Pengertian Replikasi DNA

Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat. genom manusia pada satu sel terdiri
sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis tidak boleh ada
yang salah). Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke sel anak supaya informasi
genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). Replikasi hanya terjadi pada fase S (pada
mamalia), Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan selesai sebelum fase M.

Salah satu sumber kesalahan DNA adalah pada kesalahan replikasi yang dipengaruhi oleh
berbagai factor, diantaranya karena kondisi lingkungan dan kesalahan replikasi sendiri
sehingga menyebabkan terjadinya mutasi. Supaya replikasi sel dari generasi ke generasi tidak
terjadi kesalahan maka perlu ada repair DNA. Selain karena kesalahan replikasi, DNA juga
sangat rentan terhadap bahan kimia, radiasi maupun panas (hal yang dapat menyebabkan
mutasi pada DNA pada saat replikasi).

Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif karena semua DNA double helix. Hasil
replikasi DNA double strand. Kedua DNA parental strand bisa menjadi template yang
berfungsi sebagai cetakan untuk proses replikasi: Semikonservaative process. Primer strand :
Pada 3’ dia akan melepaskan 2P dipakai sebagai energy untuk menempelkan, tetapi pada 5’ P
tidak bisa dilepas karena ketiga P dibutuhkan sehigga tidak ada energy sehingga tidak pernah
terjadi sintesis dari 3’-5’, tetapi dari 5’-3’, jadi yang menambah selalu ujung 3’

Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA yaitu :

Enzim yang berperan dalam proses transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses transkripsi,
enzim yang berperan RNA polymerase. transkripsi DNA : terjadi pada saat akan terjadi
sintesis protein (ekspresi gen); yang dipakai cetakan hanya salah satu untai DNA(3’-5’)
replikasi DNA : sebelum fase mitosis (fase S) dalam siklus sel; kedua untai induk dipakai
sebagai cetakan untuk di replikasi.

DNA polymerase
Pada proses replikasi DNA terdapat enzim sentral, yaitu DNA polymerase. Pada proses
replikasi, DNA polymerase hanya bisa menempel pada gugus OH (hidroksil) dimana gugus
OH hanya ada pada ujung 3’ sedangkan ujung 5’ adalah ujung fosfat. (ciri utama DNA
polymerase). Ciri kedua: DNA polymerase tidak bisa mensintesis/ menempelkan DNA ke
pasangan-nya kalau tidak ada primer (lokomotif). Sifat dari DNA polymerase dia hanya bisa
mensintesis DNA dari arah 5’-3’ sehingga pertumbuhan dari 5’-3’ karena penambahan pada
ujung 3’, dimana pada ujung 3’ ada ujung hidroksil.
Ciri lain DNA polymerase: membutuhkan primer, tidak bisa mensintesis DNA tanpa adanya
primer, primer yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5 basa dan dilanjutkan DNA). DNA yang
dibutuhkan adalah DNA primase untuk meletakkan RNA pada tempatnya. DNA primase
untuk mensintesis RNA sebagai lokomotif (4-5 basa). Bila lokomotif sudah jadi maka akan
di-take over oleh DNA polymerase, dan yang ditambahkan adalah DNA.

Pada Proses replikasi di butuhkan titik awal (replication origin) biasa di singkat ORI. Contoh
pada plasmid (prokariot), terdapat proses replikasi yang dimulai pada replication origin dan
mengembang sampai dihasilkan 2 plasmid yang sama persis. Tetapi pada eukariot (mamalia)
lebih kompleks tetapi tetap membutuhkan replication origin.

Pada mamalia ada beberapa replication origin (replication bubble) yang akan bergabung satu
sama lain. DNA harus terbuka dahulu baru bisa digandakan. Origin replication disebut
sebagai unique sequence yang merupakan pertanda sebagai tempat proses/titik mulai
terjadinya replikasi, dimana ada protein tertentu yang akan mengenali sequence. Pada bakteri
(prokariot) hanya butuh satu titik ORI (origin of replication) sedangkan pada mamalia
(eukariot) butuh beberapa ORI karena kalau hanya 1 ORI akan butuh waktu 3 minggu untuk
mereplikasi 3 milyard DNA. Sehingga pada mamalia ada 30.000 titik ORI yang bekerja
secara bersamaan sehingga fase S untuk replikasi hanya butuh beberapa jam saja.

