REKOMBINASI

RESUME

disusun untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika II yang dibimbing oleh

Prof. Dr. A. D. Corebima, M. Pd

Oleh:
Kelompok 11/ Off. A
Pendidikan Biologi/ 2014
Genetika, hari jumat

Dewi Nur Arasy 140341602754

Fina Mustika Dewi 140341601824

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Oktober 2016
BAB 10
BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI

Rekombinasi Spesifik Tapak

Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada tapak-tapak
khusus atau pada urut-urutan molekul DNA tertentu. Mekanisme rekombinasi spesifik kapak
berbeda dengan rekombinasi umu. Salah satu contoh adalah rekombinasi spesifik tapak pada
E coli yang tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB dan recC. Contoh rekombinasi
spesifik tapak integrasi DNA fag ke genom E Coli diketahui bahwa tapak attP dan attB pada
genom E. coli adalah hasil evolusi yang sangat spesifik terhadap enzim-enzim rekombinasi
khusus yang dikode oleh gen int dan xis pada genom fag. Oleh sebab itu, Integrasi fag hampir
selalu terjadi pada tapak attB yang terletak anatar lokus gal dan bio. Jika tapak attB tersebut
mengalami delesi, maka dampaknya adalah bahwa integrasi profag akanterjadi pada banyak
tapak lain tetapi dalam frekuensi rendah
Rekombinasi Spesfik Tapak Menjamin Penataan Kembali DNA yang Teliti
Pada umumnya peristiwa pindah silang tetap mempertahankan sususnan urut-urutan
DNA pada kromosom-kromosom homolog, tetapi pada kasus tertentu sel-sel juga
memanfaatkan semacam proses rekominasi yang tertata secara teliti untuk menata kembali
urut-urutan DNA. Segmen DNA dapat dipindah dengan bantuan rekombinasi tapak spesifik
yang berakibat timbulnya beragam gen atau perangkat gen yang diekspresikan. Contohnya
adalah pembentukan gen antibody yang sangat banyak sebagai hasil penataan kembai DNA
spesifik tapak yang terjadi atas suatu perangkat urut-urutan precursor
Rekominasi Spesifik Tapak Mengatur Ekspresi Gen
Rekombinasi yang melibatkan dua tapak pada molekul DNA yang sama akan berakibat
terlepasnya segmen anatara atau terjadinya inversi segmen anara tersebut. Sel memamang
kadang memnfaatkan inverse hasil rekombinasi tersebut dalam rangka memilih anatar dua
susunan DNA yangmemungkinkan dua protein atau perangkat protein untuk diekspresikan.
Mekanisme ini sering mengatur protein yang tampak pada bagian luar makhluk hidup.
Contohnya antara lain protein ekor dari Mu (mtator)fag, yang diatur olehsegmen gin yang
tidak dapat dibalik,serta antigen flagel dari bakteri Salmonella.
Variasi fase Salmonella merupakan akibat dari ekspresi dua protein flagel yaituH 1 dan
H2, yang terjadi bergantian. Dalam waktu tertentu suatu sel mengekspresikansalah satu
protein flagel dan tidak pernah kedua proten flagel itu diekspresikansekaligus. Promotor
untuk gen H2 terletak pada suatu segmen DNA yang dapat mengalami pembalikan di
dekatnya, ukurannya kurang lebih 970 pasang nukleotida, dan diikat oleh urutan berulang
seukuran 14 pasang nukleotida dalam arah berlawanan. Apabila segmen DNA yang
mengandung promoter itu mengarah dalam arah yang sama, maka letak promoter adalah di
samping gen H2. Dalam kondisi semacam ini gen H 2 ditranskripsikan dan demikian pula
suatu gen lain didekatnya yang mengkode suatu protein repressor dari gen pengkode proten
flagel H1 yang letaknya jauh. Kerja gen H1 dihalangi sedangkan kerja gen H2 justru
ditranskripsikan. Jika segmen tadi mengalami pembalikan, maka gen H2 tidak
ditranskripsikan lagi dan gen untuk pengkode protein untuk repressor untuk gen H 1 juga tidak
ditranskripsikan.
Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA yang Rusak
Rekombinasi berawaladari upaya penutupan suatu celah pada mlekulDNA. Dalam
