotida tunggal di ujung
rantai dan menghasilkan nukleosida dengan memindahkan gugus fosfat ke air. Exonucleases
ditemukan di archaea, bakteri, dan eukariota.

5. Vektor Kloning

Vektor kloning adalah agen pembawa fragmen DNA masuk ke dalam sel makhluk
hidup yang berfungsi untuk memperbanyak fragmen DNA. Beberapa vektor kloning yang
umum digunakan adalah plasmid, vektor lamda, virus, kromosom bakteri buatan, kromosom
khamir buatan, dan cosmid. Suatu vektor kloning harus dapat disambungkan atau menyatu
dengan fragmen DNA yang ingin ditransfer kemudian dapat dimasukkan ke dalam sel

6. DNA Rekombinan

DNA Rekombinan adalah suatu bentuk DNA buatan yang dibuat dengan cara
menggabungkan atau merekombinasi dua atau lebih untaian benang DNA yang dalam
keadaan normal tidak berpasangan atau terjadi bersama. Pada bahasan biologi molekuler,
modifikasi genetik dilakukan dengan memasukkan DNA yang relevan ke dalam
DNA organisme yang hidup misalnya pada plasmid bakteri, untuk menyandikan suatu sifat
khusus tertentu seperti antibiotik dan sifat lain. Hal ini berbeda dengan konsep DNA
rekombinan yang kombinasi DNAnya tidak terjadi secara alami di dalam sel tetapi
direkayasa. Proses rekombinasi DNA yang umum dilakukan adalah dengan menggabungkan
untaian DNA dari dua organisme yang berbeda. Bergabungnya dua DNA dari organisme
yang berbeda misalnya pada suatu plasmid bakteri dibantu oleh enzim ligase. Teknologi
DNA rekombinan melalui teknik pemotongan DNA merupakan salah saktu bukti penguat
yang menunjukkan bahwa DNA adalah suatu unit pewarisan.

7. Tanaman Kedelai Melalui Proses Kloning Gen dan Transgenik

Pardal et al. (2004) melakukan transfer gen proteinase inhibitor II pada kedelai
melalui vektor Agrobacterium tumefaciens untuk ketahanan terhadap hama penggerek polong
(Etinella zinktenella). Kedelai transgenik yang dihasilkan menunjukkan persentase kerusakan
polong yang kebih rendah dibandingkan tanaman konvensional.
Penggerek polong (Etiella zinckenella Tr.) merupakan salah satu hama penting
kedelai dan masih sulit dikendalikan secara konvensional. Penggunaan varietas tahan
merupakan strategi terbaik dan relatif aman, tetapi hingga saat ini sumber gen ketahanan
tersebut belum ditemukan pada plasma nutfah kedelai yang ada. Perakitan tanaman kedelai
transgenik tahan penggerek polong merupakan alternatif terbaik untuk mengatasi masalah ini.
Gen proteinasi inhibitor (pin) merupakan gen yang dapat menghasilkan senyawa
antinutrisi yang dapat menghambat kerja enzim proteolitik (proteinase) dalam perut
serangga. Gen ini dapat digunakan untuk merakit tanaman transgenik tahan hama. Apabila
gen ini berhasil ditransfer kedalam kromosom tanaman dan mampu diekspresikan dengan
baik, maka serangga yang memakan tanaman tersebut akan terganggu sistem pencernaannya,
terhambat pertumbuhannya dan akhirnya mati jika tingkat penghambatannya tinggi. Serine
proteinase inhibitor telah menunjukkan keefektifannya menghambat perkembangan larva
beberapa jenis Lepidoptera diantaranya Ostrinia nubilalis.
Metode transfer gen pada tanaman yang paling banyak digunakan adalah dengan
vektor Agrobacterium. Metode ini sangat sederhana dan murah, karena pada prinsipnya gen
interest disisipkan ke plasmid T-DNA Agrobacterium lalu diinokulasikan ke jaringan target
yang telah dilukai. Proses pembuatan tanaman kedelai transgenik dilakukan melalui transfer
gen pinII kentang ke dalam tanaman kedelai melalui vektor Agrobacterium tumefaciens.
Adapun langkah-langkah yang harus dilakukan adalah sebagai berikut:
1. Isolasi gen of interest
2. Isolasi plasmid Agrobagterium tumefaciens (vektor)
3. Rekombinasi gen of interest dan plasmid Agrobacterium tumefaciens
4. Inokulasi jaringan tumbuhan dengan Agrobacterium tumefaciens
5. Analisis molekuler untuk menguci kandungan gen of interest pada tanaman.
 Gambar 1. Rekombinasi gen of interest dan plasmid