Untuk replikasi perlu sequence tertentu yaitu yang disingkat (ACS) merupakan urutan basa
yang sangat terjaga karena urutan basa tersebut dikenali oleh protein Origin Recognition
Complex (ORC) sehingga bila ORC mengenali sequence maka replikasi dapat dimulai. ORI
lebih global sedangkan ACS sudah pada sequence (pada urutan basa tertentu). Replikasi
terjadi pada fase S sedangkan transkripsi bisa terjadi pada fase S atau G1 dimana terjadi
sintesis protein maka bisa terjadi transkripsi.

Saat awal akan di mulainya repliaksi, pada G1 akhir ORC mengenali sequence ACS,
kemudian ada molekul lain, juga helikase yang membentuk pre-replicative complex (pre-
RC). selanjutnya pada fase S degradasi fosporilasi ORC, degradasi fosforilasi Cdc6 maka
terbentuk bubble replication. Helikase membuka pilinan, topoisomerase yang memotong
pada titik tertentu.
secara singkat dalam siklus sel : Pada fase G2/M sudah ada 2 copy. Pada fase G1 persiapan, S
proses replikasi, G2/M sudah selesai
Sumber:

Proses replikasi DNA

Pertama adanya replication origin, kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya RNA
primer synthesis. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan membuka
dengan bantuan helikase. Helikase akan menempel untuk membuka pilinan (helix). DNA
double helix (bentuk terpilin). Untuk mereplikasi bila bentuknya terpilin tidak akan pernah
bisa sehingga perlu dibuka pilinannya. Bila membuka pilinan pada salah satu ujung maka
ujung yang lain akan semakin kuat pilinannya sehingga perlu daerah tertentu yang dipotong
untuk membuka pilinan tesebut yang dilakukan oleh helikase. Perlu DNA primase untuk
membuat RNA primer sintesis, karena DNA polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada
primer.

Kemudian terjadi proses replikasi. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leading-strand
dan lagging strand. Dari ORI didapatkan 2 replication fork.

Ada ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication bubble.

Proses replikasi yang di perlukan utama:

1. ORI
2. Helikase
3. Replication bubble

Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. Merah RNA, Biru DNA. Bubble
semakin besar, replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork.
Replication fork pada plasmid
Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat antiparalel: 5’-3’ dan 3’-5’.
DNA polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5’-3’. Satu strain bisa secara
kontinyu disintesis yaitu yang 5’-3 (leading strain). Sementara yang 3’-5’ tidak bisa dibentuk,
tetapi tetap harus dibentuk dengan 5’-3’, sehingga perlu satu strain yang terbentuk dari small
discontinue peaces yang disebut sebagai lagging strain. Small peaces disebut okazaki
fragmen.

Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5’-3’ maka tinggal menambah saja. Sedangkan
pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3’-5’ maka hanya diam, tetapi pada titik tertentu
akan ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5’-3’ (okazaki fragmen:
fragmen2 potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging strain)-> Pada lagging
strand arahnya dari 3’-5’

Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada lagging
strand template. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer sehingga di
OF ada RNA-DNA hybrid. Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. Setelah itu untuk
menggantikan RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat exonuclease tetapi
juga bisa bersifat endonuclease, yaitu mereplace atau menempatkan dNTP. Pada saat RNA
dibuang maka akan digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru sampai hilang sama
sekali. Tetapi masih belum lengkap karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk
menempelkan. Akhirnya diperoleh 2 strain yang sama persis.

Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu:

- Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA
- Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding, untuk mencegah
DNA yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi).
- Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu.

DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang bertugas
untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi juga bisa
membentuk hairpins.
Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan sehingga
terbentuk hairpins. Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single strand binding
protein supaya tetap lurus dan tidak berbelok-belok.

Topoisomerase, cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah untuk
memutar karena sudah dipotong. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA yang
terpotong.

Protein aksesori:
Brace protein, : Replication factor C (RFC), supaya DNA polimerasenya menempelnya stabil
(tidak mudah terlepas dari DNA template).
Sliding-clamps protein, supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2.

Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan, tetapi proses pada
lagging bertahap. Ada DNA polimerase dan sliding clamps. Sintesis terjadi pada leading
strand terlebih dahulu. Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-
nya datang lagi. Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan
dengan DNA yang baru.
Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi, brace, clamp, DNA helicase, single-strand
binding protein, primase, topoisomerase.

Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung DNA). Bila tidak ada telomere
maka kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak 46 tetapi dalam bentuk
gandeng2 (tidak diketahui).

Chromosome end:
Pada lagging strand, di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan, RNA juga akan
dihilangkan, sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. Hal ini terjadi karena
menggunakan primer RNA untuk proses replikasi, dan RNA primer setelah replikasi harus
dibuang dan tidak bisa digantikan. Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase yang
dibuat berkali-kali. (slide 76: TTGGGGTTGGGTTGGGG). Telomer dibuat oleh enzim
telomerase. Telomer: ujung yang merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek
tidak akan menjadi masalah karena tidak mengkode apapun. Telomer diadakan untuk
mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan memendek. EXTENDS 3’ PRIMARY
GENE --> TELOMERE, dan enzim yang membuatnya : telomerase. Semua sel selain stem
sel tidak punya telomere. Pada saat sel replikasi maka akan selalu memendek. Sampai pada
suatu titik tertentu yang merupakan signal bagi sel untuk berhenti membelah. Karena
kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh panjangnya telomerase. Pada saat telomere
memendek sampai batas tertentu maka akan memberikan sinyal bagi sel untuk berhenti
membelah. Sedangkan pada stem sel yang memiliki telomerase, maka kemampuan
membelahnya tidak terbatas karena pada saat telomere habis maka telomerase akan
membentuk telomere baru. Hal ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel kanker
memiliki telomerase sehingga sel kanker dapat terus membelah. Manusia memiliki
kemampuan replikasi sel yang terbatas karena keterbatasan telomere, shg bila telomere habis
sel akan berhenti membelah.
Sumber:

Berikut gambar Video proses Replikasi DNA

Replikasi DNA

Replikasi DNA dimulai dengan membukanya DNA double helix pada suatu daerah yang
disebut replication fork.
Membukanya double helix ini disempurnakan oleh kerja enzim DNA helicase. Daerah
membukanya double helix DNA ini, terlihat dengan mikroskop electron seperti gelembung
(bubble), dan dengan demikan disebut sebagai suatu replication bubble.
Bubble ini akan mengalami peningkatan ukurannya sejalan dengan bergeraknya replication
fork pada DNA helix dalam dua arah

Enzim yang berperan dalam proses replikasi adalah :

1.Topoisomerase:
bertanggung jawab dalam proses dimulainya pembukaan double heliks DNA. Tegangan ikat
pada struktur gulungan double heliks DNA dapat dipatahkan dengan penorehan (nicking)
salah satu untai DNA tunggal (topoisomerase I). Topisomerase II menoreh untai DNA dua-
duanya. Topoisomerases I dan II tetap berikatan dengan DNA setelah nicking.

2.Helicase;
menyempurnakan proses membukanya double heliks, setelah gulungan supercoil dihilangkan
oleh topoisomerase. Dua untai DNA ini secara alami ingin berikatan satu sama lain karena
adanya afinitas ikatan hidrogen, dengan demikian, aktivitas helikase memerlukan energi
dalam bentuk ATP untuk memisahkan menjadi dua untai DNA.

3.DNA polymerase:
mengkatalisis pembentukan ikatan hidrogen antara nukleotida baru yang akan membentuk
untai baru dengan nukleotida pada untai DNA lama yang berfungsi sebagai pencetak
(template strand).
mengkatalisis reaksi antara 5' phosphate pada nukleotida baru dan 3' OH bebas pada
polinukleotida yang sedang dibentuk (ikatan phosphodiester). Sebagai hasilnya, untai baru
DNA hanya dapat bertambah panjang pada arah dari 5' ke 3‘. Sekali lagi, untuk diketahui
bahwa ikatan phosphodiester dibentuk antara gugus 3' OH pada gula dengan gugus 5'
phosphate dari nukleotida yang baru.
Terdapat beberapa bentuk polymerase DNA; DNA polymerase III bertanggungjawab dalam
proses sintesis untai DNA baru.
DNA polymerase adalah kelompok yang terdiri dari beberapa sub-unit protein yang berbeda
(disebut holoenzyme). Enzim ini memiliki aktivitas proofreading, yaitu dapat memastikan
bahwa enzim ini menyisipkan basa nitrogen yang tepat, dan memiliki aktivitas sebagai 3'à 5'
exonuclease (excision of nucleotides) dengan demikian enzim ini dapat memotong bila
terjadi kesalahan.