halini celah diisi oleh DNA yang berasal dari salah satu untingpasangan homolog. Perbaikan
tetap terjadi tidak bergantung pada apakah perantara itu dipotong untuk menukar lengan
samping ari kedua helix. Sekalipunsuatu celah sederhana dapat diisi oleh polymerase
DNAsuatu persoalan yang lebihserius diperlihatkan oleh celah.
Rekombinasi Tidak Selalu Bersifat Resiprok pada Tapak PindahSilang: Konversi Gen
Kajian-kajian awal tentang pindah silang yang terjadi antara gen-gen yang berbeda
menunjukkan bahwa tampaknya peristiwa itu bersifat resiprok. Namundemikian kemudian
diketahui bahwa jika rekombinasi terjadi antara tapak-tapak berdekatan pada gen yang sama,
maka dapat ditemukan perkecualian. Perkembangan lebih lanjut kemudian menunjukkan
bahwa rekombinasi yang tidak resiprok seriirg ditemukan. Rekombinasi tidak resiprok yang
terjadi antaradua tapak berdekatan dalam satu gen yang sama, dewasa ini lazim disebut
sebagai konversi gen atau gen conversion. Dikatakan pula bahwatampaknya konversi gen
tersebut merupakan akibat pemotongan DNA dan sintesis perbaikan DNA yang terjadi pada
daerah heterodupleks selama proses pemutusandan penyambungan. Dalam hal ini misalnva
dilakukan persilangan antara dua mutan khamir Saccharomyces cerevisiae (jarak tapak kedua
mutan itu sangat dekat dalam satugen yang sama). Lebih lanjut jika askus-askus yang
mengandung spora dianalisis,seringkali askus-askus tersebut tidak mengandung rekornbinasi
mutan ganda yangresiprok sebagaimana yang diharapkan. seperti tersebut merupakan
akibatrekombinasi yang tidak resiprok.
Rekombinasi Illegitimate
Rekombinasi illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul-molekui
DNA yang non homolog. Seperti halnya rekombinasi spesifik tapak, mekanisme rekombinasi
illegitimate juga tidak sama dengan mekanisme rekombinasi umum (lazim). Lebih lanjut
pada E. coli. Macam rekombinasi itu juga tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan
recC. Contoh rekombinasi illegitimate antara lain yang berkenaandengan insersi elemen
transposabel (misalnya elemen Is) ke dalam sesuatu lokus gen. Pada peristiwa tersebut
memang urut-urutan DNA lokustersebut tidak sama dengan urut-urutan DNA elemen Is.
Sebagaimana diketahuiakibat rekombinasi illegitimate yang melibatkan insersi elemen
tersebut, fungsigen akan terganggu atau hilang. Sebagai contoh misalnya insersi yang
dilakukan oleh elemen Is ke dalam berbagai lokus (gen gal, E, K dan T) pada genom E. coli,
yang terbukti menimbulkan mutasi-mutasi sehingga mengganggu metabolisme galaktose
Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA
Kejadian rekombinasi independen atau tidak terkait dengan peristiwareplikasi DNA.
Dalam hal ini bilamana dua genotip fag, rnisalnya a+ dan b+, dalam jumlah besar secara
serempak menginfeksi suatu sel inang yang tumbuhpada medium ringan, pengamatan
terhadap genotif partikel fag-fag yang tidak bereplikasi rnenunjukkan bahwa beberapa
diantaranya bergenotip ++; danmemang inilah bukti bahwa rekombinasi genotip-genotip
induk dapat berlangsungsecara independen terhadap replikasi DNA.
BAB 11
TRANSFORMASI BAKTERI
Transformasi adalah suatu proses transfer informasi genetik dengan bantuan potongan
DNA ekstraseluler. Fragmen DNA bakteri donor diambil kemudian di bawa ke bakteri
resipien. Jika bakteri donor dan resipien ini berbeda maka akan memunculkan rekombinan
genetik. Sel yang mengalami transformasi disebut transforman.
Transformasi alami dan transformasi buatan
Pada transformasi alami, bakteri memang memiliki kemampuan secara alami untuk
melakukan transformasi dengan kemampuannya mengambil fragmen DNA secara alami.
Sedangkan transformasi buatan, secara genetic, bakteri diubah agar bisa mengambil fragmen
DNA agar melakukan transformasi. Contoh bakteri yang mengalami transformasi alami
