Design Primer

1. Buka web NCBI (National Center for Biotechnology Information)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov lalu klil All database menjadi Nucleotide

2. Ketik nama ikan dan kata kunci lain dari gen penyandi yang akan dikerjakan, lalu klik
FASTA pada data yang akan digunakan
3. Sequence yang muncul di COPY

4. Buka web IDTDNA (Integrated DNA Technologies) https://www.idtdna.com lalu klik

PrimerQuest Tool di bagian bawah
5. Lakukan registrasi data untuk memiliki akun dengan cara klik Register

6. Paste sequence yang sudah di copy dari web ncbi

7. Ketik sequence name (sesuaikan nama spesies ikan dan gen yang dipilih, lalu klik Show
Custom Design Parameters

8. Ubah Amplication size (min & max) disesuaikan dengan jumlah basepair dari gen
yang dipilih, lalu klik Get Assays

9. Pilih data yang memiliki basepairs paling panjang, klik View Assay Detail
10. Lalu akan muncul hasil seperti di bawah ini, setelah itu copy sequence yang sudah
ditandai oleh forwad primer & reverse primer

11. Buka web NCBI ( National Center for Biotechnologi Information)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov lalu klik Blast pada daftar “Popular Resources”

12. Setelah itu klik Nucleotide BLAST

13. Paste data sequence produk amplicon lalu masukkan nama spesies ikan yang dipilih
dan klik BLAST

14. Muncul hasil sebagai berikut

Berdasarkan gambar diatas, primer yang telah didesain dan produk ampicon hasil dari desai
primer 100% identik dengan subject sequence Flounder growth hormone (fGH) mRNA,
complete cds yang ada pada gene bank. Dari 1 subject sequence terdapat 1 sequence yang
memiliki keidentikan 100% dengan produk amplicon yang dibuat.
 DESAIN PRIMER DAN ALIGNMENT
Disusun sebagai salah satu syarat untuk memenuhi tugas mata kuliah Bioteknologi Perikanan

Dela Nur’aini Kuswanda

230110160144
Kelas B Perikanan

UNIVERSITAS PADJADJARAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
PROGRAM STUDI PERIKANAN
SUMEDANG
2018