Anda di halaman 1dari 14

3.

Asam Nukleat Dan Replikasi DNA

A. Asam Nukleat
1. Pengertian Asam Nukleat
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan
unit monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel
hidup dan bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetic, kemudian
menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang
khas bagi masing-masing sel. Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya
deoksiribonukleotida , disebut asam deoksiribonukleotida (DNA) dan jika
terdiri- dari unit-unit ribonukleaotida disebut asam ribonukleaotida
(RNA). DNA (deoxyribonucleic acid) merupakan senyawa pembangun
gen yang bila diuraikan terdiri 3 komponen sederhana : (Anonymous b,
2011).
a. Senyawa base, yaitu amina heterosiklik yang dikenal sebagai purin\
(adenine = A, guanine = G) dan pirimidin (timin = T, sitosin = C, dan
urasil = U.
b. Gula berkarbon 5 (ribose atau 2-deoksiribosa),
c. Asam fosfat
DNA tersusun dari gula 2-deoksiribosa , basa-basa nitrogen adenine (A),
guanine (G), timin (T), dan sitosin (C). struktur DNA adalah heliks ganda
(double helix). Keteraturan DNA dikenal sebagai aturan pasangan basa
(base-pairing rules) yaitu jumlah adenine sama dengan jumlah tamin
(A=T), jumlah guanine sama dengan jumlah sitosin (G=C), jadi jumlah
basa purin sama dengan jumlah basa pirimidin (G+A = C+T) (Anonymous
c, 2011).

RNA berperan penting dalam sintesis protein yang berlangsung dalam


sitoplasma. Ada tiga bentuk RNA yang terdapat dalam sel, yaitu mRNA
(messenger RNA), rRNA (ribosom RNA), dan tRNA (transfer RNA).
Tiap bentuk RNA mempunyai bobot molekul dan komposisi yang
berlainan tetapi khas untuk tiap macam bentuk RNA. Ketiga RNA ini
terdiri atas rantai tunggal poliribonukleotida . RNA mempunyai bagian
untaian berganda yang terjadi akibat pembolakan rantai membentuk suatu
bentuk yang mirip tusuk konde. Proses hidrolisis lebih lanjut dari
monomer nukleotida akan dihasilkan asam fosfat dan nukleosida. Proses
hidrolisis ini dilakukan dalam suasana basa. Jika hidrolisis dilanjutkan
kembali terhadap senyawa nukleosida dalam larutan asam berair akan
dihasilkan molekul gula dan basa nitrogen dengan bentuk heterosiklik.
Sehingga komposisi molekul penyusun asam nukleat diketahui dengan
jelas, seperti yang ditunjukkan gambar 1hingga bagan pada Gambar 2.

Gambar1 Molekul sederhana asam nukleat

Gambar 2. Skema hidrolisis Asam nukleat


Asam nukleat dalam sel terdiri dari DNA (DeoxyriboNucleic Acid) dan
RNA (RiboNucleic Acid). Kedua jenis asam nukleat ini memiliki
perbedaan basa purin yang merupakan molekul penyusunnya. Untuk RNA
disusun oleh gula D-ribosa dan basa urasil. Sedangkan untuk DNA
disusun oleh gula 2-deoksi-D-ribosa yaitu gula D-ribosa yang kehilangan
gugus OH pada atom C nomor 2 dan basa timin (Anonymous b, 2011).

2. Struktur Molekul
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya
tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga
polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai
monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada
dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid
(RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam
nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA
gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya
mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga
dinamakan gula 2’-deoksiribosa. Perbedaan struktur lainnya antara DNA
dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik pada DNA maupun pada
RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik
(mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan,
yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin
(bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin
(monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan
guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan
RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin
(T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U).
Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi
nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil
(Anonymous c, 2011).

3. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat


Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam
nukleat. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat, pengaruh asam,
pengaruh alkali, denaturasi kimia, viskositas, dan kerapatan apung.
a) Stabilitas asam nukleat
Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun
struktur sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut
menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang
berpasangan. Padahal, sebenarnya tidaklah demikian. Ikatan hidrogen
di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan
ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada
dalam bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak
berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat, tetapi sekedar
menentukan spesifitas perpasangan basa. Penentu stabilitas struktur
asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking
interactions) antara pasangan-pasangan basa. Permukaan basa yang
bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan
dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi
kuat (Anonymous b, 2011).

b) Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu
lebih dari 100ºC, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna
menjadi komponen-komponennya. Namun, di dalam asam mineral
yang lebih encer, hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin
saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik
(Anonymous c, 2011).

c) Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya
perubahan status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH
akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto
menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah
proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan terputusnya
sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA
mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan
pada pH netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis
bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C
nomor 2 di dalam gula ribosanya (Anonymous b, 2011).

d) Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam
nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea
(CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif
tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen.
Artinya, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang
dan rantai ganda mengalami denaturasi.
e) Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat
tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat
mencapai beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut
berbentuk tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang
relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang
tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan
terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri
ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh(Anonymous b,
2011).

4. Sifat-sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat


Sifat spektroskopik-termal asam nukleat meliputi kemampuan absorpsi
sinar UV, hipokromisitas, penghitungan konsentrasi asam nukleat,
penentuan kemurnian DNA, serta denaturasi termal dan renaturasi asam
nukleat. Masing-masing akan dibicarakan sekilas berikut ini (Anonymous
b, 2011).
a) Absorpsi UV
b) Hipokromisitas
c) Penghitungan konsentrasi asam nukleat
d) Kemurnian asam nukleat
e) Denaturasi termal dan renaturasi

B. Replikasi DNA
1. Pengertian Teknologi DNA Rekombinan
Secara klasik analisis molekuler protein dan materi lainnya dari
kebanyakan organisme ternyata sangat tidak mudah untuk dilakukan
karena adanya kesulitan untuk memurnikannya dalam jumlah besar.
Namun, sejak tahun 1970-an berkembang suatu teknologi yang dapat
diterapkan sebagai pendekatan dalam mengatasi masalah tersebut melalui
isolasi dan manipulasi terhadap gen yang bertanggung jawab atas ekspresi
protein tertentu atau pembentukan suatu produk. Teknologi yang dikenal
sebagai teknologi DNA rekombinan, atau dengan istilah yang lebih
populer rekayasa genetika, ini melibatkan upaya perbanyakan gen tertentu
di dalam suatu sel yang bukan sel alaminya sehingga sering pula
dikatakan sebagai kloning gen. Teknologi DNA rekombinan mempunyai
dua segi manfaat. Pertama, dengan mengisolasi dan mempelajari masing-
masing gen akan diperoleh pengetahuan tentang fungsi dan mekanisme
kontrolnya. Kedua, teknologi ini memungkinkan diperolehnya produk gen
tertentu dalam waktu lebih cepat dan jumlah lebih besar daripada produksi
secara konvensional. Pada dasarnya upaya untuk mendapatkan suatu
produk yang diinginkan melalui teknologi DNA rekombinan melibatkan
beberapa tahapan tertentu. Tahapan-tahapan tersebut adalah isolasi DNA
genomik/kromosom yang akan diklon, pemotongan molekul DNA
menjadi sejumlah fragmen dengan berbagai ukuran, isolasi DNA vektor,
penyisipan fragmen DNA ke dalam vektor untuk menghasilkan molekul
DNA rekombinan, transformasi sel inang menggunakan molekul DNA
rekombinan, reisolasi molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan
analisis DNA rekombinan (Anonymous c, 2011).