Pada proses rekayasa genetika, dibutuhkan gen of interest, vektor, enzim restriksi,
enzim ligase, dan polymerase chain reaction. Gen of interset adalah gen yang mengkode sifat
yang kita inginkan. Vektor adalah pembawa gen of interest menuju sel inang (sel tumbuhan
yang diinginkan untuk mengekspresikan sifat tertentu). Enzim restriksi adalah enzim yang
memotong DNA menjadi fragmen-fragmen. Enzim Ligase adalah enzim yang menyambung
dua ujung DNA melalui ikatan kovalen antara ujung 3’OH utas yang satu dengan 5’P utas
yang lain.

Gambar 2. Proses Rekayasa Genetik Tanaman

Gen pinII yang diisolasi dari kentang dikombinasikan dengan plasmid Agrobacterium
tumefaciens yang berperan sebagai vektor. Dalam hal ini, digunakan Agrobacterium
tumefaciens strain LBA 440 dengan plasmid pGA pinII yang mengandung gen pinII. Eksplan
embrio kedelai varietas wilis dan tidar diinokulasi dengan Agrobakterium tumefacies dengan
kerapatan bakteri 1x108 sel/ml selama 90 menit. Selanjutnya dilakukan kultivasi eksplan
embrio kedelai pada medium.
Eksplan varietas wilis menghasilkan 8 planlet, dan eksplan dari verietas tidar
menghasilkan 1 planlet. Analisis molekuler terhadap 9 tanaman tersebut menunjukkan bahwa
hanya planlet varietas tidar yang positif mengandung gen pinII. Selanjutnya, hasil uji
lapangan menunjukkan bahwa tanaman tersebut memiliki persentase kerusakan polong yang
lebih rendah (58,8%) dibandingkan tanaman kontrol.

8. Tanaman Hibrida
8.1 Pengertian Tanaman Hibrida
Tanaman hibrida ialah termasuk jenis generasi pertama tanaman yang diperoleh dari
hasil persilangan tanaman yang berbeda jenis. Tanaman hibrida kemudian dikembangkan lagi
sampai tercipta verietas hibrida yang biasa digunakan sebagai benih tanaman. Dalam hal ini
sesuai dengan penjelasan diatas, maka tanaman-tanaman hibrida merupakan hasil dari
persilangan indukan dalam satu marga untuk memunculkan sifat-sifat unggulan. Sifat-sifat
unggulan yang dimaksud seperti ketahanan terhadap suatu jenis penyakit tertentu, hasil
produksi yang melimpah, tanaman yang kuat dan lain sebagainya. Selain itu, tujuan
pembentukan tanaman hibrida ialah untuk menghasilkan populasi yang superior, juga
perbaikan terhadap kualiatas populasi suatu tanaman