4.Primase, adalah bagian dari agregat protein yang disebut primeosome. Enzim ini berfungsi
menempelkan primer RNA pendek ke untai tunggal/ single-stranded DNA untuk bertindak
sebagai pengganti 3'OH bagi DNA polymerase sebagai tempat darimana memulai sintesis.
Primer RNA ini pada akhirnya akan dibuang oleh RNase, dan gap/ tempat lowong ini akan
diisi oleh kerja DNA polymerase I.
5.Ligase: mengkatalisis pembentukan ikatan phosphodiester antara 3'OH dan 5'phosphate
yang berdekatan. Enzim ini dapat menyambung gap yang tidak tersambungketika RNA
primer dibuang dan kemudian digantikan.
6.Single-stranded binding proteins: sangat penting untuk menjaga stabilitas dari replication
fork. Single-stranded DNA adalah sangat labil, atau tidak stabil, oleh karena itu protein ini
akan berikatan dengannya ketika masih dalam keadaan untai tunggal (single stranded) dan
menjaganya agar tdk terdegradasi.

Materi Genetik

Genom eukariota berada dalam nukleus sebagai kromatin. Bentuk padat kromatin disebut
kromosom. Kromatin dibedakan berdasarkan daya serap terhadap zat warna menjadi:

1. Heterokromatin: yaitu kuat menyerap warna

2. Eukromatin: kromatin tersebut kurang kuat menyerap warna.
Kromatin berdasarkan lokasinya dapat dibedakan menjadi:

1. Kromatin perinuklear: yaitu kromatin yang berlokasi di sekeliling nucleolus

2. Kromatin intranukleolar: kromatin yang berada di dalam nucleolus
3. 3. Kromatin periferal: kromatin yang berikatan dengan selaput sel

Berdasarkan peranannya, heterokromatin dibedakan menjadi:

1. Heterokromatin fakultatif: DNA tidak selamanya dalam keadaan mampat, tetapi pada saat-
saat tertentu kromatin terurai,dan pada saat terurai kromatin ini dapat disalin.
2. Heterokromatin konstitutif: DNA selamanya tidak aktif dan tetap berada dalam keadaan
mampat

Kromatin terdiri dari DNA, RNA dan protein. Protein pada kromatin adalah protein histon
dan non-histon. Protein non-histon pada kromatin merupakan protein struktural antara lain
aktin, tubulin α dan tubulin β dan myosin. Di samping itu juga terdapat protein yang bersifat
enzimatik seperti RNA polymerase, asetil transferase.

Melalui pengamatan dengan mikroskop elektron, terlihat kromatin memiliki struktur seperti
untaian manik-manik yang disebut nukleosom. Manik-manik berdiameter 10 nm dan
filament penghubungnya berdiameter 2 nm. Nukleosom terdiri dari suatu pusat, DNA dan
histon H1. Pusat merupakan empat pasang histon yaitu H2A, H2B, H3 dan H4. Pusat ini
dililit oleh DNA sebanyak dua kali lilitan.

DNA terdiri dari gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat. Basa nitrogen terdiri dari purin
(adenine dan guanin) dan pirimidin (sitosin dan timin). Bertindak sebagai tulang punggung
rantai DNA adalah gula dan fosfat. Struktur DNA adalah double heliks dengan gula-fosfat
berada di luar. Dua buah pilinan dihubungkan dengan ikatan hidrogen antara basa-basa
DNA. Basa adenine (A) berpasangan dengan timin (T) dengan dua ikatan hidrogen,
sedangkan basa sitosin (C) berpasangan dengan basa guanine (G) melalui tiga ikatan
hidrogen.

DNA prokariot berbentuk sirkular. Di dalam sel bakteri, DNA dikemas dalam bentuk
nukleoid. Di dalam sel yang laju sintesisnya tinggi, permukaan nukleoid bergelombang,
sedang nukleoid yang tidak aktif tampak padat. Jika sintesis tinggi, DNA mengurai dari
nukleoid untuk menyediakan cetakan. Nukleoid selain mengandung DNA juga mengandung
RNA dan protein terutama RNA polymerase. Protein dan RNA nukleoid menjaga agar DNA
tetap dalam keadaan bergelung. Jika nukleoid diberikan RNAse, DNA akan terurai.

Pada virus, informasi genetik tidak hanya berada dalam bentuk DNA. RNA juga mempunyai
kemampuan genomik. Virus mengandung DNA atau RNA.

