Anda di halaman 1dari 57

LAPORAN PRAKTIKUM

GENETIKA DAN PEMULIAAN IKAN

Disusun oleh :
Kelompok 10
Faradila Rebrima Z. (L1B015010)
Hemi Trifani (L1B015040)
Zulaifah Zuhdiyah (L1B015044)
Tika Maulida (L1B015045)
Fatah Khoerudin (L1B015046)

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN


UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
PURWOKERTO
2018
LEMBAR PENGESAHAN

LAPORAN PRAKTIKUM
GENETIKA DAN PEMULIAAN IKAN

Oleh :
Kelompok 10

Faradila Rebrima Z. (L1B015010)


Hemi Trifani (L1B015040)
Zulaifah Zuhdiyah (L1B015044)
Tika Maulida (L1B015045)
Fatah Khoerudin (L1B015046)

Disetujui pada tanggal


Juni 2018

Mengetahui,
Dosen Pengampu Asisten

Dr. rer. nat. Hamdan Syakuri, S.Pi., M.Si Kikok Abidin

NIP. 19771216 200112 1 001 NIM. H1H014022

i
KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah SWT atas limpahan berkah dan rahmat-

Nya, sehingga laporan praktikum mata kuliah Genetika dan Pemuliaan Ikan ini dapat

terselesaikan tanpa suatu halangan yang berarti. Tak lupa saya sampaikan terima kasih

kepada segenap jajaran tim dosen pengampu atas pembelajaran yang telah diberikan, serta

tidak lupa kepada segenap tim asisten Genetika dan Pemuliaan Ikan terutama kak Kikok

Abidin sebagai asisten pendamping kelompok sepuluh atas bimbingan serta arahannya

selama praktikum berlangsung hingga laporan ini dapat terselesaikan.

Kami berharap, penyusunan laporan ini kedepannya akan dapat memberikan

manfaat bagi kami maupun pembaca pada umumnya. Kami pun mengharapkan masukan

dan saran agar kedepannya saya dapat melakukan perbaikan dalam penyusunan laporan-

laporan lain. Terima kasih, semoga ilmu yang kami dapatkan ini dapat bermanfaat.

Purwokerto, 7 Juni 2018

Penyusun

ii
DAFTAR ISI

LEMBAR PENGESAHAN ........................................................................................................... i


KATA PENGANTAR................................................................................................................... ii
DAFTAR ISI ................................................................................................................................ iii
DAFTAR GAMBAR.................................................................................................................... iv
DAFTAR TABEL ......................................................................................................................... v
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................................................ vi
I. PENDAHULUAN .................................................................................................................. 1
1.1. Latar Belakang ................................................................................................................. 1
1.2. Tujuan .............................................................................................................................. 2
II. MATERI DAN METODE................................................................................................. 3
2.1. Materi ............................................................................................................................... 3
2.2. Metode.............................................................................................................................. 3
III. HASIL DAN PEMBAHASAN .......................................................................................... 9
3.1. Pewarisan Sifat ........................................................................................................................ 9
3.2. Analisis Truss Morfometrik ................................................................................................... 14
3.3. Molekuler ............................................................................................................................... 18
IV. KESIMPULAN DAN SARAN ........................................................................................ 27
4.1. Kesimpulan .................................................................................................................... 27
4.2. Saran ............................................................................................................................... 28
DAFTAR PUSTAKA .................................................................................................................. 29
LAMPIRAN ................................................................................................................................ 31

iii
DAFTAR GAMBAR

Gambar halaman
1. Hasil elektroforesis .......................................................................................................... 18

iv
DAFTAR TABEL

Tabel halaman
1. Peristiwa Dominan 1 ........................................................................................................... 9
2. Peristiwa Dominan 2 ........................................................................................................... 9
3. Peristiwa dominan 3............................................................................................................ 9
4. Peristiwa Dominan 4 ........................................................................................................... 9
5. Peristiwa Dominan 5 ......................................................................................................... 10
6. Peristiwa Kodominan 1 ..................................................................................................... 10
7. Peristiwa Kodominan 2 ..................................................................................................... 10
8. Peristiwa Kodominan 3 ..................................................................................................... 10
9. Peristiwa Kodominan 4 ..................................................................................................... 11
10. Peristiwa Kodominan 5 ................................................................................................... 11
11. Signifikasi Manual .......................................................................................................... 14
12. Signifikasi Digital ........................................................................................................... 15
13. Abnormalitas ................................................................................................................... 16
14. Hasil elektroforesis DNA................................................................................................ 18
15. Resep Primer PCR .......................................................................................................... 23
16. Tahapan PCR .................................................................................................................. 23

v
DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran halaman
1. Tabulasi Hasil Pewarisan Sifat ......................................................................................... 31
2. Hasil Analisis Truss Morfometrik .................................................................................... 42
3. Ikan Nila untuk Analisis Truss Morfometri ...................................................................... 46
4. Dokumentasi Kegiatan Praktikum .................................................................................... 49
5. Alat dan Bahan Praktikum Acara Molekuler .................................................................... 50

vi
I. PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Genetika adalah ilmu yang mempelajari segala sesuatu yang berhubungan dengan

pemindahan informasi dari satu sel ke sel lain dan pewarisan sifat (Hereditas) dari induk ke

anaknya (fahri, 2011). Di dunia perikanan, genetika masih terus dikembangkan agar

terwujudnya produksi perikanan yang maju dan berkelanjutan. Banyak sekali rekayasa-

rekayasa genetika yang dilakukan di dalam perikanan. Seperti hibridisasi, croos breeding,

sex reversal dan lain sebagainya. Dalam pewarisan sifat banyak hal yang diharapkan bahwa

sifat yang akan diturunkan dapat berlanjut pada keturunan berikutnya. Salah satu bentuk

pewarisan sifat yaitu analisis variasi fenotip pada strain ikan yang berbeda.

Analisis variasi merupakan suatu metode untuk menganalisis berbagai macam

variasi dari beberapa strain ikan yang berbeda agar diketahui bagaimana kekerabatan ikan

tersebut. Analisis variasi yang digunakan yaitu menggunakan metode analisis truss

morfometrik. Variasi genetik yaitu variasi yang dihasilkan oleh faktor keturunan (gen) yang

bersifat kekal dan diwariskan secar turun-temurun dari satu sel ke sel lainnya. Variasi non

genetik atau variasi lingkungan yaitu yang ditentukan oleh faktor lingkungan seperti;

intensitas cahaya, kelembaban, pH, kesuburan tanah dan kelembaban (Mentari, 2012).

Selain itu, untuk mengetahui variasi genetik pada ikan dapat diliat melalui sampel

DNA pada beberapa strain. DNA membawa materi genetik yang dapat kita lihat bagaimana

variasi genetiknya. Untuk melihatnya dapat menggunakan PCR (Polymerase Chain

Reaction) yang sebelumnya telah dilakukan isolasi DNA, ampifikasi hingga akhirnya kita

dapat melihat hasil PCR ini melalui elektroforesis. Oleh karena itu, pada praktikum

1
genetika dan pemuliaan ikan untuk mengetahui metode analisis variasi genetik yang dapat

diterapkan pada bidang perikanan.

1.2. Tujuan

Tujuan dari praktikum Genetika dan Pemuliaan Ikan yaitu:

1. Mengetahui rasio genotipa keturunan ikan yang dihasilkan dari persilangan individu

jantan dan betina yang mempunyai satu sifat beda yaitu warna.

2. Menguji rasio fenotip warna pada ikan dalam pewarisan sifat monohybrid dengan

menggunakan Chi Square Test.

3. Memahami dan dapat melakukan analisis variasi fenotip untuk membedakan antar strain

ikan.

4. Mengetahui berbagai ukuran mikropipet.

5. Mampu menggunakan mikropipiet dengan benar.

6. Memahami metode isolasi DNA dari jaringan/organ tubuh ikan dengan menggunakan

metode berdasar membrane silika.

7. Mengetahui cara amplifikasi DNA menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain

Reaction).

8. Memahami proses dan cara kerja elektroforesis DNA.

9. Memahami cara pembuatan gel agarose.

10. Memahami cara intepretasi hasil elektroforesis.

2
II. MATERI DAN METODE

2.1. Materi

2.1.1. Alat

Alat yang digunakan dalam praktikum pewarisan sifat dan analisis truss

morfometrik yaitu tabel angka random, tabel distribusi, laptop, penggaris, baki, jarum

pentul, milimeter blok laminating, alat tulis, kamera, sterofoam, software ImaJ dan SPSS.

Alat yang digunakan dalam praktikum molekuler mikropipet, tip, cawan petri, tabung

mikro 1,5 ml, pellet pastel, waterbath, alat sentrifugasi, alat vortex, spin column, suntikan,

inkubator, tabung PCR, mesin PCR, chamber elektoforesis, timbangan digital, tabung

erlenmeyer, mesin UV transiluminator, kompor listrik dan spatula.

