“Año del Diálogo y la Reconciliación Nacional”

E.AP:
Biotecnología

CICLO:
VI

CURSO:
Bioinformática

TEMA:

ANÁLISIS FILOGENÉTICO

INTEGRANTES:
● Zavaleta Reyes Ivan
● Blas Pardo Evelyne
● Estrada Salvador Luis
● Moncada Chávez Alexis
● Paredes Narvaez Helman
● Flores Machaca Fiorela

2018

ANÁLISIS FILOGENÉTICO DEL GÉNERO DE PECES DIPLECTRUM MEDIANTE COI

 I. INTRODUCCIÓN

La filogenia estudia las relaciones evolutivas. Un análisis filogenético además de indicar

relaciones evolutivas entre secuencias o especies, los cuales descienden de ancestros
comunes, también indican cuales son las distancias entre ellas. Los métodos de
reconstrucción filogenética más habituales asumen que todas las secuencias o especies
provienen de partir un ancestro común mediante bifurcaciones.

Los árboles filogenéticos se pueden construir a partir de alineamientos múltiples de

secuencias. Asumiendo que cada posición en el alineamiento es homóloga. Por lo tanto,
construir un buen alineamiento es esencial para la resolución del árbol.
La edición manual de los alineamientos es habitual para conseguir el mejor posible. La
mayoría de los programas de alineamiento nos dan una solución subóptima (la mejor
posible utilizando pocos recursos del sistema), por lo tanto resulta conveniente revisar los
alineamientos antes de realizar los árboles.

Existen múltiples programas para la reconstrucción de árboles filogenéticos a partir de

alineamientos de secuencias como :
★ Chromas es un visor de seguimiento libre para proyectos de secuenciación de
ADN simples que no requieren el montaje de múltiples secuencias. Chromas
tiene las siguientes características:
➢ Abre archivos de cromatograma “.ab1” de Applied Biosystems secuenciadores
de ADN.
➢ Abre archivos de formato cromatograma de SCF y ZTR creados por otros
secuenciadores o recuperados de bases de datos.
➢ Imprimir un cromatograma con opciones de zoom o Ajustar a una página,
eliminación automática de secuencia de baja calidad (cuando los datos de
calidad está disponible) o secuencias del vector.
➢ Secuencias de exportación en texto sin formato, formatos FASTA, FASTQ,
EMBL, GenBank o GCG, o formateados con numeración de base para la
presentación.
➢ Copiar la secuencia en el portapapeles como texto sin formato, formato FASTA
o FASTQ para pegar en otras aplicaciones.

★ MEGA es una herramienta integrada para la alineación de secuencia automática

y manual, inferir los árboles filogenéticos, bases de datos basadas en la Web de
minería, la estimación de las tasas de evolución molecular, y prueba de hipótesis
evolutivas.

★ Bioedit es un editor de alineación de secuencias biológicas. Una interfaz de

múltiples documentos intuitiva con características convenientes hace que la
alineación y la manipulación de secuencias relativamente fácil en su ordenador
de sobremesa. Varias opciones de manipulación y análisis de secuencias y
enlaces a programas de análisis externos facilitan un entorno de trabajo que le
permite ver y manipular secuencias con simples operaciones.
 CRITERIOS MORFOLÓGICOS

La familia Serranidae se compone de peces voraces que habitan zonas costeras de

todos los mares templados y tropicales, en torno a arrecifes de coral y de rocas.
Muchos de ellos pueden cambiar de sexo siendo ya adultos, otros son auténticos
hermafroditas. Su cuerpo está cubierto con escamas peinadas; los opérculos
presentan espinas (RAMOS 2004).

El género Diplectrum es endémico de América, está compuesto por nueve especies

en el Pacífico oriental y tres en el Atlántico occidental, todas son hermafroditas
sincrónicos (BORTONE 1977a, LÓPEZ et al. 2002). En Perú se han registrado las
nueve especies reportadas para el Pacífico oriental: D. conceptione, D. eumelum, D.
euryplectrum, D. labarum, D. macropoma, D. maximum, D. pacificum, D. rostrum y
D. sciuris, aunque esta última por confirmar (CHIRICHIGNO & CORNEJO 2001).