DNA membawa informasi genetik dan bagian DNA yang membawa ciri khas yang
diturunkan disebut gen. Perubahan yang terjadi pada gen akan menyebabkan terjadinya
perubahan pada produk gen tersebut. Gen sering juga diartikan sebagai ruas DNA yang
menghasilkan produk gen yang berupa enzim yang dikenal dengan teori satu gen satu enzim.
Karena enzim dapat merupakan kombinasi polipeptida..maka teori tersebut diubah menjadi
satu gen satu polipeptida.
Konsep dasar menurunnya sifat secara molekuler adalah merupakan aliran informasi dari
DNA ke RNA ke urutan asam amino. Konsep dasar ini disebut sebagai dogma genetik. Pada
dogma genetik juga tercermin cara mempertahankan ciri khas supaya tetap sama melalui
proses replikasi. Dogma genetik ini bersifat universal yang berlaku baik bagi prokariot
maupun eukariot.

Replikasi DNA

Sebelum sel membelah, DNA harus direplikasi dalam fase S dari siklus sel. Proses replikasi
melibatkan enzim polymerase. Proses ini melibatkan pembukaan utas ganda DNA, sehingga
memungkinkan terjadinya perpasangan basa untuk membentuk utas baru. Pembentukan utas
komplementer terjadi melalui perpasangan basa antara A dengan T dan G dengan C. Dalam
replikasi DNA, setiap utas DNA lama berperan sebagai cetakan untuk membentuk DNA
baru.

Model DNA Watson dan Crick menyatakan bahwa saat double heliks bereplikasi, masing-
masing dari kedua molekul anak akan mempunyai satu untai lama yang erasal dari satu
molekul induk dan satu untai yang baru. Model replikasi ini disebut model semikonservatif.

Model lainnya adalah model konservatif dimana molekul induk tetap dan molekul baru
disintesis sejak awal. Model ketiga disebut model dispersif yaitu bahwa keempat untai DNA,
setelah replikasi double heliks, mempunyai campuran anatara DNA baru dan DNA lama.

Pengujian yang dilakukan oleh Meselson dan Stahl menunjukkan bahwa replikasi DNA
terjadi secara semikonservatif.

Daerah penggandaan bergerak sepanjang DNA induk membentuk replication fork. Pada
daerah ini, kedua utas DNA yang baru, disintesis dengan bantuan sekelompok enzim, salah
satunya adalah DNA polimerase. Sintesis DNA tidaklah berjalan secara kontinu pada kedua
utas cetakan. Hal ini karena kedua utas DNA tersusun sejajar berlawanan arah atau
antiparalel. Maka utas DNA baru akan tumbuh dari 5′ – 3′ sedang yang lainnya dari 3′ – 5′
pada cetakan. Sintesis dari 3′ – 5′ tidak mungkin dilakukan karena tidak ada DNA
polymerase untuk arah 3′ – 5′.

Replikasi DNA pada cetakan 3′ – 5′ terjadi seutas demi seutas dengan arah 5′ – 3′ yang
berarti replikasi berjalan meninggalkan replication fork. Utas-utas pendek tersebut kemudian
dihubungkan oleh enzim ligase DNA. Dalam replikasi DNA terdapat utas DNA yang
disintesis secara kontinu yang terjadi pada cetakan 5′ – 3′. Utas DNA yang disintesis secara
kontinu ini disebut utas utama atau leading strand. Sedangkan utas DNA baru yang
disintesis pendek-pendek seutas-demi seutas disebut utas lambat atau lagging strand. Utas-
utas pendek atau fragmen-fragmen pendek yang terbentuk disebut fragmen Okazaki.

Sintesis pada leading strand memerlukan molekul primer pada permulaan replikasi Setelah
replication fork terbentuk, polymerase akan bekerja secara kontinu sampai utas DNA baru
selesai direplikasi. Pada sintesis lagging strand, diperlukan enzim lain primase DNA.
Setelah utas DNA terbuka untuk melakukan replikasi, dan setelah terbuka pada lagging
strand, utas harus dijaga agar tetap terbuka. Jadi dalam proses replikasi DNA melibatkan
beberapa protein baik berupa enzim maupun non-enzim yaitu :

1. Polimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerisasi nukleotida-nukleotida

 2. Ligase DNA : enzim yang berperan menyambung DNA utas lagging
3. Primase DNA : enzim yang digunakan untuk memulai polimerisasi DNA pada lagging strand
4. Helikase DNA : enzim yang berfungsi membuka jalinan DNA double heliks
5. Single strand DNA-binding protein : mestabilkan DNA induk yang terbuka

Replication fork berasal dari struktur yang disebut replication bubble yaitu daerah
menggelembung tempat pilinan DNA induk terpisah untuk berfungsi sebagi cetakan pada
sintesis DNA.