2.1.2. Bahan

Bahan yang digunakan dalam praktikum pewarisan sifat dan analisis truss

morfometrik yaitu ikan nila merah dan ikan nila hitam. Bahan yang digunakan dalam

praktikum molekuler yaitu ikan nila (beda strain), larutan bius, aquades, sampel kulit ikan,

180 µl genomic digestion buffer, 20 µl proteinase K, 20 µl RNAase A, 200 µl binding

buffer, 200 µl ethanol 96-100%, 500 µl Wash buffer 1, 500 µl Wash Buffer 2, 50 µl

Elusion Buffer, sampel DNA 0,4 µl, resep primer untuk PCR, gel agarose 1,5%, 1x buffer

TBE, 5 µl sampel DNA, dan 5 µl DNA ladder.

2.2. Metode

2.2.1. Pewarisan sifat

Tabel angka random digunakan untuk melakukan pengacakan jenis gamet jantan

dan gamet betina yang akan bertemu menjadi zygote atau individu anak (keturunan). Satu

3
angka terakhir dari angka random digunakan dengan ketentuan untuk angka random ganjil

mewakilli gamet yang mengandung alel A dengan efek terhadap fenotipa warna Emas dan

angka random genap mewakili gamet yang mengandung alel a dengan efek terhadao

fenotipa warna normal. Setiap individu anak atau keturunan diberi identitas berupa nomor

individu diperoleh dengan cara satu angka random dipilih secara acak, kemudian tulis alel

tersebut pad akolom lalu dilanjutkan membaca angka random kebawah atau kearah kanan,

setelah itu ditulis alelnya pada kolom 3 gabungkan alel yang telah diperoleh untuk

mendapatkan kombinasi gen Zygote dan dituliskan hasilnya semisal Aa pada kolom 4.

Laukan prosedur tersebut diatas sampai 60 keturunan. Kemudian fenotipa anak dituliskan

pada kolom 5 dan dilakukan dengan cara:

a. Bagi kelompok dengan nomor ganjil maka berlaku ketentuan alel A bersifat

DOMINAN terhadap alel a, sehingga fenotipa untuk masing-masing jenis kombinasi gen

sebagai berikut :

Kombinasi gen Fenotipa


AA Emas
Aa Emas
Aa Normal
b. Bagi kelompok dengan nomor genap maka berlaku ketentuan alel A bersifat

KODOMINAN terhadap alel a, sehingga fenotipa untuk masing-masing jenis kombinasi

gen sebagai berikut :

Kombinasi gen Fenotipa


AA Emas
Aa Coklat

4
Aa Normal

Jenis kelamin anak ditentukan berdasarkan nomer individu, yaitu anak dengan

nomor ganjil berjenis kelamin jantan dan anak dengan nomor genap berjenis kelamin betin.

Hasil praktikum diuji apakah sesuai dengan fenotipik dalam pewarisan sifat monohibrid

menurut hukum mendel 1 yaitu :

a. Pada peristiwa dominan maka rasio fenotipa warna Emas : Normal adalah 3 : 1

b. Pada peristiwa kodominan maka rasio fenotipa warna Emas : Coklat : Normal

adalah 1:2:1

Maka dilakukan uji dengan menggunakan UJI CHI SQUARE. Hasil uji chi square

dibandingkan dengan nilai Chi tabel yang diperoleh berdasarkan pedoman Derajat Bebas

kelas fenotipa yaitu k, dimana k adalah jumlah kelas fenotipa dan nilai peluang (alpha) 0,05

dan 0,01. Bila hasil chi square lebih kecil dari nilai chi tabel, maka hasil pengamatan masih

mengikuti atau tidak menyimpang dari hukum mendel 1 dan apalabila hasil chi square lebih

besar dari nilai chi tabel maka hasil pengamatan tidak mengikuti atau menyimpang dari

hukum mendel 1. Lalu ditulis kesimpulan hasil praktikum berdasarkan hasil uji tersebut.

2.2.2. Analisis Truss morfometrik

Ikan nila dimasukkan kedalam wadah yang berbeda untuk setiap stainnya. Larutan

bius disiapkan, satu persatu ikan nila dimasukkan kedalam larutan bius dan tunggu sampai

terbius sempurna. Bentuk morfologi ikan dari beberapa strain berbeda yang tidak normal

diamati dan diambil gambar lalu dihitung jumlah individu yang memiliki bentuk morfologi

tidak normal dan dituliskan pada tabel hasil pengamatan. Lalu, dilakukan pengukuran

panjang total, panjang standart dan parameter Truss morfometrikserta dituliskan pada tabel

5
pengamatan. Data hasil pengukuran jarak Truss morfometrik dikonversikan. Lalu dilakukan

analisisi statistik menggunakan analisis varian (anava) dan post hoc test untuk mengetahui

tingkat perbedaan truss morfometrik antar strain.

2.2.3. Molekuler

a. Penggunaan mikropipet

Kisaran volume masing-masing mikropipet diperhatikan, diatur dan digunakan

miropipet pada tiap volume yang ditentukan, lalu kemampuan ditunjukkan pada asisten

untuk penilaian.

b. Isolasi DNA (ekstraksi DNA menggunakan Membran Silika : PureLink Genomic

DNA Mini Kit)

1. Persiapan lysate

Tabung mikro 1,5 ml kosong ditimbang, kemudian dimasukkan sempel kedalam

tabung mikro 1,5 ml tersebut (sampel sekitar 10 mg) kemudian dihancurkan menggunakan

pellet pastel. Kemudian 180 µl genomic digestion buffer ditambahkan dan 20 µl proteinase

K, lalu dihomogenkan. Sampel diinkubasi pada waterbath dengan suhu 55°C sampai lisis

sempurna (2 jam). Sampel diambil dan disentrifugasi pada kecepatan maksimal dan pada

temperature ruangan selama 3 menit. Setelah sampel terpisah, supernatant dipindahkan

kedalam tabung mikro 1,5 ml yang baru. 20 µl RNAase A ditambahkan lalu dihomogenkan

dan diinkubasi pada termperature ruang selama 2 menit. 200 µl binding buffer

ditambahkan, dihomogenkan, dan 200 µl ethanol 96-100% ditambahkan kemudian

dihomogenkan selama 5 detik.

2. Binding dan wahing DNA

6
Sampel dimasukkan kedalam spin column dan disentrifugasi dengan keceptaan

maksimal pada temperature ruangan selama 5 menit. Lalu spin column dilepas dan

ditempatkan pad atabung yang baru. 500 µl Wash Buffer 1 yang telah ditambah ethanol

dimasukkan kedalam spin column dan kemudian disentrifugasi dengan kecepatan

maksimal pada temperature ruang selama 5 menit. Larutan dibuang pada tabung

penampung dan spin column dikembalikan ke posisi semula. 500 µl Wash Buffer 2 yang

telah ditambahkan ethnol ditambahkan dan disentrifugasi dengan kecepatan maksimal pada

temperature ruang selama 5 menit.

3. Eluting DNA

Spin column diletakkan pada tabung mikro 1,5 ml yang baru , elusi DNA dengan

ditambahkan 50 µl Elusion buffer kemudian diinkubasi pada temperature ruang selama 1

menit, lalu disentrifugasi dengan kecepatan maksimal pada temperature ruangan selama 5

menit dan sampel DNA akan tertampung didalam tabung mikro dan siap untuk disimpan

atau diproses selanjutnya.

c. Amplifikasi SNA menggunakan teknik PCR

Resep PCR dibuat, lalu resep yang sudah tercampur dibagi kedalam tabung PCR

(setiap tabung sebanyak 19 µl). lalu isolasi DNA 1 µl dimasukkan kedalam masing-masing

campuran resep primer yang ada pada tabung PCR kemudian divortex dan spindown.

Mesin PCRdinyalakan, selanjutnya tabung PCR yang berisi larutan sampel disusun sesuai

dengan urutan mesin PCR. Selanjutnya, mesin PCR disetting dengan 35 siklus, Tm 52°C.

setelah selesai, sampel diambil lalu mesin PCR dimatikan dan sampel hasil PCR divortex

dan dispindown lalu disimpan untuk dilakukan uji selanjutnya.

d. Elektroporesis DNA

7
` Gel agarose 1,5% disiapkan : Agarose 1,2 gram ditimbang lalu dimasukkan ke

dalam 72 ml aquades dan 8 ml 10x buffer TBE. Dipanaskan sambil diaduk secara rutin

sampai mendidih atau larutan berwarna jernih. Kemudian didiamkan dalam suhu ruang

sampai temperature siap dituang dan ditambahkan 5 µl Sybr safe gel staining, larutan gel

dituang pada cetakan yang telah disiapkan dan dipasangi sisir pada tempatnya, ditunggu

hingga mencapai termperature ruang dan gel terbentuk sempurna. Sisir dilepaskan dari gel

ahgarose, lalu sisir tersebut akan meninggalkan sumuran di gel agarose.

Setelah itu chamber elektroforesis disiapkan lallu gel agarose diletakkan pada

chamber. 1 x buffer Tbe dimasukkan hingga mengurangi permukaan gel agarose dan tidak

melampaui batas maksimal. 1 µl loading buffer dicampurkan dengan 5 µl sampel DNA lalu

campuran tersebut dimasukkan tepat kedasar sumuran yang ada di gel agarose. Satu

sumuran hanya digunakan untuk satu sampel. 5 µl DNA ladder dimasukkan pada sumuran

yang masih kosong lalu chamber elektroforesisi ditutup dan dijalankan elektroforesis

sampai pewarna DNA ladder mencapai 2/3 panjang gel agarose (45 menit). Power supply

dimatikan dan gel agarose diambil. Gel diamati dengan UV transiluminator.