Diplectrum conceptione, tiene el cuerpo alargado y comprimido con la boca grande y

hocico algo romo, la mandíbula inferior ligeramente prolongada; ángulo del
preopérculo con 2 espinas centrales mucho más largas y fuertes, divergentes, y 4 a
6 espinas más o menos alargadas, el margen vertical aserrado (SÁNCHEZ
ROMERO 1973); una gran mancha amarilla sobre el costado por encima y delante
del ano, dorsal traslúcida débilmente moteada con oliva y naranja, margen rojo; aleta
anal amarilla; caudal olivácea con parche oscuro en su base (FAO 1995). Es una
especie hermafrodita, de hábitos carnívoros, su dieta se basa principalmente en el
consumo de eufáusidos (BLASKOVIC’ et al. 2008). Presenta desoves parciales
durante todo el año, con máximos entre junio y octubre (VERA 2008).

Comercialmente, sus tallas varían entre 12 y 23 cm LT, y se encuentra asociado

principalmente al “falso volador” Prionotus stephanophrys y al “chiri” Peprilus medius
(VERA 2008).

II. PROCEDIMIENTO

1. Descargar las secuencias (6F y 6R) y abrir en el programa Chromas, de ambas

secuencias borrar de los extremos los nucleótidos N y aquellos que tengan un menor a
30%.
2. Buscar secuencia 6R en el NCBI ( para conocer a qué género pertenece).
3. Blastear la secuencia anterior, seleccionar y descargar 1 secuencia que tengan
mayor % de identidad y de igual manera descargar también las secuencias de
Diplectrum y Pelecanus

4. Guardar las 5 secuencias en un sólo bloc de notas, y alinear en el programa Bioedit

)
5. Abrir las secuencias en el programa Bioedit (File-> Open->archivo)

6. Y luego alinear

7. Seleccionar modo “edit”, luego suprimir los

gaps de los extremos y editar los nucleótidos N
(reemplazar por un nucleótido complementario)
8. Seleccionar una de las secuencias e ir a Edit, clic en copy sequences to clipboard,
abrir un bloc de notas y pegar la secuencia y guardar

9. En el programa Mega, convertir el archivo exportado de Bioedit a formato MEGA

10. Al finalizar de la conversión aparecerá la siguiente ventana:
11. Seguir los siguientes pasos en el programa Mega, para obtener un árbol filogenético
por el método de la máxima verosimilitud.
III. RESULTADOS
- Análisis filogenético de la secuencia parcial del gen COI del género
Diplectrum. El árbol fue generado por él Evolutionary analysis by Maximum
Likelihood method utilizando el programa MEGA 6.06, las distancias
evolutivas se calcularon utilizando el método de máxima verosimilitud.
IV. DISCUSIÓN

El género Diplectrum se agrupa dentro de la familia Serranidae, que pertenece al orden

Perciformes. Todas ellas géneros de Diplectrum y se conocen popularmente con el nombre
de peces (Crego P, V., 2013). Los peces pertenecientes al género Diplectrum son uno de
los peces más estudiados a nivel ecológico, fisiológico y genético, aunque su origen y su
estado taxonómico siguen siendo poco claros.
La mayoría de los especialistas concuerda en que COI es un excelente marcador para
identificar «Molecular Operational Taxonomic Units» (MOTU), término que alude a grupos
de individuos con secuencias similares (Floyd et al., 2002; Blaxter, 2004; Blaxter et al.,
2005). La identificación de MOTU puede ser útil, tanto en estudios taxonómicos como en
estudios ecológicos o de especiación. COI es útil como “códigos de barras de ADN”, porque
en general muestran poca variación entre los miembros de la misma especie, y al mismo
tiempo la variación es suficiente como para distinguir a miembros de especies diferentes.
Por lo tanto, estas secuencias proporcionan un “sello” único para cada especie y son
adecuadas para determinar relaciones filogenéticas.
Diplectrum euryplectrum, Diplectrum formosum y Diplectrum pacificum, Diplectrum radiale,
Diplectrum bivittatum son morfológicamente similares y pueden hibridar de forma cruzada
en las áreas donde coexisten.