Transkripsi

Transkripsi DNA merupakan proses pembentukan RNA dari DNA sebagai cetakan. Proses
transkripsi menghasilkan mRNA, rRNA dan tRNA. Pembentukan RNA dilakukan oleh
enzim RNA polymerase. Proses transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu :

1. Inisiasi : enzim RNA polymerase menyalin gen, sehingga pengikatan RNA polymerase terjadi
pada tempat tertentu yaitu tepat didepan gen yang akan ditranskripsi. Tempat pertemuan
antara gen (DNA) dengan RNA polymerase disebut promoter. Kemudian RNA polymerase
membuka double heliks DNA. Salah satu utas DNA berfungsi sebagai cetakan.

Nukleotida promoter pada eukariot adalah 5′-GNNCAATCT-3′ dan 5′- TATAAAT-3′.

Simbul N menunjukkan nukleotida (bisa berupa A, T, G, C). Pada prokariot, urutan
promotornya adalah 5′-TTGACA-3′ dan 5′-TATAAT-3′.

1. Elongasi : Enzim RNA polymerase bergerak sepanjang molekul DNA, membuka double heliks
dan merangkai ribonukleotida ke ujung 3′ dari RNA yang sedang tumbuh.
2. Terminasi : terjadi pada tempat tertentu. Proses terminasi transkripsi ditandai dengan
terdisosiasinya enzim RNA polymerase dari DNA dan RNA dilepaskan.

mRNA pada eukariota mengalami modifikasi sebelum ditranslasi, sedangkan pada prokariota
misalnya pada bakteri, mRNA merupakan transkripsi akhir gen. mRNA yang baru ditranskrip
ujung 5′nya adalah pppNpN, dimana N adalah komponen basa-gula nukleotida, p adalah
fosfat. mRNA yang masak memiliki struktur 7mGpppNpN, dimana 7mG adalah nukleotida
yang membawa 7 metil guanine yang ditambahkan setelah transkripsi. Pada ujung 3′ terdapat
pNpNpA(pA)npA. Ekor poli A ini ditambahkan berkat bantuan polymerase poli (A). tetapi
mRNA yang menyandikan histon, tidak memiliki poli A.

Hasil transkripsi merupakan hasil yang memiliki intron (segmen DNA yang tidak
menyandikan informasi biologi) dan harus dihilangkan, serta memiliki ekson yaitu ruas yang
membawa informasi biologis. Intron dihilangkan melalui proses yang disebut splicing.
Proses splicing terjadi di nukleus.

Splicing dimulai dengan terjadinya pemutusan pada ujung 5′, selanjutnya ujung 5′ yang bebas
menempelkan diri pada suatu tempat pada intron dan membentuk struktur seperti laso yang
terjadi karena ikatan 5′-2′fosfodiester. Selanjutnya tempat pemotongan pada ujung 3 terputus
sehingga dua buah ekson menjadi bersatu.

rRNA dan tRNA merupakan hasil akhir dari proses transkrips, sedangkan mRNA akan
mengalami translasi.
tRNA adalah molekul adaptor yang membaca urutan nukleotida pada mRNA dan
mengubahnya menjadi asam amino. Struktur molekul tRNA adalah seperti daun semanggi
yang terdiri dari 5 komponen yaitu

1. Lengan aseptor: merupakan tempat menempelnya asam amino,

2. Lengan D atau DHU: terdapat dihidrourasil pirimidin,
3. Lengan antikodon: memiliki antikodon yang basanya komplementer dengan basa pada
mRNA
4. Lengan tambahan
5. Lengan TUU: mengandung T, U dan C

Translasi

Pada prokariota yang terdiri dari satu ruang, proses transkripsi dan translasi terjadi bersama-
sama. Translasi merupakan proses penerjemahan kodon-kodon pada mRNA menjadi
polipeptida. Dalam proses translasi, kode genetic merupakan aturan yang penting. Dalam
kode genetic, urutan nukleotida mRNA dibawa dalam gugus tiga – tiga. Setiap gugus tiga
disebut kodon. Dalam translasi, kodon dikenali oleh lengan antikodon yang terdapat pada
tRNA.