8
III. HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1. Pewarisan Sifat

Tabel 1. Peristiwa Dominan 1

Frekuensi Frekuensi
Kelas Fenotipa (O-E) ±0,5
Pengamatan (O) Harapan (E)

Emas 26 31,5 -5 0,96

Normal 16 10,5 5 2,88

Jumlah 42 42 0 = 3,84

Tabel 2. Peristiwa Dominan 2


Frekuensi Frekuensi
Kelas Fenotipe (O-E)± 0,5
Pengamatan (O) Harapan (E)
Emas 32 37.5 -5 0.80
Normal 18 12.5 5
Jumlah 50 50 0 3.22

Tabel 3. Peristiwa dominan 3


Frekuensi Frekuensi
Kelas fenotip (O-E) ± 0,5 (O-E)2/E
pengamatan (O) harapan (E)
Emas 25 30,75 -5,25 1,07
Normal 16 10,25 5,25 3,22
Jumlah 41 41 0 Xn2 = 4,29

Tabel 4. Peristiwa Dominan 4


Kelas Frekuensi (O-E) ±0,5
Frekuensi
Harapan/ Teoritis
Fenotipa Pengamatan (O)
(E)
Emas 35 34,5 0,45 0.007

9
Normal 11 11,5 0,45 0,021
JUMLAH 46 46 0 0,028

Tabel 5. Peristiwa Dominan 5


Frekuensi Frekuensi
Kelas Fenotipe (O-E)± 0.5
Pengamatan (O) Harapan (E)
Emas 26 31,5 -5 0.96
Normal 16 10,5 5
Jumlah 42 42 0 3.84

Tabel 6. Peristiwa Kodominan 1


Frekuensi Frekuensi
Kelas Fenotipa (O-E)
Pengamatan (O) Harapan (E)

Emas 26 15 11 8,06

Coklat 18 30 -12 4,8


Normal 16 15 1 0,06

Jumlah 60 60 0 = 12,92

Tabel 7. Peristiwa Kodominan 2


Frekuensi Frekuensi
Kelas Fenotipe (O-E)
Pengamatan (O) Harapan (E)
Emas 32 15 17 19.27
Coklat 10 30 -20
Normal 18 15 3
Jumlah 60 60 0 33.2

Tabel 8. Peristiwa Kodominan 3


Frekuensi Frekuensi
Kelas fenotip (O-E) (O-E)2/E
pengamatan (O) harapan (E)

10
Emas 25 15 10 6,67
Coklat 19 30 -11 4,04
Normal 16 15 1 0,067
Jumlah 60 60 0 Xn2 = 10,78

Tabel 9. Peristiwa Kodominan 4


Kelas Frekuensi Frekuensi
(O-E)
Fenotipa Pengamatan (O) Harapan (E)

Emas 35 15 20 26,67
Coklat 14 30 -16 8,53
Normal 11 15 -4 1,07
JUMLAH 60 60 0 36,27

Tabel 10. Peristiwa Kodominan 5


Frekuensi Frekuensi
Kelas Fenotipe (O-E)
Pengamatan (O) Harapan (E)
Emas 26 15 11 8,06
Coklat 18 30 -12
Normal 16 15 1
Jumlah 60 60 0 12,92

11
Persilangan monohybrid merupakan persilangan antara dua individu dari spesies

yang sama dengan satu sifat beda. Persilangan monohybrid ini erat kaitannya dengan

hukum I mendel yang biasa disebut dengan hukum segragasi (pemisahan) yang menyatakan

bahwa pada saat pembentukan gamet terjadi segregasi alel-alel secara bebas, dari diplod

menjadi haploid. Menurut Wijayanto (2013) bahwa Persilangan monohibrid merupakan

persilangan dengan satu sifat beda Pada saat praktikum pewarisan monohibrid disilangkan

2 spesies yang sama dengan satu sifat yang berbeda sehingga hasil dari persilangan

monohybrid ini memiliki sifat yang sama dengan salah satu induknya.

Persilangan monohobrid dominan adalah persilangan dua individu sejenis yang

memerhatikan satu sifat beda dengan gen-gen yang dominan. Sifat dominan dapat dilihat

secara mudah yaitu sifat yang lebih banyak muncul pada keturunannya. Pada praktikum

kali ini alel A dominan terhadap alel a sehingga fenotip keturunan yang terbentuk yaitu AA

(Emas), Aa (Emas), aa (Normal), alel a akan tertutup oleh alel A karena alel A bersifat

dominan yang mampu menutup alel a yang bersifat resesif . Hal ini sesuai dengan referensi

bahwa pewarisan sifat dikendalikan oleh sepasang gen tunggal yang bersifat dominan dan

mengendalikan gen yang bersifat resesif (Oktarisna, 2013). Sedangkan, hasil praktikum

pada persilangan kodominan menghasilkan 3 fenotip yang berbeda yaitu AA (emas), Aa

(Coklat), aa (Normal). Hal ini terjadi karena tidak ada karakteristik dari induk yang bersifat

dominan ataupun resesif (Adni, 2018). Pada kelompok kodominan, rasio fenotipik

keturunan ikan menunjukkan adanya penyimpangan atau tidak sesuai dengan Hukum

Mendel 1, sedangkan kelompok dominan menunjukkan tidak adanya penyimpangan,

sehingga dapat dikatakan sesuai dengan Hukum Mendel 1.

12
13
3.2. Analisis Truss Morfometrik

Tabel 11. Signifikasi Manual


Rerata Ukuran Morfometrik (mm) + Sd
No Jarak Signifikansi
Strain Nila Merah Strain Nila Hitam
1 PT 141,500+9,277 152,4000+7,806 Signifikan
2 PS 111,800+8,052 120,500+7,764 Signifikan
3 1-2 0,089+0,006 0, 083+0,005 Signifikan
4 1-4 0,372+0,016 0,388+0,021 Tidak Signifikan
5 1-6 0,438+0,028 0,423+0,018 Tidak Signifikan
6 3-4 0,233+0,015 0,228+0,019 Tidak Signifikan
7 3-5 0,211+0,021 0,206+0,017 Tidak Signifikan
8 3-6 0,307+0,022 0,295+0,019 Tidak Signifikan
9 4-5 0,277+0,015 0,288+0,019 Tidak Signifikan
10 4-6 0,396+0,017 0,419+0,019 Signifikan
11 4-7 0,586+0,017 0,598+0,018 Tidak Signifikan
12 4-8 0,553+0,023 0,576+0.022 Signifikan
13 5-6 0,131+0,021 0,141+0,013 Tidak Signifikan
14 6-7 0.566+0,029 0,601+0,025 Signifikan
15 6-8 0,339+0,036 0,361+0,025 Tidak Signifikan
16 7-8 0,309+0,015 0,318+0,023 Tidak Signifikan
17 7-9 0,115+0,023 0,129+0,034 Tidak Signifikan
18 7-10 0,197+0,010 0,197+0,016 Tidak Signifikan
19 8-9 0,365+0,018 0,368+0,023 Tidak Signifikan
20 8-10 0,303+0,022 0,290+0,020 Tidak Signifikan
21 9-10 0,150+0,007 0,157+0,009 Tidak Signifikan

14
Tabel 12. Signifikasi Digital

Rerata Ukuran Morfometrik (mm) + Sd


No Jarak Signifikansi
Strain Nila Merah Strain Nila Hitam
1 PT 14,069+0,869 16,381+1,191 Signifikan
2 PS 11,292+0,749 12,923+0,929 Signifikan
3 1-2 0,059+0,006 0,064+0,009 Tidak Signifikan
4 1-4 0,396+0,019 0,387+0,014 Tidak Signifikan
5 1-6 0,426+0,016 0,415+0,013 Tidak Signifikan
6 3-4 0,242+0,016 0,246+0,015 Tidak Signifikan
7 3-5 0,262+0,017 0,255+0,014 Tidak Signifikan
8 3-6 0,369+0,014 0,371+0,018 Tidak Signifikan
9 4-5 0,259+0,016 0,277+0,009 Signifikan
10 4-6 0,397+0,012 0,409+0,011 Signifikan
11 4-7 0,553+0,056 0,599+0,010 Signifikan
12 4-8 0,546+0,022 0,576+0,021 Signifikan
13 5-6 0,139+0,015 0,143+0,009 Tidak Signifikan
14 6-7 0,559+0,016 0,571+0,048 Tidak Signifikan
15 6-8 0,335+0,017 0,357+0,027 Signifikan
16 7-8 0,292+0,011 0,309+0,008 Signifikan
17 7-9 0,097+0,011 0,097+0,01 Tidak Signifikan
18 7-10 0,191+0,014 0,198+0,015 Tidak Signifikan
19 8-9 0,347+0,018 0,354+0,018 Tidak Signifikan
20 8-10 0,524+0,764 0,273+0,023 Tidak Signifikan
21 9-10 0,151+0,008 0,152+0,009 Tidak Signifikan

15
Tabel 13. Abnormalitas
Strain Nila Hitam Strain Nila Merah
Bentuk Abnormal
N N % N N %
Sirip Anal tidak 0 10 0
1 10 10
terdapat duri keras

Studi morfometrik merupakan kajian yang bersangkutan dengan variasi dan

perubahan bentuk (ukuran dan bentuk) dari organisme atau objek, meliputi pengukuran

panjang dan analisis kerangka secara kuantitatif (Taqwin, 2014). Karakter morfometrik

dapat digunakan untuk mengetahui status allometrik positif, negative dan isometric . Status

allometrik positif merupakan status hubungan yang menunjukkan bahwa pertambahan

panjang total lebih lambat dibandingkan dengan panjang karakter morfometrik

pembandingnya. Status allometrik negatif merupakan status hubungan yang menunjukkan

bahwa pertambahan panjang total lebih cepat dibandingkan pertambahan karakter

morfometrik pembandingnya. Status isometrik merupakan status hubungan pertumbuhan

yang menunjukkan bahwa pertambahan panjang total sebanding dengan pertambahan

panjang karakter mrfometrik pembandingnya (Suryana, 2014).