adalah B. subtilis, contoh bakteri yang mengalami transformasi buatan adalah E. coli.Tidak
semua bakteri dapat mengalami transformasi alami. Hanya bakteri yang memiliki mekanisme
enzimatik yang terlibat pada peristiwa pengambilan fragmen DNA maupun pada proses
rekombinasi. Juga tidak semua sel mampu mengambil fragmen DNA, hanya sel-sel tertentu
saja. Sel yang mampu mengambil fragmen DNA disebut sel kompeten. Sel kompeten tersebut
memiliki faktor kompeten yang diduga adalah protein permukaan sel atau enzim yang terlibat
pengikatan atau pengambilan DNA.
Proses transformasi
Proses transformasi berlangsung dalam beberapa tahap, yakni :
Tahap 1: Molekul DNA unting ganda berikatan pada tapak reseptor yang terdapat di
permukaan sel. Perikatan ini bersifat reversibel
Tahap 2: Pengambilan DNA donor yang bersifat irreversibel. Pada saat ini DNA donor
menjadi resisten terhadap enzim DNAse di dalam medium.
Tahap 3: Konversi molekul DNA donor yang berupa unting ganda menjadi molekul unting
tunggal melalui degradasi nukleotida terhadap salah satu unting.
Tahap 4: Integrasi (insersi kovalen) seluruh atau sebagian unting tunggal DNA donor tersebut
ke dalam kromosom resipien
Tahap 5: Segregasi dan ekspresi fenotip gen donor yang telah terintegrasi.
Ketiga tahap pertama tidak bersifat spesifik untuk DNA yang homolog. Sedangkan
tahap keempat bersifat spesifik untuk DNA yang homolog. Pada sebagian transformasi yang
telah diketahui, ukuran fragmen DNA donor adalah sekitar 20.000 pasang nukleotida.
Pemetaan kromosom bakteri melalui kejadian transformasi
Secara operasional, transformasi dapat dimanfaatkan untuk mengungkap pautan gen,
urutan gen, serta jarak peta. Penanda genetik pada kromosom yang digunakan selalu
berdekatan. Jika penanda tersebut letaknya berjauhan, maka penanda itu tidak akan pernah
terbawa molekul DNA pentransformasi yang sama.Urutan gen pada kromosom bakteri dapat
juga ditetapkan atas dasar data transformasi. Sebagai contoh, jika gen p dan q sering
mengalami kotransformasi, lalu gen q dan o juga sering mengalami kotransformasi, tetapi gen
o dan p jarang mengalami kotransformasi, maka tentu saja urutan gen pada kromosom bakteri
itu adalah p-q-o. Pada saat ini seseorang dapat memperoleh suatu peta fisik gen-gen dan
ukuran fragmen DNA dapat terkontrol. Oleh karena itu, peluang kotransformasi dari dua gen
dapat dihubungkan dengan ukuran molekul DNA pentransformasi.
BAB 12
TRANSDUKSI PADA BAKTERI
Transduksi merupakan rekombinasi genetik pada bakteri yang diperantarai oleh fag.
Transduksi terjadi setelah terlebih dahulu suatu partikel fag membawa sebuah kromosom dari
satu bakteri (donor) ke bakteri lain (resipien).
Fag Virulen dan Virulen Sedang
Fag yang terlibat dalam proses transduksi merupakan fag virulen dan fag virulen
sedang. Berikut perbedaannya:
Tabel 1. Perbedaan Fag Virulen dan Fag Virulen Sedang
Fag Virulen Fag Virulen Sedang
 Setelah infeksi, menjalani siklus litik atau
Setelah infeksi, menjalani siklus litik
siklus lisogenik
Pada siklus litik, fag melakukan reproduksi dan memecahkan sel inang, sedangkan pada
siklus lisogenik, kromosom fag diintegrasi ke dalam kromosom inang dan bereplikasi.
Kromosom fag yang terintegrasi dengan kromosom sel inang disebut sebagai profag.
Pada siklus lisogenik, mekanisme mempertahankan kromosom fag tetap terintegrasi
dengan kromosom inang terganggu sehingga berakibat kromosom fag terpisah lagi dan fag
menjalani siklus litik. Hal tersebut juga dapat disebabkan adanya induksi oleh faktor
lingkungan seperti sinar UV. Integrasi kromosom fag ke dalam kromosom inang melalui
mekanisme rekombinasi spesifik tapak.
Macam Transduksi
Ada dua macam transduksi antara lain transduksi umum (generalized transduction) dan
