Lambda Prophage Repression During Lysogeny

Ketika bakteriofag seperti lambda berada dalam keadaan prophage pada sel lisogen,
gen yang mengkode produk melibatkan diri pada jalur litik tidak terekspresikan. gen C1
lambda fag mengkode repressor yang mengontrol transkripsi gen lambda yang terlibat pada
pertumbuhan daur litik. Dua operator region OL (untuk transkripsi ke arah kiri) dan OR
(untuk transkripsi ke arah kanan), Tumpang tindih dengan urutan promoter dimana RNA
polimerase terikat dan menginisiasi transkripsi gen yang mengontrol perkembangan daur
litik. Dalam percobaan, operator dan promotor daerah fag lambda diurutkan yang masing-
masing operator ditemukan mengandung tiga lokasi represor yang mengikat dengan serupa,
tetapi tidak identik, pada urutan 17 pasang nukleotida. . Interaksi lambda represor dengan
urutan DNA, OlPl, dan OrPr menjelaskan bagaimana gen lambda profag dipertahankan
dalam keadaan tertekan.

Kontrol Operon trp dengan Attenution

Attenuation adalah mekanisme untuk mengatur ekspresi gen dengan penghentian

transkripsi sebelum waktunya dalam Wilayah bagian yang ditranskripsi transkrip. Aktivitas
sisi aktif enzim allosterik dapat dimodulasi oleh efektor/modulator pada sisi selain sisi aktif.
Modulator yang meningkatkan kecepatan reaksi dan afinitasnya terhadap substrat disebut modulator
positif/activator, sedangkan yang menurunkan kecepatan reaksi dan afinitasnya terhadap substrat
disebut modulator negatif/inhibitor. Represi dan depresi dapat mengubah tingkat ekspresi gen
struktural dari operon trp sekitar 70 kali lipat. Namun, ada pengaturan tingkat kedua dari
ekspresi operon trp. Dalam mutan trpR yang tidak bisa membuat represor, penambahan
triptofan untuk sel tumbuh di dalam absen akan menyebabkan penurunan 8 sampai 10 kali
lipat dalam tingkat sintesis enzim. Selebihnya dalam biosintesis triptofan, penghapusan
bagian dari wilayah trpL mengakibatkan peningkatan tingkat ekspresi dari operon trp. Efek
dari penghapusan ini adalah independen dari repressin. Peningkatan terjadi saat depresi dan
keadaan tertekan. Selain itu, penghapusan yang menghapus sebagian wilayah trpL
menghasilkan peningkatan tingkat ekspresi operon TRP. Efek dari penghapusan ini tidak
tergantung pada represi. Kenaikan terjadi baik dalam keadaan tertekan.

Operon trp, dikendalikan melalui dua macam mekanisme, yaitu: penekanan (represi)
oleh produk akhir ekspresi dan pelemahan (attenuation).

Level kedua regulasi operon trp disebut attenuation (pelemahan) dan sequence di
dalamnya disebut trpL, yang mengontrol fenomena ini disebut attenuator. Atenuasi terjadi
dengan kontrol penghentian transkripsi di lokasi dekat akhir urutan mRNA awal. Pemutusan
transkrip trp operon "prematur" ini terjadi hanya dengan adanya tRNA Trp triptofan. Jika
penghentian atau pelemahan prematur ini terjadi, sebuah transkrip trp (140 nukleotida) yang
terpotong diproduksi.

Daerah attenuator memiliki nukleotida yang pada dasarnya sama dengan sinyal
penghentian transkripsi yang ditemukan pada ujung-ujung bakteri. Sinyal terminasi ini
mengandung sinyal terminasi mengandung perindrom GC diikuti pasangan AT menghasilkan
munculnya RNA yang baru dengan potensi membentuk struktur "Hairpin" yang diikuti oleh
beberapa Urasil. Ketika transkrip yang baru terbentuk membentuk struktur jepit rambut ini, ia
dipercayai untuk menyebabkan konformasi yaitu RNA polymerase, dalam bakteri. Ini akan
ditranskripsi berikatan dengan foagen-bonded (A: U)

Urutan nukleotida dari attenuator menjelaskan kemampuannya untuk menghentikan

transkripsi trp operon sebelum waktunya. Hal ini diatur oleh ada tidaknya tryptophan.

Pertama, transkripsi dan translasi terjadi secara bersamaan dan tergabung dalam
prokariota. Kedua, perhatikan bahwa urutan sequence leader 162-nukleotida-panjang dari
mRNA trp operon berisi urutan yang dapat dijadikan pasangan basa untuk membentuk
struktur batang-dan lingkaran alternatif atau struktur seperti hairpin. Ketiga, urutan pemimpin
mengandung kodon inisiasi terjemahan AUG diikuti oleh UGA terjemahan-temination codon.
Keempat daerah pemimpin yang dapat berpasangan membentuk struktur ini adalah: (1)
nukleotida 60-68, (2) nukleotida 75-83, (3) nukleotida 110-121, dan (4) nukleotida 126-134.

Perhatikan bahwa peptida pemimpin mengandung dua triptofan residu. Dua kodon
Trp mendeteksi tidak adanya triptofan Pasangan dasar ini menghalangi penggabungan jepitan
transkripsi-terminasi.