2. Isolasi DNA
Isolasi DNA diawali dengan perusakan dan atau pembuangan dinding sel,
yang dapat dilakukan baik dengan cara mekanis seperti sonikasi, tekanan
tinggi, beku-leleh maupun dengan cara enzimatis seperti pemberian
lisozim. Langkah berikutnya adalah lisis sel. Bahan-bahan sel yang relatif
lunak dapat dengan mudah diresuspensi di dalam medium bufer
nonosmotik, sedangkan bahan-bahan yang lebih kasar perlu diperlakukan
dengan deterjen yang kuat seperti triton X-100 atau dengan sodium
dodesil sulfat (SDS). Biasanya pembuangan remukan sel dilakukan
dengan sentrifugasi. Protein yang tersisa dipresipitasi menggunakan fenol
atau pelarut organik seperti kloroform untuk kemudian disentrifugasi dan
dihancurkan secara enzimatis dengan proteinase. DNA yang telah
dibersihkan dari protein dan remukan sel masih tercampur dengan RNA
sehingga perlu ditambahkan RNAse untuk membersihkan DNA dari
RNA. Molekul DNA yang telah diisolasi tersebut kemudian dimurnikan
dengan penambahan amonium asetat dan alkohol atau dengan sentrifugasi
kerapatan menggunakan CsCl (Anonymous b, 2011).
Skema tahapan kloning gen
Teknik isolasi DNA tersebut dapat diaplikasikan, baik untuk DNA
genomik maupun DNA vektor, khususnya plasmid. Untuk memilih di
antara kedua macam molekul DNA ini yang akan diisolasi dapat
digunakan dua pendekatan. Pertama, plasmid pada umumnya berada
dalam struktur tersier yang sangat kuat atau dikatakan mempunyai bentuk
covalently closed circular (CCC), sedangkan DNA kromosom jauh lebih
longgar ikatan kedua untainya dan mempunyai nisbah aksial yang sangat
tinggi. Perbedaan tersebut menyebabkan DNA plasmid jauh lebih tahan
terhadap denaturasi apabila dibandingkan dengan DNA kromosom. Oleh
karena itu, aplikasi kondisi denaturasi akan dapat memisahkan DNA
plasmid dengan DNA kromosom (Anonymous b, 2011).

3. Enzim Restriksi
Tahap kedua dalam kloning gen adalah pemotongan molekul DNA, baik
genomik maupun plasmid. Perkembangan teknik pemotongan DNA
berawal dari saat ditemukannya sistem restriksi dan modifikasi DNA pada
bakteri E. coli, yang berkaitan dengan infeksi virus atau bakteriofag
lambda (l). Virus l digunakan untuk menginfeksi dua strain E. coli, yakni
strain K dan C. Jika l yang telah menginfeksi strain C diisolasi dari strain
tersebut dan kemudian digunakan untuk mereinfeksi strain C, maka akan
diperoleh l progeni (keturunan) yang lebih kurang sama banyaknya
dengan jumlah yang diperoleh dari infeksi pertama. Dalam hal ini,
dikatakan bahwa efficiency of plating (EOP) dari strain C ke strain C
adalah 1. Namun, jika l yang diisolasi dari strain C digunakan untuk
menginfeksi strain K, maka nilai EOP-nya hanya 10-4. Artinya, hanya
ditemukan l progeni sebanyak 1/10.000 kali jumlah yang diinfeksikan.
Sementara itu, l yang diisolasi dari strain K mempunyai nilai EOP sebesar
1, baik ketika direinfeksikan pada strain K maupun pada strain C. Hal ini
terjadi karena adanya sistem restriksi/modifikasi (r/m) pada strain K. Pada
waktu bakteriofag l yang diisolasi dari strain C diinfeksikan ke strain K,
molekul DNAnya dirusak oleh enzim endonuklease restriksi yang terdapat
di dalam strain K. Di sisi lain, untuk mencegah agar enzim ini tidak
merusak DNAnya sendiri, strain K juga mempunyai sistem modifikasi
yang akan menyebabkan metilasi beberapa basa pada sejumlah urutan
tertentu yang merupakan tempat-tempat pengenalan (recognition sites)
bagi enzim restriksi tersebut. Enzim restriksi dari strain K telah diisolasi
dan banyak dipelajari. Selanjutnya, enzim ini dimasukkan ke dalam suatu
kelompok enzim yang dinamakan enzim restriksi tipe I. Banyak enzim
serupa yang ditemukan kemudian pada berbagai spesies bakteri lainnya
(Anonymous c, 2011).

Pada tahun 1970 T.J. Kelly menemukan enzim pertama yang kemudian
dimasukkan ke dalam kelompok enzim restriksi lainnya, yaitu enzim
restriksi tipe II. Ia mengisolasi enzim tersebut dari bakteri Haemophilus
influenzae strain Rd, dan sejak saat itu ditemukan lebih dari 475 enzim
restriksi tipe II dari berbagai spesies dan strain bakteri. Semuanya
sekarang telah menjadi salah satu komponen utama dalam tata kerja
rekayasa genetika.