8.2 Contoh Tanaman Hibrida

Pembuatan Benih Hibrida Pada Jagung
Tanaman jagung mempunyai komposisi genetik yang sangat dinamis karena cara
penyerbukan bunganya menyilang. Shull (1908) yang pertama kali menemukan bahwa
silangan sendiri tanaman jagung mengakibatkan terjadinya depresi inbreeding dan silangan
dua tetua yang homozigot menghasilkan F1 yang sangat vigor. Jones (1918) melanjutkan
penelitian tentang adanya gejala lebih vigor tanaman F1 jagung tersebut yang selanjutnya
memanfaatkannya pada bentuk varietas hibrida tanaman jagung. Pemanfaatan varietas jagung
hibrida di Amerika Serikat dimulai pada tahun 1930an, dan sejak awal tahun 1960an seluruh
areal pertanaman jagung di Amerika Serikat telah menggunakan benih hibrida.
Jagung hibrida di Indonesia mulai diteliti pada tahun 1913, dan dilanjutkan pada
tahun 1950an. Jagung hibrida yang digalakan pemerintah adalah jagung hibrida generasi
pertama hasil persilangan dua galur murni. Pemulia jagung memulai perakitan jagung hibrida
melalui persilangan galur atau plasmanutfah. Plasmanutfah sendiri memegang peranan yang
sangat vital karena berperan dalam menentukan ketersediaan tetua unggul. Tetua yang berasal
dari plasma nutfah superior dengan karakter agronomi ideal akan menghasilkan galur yang
memiliki daya gabung yang baik (Suwarno, B.W, Tanpa Tahun).
Langkah-langkah pembentukan galur unggul pada dasarnya terdiri dari empat tahap,
yaitu :
1. Pembentukan galur-galur murni yang stabil, vigor tinggi.
2. Pengujian daya gabung dan penampilan galur-galur murni tersebut.
3. Penggunaan galur-galur murni terpilih dalam pembentukan hibrida yanglebih produktif.
4. Perbaikan daya hasil serta ketahanan terhadap hama dan penyakit.
Adapun tahapan pembuatan benih jagung hibrida sebagai berikut.
1 Pilih 2 jenis jagung yang masing-masing memiliki sifat unggul. Misal jagung A memiliki
sifat bertongkol 2, kecil, berumur panjang. Jagung B memiliki sifat bertongkol 1, besar,
berumur pendek.
2 Tanam kedua jenis jagung tersebut dengan cara "1 baris jagung B dan 3/ 4/5 baris jagung
A, kemudian 1 baris lagi jagung B dan di ikuti oleh 3/4/5 baris lagi jagung A begitu terus
sampai habis larikan di sawah dan diakhiri oleh baris jagung B. Berikut adalah contoh
perbandingan 1 : 3 ( B A A A B A A A B A A A B ).
3 Jika jagung mulai berbunga, cabutlah bunga atas jagung A sebelum bunga itu mekar
secara keseluruhan, jangan ada sisa dan biarkan bunga atas jagung B.
4 Jika jagung sudah tua dan siap panen, maka panenlah terlebih dahulu jagung B dan beri
wadah khusus, tujuannya agar tidak tercampur. Kemudian jagung A dipanen seperti
biasanya.
5 awat dengan baik jagung A dan rontokkan bijinya, benih jagung yang siap ditanam lagi
adalah jagung A yang memiliki sifat bertongkol 2, besar, dan berumur pendek.