Gambar: traskripsi tanpa trytophan dan tanpa tryptophan

 Gambar: trp leader mRNA

Feedback Inhibition and Allosterik Enzim

Adanya kehadiran konsentrasi yang cukup dari produk akhir (seperti histidin atau
triptofan) dari jalur biosintetik akan sering mengakibatkan penghambatan enzim pertama.
Fenomena ini disebut inhibisi umpan balik atau penghambatan produk akhir, tidak boleh
disamakan dengan represi. Inbibisi sintesis enzim). Umpan balik penghambatan resuls dalam
enzim penghambatan yang sangat sensitif terhadap umpan balik telah terjadi pada beberapa
enzim multimerik, produk akhir atau penangkapan langsung dari sintesis produk akhir ketika
ditambahkan ke media. Di situs pengikatan rgulatory adalah pada subunit yang berbeda (poli
pepiide) dari situs substrat. Setelah mengikat produk akhir, enzim tersebut diambil untuk
mengalami perubahan konformasi, yang disebut transi allosteric, yang mengurangi afinitas
mereka untuk substrat mereka. Protein yang mengalami perubahan konformasi seperti
biasanya disebut sebagai protein alosterik.

Urutan Temporal Gen Ekspresi selama Fag Infeksi

Pengaturan ekspresi gen selama kehidupan litik kemudian siklus bakteriofag sangat
berbeda dari reversible operon bakteri. Sebaliknya, gen-gen virus diekspresikan. dalam geneti
dari sekuens yang diprogram secara terprogram, kemungkinan gen-gen analog ke sekuen
terprogram ekspresi gen yang diduga terlibat dalam diferensiasi dalam isme organ yang lebih
tinggi. Satu set gen fag, biasanya disebut "gen awal, diekspresikan segera setelah infeksi.
Produk dari satu atau lebih dari" awal gen bertanggung jawab untuk mematikan ekspresi
awal gen dan menyalakan ekspresi gen dengan set berikutnya, dan seterusnya. Yang paling
ekstensif dipelajari terial sehingga virus-E coli fage T4 dan T7 dan Bacilius subtilis dari fage
SPO1.

Bacillus subtilis eial fage SPO1 menunjukkan jalur sedikit lebih rumit dari sekuensial
ekspresi gen, invoiving tiga set gen gous Tiga set gen ini disebut gen "awal", "tengah", dan
"akhir" mengacu pada waktu ekspresi gen mereka selama siklus reproduksi fag. Varianya
SPO1 "awal "gen ditranskripsikan oleh B subti mon RNA polimerase. Salah satu" produk gen
awal adalah polipeptida ual yang mengikat ke RNA poli-setelah sel induk, mengubah
spesifisitasnya sehingga mentranskripsi awal gen "tengah" dari SPO1. Dua dari produk gen
"tengah" adalah polipeptida yang berasosiasi dengan polimerase RNA B. subtilis, mengubah
lebih lanjut, spesifisitasnya sehingga kemudian mentranskripsi gen "akhir". Phage T4
menunjukkan pola yang lebih kompleks ekspresi gen sekuensial, yang melibatkan beberapa
modifikasi yang berbeda dari RNA polimerase sel inang.

Pertanyaan:

Elvira Harum Permatasari (160341606012)

1. Bagaimana mekanisme represi pada pengaturan trp operon?

Jawab: Ketika triptofan tidak tersedia, Trp repressor tetap bersifat inaktif, sehingga trp
operon ditranskripsikan untuk menghasilkan enzim yang digunakan untuk biosintesis
triptofan.

Ketika triptofan tersedia, enzim untuk biositesis triptofan tidak diperlukan sehingga
ekspresi gen tersebut harus dihentikan. Triptofan akan menempel pada Trp repressor,
sehingga menyebabkan Trp repressor berada dalam konformasi aktifnya. Trp repressor
yang aktif mampu berikatan dengan operator sehingga menghentikan transkirpsi trp
operon. Dalam hal ini, triptofan disebut co-repressor dan mekanisme pengaturan ini
disebut pengaturan negatif karena terikatnya repressor mencegah transkripsi

2. Bagaimana pengendalian ekspresi 3 gen struktural dari operon lactosa?

Jawab:
Operon laktosa terdiri atas 3 gen structural utama yaitu gen lac Z mengkode
enzim β-galaktosidase yang menghasilkan dua monosakarida yaitu glukosa dan
galaktosa, gen lac Y mengkode permease galaktosida, yaitu enzim yang berperan
dalam pengangkutan laktosa dari luar ke dalam sel, dan gen lac A mengkode enzim
transasetilase thiogalaktosida yang perannya belum diketahui secara jelas. Ketiga
gen struktural tersebut dikendalikan ekspresinya oleh satu promoter yang sama dan
menghasilkan satu mRNA yang bersifat polisistronik. Selain ketiga gen structural
tersebut, juga terdapat gen regulator lac I yang mengkode suatu protein repressor
dan merupakan bagian sistem pengendalian operon laktosa.
Keseluruhan unit transkripsi ini berada di bawah perintah satu operator dan
satu promoter. Gen pengatur, lacl, terletak di luar operon, mengkode protein
repressor alosterik yang dapat mengubah operon lac ke keadaan off dengan cara
mengikatkan diri pada operator.