Menurut Brezky & Doyle (1988) dalam Wijayanti (2017) bahwa Truss

morphometrics merupakan teknik yang dilakukan untuk mengukur jarak Truss

morphometrics pada bagian tertentu di luar tubuh, atas dasar titik-titik patokan (titik-titik

Truss morphometrics). Titik-titik Truss morphometrics saling dihubungkan oleh jarak

Truss morphometrics secara horizontal, vertikal dan diagonal, sehingga bentuk tubuh ikan

dapat dianalisis secara rinci dan spesifik. Oleh karena itu, teknik Truss morphometrics lebih

dianjurkan dibandingkan dengan morfometrik biasa karena pada metode morfometrik biasa

16
jarak jumlah truss nya sangat terbatas sehingga kurang mampu memberikan gambaran

bentuk tubuh.

Praktikum kali ini yaitu menganalisis antara ikan nila merah dan ikan nila hitam.

Parameter yang diamati yaitu jarak antar titik ujung mulut, ujung bibir atas, ujung posterior

mata, titik awal sirip dorsal, titik awal sirip pectoral, titik awal sirip perut, titik posterior

sirip dorsal, titik awal sirip anal, batas atas ekor dengan sirip ekor, batas bawah ekor

dengan sirip ekor. Analisis dilakukan secara manual dan secara digital. Berdasarkan hasil

secara manual dan secara digital terdapat perbedaan, pada pengukuran jarak antar titik

ujung mulut dan ujung bibir pada analisis secara manual mendapatkan hasil yang signifikan

sedangkan pada analisis menggunakan digital mendapatkan hasil tidak signifikan, hal ini

kemungkinan terjadi karena kurangnya ketelitian pada saat melakukan analisis sehingga

hasil antara analisis secara digital dan manual berbeda. Berdasarkan hasil praktikum baik

menggunakan analisis manual maupun analisis digital kemungkinan strain ikan nila merah

dan ikan nila hitam memiliki kekerabatan yang dekat hal ini terlihat adanya karakter yang

signifikan. Dikatakan signifikan karena karakter yang diamati antara dua strain tersebut

tidak jauh berbeda. Suparyanto et al (1999) dalam Suharyanto (2016) mengemukakan

bahwa nilai kesamaan ukuran badan memberikan penjelasan adanya percampuran yang

terukur antara strain satu dengan strain lainnya

Abnormalitas bentuk morfologis tersebut dinyatakan dengan kelainan atau

penyimpangan bentuk organorgan tubuh (deformitas) serta tidak seimbangnya (asimetris)

karakterisik meristik (jumlah) di antara pasangan organ-organ bilateral. Tingginya tingkat

deformitas dan fluktuasi asimetri karakteristik morfologis mengindikasikan rendahnya

keragaman genetis populasi ikan tersebut (Iswanto, 2015). Pada praktikum ini abnormalitas

17
yang terjadi pada ikan nila yaitu sirip anal yang tidak mempunyai tulang keras dari 10 ikan

hanya 1 ikan yang abnormalitas. Hal ini dapat terjadi karena adanya hubungan antara

abnormalitas morfologis dengan keragaman genetis dan karakterkarakter yang terkait

dengan daya tahan (fitness), seperti sintasan dan kerentanan terhadap serangan penyakit

(Iswanto, 2015).

3.3. Molekuler

Gambar 1. Hasil elektroforesis identifikasi bakteri vibrio periode 1

Ket : M (DNA marker : CSL-MDNA-100BPH), K (control)

Tabel 14. Hasil elektroforesis DNA


1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
Inm- Inm- NM NM NM NM NM NM NM NM
Inp NP1 NP2 NP3 NP4 K
a c a1 a2 a3 a4 c1 c2 c3 c4
+ + + - - - + + + + + + + + - +

19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
NM NM NM NM NM NM NM NM
NP1 NP2 NP3 NP4 K
a1 a2 a3 a4 c1 c2 c3 c4
+ - - + + + + + + + + - -

18
3.3.1. Mikropipet

Mikropipet merupakan alat yang biasa digunakan pada berbagai bidang, terutama

pada aktivitas ilmiah di laboratorium. Mikropipet ini merupakan alat yang berfungsi untuk

mentransfer larutan secara tepat dalam skala μL dimana pada ujungnya terdapat tip untuk

tempat larutan (Wulandari dan Yuni, 2017). Terdapat beberapa jenis mikropipet didasarkan

pada ukuran tipnya, yaitu P1000 (untuk menampung 200-1000 μL larutan), P200 (untuk

menampung 20-200 μL larutan), P20 (untuk 2-20 μL larutan), serta P10 (untuk menampung

1-10 μL larutan) (Seeley dan Demark, 1972). Selama pelaksanaan praktikum, digunakan

tiga jenis mikropipet yang berbeda yaitu White Tip (<10 µL), Yellow Tip (10-100 µL) dan

Blue Tip (100-1000 µL). Mikropipet digunakan mengikuti prosedur yang benar, dimana tip

yang digunakan untuk mengambil sampel atau larutan hanya boleh digunakan untuk sekali

pemakaian. Selain itu, pengatur volume tidak boleh diatur melebihi batas maksimum

volume tip. Adapun, prinsip atau cara penggunaan mikropipet secara baik dan benar seperti

dijelaskan oleh Widodo (2013) adalah sebagai berikut :

a) Sebelum digunakan Thumb Knob sebaiknya ditekan berkali-kali untuk memastikan

lancarnya mikropipet.

b) Tip bersih dimasukkan ke dalam Nozzle/ujung mikropipet.

c) Thumb Knob ditekan sampai hambatan pertama/first stop, jangan ditekan lebih ke

dalam lagi.

d) Tip dimasukkan ke dalam cairan sedalam 3-4 mm.

e) Tahan pipet dalam posisi vertikal kemudian tekanan dari Thumb Knob dilepaskan

maka cairan akan masuk ke tip.

19
f) Ujung tip dipindahkan ke tempat penampung yang diinginkan.Thumb Knob ditekan

sampai hambatan kedua/second stop atau tekan semaksimal mungkin maka semua

cairan akan keluar dari ujung tip. Jika ingin melepas tip putar Thumb Knob searah

jarum jam dan ditekan maka tip akan terdorong keluar dengan sendirinya, atau

menggunakan alat tambahan yang berfungsi mendorong tip keluar.

3.3.2. Isolasi DNA

Identifikasi molekuler memerlukan tahapan awal yaitu isolasi DNA genom. Isolasi

DNA pada dasarnya merupakan teknik yang dilakukan untuk mendapatkan DNA murni

yang tidak tercampur dengan komponen sel lainnya seperti protein dan karbohidrat melalui

serangkaian tahapan (Murtiyaningsih, 2017). Adapun pada praktikum ini, isolasi DNA

yang dilakukan menggunakan metode membrane silica dengan menggunakan PureLink

Genomic DNA mini Kits. PureLink Genomic DNA mini Kits adalah paket ekstraksi DNA

yang terdiri atas Lysis Buffer, Digestion Buffer, Wash Buffer 1, Wash Buffer 2, Elution

Buffer, RNAse, Proteinase K. Kit PureLink® Genomic DNA menggunakan kolom yang

prinsip kerjanya didasarkan pada ikatan selektif DNA pada membran berbahan silika dan

garam chaotropic sehingga dapat mengikat dan melepaskan DNA lebih efisien. Lysis buffer

pada kit ini telah dioptimasi untuk meningkatkan aktivitas proteinase K sebagai enzim yang

membantu dalam denaturasi protein (Mustafa et al., 2016). Isolasi DNA itu sendiri

bertujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat

sehingga dapat dianalisis lebih lanjut (Priyambodo, 2017). Pelaksanaan praktikum genetika

yang dilakukan menggunakan enam jenis sampel berbeda yang meliputi sampel dar ikan n

nila hitam, ikan nila merah B dan ikan nila merah D untuk grup A serta ikan nila putih, ikan