Enzim restriksi tipe II antara lain mempunyai sifat-sifat umum yang


penting sebagai berikut:

a. mengenali urutan tertentu sepanjang empat hingga tujuh pasang basa di


dalam molekul DNA
b. memotong kedua untai molekul DNA di tempat tertentu pada atau di
dekat tempat pengenalannya
c. menghasilkan fragmen-fragmen DNA dengan berbagai ukuran dan
urutan basa.
Pemberian nama kepada enzim restriksi mengikuti aturan sebagai berikut.
Huruf pertama adalah huruf pertama nama genus bakteri sumber isolasi
enzim, sedangkan huruf kedua dan ketiga masing-masing adalah huruf
pertama dan kedua nama petunjuk spesies bakteri sumber tersebut. Huruf-
huruf tambahan, jika ada, berasal dari nama strain bakteri, dan angka
romawi digunakan untuk membedakan enzim yang berbeda tetapi diisolasi
dari spesies yang sama (Anonymous c, 2011).

4. Ligasi Molekul – molekul DNA


Pemotongan DNA genomik dan DNA vektor menggunakan enzim
restriksi harus menghasilkan ujung-ujung potongan yang kompatibel.
Artinya, fragmen-fragmen DNA genomik nantinya harus dapat
disambungkan (diligasi) dengan DNA vektor yang sudah berbentuk linier.
Ada tiga cara yang dapat digunakan untuk meligasi fragmen-fragmen
DNA secara in vitro. Pertama, ligasi menggunakan enzim DNA ligase dari
bakteri. Kedua, ligasi menggunakan DNA ligase dari sel-sel E. coli yang
telah diinfeksi dengan bakteriofag T4 atau lazim disebut sebagai enzim T4
ligase. Jika cara yang pertama hanya dapat digunakan untuk meligasi
ujung-ujung lengket, cara yang kedua dapat digunakan baik pada ujung
lengket maupun pada ujung tumpul. Sementara itu, cara yang ketiga telah
disinggung di atas, yaitu pemberian enzim deoksinukleotidil transferase
untuk menyintesis untai tunggal homopolimerik (Anonymous b, 2011).

5. Transformasi Sel Inang


Tahap berikutnya setelah ligasi adalah analisis terhadap hasil pemotongan
DNA genomik dan DNA vektor serta analisis hasil ligasi molekul-molekul
DNA tersebut. menggunakan teknik elektroforesis (lihat Bab X). Jika hasil
elektroforesis menunjukkan bahwa fragmen-fragmen DNA genomik telah
terligasi dengan baik pada DNA vektor sehingga terbentuk molekul DNA
rekombinan, campuran reaksi ligasi dimasukkan ke dalam sel inang agar dapat
diperbanyak dengan cepat. Dengan sendirinya, di dalam campuran reaksi
tersebut selain terdapat molekul DNA rekombinan, juga ada sejumlah
fragmen DNA genomik dan DNA plasmid yang tidak terligasi satu sama lain.
Tahap memasukkan campuran reaksi ligasi ke dalam sel inang ini dinamakan
transformasi karena sel inang diharapkan akan mengalami perubahan sifat
tertentu setelah dimasuki molekul DNA rekombinan. Teknik transformasi
pertama kali dikembangkan pada tahun 1970 oleh M. Mandel dan A. Higa,
yang melakukan transformasi bakteri E. coli. Sebelumnya, transformasi pada
beberapa spesies bakteri lainnya yang mempunyai sistem transformasi alami
seperti Bacillus subtilis telah dapat dilakukan. Kemampuan transformasi B.
subtilis pada waktu itu telah dimanfaatkan untuk mengubah strain-strain
auksotrof (tidak dapat tumbuh pada medium minimal) menjadi prototrof
(dapat tumbuh pada medium minimal) dengan menggunakan preparasi DNA
genomik utuh. Baru beberapa waktu kemudian transformasi dilakukan
menggunakan perantara vektor, yang selanjutnya juga dikembangkan pada
transformasi E.coli.
Hal terpenting yang ditemukan oleh Mandel dan Higa adalah perlakuan
kalsium klorid (CaCl2) yang memungkinkan sel-sel E. coli untuk
mengambil DNA dari bakteriofag l. Pada tahun 1972 S.N. Cohen dan
kawan-kawannya menemukan bahwa sel-sel yang diperlakukan dengan
CaCl2 dapat juga mengambil DNA plasmid. Frekuensi transformasi
tertinggi akan diperoleh jika sel bakteri dan DNA dicampur di dalam
larutan CaCl2 pada suhu 0 hingga 5ºC. Perlakuan kejut panas antara 37
dan 45ºC selama lebih kurang satu menit yang diberikan setelah
pencampuran DNA dengan larutan CaCl2 tersebut dapat meningkatkan
frekuensi transformasi tetapi tidak terlalu esensial. Molekul DNA
berukuran besar lebih rendah efisiensi transformasinya daripada molekul
DNA kecil (Anonymous c, 2011).

