RANGKUMAN LANGKAH CHEM DRAW

1. 1-ALIL-2-BENZOIL
2. VIEW-> SHOW PERIODIC UNSUR
3. KLIK N
4. KLIK LAYAR, AKAN MUNCUL NH3
5. KLIK SOLID BOND LALU KLIK PADA ATOM N
6. Lalu klik ctrl+shift+alt+N untuk memunculkan nama
7. Buat 1-alil-
8. Ctrl+c => buka chem 3d
9. Ctrl+v , lalu akan muncul bentuk 3d nya
10. Setelah itu dapat diubah tampilan dengan mengubah (ball n stick)
11. Klik MM2-> Minimize energy-> run . lalu struktur akan berkonformasi ke struktur stabilnya
12. Klik file-> save as-> save type mol ->batu
13. Buka PDB online
14. Search cox 2
15. Search 1pxx
16. Download file -> PDB format

MELEGRO

WARNA HITAM : WORK SPACE -> akan terekam di bagian kiri

1. Import reseptor yang sudah didownload

2. File-> import molekul
3. Checked ligand dan protein
4. Preparation -> custom-> always
5. Preparation -> detect cavities -> 5
6. Docking ->docking wizard -> preparation ->detect cavitiy -> start
7. Docking -> docking wizard -> next -> start
8. LIHAT DOCKING RESULT : IMPORT -> DOCKING RESULT
9. CHECK LIGAND TERBAIK
10. LIHAT POSISI DI CAVITY NYA
11. LIGAND MAP
12. KLIK POSE NYA
13. CHECK ELEKTROSTATIK DAN STERIK
14. IMPORT BATU : CHECK RERANK YANG PALING KECIL
15. DOCKING
16. LIGAND MAP :

Poses -> posisi ligand pada saat docking

Poses (5) -> 5 poses terbaik, ditentukan satu parameter utama yaitu, rerank score ( jika nilai semakin
kecil maka semakin stabil / afinitasnya semakin baik)

Hasilnya dipengaruhi oleh PC.

  Lihat posesnya berikatan di cavitiy mana -> haislnya cavity 2

DOCKING PENSEJAJARAN

URUTAN

1. Gambar di CHEM DRAW

2. Disave di CHEM 3D
3. Diimport ke MELEGRO : import molecule -> preparation ALWAYS -> ok
4. Di kolom ligand : UNKNOWN : -> klik kanan RENAME -> klik kanan SET AS ACTIVE LIGAND
5. Unchecked cavity , only ligands dan poses
6. Only chechked ligand dan poses BATU 2
7. Klik kanan pada poses batu 2 : klik kanan convert to ligand
8. Klik 3 atom ( atom O,C, C benzene ) klik pada 2 atom di ligand sama di poses => property : 6 ,
lalu klik kanan ALIGN : nanti bakal sejajar

 Mencatat kembali urutan docking

 Docking aspirin, dan parasetamol pada cavity 2
 Docking 3 chloro (posiis meta )
 Docking 4 chloro
Docking pake align

 Evaluasi rerank score dan jenis asam amino yang berikatan.