Mekanisme translasi adalah:

1. Inisiasi. Proses ini dimulai dari menempelnya ribosom sub unit kecil ke mRNA. Penempelan
terjadi pada tempat tertentu yaitu pada 5′-AGGAGGU-3′, sedang pada eukariot terjadi pada
struktur tudung (7mGpppNpN). Selanjutnya ribosom bergeser ke arah 3′ sampai bertemu
dengan kodon AUG. Kodon ini menjadi kodon awal. Asam amino yang dibawa oleh tRNA
awal adalah metionin. Metionin adalah asam amino yang disandi oleh AUG. pada bakteri,
metionin diubah menjadi Nformil metionin. Struktur gabungan antara mRNA, ribosom sub
unit kecil dan tRNA-Nformil metionin disebut kompleks inisiasi. Pada eukariot, kompleks
inisiasi terbentuk dengan cara yang lebih rumit yang melibatkan banyak protein initiation
factor.
2. Elongation. Tahap selanjutnya adalah penempelan sub unit besar pada sub unit kecil
menghasilkan dua tempat yang terpisah . Tempat pertama adalah tempat P (peptidil) yang
ditempati oleh tRNA-Nformil metionin. Tempat kedua adalah tempat A (aminoasil) yang
terletak pada kodon ke dua dan kosong. Proses elongasi terjadi saat tRNA dengan antikodon
dan asam amino yang tepat masuk ke tempat A. Akibatnya kedua tempat di ribosom terisi,
lalu terjadi ikatan peptide antara kedua asam amino. Ikatan tRNA dengan Nformil metionin
lalu lepas, sehingga kedua asam amino yang berangkai berada pada tempat A. Ribosom
kemudian bergeser sehingga asam amino-asam amino-tRNA berada pada tempat P dan
tempat A menjadi kosong. Selanjutnya tRNA dengan antikodon yang tepat dengan kodon
ketiga akan masuk ke tempat A, dan proses berlanjut seperti sebelumnya.
3. Terminasi. Proses translasi akan berhenti bila tempat A bertemu kodon akhir yaitu UAA,
UAG, UGA. Kodon-kodon ini tidak memiliki tRNA yang membawa antikodon yang sesuai.
Selanjutnya masuklah release factor (RF) ke tempat A dan melepaska rantai polipeptida yang
terbentuk dari tRNA yang terakhir. Kemudian ribosom berubah menjadi sub unit kecil dan
besar.

Download Slide Materi genetik (PPT)

Pustaka:
Albert, B., D. Bray, J. lewis, M. Raff, K. Roberts, J.D. Watson. 1994. Molecular Biology of
the cell. Garland Publishing, Inc, New York.

Campbell, N.A., Reece, J.B., Mitchell, L.G. 2002. Biologi. Alih bahasa lestari, R. et al.
safitri, A., Simarmata, L., Hardani, H.W. (eds). Erlangga, Jakarta.

Reksoatmodjo, S.M.I. 1993. Biologi Sel. Departemen Pendidikan dan kebudayaan,

Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi, Proyek Pembinaan Tenaga Kependidikan, Pendidikan
Tinggi.

Watson, J.D., T.A. Baker, S.P. Bell, A. Gann, M. Levine, R. Losick. 2008. Molecular
Biology of The Gene. Pearson Education, Inc, San Francisco.

BIOTEK

o Home
o Kultur Jaringan Tanaman
o Biologi Sel
 Sel
 Genom Prokariot dan Eukariot
 Membran Sel
 Sel Komunikasi
 Mitokondria
 Kloroplas dan Fotosintesis
 Siklus Sel
 Nukleus dan Materi Genetik
 Nukleus
 Materi Genetik
 Teknik – teknik untuk mempelajari sel.
 Teknik molekuler
 Penelitian di bidang Biologi Sel
o Analisis Molekuler
o Bioteknologi dan Rekayasa Genetik Tanaman
o Genetika dan Pemuliaan Tanaman
o Video
o Virtual Lab
o Downloads

Links

o Fakultas Pertanian
o Universitas Udayana

Statistik

DIVINKOM 2008 - Universitas Udayana