20
nila merah A serta ikan nila merah C untuk grup B. Adapun menurut Zunaedi (2013),

faktor-faktor yang dapat mempengaruhi keberhasilan isolasi DNA genom, antara lain:

a. Karakter sampel dari sel atau jaringan organism. Setiap organisme memiliki tipe sel

dan jaringan yang berfariasi, sehingga metode isolasi atau ekstraksi yang digunakan

harus sesuai dengan jenis karakter sampel.

b. Metode ekstraksi dan isolasi yang tepat. Metode yang ideal, akan beragam

tergantung dari jenis sel atau jaringan sampel, bagaimana sampel diperoleh dari

sumbernya, bagaimana sampel diperlakukan, dan bagaimana sampel disimpan

sebelum diekstrak DNA. Hal-hal tersebut akan menetukan keberhasilan isolasi

DNA.

c. Metode isolasi harus meminimalisasi degradasi DNA.

d. Upaya untuk meminimalisasikan degradasi DNA dapat dilakukan dengan cara

menghindari ekspor terhadap panas, cahaya, freeze-thow yang berulang-ulang, dan

vortex.

e. Kondisi laboratorium. Laboratorium harus dikondisikan dan diatur sedemikian rupa

untuk menghindarkan kemungkinan kontaminasi silang pada sampel.

f. Reagen atau senyawa yang digunakan. Dalam 5 tahapan utama isolasi DNA, reagen

memegang peranan penting yang akan menentukan keberhasilan isolasi DNA

genom. Kesesuaian reagen dengan karakter sel DNA genom harus menjadi dasar

pertimbangan dalam memilih metode ektraksi atau isolasi DNA genom.

3.3.3. Amplifikasi DNA

Amplifikasi DNA dapat didefinisikan sebagai suatu proses biologis di tingkat

molekuler dimana terjadi penggandaan atau perbanyakan sekuen DNA melalui serangkaian

21
tahapan (Mukherjee dan Storici, 2012). Penggandaan sekuen DNA itu sendiri merupakan

tahapan untuk identifikasi secara molekuler untuk menganalisis perbedaan ekspresi gen

antara organisme satu dengan yang lainnya. Teknik amplifikasi ini diketahui mampu

melipatgandakan untai DNA sampel sehingga dapat dianalisis dengan lebih jelas. Sejak

awal ditemukannya, teknik amplifikasi DNA yang banyak dan umum digunakan adalah

Polymerase Chain Reaction (PCR) (Feranisa, 2016).

Replikasi dan amplifikasi merupakan dua hal berbeda, dimana replikasi merupakan

proses biologis yang secara alami terjadi dalam proses sintesis protein tubuh, yaitu proses

melipatangandakan DNA baru dengan menggunakan sekuen DNA yang sudah ada melalui

beberapa model penggandaan yang mencakup konservatif, semi konservatif dan dispersif.

Selain itu, hal yang membedakan replikasi dari amplifikasi adalah komponen yang bekerja

dalam prosesnya, yang mencakup DNA, enzim helikase, enzim topoisomerase, enzim DNA

polimerase, dan enzim ligase (Zunaedi, 2013).

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi

DNA secara in vitro yang melibatkan beberapa tahap berulang (siklus) dan pada setiap

siklus terjadi duplikasi jumlah target DNA untai ganda (Handoyo dan Rudiretna, 2000).

Proses PCR melibatkan beberapa tahap yaitu: (1) pra-denaturasi DNA templat; (2)

denaturasi DNA templat; (3) penempelan primer pada templat (annealing); (4)

pemanjangan primer (extension) dan (5) pemantapan (postextension). Tahap (2) sampai

dengan (4) merupakan tahapan berulang (siklus), di mana pada setiap siklus terjadi

duplikasi jumlah DNA (Handoyo dan Rudiretna, 2000). Saat pelaksanaan praktikum,

tahapan amplifikasi diawali dengan menyiapkan resep primer dan isolat DNA yang

sebelumnya sudah diisolasi masing-masing sebanyak 19 μL dan 1 μL ke dalam tabung

22
PCR. Saat pelaksanaan praktikum, tahapan amplifikasi diawali dengan menyiapkan resep

primer dan isolat DNA yang sebelumnya sudah diisolasi masing-masing sebanyak 19 μL

dan 1 μL ke dalam tabung PCR. Komposisi resep primer untuk PCR berikut tahapannya

dapat dilihat pada tabel berikut :

Tabel 15. Resep Primer PCR

No. Bahan 20 µL 7x
1 Template 1 µL
2 Primer LCO2190 0,4 µL 2,8 µL
3 Primer HCO2198 0,4 µL 2,8 µL
4 My Taq HS Red Mix 2X 10 µL 70 µL
5 Water 8,2 µL 57,4 µL
Total 20 µL 63/7= 19 µL

Tabel 16. Tahapan PCR

No. Tahapan Temperatur Waktu Siklus


1 Pre-denaturasi 95 oC 3’ 1x
2 Denaturasi 95 oC 20”
3 Anneling 48 oC 20” 35 x
4 Extention 72 oC 30”
5 Post-Extention 72 oC 5’ 1x
6 End 30 oC 1’ 1x

Isolat dan primer lalu divortex dan dimasukkan ke dalam mesin spin down. Mesin

PCR disiapkan dengan cara memastikan bahwa aliran listrik stabil, lalu mulai menyalakan

mesin PCR. Tabung PCR disusun berdasarkan urutannya di dalam mesin, lalu mulai

dilakukan setting mesin dengan program Vibrio sebanyak 35 siklus. Proses amplifikasi di

23
dalam mesin lalu ditunggu hingga selesai, kemudian sampel diambil untuk divortex,

spindown dan siap untuk elektroforesis.

Terdapat beberapa faktor yang dapat menentukan tingkat keberhasilan teknik

amplifikasi DNA menggunakan PCR. Faktor-faktor itu antara lain deoksiribonukleotida

triphosphat (dNTP); oligonukleotida primer; DNA cetakan (template); komposisis larutan

buffer; jumlah siklus reaksi; enzim yang digunakan; dan faktor teknis dan non-teknis

lainnya, seperti kontaminasi (Feranisa, 2016). Seperti telah dipaparkan oleh Handoyo dan

Rudiretna (2000), keberhasilan suatu proses PCR sangat tergantung dari primer yang

digunakan. Selama berlangsungnya proses PCR, primer berfungsi sebagai pembatas

fragmen DNA target yang akan diamplifikasi dan sekaligus menyediakan gugus hidroksi (-

OH) pada ujung 3’ yang diperlukan untuk proses eksistensi DNA. Adapun, dalam proses

PCR dNTPs bertindak sebagai building block DNA yang diperlukan dalam proses ekstensi

DNA. dNTP akan menempel pada gugus –OH pada ujung 3’ dari primer membentuk untai

baru yang komplementer dengan untai DNA template (Newton dan Graham, 1994). Selain

itu, buffer berperan dalam menjaga pH medium agar proses amplifikasi dapat berlangsung,

sedangkan enzim polimerase DNA berfungsi sebagai katalisis untuk reaksi polimerisasi

DNA (Handoyo dan Rudiretna, 2000).

3.3.4. Elektroforesis

Elektroforesis adalah suatu proses yang dapat memisahkan atau memigrasikan

fragmen DNA pada matriks berpori di bawah pengaruh medan listrik. Elektroforesis

dilakukan untuk menentukan keutuhan DNA total (Novitasari et al., 2014). Prinsip teknik

elektroforesis adalah berdasarkan migrasi partikel bermuatan dibawah pengaruh medan

elektronik dalam kondisi yang konstan. Elektroforesis DNA memisahkan sampel DNA

24
berdasarkan atas ukuran (berat molekul) dan struktur fisik molekulnya. Gel yang biasa

digunakan antara lain agarosa. Elektroforesis gel agarosa dapat dilakukan untuk

memisahkan sampel DNA dengan ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000 pasang basa

(Sihotang, 2014).

Molekul DNA pada dasarnya bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik

akan bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif (anode). Makin besar ukuran

molekulnya, makin rendah laju migrasinya. Berat molekul suatu fragmen DNA dapat

diperkirakan dengan membandingkan laju migrasinya dengan laju migrasi fragmen-

fragmen molekul DNA standar (DNA marker) yang telah diketahui ukurannya. Visualisasi

DNA selanjutnya dilakukan di bawah paparan sinar ultraviolet setelah terlebih dahulu gel

dalam pembuatannya ditambahkan larutan etidium bromid. Cara lain untuk melihat

visualisasi DNA adalah gel direndam di dalam larutan etidium bromid sebelum dipaparkan

di atas sinar ultraviolet (media UV-transilluminator) (Theophilus, 2008).