transduksi khusus (specialized transduction).
1. Transduksi Umum
Pada transduksi ini, potongan DNA yang ditangkap oleh fag kemudian dipindahkan ke
bakteri resipien merupakan potongan acak DNA bakteri, yang mana tidak diintegrasikan
pada tapak pelekatan yang khusus. Transduksi umum diperantarai oleh beberapa fag virulen
dan fag virulen sedang, yang kromosomnya tidak terintegrasi di tapak pelekatan khusus pada
kromosom inang.
Transduksi umum terdiri atas 7 beberapa tahap antara lain:
Tahap 1, sel donor E. coli wild type terinfeksi tag P1 yang bersifat virulen sedang.
Tahap 2, DNA sel inang terpotong selama siklus litik.
Tahap 3, terjadi perakitan fag turunan dimana beberapa potongan kromosom bakteri
dicakupkan ke dalam beberapa fag turunan dan menghasilkan fag pentransduksi.
Tahap 4, menyusuli lisis sel, beberapa fag pentransduksi ditemukan di dalam lisat fag.
Tahap 5, fag tersebut menginfeksi bakteri resipien yang bersifat auksotrofik.
Tahap 6, terjadi pindah silang ganda yang mengakibatkan terjadinya pertukaran gen antara
donor dan sel resipien.
Tahap 7, terbentuk transduktan stabil, dengan turunan sel yang memiliki sel yang sama.
Ada beberapa fag yang tidak memperantarai transduksi yaitu beberapa fag T genap. Fag
tersebut melakukan degradasi DNA inang serta memanfaatkan kembali nukleotidanya untuk
kepentingan sintesis DNA fag. Selain itu juga ada fag yang tidak melakukan degradasi DNA
inang karena ukuran kromosom inang lebih besar sehingga fag tersebut tidak mampu
membentuk partikel pentransduksi. Dapat diketahui bahwa hanya sedikit fag virulen yang
memperantarai transduksi.
Setelah fag pentransduksi menyuntikkan fragmen DNA inang ke dalam sel resipien,
fragmen tersebut dapat terintegrasi ke dalam kromosom inang ataupun tidak (bebas di
sitoplasma). Integrasi ke dalam kromosom inang mirip dengan integrasi DNA yang
bertransformasi kecuali segmen DNA berupa unting ganda. Jika fragmen DNA tidak
terintegrasi ke dalam kromosom inang maka tidak terjadi replikasi dan akan diwariskan
hanya ke satu sel turunan pada tiap pembelahan sel. Gen yang terletak pada fragmen
kromosom yang tidak ditransduksikan dan tidak terintegrasi dapat diekspresikan dan sel yang
membawa fragmen pentransduksi yang tidak terintegrasi tersebut disebut transductan abortif
yang bersifat diploid dan dapat digunakan untuk melaksanakan uji komplementasi. Dalam hal
lain, data kontransduksi dapat digunakan untuk mengungkap jarak gen taksiran.
2. Transduksi Khusus
Transduksi ini diperantarai oleh fag virulen sedang yang hanya mentransduksi fragmen
tertentu dari kromosom bakteri. Contohnya adalah fag λ yang menginfeksi E. coli.
Kromosom fag dapat terintegrasi pada beberapa tapak pelekatan khusus dari kromosom
bakteri. Kromosom fag tersebut dapat bereplikasi secara otonom (tidak tergantung dari
replikasi kromosom inang), dan juga dapat bereplikasi dalam keadaan terintegrasi dengan
kromosom inang (seperti kromosom fag merupakan bagian dari kromosom inang), sehingga
perilakunya seperti episom.
Transduksi khusus terjadi melalui rekombinasi antara bentukan kromosom fag
intraselular dengan kromosom bakteri yang sama-sama sirkuler. Perisitiwa rekombinasi ini
terjadi pada tapak pelekatan spesifik di kedua kromosom terkait sehingga menyebabkan
terjadinya insersi linier kovalen kromosom fag ke dalam kromosom bakteri. Ketika menjadi
profag, gen litik pada kromosom virus mengalami represi yang mana mekanismenya
berlangsung dalam suatu sistem sirkuit represor-represor-promotor yang mirip pada operon
bakteri.
Gen C1 fag λ mengkode protein represor yang berikatan dengan kedua daerah operator
yang mengontrol transkripsi gen λ yang terlibat pada pertumbuhan litik. Hal tersebut