6. Rekombinasi genetic Homologous memiliki Fungsi Ganda


Rekombinasi genetic homologous (juga disebut rekombinasi umum)
dihubungkan secara kuat dengan divisi sel pada eikaryotik. Proses yang
terjadi dlam frekuensi tinggi selama meiosis, proses yang mana sel
germline dengan dua pasangan kromosom yang cocok (sel diploid)
membagi untuk memproduksi satu set gamete—sel sperma atau ova pada
eukaryotic yang lebih tinggi masing-masing gamete memiliki satu anggota
untuk masing-masing pasangan kromosom (sel haploid) Setelah DNA
direplikasi selama profase I (profase divisi meiotic pertama), hasil salinan
DNA terasosiasi dengann sentromernya dan disebut sebagai kromatid
saudar. Masing-masing set molekul DNA homologous disusun sebagai
dua pasang kromatid. Informasi genetic ditukar antara kromatid genetic
homologour terdekat pada tahap meiosis dengan alat rekombinasi genetic
homologous. Proses ini melibatkan kerusakan dan penggabungan kembali
DNA. Pertukaran juga disebut pindah silang dan dapat diamati secara
sitologi. Pindah silang menghubungkan dua pasang kromatid saudara
bersama-sama pada titik yang disebut chiasmata (tunggal, chiasma). Hal
ini secara efektif menghubungkan keempat kromatid homologous
bersama-sama, dan hubungan ini sangat esensial untuk segregasi kromosm
yang tepat pada divisi sel meiotic berikutnya. Pendekatan awal,
rekombinasi atau pindah silang dapat terjadi dengan kemungkinan yang
sama pada hampir semua titik sepanjang kromosom homologous. Tipe
rekomendasi ini menyediankan setidak-tidaknya tiga fungsi yang bisa
diidentifikasi (Anonymous b, 2011).

a. tipe rekombinasi ini berkontribusi terhadap perbedaan genetic pada


populasi;
b. pada eukariot menyediakan penghubung sementara antara kromatid
yang secara nyata mengoreksi urutan segregasi pada kromosom ke
selanang pada divisi sel meiotic pertama.
c. berkontribusi untuk memperbaiki beberapa tipe kerusakan DNA.

7. Rekombinasi Homolog merupakan jalur penting untuk perbaikan DNA


Rekombinasi menyediakan jalan untuk perbaikan DNA yang akurat ketika
informasi susunan yang diperlukan tidak tersediadari strand yang
berpasangan denga strand yang rusak. Untuk menghindari kerusakan
kromosom dan memungkinkan perbaikan, daerah yang mengandung luka
harus mendapatkan strand komplemeter. Jalur rekombinas imembuat
penggunaan DNa homolog pada cabang lain dari cabang replikasi. Ketika
luka dibuat menjadi bagian duplex kerusakan dapat berangsur-angsur
diperbaiki. Perbaikan luka pad tipe ini telihat sebagai fungsi utama sistem
rekombinasi homolog pada setiap sel (Anonymous b, 2011).

DAFTAR PUSTAKA

Anonymous.b.(2011). http://www.scribd.com/doc/47569664/Makalah-Asam-
Nukleat. Diakses tanggal 20 November 2018
Anonymous.c.(2011). http://www.scribd.com/doc/41966467/Resume-Asam-Nukleat.
Diakses tanggal 20 November 2018