Hasil elektroforesis yang dilakukan selama praktikum menunjukkan adanya hasil

positif berupa pita DNA yang tertera pada sumuran 1-3, sumuran 7-14, sumuran 22, serta

sumuran 25-32. Adapun ukuran pita DNA yang terdeteksi jika dibandingkan dengan

marker : CSL-MDNA-100BPH adalah sebesar >3000 BP pada sumuran 1-3 dan 700 BP

pada sumuran 4, 7-14, 16-17, 18-21, 24-31. Hasil elektroforesis yang tidak menunjukkan

adanya fragmen DNA terdapat pada sumuran 2, sumuran 5-6, sumuran 15-21, sumuran 23-

24 serta sumuran 33-35. Sambrook (1989) dalam Amalia (2013) mengidentifikasi

beberapa faktor utama yang menyebabkan hasil elektroforesis tak sesuai dengan yang

diharapkan. Hasil elektroforesis yang buruk seringkali disebabkan oleh banyaknya zat-zat

pengotor dalam DNA atau dengan kata lain DNA yang didapat tidak murni. Beberapa

25
faktor yang memengaruhi kemurnian DNA yakni tingkat kontaminasi protein dalam

larutan, faktor pengencer, serta daya absorbansi.

Hasil elektroforesis akan didapatkan pita-pita DNA yang terpisahkan berdasarkan

berat molekulnya. Tebal tipisnya pita yang terbentuk dari pita protein menunjukkan

kandungan atau banyaknya protein yang mempunyai berat molekul yang sama yang berada

pada posisi pita yang sama. Hal ini sejalan dengan prinsip pergerakan molekul bermuatan,

yakni molekul bermuatan dapat bergerak bebas di bawah pengaruh medan listrik, molekul

dengan muatan dan ukuran yang sama akan terakumulasi pada zona atau pita yang sama

atau berdekatan (Sudarmadji, 1996).

26
IV. KESIMPULAN DAN SARAN

4.1. Kesimpulan

Berdasarkan hasil dan pembahasan di atas dapat disimpulkan bahwa :

1. Untuk menentukan genotipa keturunan angka random ganjil mewakili gamet yang

mengandung alel A sedangkan angka random genap mewakili gamet yang

mengandung alel a

2. Pada kelompok kodominan, rasio fenotipa keturunan ikan menunjukkan adanya

penyimpangan atau tidak sesuai dengan hukum mendel I, sedangkan untuk

kelompok dominan menunjukkan adanya tidak ada penyimpangan atau sesuai

dengan hukum mendel I.

3. Pengukuran analisis variasi fenotipik biasa menggunakan metode morfometrik,

yakni membandingkan karakter-karakter morfologi luar individu yang dinyatakan

dalam kelipatan atau persentase. Adapun analisis truss morfometrik menggunanakan

cara manual hasilnya signifikasinya menunjukan non signifikan, sedangkan analisis

ANOVA dengan SPSS dan hasil olahan data aplikasi ImaJ menghasilkan data

signifikan dan non signifikan.

4. Ada tiga jenis ukuran mikropipet berdasarkan jenis tip nya yaitu White Tip (<10

µL), Yellow Tip (10-100 µL) dan Blue Tip (100-1000 µL).

5. Cara penggunaan mikropipet yaitu atur volume sampel yang dibutuhkan, pasang tip

sesuai dengan mikropipet, tekan "Plungger button" atau penyedot sampai batas

pertama, masukan tip kedalam sampel, ambil atau sedot sampel, pindahkan sampel

27
dengan cara menekan penyedot sampai batas kedua, lepaskan tekanan penyedot, dan

lepaskan tip.

6. Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu: (1) Isolasi sel; (2) Lisis dinding dan

membran sel; (3) Ekstraksi dalam larutan; (4) Purifikasi; dan (5) Presipitasi.

7. Amplifikasi DNA dilakukan dengan teknik PCR yang meliputi proses pre-

denaturasi, denaturasi, anneling, extention, dan post extention.

8. Elektroforesis sampel DNA menggunakan mesin elektroforesis dan diamati dengan

UV transiluminator. Hasil menunjukkan bahwa sampel tidak dapat ditentukan

ukurannya, karena marker tidak muncul atau tidak membentuk pita.

9. Cara membuat gel agarose yaitu dengan cara gel agarose ditimbang sebanyak 1

gram dan dimasukkan 5 mL 10x Buffer TBE dan 45 mL aquades dengan

mikropipet, gel agarose dipanaskan sambil diaduk di atas kompor listrik hingga

mendidih, diamkan hingga hangat-hangat kuku, tambahkan 5 µL Sybr safe gel

staining, larutan gel dituang pada cetakan yang telah dipasangi sisir, ditunggu 30

menit hingga gel mengeras.

10. Cara interpretasi hasil elektroforesis yaitu dengan melihat pita-pita sampel

dibandingkan dengan pita marka yang sudah diketahui panjang gelombangnya.

4.2. Saran

Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan praktikan diharapkan tertib dalam

praktikum agar acara dapat dilaksanakan dengan optimal. Pengolahan data harus teliti agar

pembahasan dan kesimpulan sesuai dengan data yang didapat.

28
DAFTAR PUSTAKA

Amalia, Annisa. 2013. Isolasi DNA dan Elektroforesis DNA Tanaman Bayam (Amaranthus
Sp.). https://www.scribd.com/doc/186803385/Laporan-Isolasi-DNA-Dan-
Elektroforesis. Diakses pada 24 Juni 2018.
Arumingtyas, E.L. 2016. Genetika Mendel Prinsip Dasar Pemahaman Ilmu Genetika. UB
Press. Malang.
Handoyo, D., Rudiretna A., 2000. Prinsip Umum dan Pelaksanaan Polymerase Chain
Reaction (PCR). Unitas 9 (1) : 18-29.
Iswanto, B., R. Suprapto. 2015. Abnormalitas Morfologis Benih Ikan Lelel Afrika (Clarias
gariepinus) Strain Mutiara. Media Akuakultur. 10(2):51-57.
Mukherjee, K., Storici F., 2012. A Mechanism of Gene Amplification Driven by Small
DNA Fragments. PLoS Genetics8(12):1-14.
Murtiyaningsih, H., 2017. Isolasi DNA Genom dan Identifikasi Kekerabatan Genetik
Nanas Menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA). Agritrop. 15(1)
: 23-30.
Mustafa, H., Indra R., dan Yusran U., 2016. Pengukuran Konsentrasi dan Kemurnian DNA
Genom Nyamuk Anopheles barbirostris. Jurnal Vektor Penyakit 10 (1) : 7-10.
Newton, C.R. dan A. Graham., 1994. Polymerase Chain Reaction. Bios Scientific Publisher
: London.
Novitasari, D. A., Roza E., Dewi I. R., 2014. Teknik Isolasi dan Elektroforesis DNA Total
pada Kryptopterus Apogon (Bleeker 1851) dari Sungai Kampar Kiri dan Tapung
Hilir Kabupaten Kampar Provinsi Riau. JOM FMIPA 1 (2) : 258-261.
Oktarisna, F.A., A. Soegianti, A.N. Sugiharto. 2013. Pola Pewarisan Sifat Warna Polong
Pada Hasil Persilangan Tanaman Buncis (Phaseolus vulgaris L.) Varietas Introduksi
Dengan Varietas Lokal. Jurnal Produksi Tanaman. 1(2): 81-90.
Priyambodo. 2017. Prinsip, Metode dan Teknik Isolasi DNA.
http://staff.unila.ac.id/priyambodo/archives/646. Diakses pada 6 Juni 2018.
Seeley, Jr., H.W., dan Demark, P.J.V., 1972. Selected Exercises from Microbes in Action, A
Laboratory Manual of Microbiology. W.H. Freeman and Co : San Fransisco.
Sihotang, Laurencius. 2014. Deteksi DNA Secara Visual Dengan Teknik Elektroforesis.
https://laurentsihotang.files.wordpress.com/2014/06/deteksi-dna-seara-visual-
dengan-teknik-elektroforesis.pdf. Diakses pada 7 Juni 2018.
Sudarmadji, S., 1996. Teknik Analisa Biokimiawi. Edisi Pertama. Liberty : Yogyakarta.

29
Suharyanto, R. Febrianti, Sularto. 2016. Karakterisasi Empat Populasi Ikan Gurami
(Osphronemus goramy Lac.) dan Persilangannya Berdasarkan Metode Truss
Morfometriks. Jurnal Riset Akuakultur. 11(2):125-135.
Taqwin, N.A.A., Q.Munawaroh,D.M.Sari, E.M.Suryani, D.A.Rahayu, D.Listyorini. 2014.
Studi Morfometrik dan Meristik Ikan Melem Biru (Osteochilus Sp.) Di Aliran
Sungai Ketro, Ponorogo, Jawa Timur. Proceeding Seminar Nasional Biodiversitas
V. Surabaya. 4 hal.
Theophilus, B.D.M. 2008. Principles and Medical Applications of the Polymerase Chain
Reaction. In: Molecular Biomethods Handbook Second Edition. Humana Press :
USA.
Widodo, L. U. 2013. Modul Dasar-Dasar Praktikum Mikrobiologi.
http://repository.ut.ac.id/4486/1/BIOL4445-M1.pdf. Diakses pada 6 Juni 2018.
Wijayanti, T., S.Suryaningsih, S. Sukmaningrum. 2017. Analisis Karakter Truss
Morphometrics Pada Ikan Kemprit (Ilisha megaloptera Swainson,1839) Familia
Pristigasteridae. Scripta Biologica. 4(2):109-112.
Wijayanto, D.A., R. Hidayat, M. Hasan. 2013. Penerapan Model Persamaan Diferensi
dalam Penentuan Probabilitas Genotip Keturunan dengan Dua Sifat Beda. Jurnal
Ilmu Dasar. 14(2):79-84. Feranisa, Anggun. 2016. Komparasi Antara Polymerase
Chain Reaction (PCR) Dan Loopmediated Isothermal Amplification (LAMP) dalam
Diagnosis Molekuler. ODONTO Dental Journal 3 (2) : 145-151.
Wulandari, M. I., 2017. Review: Studi Pustaka Peralatan yang Digunakan untuk Kultur Sel.
Farmaka 4 (4) : 209-222.
Zunaedi, P. 2013. Prinsip Manipulasi Gen. Erlangga : Jakarta.