menghalangi polimerase RNA berikatan dengan kedua promoter. Akibatnya tidak dapat
mengkatalisasi proses transkripsi. Hal tersebut yang menyebabkan gen fag λ mengalami
represi.
Bakteri yang mengandung profag bersifat lisogenik, dan hubungan antara profag
dengan kromosom inang disebut lisogeni. Sel yang lisogenik kebal terhadap infeksi kedua
oleh fag yang sama, karena gen litik fag yang sudah menginfeksi mengalami represi. Fag yag
bersifat virulen sedang jarang mengalami transisi spontan dari yang bersifat lisogenik
(profag) menjadi yang bersifat litik. Selama transisi, profag terbebas dari kromosom inang
(eksisi), dan kemudian akan melakukan replikasi secara otonom. Proses tersebut merupakan
proses spesifik tapak seperti proses integrasi. Proses eksisi terjadi dimana pemotongan atau
pemisahan profag persis dengan ukurannya di saat integrasi. Namun proses tersebut kadang
juga terjadi pada suatu tapak lain bukan tapak mula-mula yang mana dapat mengakibatkan
adanya penggalan kromosom fag yang tertinggal pada kromosom inang begitu pula
sebaliknya.
Kesalahan pemotongan dan pemisahan profag merupakan penyebab terbentuknya
partikel pentransduksi khusus. Hanya gen inang yang terletak berdekatan dengan tapak
insersi profag yang dapat terpisah bersama DNA fag serta terbungkus di dalam partikel fag.
Proses transduksi khusus hanya berperan terhadap transfer gen yang terletak di dalam suatu
rentang jarak sepit di kedua sisi tapak pelekatan profag sehingga fag λ hanya mentransduksi
penanda gal dan bio. Gen gal dibutuhkan dalam rangka pemanfaatan galaktose sebagai
sumber energi, sedangkan gen bio dibutuhkan (esensial) dalam rangka sintesis biotin.
Jika partikel petransduksi khusus terbentuk selama pemisahan profag dari kromosom
inang, hanya lisat fag yang dihasilkan oleh induksi sel lisogenik yang memiliki aktivitas
pentransduksi. Jika bakteri diinfeksi oleh fag pentransduksi khusus pada kondisi litik, maka
tidak akan ada partikel pentransduksi di dalam lisat fag. Mengenai komposisi kromosom
akibat transduksi, komposisi kromosom transduktan yang dihasilkan oleh transduksi khusus
sama sekali berlainan dari yang dimiliki transduktan hasil transduksi umum maupun dari
yang dimiliki transforman yang merupakan hasil transformasi. Pada transduksi umum dan
transformasi, rekombinasi mengganti suatu segmen kromosom resipien dengan suatu segmen
kromosom donor. Sedangkan pada transduksi khusus, segmen DNA donor dan kromosom fag
ditambahkan kepada kromosom resipien menghasilkan suatu transduktan diploid parsial.
Pada fenomena diploidi parsial, fag pentransduksi yang dihasilkan disebut sebagai λdg
(defective gal) yang bersifat defektif karena gen yang dibutuhkan untuk pertumbuhan dan
pematangan pada kondisi litik sudah diganti oleh DNA bakteri. Partikel pentransduksi λdg
hanya dapat bereproduksi jika ada fag λ wild type yangberperan sebagai helper. Bila lisogen λ
gal diinduksi oleh UV, partikel λ dengan jarak yang terbentuk membawa satu gen/ lebih gen
donor, tergantung pada ukuran segmen DNA bakteri yang dibawa bersama.

Pertanyan & Jawaban:

1. Apa tujuan pembentukan enzim Hin?
 Ketika segmen mengalami perbaikan, maka gen H 2 tidak di transkripsikan lagi dan gen
pengkode protein reseptor untuk gem H1 juga tidak ditranskripsikan. Oleh karena itu
protein H1 dibentuk dan segmen yang mengandung promoter tersebut juga mengkode
enzim Hin yang mengkatalis inversi. Dalam hal ini diduga pula bahwa aktivitas
ekspresi enzim Hin meningkat ketika sel terganggu
2. Apa perbedaan antara transduksi umum dan transduksi khusus?
 Transduksi umum diperantarai oleh fag virulen dan fag virulen sedang,
mentransduksikan gen apapun sedangkan transduksi khusus hanya diperantarai oleh fag
virulen sedang, dan hanya mentransduksi fragmen tertentu.