Pengelolaan meliputi pemilihan, perencanaan, pengadaan, penerimaan, penyimpanan,
pendistribusian, pemusnahan dan penarikan dan pengendalian. Pada prinsipnya sudah berjalan dengan baik akan tetapi masih dijumpai kendala dalam hal perencanaan di masing- masing depo yakni adanya obat slow moving, death stock dan obat hampir kadaluarsa. 2. Dalam hal melakukan perencanaan harus mempertimbangkan anggaran (menyesuaikan dengan pendapatan), sisa persediaan (dengan mempertimbangkan obat death stock, slow moving dan obat kadaluarsa) serta masukan dari masing-masing APJP depo farmasi. 3. Gudang kurang efektif karena ada 2 lokasi sehingga kurang optimal dan efisien dalam pengawasan maupun ketenagaan. 4. Rumah Sakit tidak mendapatkan izin dari pihak BLH untuk melakukan pemusnahan sendiri karena letak Rumah Sakit yang dekat dengan pemukiman penduduk sehingga pemusnahan melalui pihak ketiga.