Pada refrensi lain adapun langkah-langkah yang ditempuh untuk mendapatkan jagung
hibrida sebagai berikut.
1. Membuat galur silang dalam dengan mengadakan penyerbukan sendiri secara terus
menerus sehingga menjadi galur murni
2. Menentukan galur yang bila disilangkan menimbulkan keunggulan pada keturunannya.
3. Dilakukan dengan mencari kemampuan daya gabung khusus (species combining ability)
yang tinggi melalui silang di alel (dialel cross).
4. Pasangan galur dipilih diperbanyak untuk digunakan penghasil biji hibrida.
8.3 Mekanisme Pembentukan Hibrida
Varietas hibrida merupakan generasi pertama (F1) hasil persilangan antara tetua
berupa galur inbrida atau varietas bersari bebas yang berbeda genotipe. Hal yang perlu
dilakukan dalam pemuliaan varietas hibrida adalah pembuatan galur inbrida, yakni galur tetua
yang homozigot melalui silang dalam (inbreeding) pada tanaman menyerbuk silang. Dalam
pembuatan varietas hibrida dua galur yang homozigot disilangkan dan diperoleh generasi F1
yang heterozigot, kemudian ditanam sebagai varietas hibrida.
Terdapat tiga langkah dalam pembentukan varietas hibrida:
1.Membentuk galur inbrida, secara normal dengan melakukan beberapa generasi silang
dalam (inbreeding) pada spesies tanaman menyerbuk silang.
2.Penilaian galur inbreeding berdasarkan uji daya gabung umum dan daya gabung khusus
untuk menentukan kombinasi-kombinasi varietas hibrida.
3.Menyilangkan pasangan galur murni yang tidak berkerabat untuk membentuk varietas
hibrida F1.
Galur murni dihasilkan dari penyerbukan sendiri hingga diperoleh
tanaman yang homozigot. Galur murni dapat terjadi apabila persilangan dalam suatu galur
antara 2 individu menghasilkan keturunan dengan penampilan standar yang sama dengan
tetuanya. Dengan penyerbukan sendiri, terjadi segregasi, penurunan vigor, kemampuan
tumbuh dan berproduksi. Selain mengalami penurunan vigor individu tanaman yang diserbuk
sendiri menampakkan berbagai kekurangan, seperti tanaman bertambah pendek, cenderung
rebah, peka terhadap penyakit, dan bermacam-macam karakter lain yang tidak diinginkan.
Munculnya fenomena-fenomena tersebut dikenal dengan istilah depresi silang dalam atau
inbreeding depression (Suwardi, 2009).
Tujuan penyerbukan sendiri adalah untuk mengatur karakter-karakter yang diinginkan
dalam kondisi homozigot sehingga genotipe tersebut dapat dipelihara tanpa perubahan
genetik. Karakteristik yang diinginkan dari galur murni, seperti batang yang kuat dan
ketahanan terhadap penyakit, diwariskan kepada progeni hibrida ketika galur-
galur murni tersebut disilangkan.
Macam-macam pembentukan hibrida yang sudah digunakan secara komersil, yaitu hibrida
silang tunggal (single cross hybrid), hibrida silang ganda (double cross hybrid), dan hibrida
silang tiga (three-way cross hybrid).
1. Hibrida silang tunggal (single cross hybrid)
Hibrida silang tunggal adalah hibrida dari persilangan antara dua galur murni yang
tidak berhubungan satu sama lain. Silang tunggal yang superior mendapatkan kembali vigor
dan produktivitas yang hilang saat penyerbukan sendiri serta akan lebih vigor dan
produktif dibandingkan dengan tetuanya.
Disamping memiliki hasil yang tinggi, hibrida silang tunggal lebih seragam dan
produksi benihnya relatif lebih mudah dibandingkan dengan hibrida silang tiga galur dan
silang ganda.
2. Hibrida silang ganda (double cross hybrid)
Hibrida silang ganda adalah progeni hibrida dari persilangan antara dua silang
tunggal. Silang ganda melibatkan empat galur murni yang tidak berhubungan satu sama
lain. Pasangan galur murni disilangkan sehingga membentuk dua silang tunggal, kemudian
disilangkan untuk menghasilkan silang ganda. Hibrida silang ganda yang dihasilkan dari
galur murni A, B, C, dan D dapat ditulis sebagai (A x B) x (C x D).
3. Hibrida silang tiga (three-way cross hybrid)
Hibrida silang tiga adalah hibrida dari persilangan antara silang tunggal dengan satu
galur murni. ketiga galur murni tidak berhubungan sehingga lebih berbeda secara genetik
dan penampilannya lebih beragam. Hibrida silang tiga yang dihasilkan dari galur murni A,
B, dan C dapat ditulis sebagai (A x B) x C.
 DAFTAR PUSTAKA

Anonimb. 2012. Bioteknologi mikroorganisme dan produknya.

http://biologimediacentre.com/bioteknologi-4-mikroorganisme-dan-produknya/.
Diakses pada Oktober 2012.

Anonime. 2012. Genetic Engineering. Diakses pada Oktober 2012. .

http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_engineering

Pardal, Saptowo J. G.A. Wattimena, Hajrial Aswidinnoor, M. Herman, Edy Listanto, Slamet.
2004. Transfer Gen Proteinase Inhibitor II pada Kedelai melalui vektor
Agrobakterium tumefaciens untuk ketahanan terhadap hama penggerek polong
(Etinella zinkenella Tr.) Jurnal Bioteknologi Pertanian, Vol.9, No.1, pp.20-28.

Firohmatillah A.R., Rita,N. 2012.Pengembangan Padi Varietas Unggul Hibrida. Jurnal

Ekonomi Pembangunan Vol 13 (1):29-45.
Suwardi.2009.Teknologi Produksi dan Pasca Panen Benih Unggul Jagung
Hibrida.Posiding Seminar Nasional Seralia.Vol.7(2):307-312.