30
LAMPIRAN

Lampiran 1. Tabulasi Hasil Pewarisan Sifat

 Tabel Hasil Perkawinan 1


No. Gamet Genotipa Fenotipa
Gamet Jantan Keterangan
Individu Betina Anak Anak
1 A A AA Emas Jantan
2 A A AA Emas Betina
3 A A AA Emas Jantan
4 A A Aa Coklat Betina
5 A a Aa Emas Jantan
6 A a aa Normal Betina
7 A a aa Normal Jantan
8 A a aa Normal Betina
9 A A Aa Emas Jantan
10 A a Aa Coklat Betina
11 A A AA Emas Jantan
12 A a Aa Coklat Betina
13 A a aa Normal Jantan
14 A a Aa Coklat Betina
15 A a aa Normal Jantan
16 A a aa Normal Betina
17 A A Aa Emas Jantan
18 A a Aa Coklat Betina
19 a A Aa Emas Jantan
20 a a aa Normal Betina
21 A a Aa Emas Jantan
22 A a Aa Coklat Betina
23 a a aa Normal Jantan
24 A A AA Emas Betina
25 a A Aa Emas Jantan
26 a a aa Normal Betina
27 a a aa Normal Jantan
28 a a aa Normal Betina
29 a a aa Normal Jantan
30 a A Aa Emas Betina
31 A A AA Emas Jantan
32 a A Aa Coklat Betina
33 A A AA Emas Jantan
34 A a Aa Coklat Betina
35 A A AA Emas Jantan
36 a A Aa Coklat Betina
37 a a aa Normal Jantan

31
38 A a Aa Coklat Betina
39 A a aa Normal Jantan
40 A a Aa Coklat Betina
41 A A Aa Emas Jantan
42 A A Aa Coklat Betina
43 A a Aa Emas Jantan
44 A A Aa Coklat Betina
45 A a Aa Emas Jantan
46 A a Aa Coklat Betina
47 A a aa Normal Jantan
48 A a Aa Coklat Betina
49 A A AA Emas Jantan
50 A A Aa Coklat Betina
51 A a Aa Emas Jantan
52 A A AA Emas Betina
53 A A AA Emas Jantan
54 A A AA Emas Betina
55 A a Aa Emas Jantan
56 A A AA Emas Betina
57 A a aa Normal Jantan
58 A A Aa Coklat Betina
59 A a Aa Emas Jantan
60 A A AA Emas Betina

 Tabel Hasil perkawinan 2


No. Gamet Genotipe
Fenotipe Anak Keterangan
Individu Jantan Betina Anak

1 a a aa Normal Jantan
2 a a aa Normal Betina
3 A a Aa Emas Jantan
4 A a Aa Coklat Betina
5 A a Aa Emas Jantan
6 A A AA Emas Betina
7 A A AA Emas Jantan
8 a a aa Norma; Betina
9 A A AA Emas Jantan
10 a a aa Normal Betina

32
11 a A Aa Emas Jantan
12 A A AA Emas Betina
13 a A Aa Emas Jantan
14 a A Aa Coklat Betina
15 a A Aa Emas Jantan
16 A A AA Emas Betina
17 A a Aa Emas Jantan
18 A a Aa Coklat Betina
19 A a Aa Emas Jantan
20 A a Aa Coklat Betina
21 a a Aa Normal Jantan
22 a a Aa Normal Betina
23 a a Aa Normal Jantan
24 A a Aa Coklat Betina
25 A A Aa Emas Jantan
26 A A AA Emas Betina
27 A A AA Emas Jantan
28 A A AA Emas Betina
29 A a Aa Emas Jantan
30 A a aa Normal Betina
31 A A Aa Emas Jantan
32 a a Aa Normal Betina
33 a A Aa Emas Jantan
34 a a aa Normal Betina
35 a a Aa Normal Jantan
36 a A Aa Coklat Betina
37 a A Aa Emas Jantan

33
38 A A AA Emas Betina
39 a a aa Normal Jantan
40 A A AA Emas Betina
41 A A AA Emas Jantan
42 a a aa Normal Betina
43 A a Aa Emas Jantan
44 A a Aa Coklat Betina
45 a A Aa Emas Jantan
46 a A Aa Coklat Betina
47 A a Aa Emas Jantan
48 a a aa Normal Betina
49 a A Aa Emas Jantan
50 a a aa Normal Betina
51 A a Aa Emas Jantan
52 a A Aa Coklat Betina
53 A A AA Emas Jantan
54 a a aa Normal Betina
55 a a aa Normal Jantan
56 A A AA Emas Betina
57 A a Aa Emas Jantan
58 a a aa Normal Betina
59 a A Aa Emas Jantan
60 A a Aa Coklat Betina

 Tabel Hasil Perkawinan 3


No
Gamet Jantan Gamet Betina Genotipe Anak Fenotipe Anak Keterangan
individu.
1 A A AA Emas Jantan

34
2 A a Aa Coklat Betina
3 a a aa Normal Jantan
4 a A Aa Coklat Betina
5 A a Aa Emas Jantan
6 a a aa Normal Betina
7 a a aa Normal Jantan
8 A a Aa Coklat Betina
9 A a Aa Emas Jantan
10 A a Aa Coklat Betina
11 a a aa Normal Jantan
12 A a Aa Coklat Betina
13 a a aa Normal Jantan
14 a A Aa Coklat Betina
15 A A AA Emas Jantan
16 A A AA Emas Betina
17 A a Aa Emas Jantan
18 a A Aa Coklat Betina
19 a a aa Normal Jantan
20 a a aa Normal Betina
21 a A Aa Emas Jantan
22 A a Aa Coklat Betina
23 A a Aa Emas Jantan
24 A a Aa Coklat Betina
25 A A AA Emas Jantan
26 A A AA Emas Betina
27 A a Aa Emas Jantan
28 A a Aa Coklat Betina

35
29 A a Aa Emas Jantan
30 A a Aa Coklat Betina
31 A a Aa Emas Jantan
32 A a Aa Coklat Betina
33 A A Aa Emas Jantan
34 A A Aa Coklat Betina
35 A a Aa Emas Jantan
36 A A Aa Coklat Betina
37 A A Aa Emas Jantan
38 A A Aa Coklat Betina
39 A A AA Emas Jantan
40 A a aa Normal Betina
41 A a Aa Emas Jantan
42 A A Aa Coklat Betina
43 A A AA Emas Jantan
44 A a aa Normal Betina
45 A a aa Normal Jantan
46 A a aa Normal Betina
47 A a aa Normal Jantan
48 A A Aa Coklat Betina
49 A a Aa Emas Jantan
50 A A AA Emas Betina
51 A a aa Normal Jantan
52 A A AA Emas Betina
53 A A AA Emas Jantan
54 A a aa Normal Betina
55 A a aa Normal Jantan

36
56 a a aa Normal Betina
57 A A AA Emas Jantan
58 a A Aa Coklat Betina
59 A a Aa Emas Jantan
60 A a Aa Coklat Betina

 Tabel Hasil perkawinan 4


No. Gamet
Genotipe Anak Fenotipe Anak Keterangan
Individu Jantan Betina
1 A a Aa Emas Jantan
2 A A AA Emas Betina
3 a a aa Normal Jantan
4 A a Aa Coklat Betina
5 a A AA Emas Jantan
6 A a Aa Coklat Betina
7 a A Aa Emas Jantan
8 a a Aa Normal Betina
9 A a Aa Emas Jantan
10 A a Aa Coklat Betina
11 A a Aa Emas Jantan
12 A A AA Emas Betina
13 a a aa Normal Jantan
14 a A Aa Coklat Betina
15 a A Aa Emas Jantan
16 A a Aa Coklat Betina
17 A A AA Emas Jantan
18 A a Aa Coklat Betina

37
19 a a aa Normal Jantan
20 a A Aa Coklat Betina
21 A a Aa Emas Jantan
22 A A AA Emas Betina
23 a A Aa Emas Jantan
24 a a aa Normal Betina
25 a A Aa Emas Jantan
26 A a Aa Coklat Betina
27 a a aa Normal Jantan
28 a a aa Normal Betina
29 A a Aa Emas Jantan
30 A a Aa Coklat Betina
31 A a Aa Emas Jantan
32 A a Aa Coklat Betina
33 a A Aa Emas Jantan
34 a a aa Normal Betina
35 A a Aa Emas Jantan
36 a a aa Normal Betina
37 A a Aa Emas Jantan
38 a a aa Normal Betina
39 A A AA Emas Jantan
40 a a aa Normal Betina
41 a a aa Normal Jantan
42 A a Aa Coklat Betina
43 a A Aa Emas Jantan
44 a A Aa Coklat Betina
45 A A AA Emas Jantan

