- Al comparar los diferentes programas para alineamientos múltiples indique las

fortalezas y debilidades de cada uno

MAFF
Fortalezas Debilidades
 Interfaz amigable con el usuario - Calidad de alineamiento baja.
 Es un algoritmo rápido, permitiendo
alinear miles de secuencia en cortos - No sirve sin conexión a internet.
periodos de tiempo.
 Utilizan una búsqueda de tipo
heurística de alineación progresiva
 Permite realizar alineamientos de
secuencias muy largas.

MEGA
Fortalezas Debilidades
 Permite enfocarse en análisis - Interface complicado para el manejo y
filogenéticos. operación del usuario.
 Permite realizar alineamientos
con Clustal o Muscle sin tener que
instalarlo aparte.
 No necesita de internet para su uso.

MUSCLE
Fortalezas Debilidades
 Programa rápido (puede alinear 1000 - Inexacto
proteínas de tamaño ~300 en 21s) - No sirve sin conexión a internet.
 Mejora la precisión de la distancia
para valorar el parentesco de dos
secuencias.
 Funciona bien incluso cuando las
similitudes entre las secuencias son
bajas.

ClustalX
Fortalezas Debilidades
  Permite la lectura de algunos formatos
de secuencia.
 Permite generar, editar y mejorar
alineamientos de manera interactiva.
 Permite la salida de los alineamientos
multiples en varios formatos como:
FASTA, NEXUS, PHYLIP, entre
otros.
 Funciona bien para secuencias
relativamente parecidas
 Es de libre uso en la red
- Inexacto
- Si un archivo es demasiado grande,
reduce el tamaño de la fuente para
ajustarlas a todas en una página,
volviéndolas ilegibles.
- No puede leer archivos guardados en
WinXp Desktop
- Para que se dé una correcta leída se
deben tener todas las secuencias
homólogas en un solo fichero.
- Falla en el caso de secuencias
distantes.

- Utilizando alineamientos múltiples identifique intrones y exones en la secuencia

de la especie nueva.
- Determine si es posible identificar zonas altamente conservadas con un
alineamiento por parejas.
- Compruebe si es posible mejorar la calidad del alineamiento al modificar
parámetros del algoritmo en los diferentes programas.
- Interprete los dot plots obtenidos en MAFFT, qué pasa cuando se cambia el
threshold de 39 a 22? interpretar