Los resultados indican que los individuos intermedios tienden a presentar una morfología
intermedia entre las subespecies de Diplectrum . Por lo tanto, el análisis de la variación
morfológica apoya la hipótesis de hibridación pues los resultados encontrados están de
acuerdo con las predicciones derivadas de esta. Adicionalmente, la mayor similitud entre las
poblaciones de las subespecies de Diplectrum podría indicar que se presenta un proceso de
introgresión genética entre estas dos subespecies previamente aisladas. (M. Juliana
Bedoya, 2012)
Lo que busca el método Máxima Parsimonia es encontrar la topología del árbol para un
grupo de secuencias que pueda ser explicada con el menor número de cambios de
caracteres (mutaciones). El algoritmo de MP calcula la probabilidad de esperanza de cada
nucleótido (o aminoácido) en el nodo ancestral (interno) e infiere la posibilidad de la
ocurrencia de cada topología para aquella probabilidad. Se trata de un proceso complejo,
principalmente porque hay diferente topologías de árboles que requieren diferentes
tratamientos matemáticos, lo que demanda actividad computacional elevada.
La máxima verosimilitud, en particular, posee las mayores ventajas como método de
búsqueda exhaustiva y produce el mayor número de árboles diferentes además de estimar,
para cada una de ellas, la probabilidad de representar el AF real. Esto permite al usuario
investigador soporte para comparar la mejor AF con la segunda mejor AF y estimar,
también, el intervalo de confianza. Sin embargo, cuanto mayor sea el número de secuencias
añadidas al estudio, mayor el tiempo y la actividad computacional, lo que muchas veces no
hace el método. (Pinto, 2010)

V. CONCLUSIONES :

Un análisis filogenético no sólo nos indica las relaciones evolutivas entre las secuencias o
especies, cuales descienden de ancestros comunes, también puede indicarnos cuales son
las distancias entre ellas, hay tres tipos de métodos de construcción: distancia, verosimilitud
y parsimonia.
Las relaciones filogenéticas del gen citocromo oxidasa I (COI), pone de manifiesto las
relaciones filogenéticas entre las especies del género Diplectrum: Diplectrum euryplectrum,
Diplectrum formosum y Diplectrum pacificum, Diplectrum radiale, Diplectrum bivittatum. Se
muestran como especies hermanas pero ya alejadas genéticamente.

Los alineamientos múltiples constituyen el primer paso para una cuantificación precisa de
grados de parentesco, ya que permiten obtener una matriz de distancias entre cada par de
secuencias, medidas en número de sustituciones. A partir de la matriz de distancias se
obtienen las longitudes de las ramas que definen el árbol filogenético, por los métodos de
distancias.

VI. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS:

★ José Gonzales (2014)El mejillón, un buen modelo para el estudio de la

fecundación y entender la infertilidad . Cientificos de la Universidad de Vigo
★ La variedad de la vida, de Colin Tudge (2001)
★ .Li, W-H (1997) “Molecular Evolution”. Sinauer Associates, Inc., Publishers
★ FLOYD, R., E. ABEBE, A. PAPERA & M. BLAXTER. 2002. Molecular barcodes
for soil nematode identification. Mol. Ecol. 11: 839-850.
★ Crego Prieto Victor (2013) Efecto de los impactos antropogénicos en las
relaciones entre especies de ecosistemas marinos. Oviedo: Universidad de
Oviedo, Servicio de Publicaciones de la universidad de Oviedo.
★ Astorga Marcela, Cardenas Leyla, Vargas Jaime. (2015) Phylogenetic
Approaches To Delimit Genetic Lineages Of The Mytilus Complex Of South
America: How Many Species Are There?. Chile.
★ M. Juliana Bedoya, O. E. (2012). Evidencia morfológica de hibridación entre las
subespecies . Rev. Biol. Trop.
★ Pinto, J. F. (2010). EPIDEMIOLOGIA MOLECULAR DO VÍRUS DA
IMUNODEFICIÊNCIA HUMANA DO TIPO I: MÉTODOS DE INFERÊNCIA
FILOGENÉTICA.
★ http://en.bio-soft.net/tree/MEGA.html
★ https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/filogenias.html
★ http://biologia.uab.es/biocomputacio/tutorial/sessio6/tutorialdnamit.htm