38
46 A A AA Emas Betina
47 a A Aa Emas Jantan
48 A A AA Emas Betina
49 A A AA Emas Jantan
50 A A AA Emas Betina
51 a A Aa Emas Jantan
52 A a Aa Coklat Betina
53 a A Aa Emas Jantan
54 A A AA Emas Betina
55 A A AA Emas Jantan
56 a A Aa Coklat Betina
57 A A AA Emas Jantan
58 A A AA Emas Betina
59 A A AA Emas Jantan
60 a A Aa Coklat Betina

 Tabel Hasil Perkawinan 5


No. Gamet Genotipe Anak Fenotipe Anak Keterangan
Individu
Jantan Betina
1 A A AA Emas Jantan
2 A A AA Emas Betina
3 A A AA Emas Jantan
4 A a Aa Coklat Betina
5 a A Aa Emas Jantan
6 a a aa Normal Betina
7 a a aa Normal Jantan
8 a a aa Norma; Betina

39
9 A a Aa Emas Jantan
10 A a Aa Coklat Betina
11 A A AA Emas Jantan
12 A a Aa Coklat Betina
13 a a aa Normal Jantan
14 A a Aa Coklat Betina
15 a a aa Normal Jantan
16 a a aa Normal Betina
17 a A Aa Emas Jantan
18 A a Aa Coklat Betina
19 a A Aa Emas Jantan
20 a a aa Normal Betina
21 A a Aa Emas Jantan
22 A a Aa Coklat Betina
23 a a aa Normal Jantan
24 A A AA Emas Betina
25 a A Aa Emas Jantan
26 a a aa Normal Betina
27 a a aa Normal Jantan
28 a a aa Normal Betina
29 a a aa Normal Jantan
30 a A Aa Coklat Betina
31 A A AA Emas Jantan
32 a A Aa Coklat Betina
33 A A AA Emas Jantan
34 A a Aa Coklat Betina
35 A A AA Emas Jantan

40
36 a A Aa Coklat Betina
37 a a aa Normal Jantan
38 A a Aa Coklat Betina
39 a a aa Normal Jantan
40 A a Aa Coklat Betina
41 a A Aa Emas Jantan
42 a A Aa Coklat Betina
43 A a Aa Emas Jantan
44 a A Aa Coklat Betina
45 A a Aa Emas Jantan
46 A a Aa Coklat Betina
47 a a aa Normal Jantan
48 A a Aa Coklat Betina
49 A A AA Emas Jantan
50 a A Aa Coklat Betina
51 A a Aa Emas Jantan
52 A A AA Emas Betina
53 A A AA Emas Jantan
54 A A AA Emas Betina
55 A a Aa Emas Jantan
56 A A AA Emas Betina
57 a a aa Normal Jantan
58 a A Aa Coklat Betina
59 A a Aa Emas Jantan
60 A A AA Emas Betina

41
Lampiran 2. Hasil Analisis Truss Morfometrik

 Manual

ANOVA

Sum of Squares df Mean Square F Sig.

P_T Between Groups 594.050 1 594.050 8.083 .011

Within Groups 1322.900 18 73.494

Total 1916.950 19

P_S Between Groups 378.450 1 378.450 6.049 .024

Within Groups 1126.100 18 62.561

Total 1504.550 19

P1_2 Between Groups .000 1 .000 7.079 .016

Within Groups .001 18 .000

Total .001 19

P1_4 Between Groups .001 1 .001 3.989 .061

Within Groups .006 18 .000

Total .008 19

P1_6 Between Groups .001 1 .001 2.033 .171

Within Groups .010 18 .001

Total .011 19

P3_4 Between Groups .000 1 .000 .338 .568

Within Groups .005 18 .000

Total .005 19

P3_5 Between Groups .000 1 .000 .304 .588

Within Groups .007 18 .000

Total .007 19

P3_6 Between Groups .001 1 .001 1.650 .215

Within Groups .008 18 .000

Total .009 19

P4_5 Between Groups .001 1 .001 1.880 .187

Within Groups .006 18 .000

Total .006 19

42
P4_6 Between Groups .003 1 .003 8.043 .011

Within Groups .006 18 .000

Total .009 19

P4_7 Between Groups .001 1 .001 2.368 .141

Within Groups .005 18 .000

Total .006 19

P4_8 Between Groups .003 1 .003 5.416 .032

Within Groups .009 18 .000

Total .011 19

P5_6 Between Groups .000 1 .000 1.450 .244

Within Groups .006 18 .000

Total .006 19

P6_7 Between Groups .006 1 .006 8.318 .010

Within Groups .013 18 .001

Total .019 19

P6_8 Between Groups .002 1 .002 2.262 .150

Within Groups .018 18 .001

Total .020 19

P7_8 Between Groups .000 1 .000 1.028 .324

Within Groups .007 18 .000

Total .008 19

P7_9 Between Groups .001 1 .001 1.187 .290

Within Groups .015 18 .001

Total .016 19

P7_10 Between Groups .000 1 .000 .015 .905

Within Groups .003 18 .000

Total .003 19

P8_9 Between Groups .000 1 .000 .063 .805

Within Groups .008 18 .000

Total .008 19

P8_10 Between Groups .001 1 .001 1.955 .179

43
Within Groups .008 18 .000

Total .009 19

P9_10 Between Groups .000 1 .000 3.479 .079

Within Groups .001 18 .000

Total .001 19

 Digital

ANOVA

Sum of Squares df Mean Square F Sig.

P_T Between Groups 26.734 1 26.734 24.579 .000

Within Groups 19.578 18 1.088

Total 46.312 19

P_S Between Groups 13.306 1 13.306 18.881 .000

Within Groups 12.685 18 .705

Total 25.991 19

P1_2 Between Groups .000 1 .000 1.476 .240

Within Groups .001 18 .000

Total .001 19

P1_4 Between Groups .000 1 .000 1.466 .242

Within Groups .005 18 .000

Total .006 19

P1_6 Between Groups .001 1 .001 2.746 .115

Within Groups .004 18 .000

Total .004 19

P3_4 Between Groups .000 1 .000 .369 .551

Within Groups .004 18 .000

Total .004 19

P3_5 Between Groups .000 1 .000 1.267 .275

Within Groups .004 18 .000

Total .005 19

P3_6 Between Groups .000 1 .000 .109 .745

44
Within Groups .004 18 .000

Total .005 19

P4_5 Between Groups .001 1 .001 8.965 .008

Within Groups .003 18 .000

Total .004 19

P4_6 Between Groups .001 1 .001 5.351 .033

Within Groups .002 18 .000

Total .003 19

P4_7 Between Groups .011 1 .011 6.603 .019

Within Groups .030 18 .002

Total .040 19

P4_8 Between Groups .005 1 .005 9.492 .006

Within Groups .009 18 .000

Total .013 19

P5_6 Between Groups .000 1 .000 .529 .477

Within Groups .003 18 .000

Total .003 19

P6_7 Between Groups .001 1 .001 .508 .485

Within Groups .024 18 .001

Total .024 19

P6_8 Between Groups .002 1 .002 4.572 .046

Within Groups .009 18 .001

Total .011 19

P7_8 Between Groups .001 1 .001 6.960 .017

Within Groups .002 18 .000

Total .002 19

P7_9 Between Groups .000 1 .000 .021 .886

Within Groups .002 18 .000

Total .002 19

P7_10 Between Groups .000 1 .000 .927 .348

Within Groups .004 18 .000

45
Total .004 19

P8_9 Between Groups .000 1 .000 .762 .394

Within Groups .006 18 .000

Total .006 19

P8_10 Between Groups .316 1 .316 1.082 .312

Within Groups 5.262 18 .292

Total 5.578 19

P9_10 Between Groups .000 1 .000 .008 .932

Within Groups .001 18 .000

Total .001 19

Lampiran 3. Ikan Nila untuk Analisis Truss Morfometri

 Ikan Nila strain Merah

46
 Ikan Nila strain Hitam

47
48
Lampiran 4. Dokumentasi Kegiatan Praktikum

Pengambilan sampel Menghancurkan Penambahan digestion Memvortex larutan


sampel dengan pellet buffer dan Proteinase sampel
pestle K

Menspin down larutan Penambahan Penambahan Elusion Sampel DNA pada


sampel lysis/bunding buffer buffer tabung mikro

Membuat resep primer Melakukan Pembuatan gel


Memasukkan sampel agarose
untuk PCR isolasi DNA kedalam amplifikasi DNA
campuran resep primer dengan PCR

Memasukkan sampel

49
ke dalam sumuran

Lampiran 5. Alat dan Bahan Praktikum Acara Molekuler

Alat sentifugasi Waterbath Alat elektroforesis

Seperangkat alat PCR DNA ladder FloroSafe DNA stain

50