Anda di halaman 1dari 9

Resume Genetika Ke-2

Oleh : Maulidya Nur Aisiyah P (160342606259)

Nina Bunga Anggraini (160342606206)

Offering G / Kelompok 14

PLASMID DAN EPISOME

Plasmid merupakan unit materi genetik yang mampu melakukan replikasi dengan mandiri atau
bisa disebut replicon. plasmid adalah replika (satuan bahan genetik yang mampu melakukan
replikasi independen) yang diturunkan secara stabil (dipertahankan tanpa seleksi spesifik)
dalam keadaan ekstra kromosomal. Plasmid merupakan DNA yang membawa sejumlah gen
dengan bentuk sirkular dan melakukan replikasi sendiri. Plasmid berada di dalam sel dan
replikasinya seperti replikasi DNA seluler. Plasmid telah diidentifikasi dalam hampir seluruh
strain bakteri yang diuji.

Tiga tipe utama plasmid bakteri antara lain, (1) F dan F’ F dan F’ plasmid, factor fertilitas
konjugasi. terdiri dari sekitar 25 gen, sebagian besar diperlukan untuk memproduksi pili seks.
(2) R plasmid disebut juga RTF atau Resisten Transfer Factor plasmid membawa beberapa gen
untuk resistensi terhadap antibiotic atau obat antibiotic yg lain. (3) Col plasmid disebut juga
colicinogenic, plasmid yang mengkode untuk colisin, protein yang membunuh secara sensitive
sel E. Coli.

Berdasarkan keterlibatannya dalam proses konjugasi, plasmid dibagi menjadi dua kelompok,
yaitu kelompok F dan F’ plasmid, merupakan kelompok yang memperantarai transfer DNA
melalui konjugasi yang disebut dengan transmissible plasmid contohnya adalah beberapa R
plasmid dan Col-Plasmid. Sedangkan kelompok yang kedua merupakan kelompok yang tidak
memperantarai transfer DNA melalui konjugasi.

Episom adalah unsur- unsur genetika bebas, berupa virus atau jasad renik lainnya, yang telah
dapat berkembang dalam sel bakteri baik dalam keadaan autonom (menggandakan diri dan
dipindahkan tanpa bergantung kepada kromosom bakteri) maupun pada keadaan terintegrasi
(melekat pada kromosom bakteri, berperan serta bersamanya dalam rekombinasi genetika dan
dipindahkan bersama kromosom bakteri tersebut).
TRANSPOSABEL MATERI GENETIK

Adalah Sekuen DNA yang dapat bergerak (sequence mobile) disebut sebagai transposable
genetic elements atau transposon sederhana

A. Ketidakstabilan Genetik dan Penemuan Unsur Transposable

McClintock melakukan penelitian untuk membuktikan adanya ketidakstabilan genetik


melalui gen yang berada pada tanaman jagung. McClintock menemukan dan menganalisis
adanya kerusakan yang terjadi pada salah satu sisi yang terdapat elemen transposable. Pada
eksperimennya McClintock menggunakan penanda yang mengontrol pengendapan pigmentasi
pada aleuron di bagian endosperma terluar biji jagung. Sedangkan McClintock melakukan
penanda (alel pada lokus C lengan pendek dari kromosom) untuk mengontrol pengendapan
pigmen pada aluron di biji lain, alel tersebut dosebut dengan C1. C1 sebenarnya merupakan
suatu inhibitor dominan dari pewarnaan aleuron sehingga biji yang memiliki alel menjadi tidak
berwarna. Selanjutnya McClintock mengawinkan bunga betina CC dengan polen dari bunga
jantan C1 C1, menghasilkan biji C1 CC. Dari perkawinan tersebut didapatkan banyak biji tidak
berwarna, dan beberapa biji tampak adanya pigmen berwarna ungu kecoklatan. McClintock
menarik kesimpulan bahwa alel inhibitor C1 telah hilang selama pembentukan endosperm,
sehingga klon dari jaringan pembentuk pigmen dapat muncul. Genotip dari klon ini
kemungkinan adalah -CC dan yang hilang adalah alel CI. Analisis lebih lanjut menunjukkan
bahwa alel ini hilang akibat kerusakan kromosom. Kerusakan kromosom pada suatu lokasi
akan melepaskan segmen kromosom dari sentromernya sehingga membentuk fragmen
asentrik. Menurut McClintock kerusakan kromosom disebabkan oleh DS. kromosom yang
membawa alel CI juga membawa faktor DS. DS diaktifkan oleh faktor lain yang disebut AC
(aktivator). Dua faktor inilah yang menyebabkan ketidakstabilan genetik pada kromosom.
Elemen ini secara struktur saling terhubung dan dapat memasuki lokasi berbeda pada
kromosom. DS merupakan elemen yang dapat berpindah. Ketika salah satu elemen berada
didekat sebuah gen maka fungsi dari gen tersebut akan berubah, atau bahkan fungsinya akan
menghilang. Oleh karena itu, McClintock menyebut Ac dan Ds sebagai elemen pengontrol.

Mutasi diakibatkan oleh adanya elemen kontrol yang berubah. Antara lain Contohnya adalah
mutasi pada lokus bronze bz-m2. Mutasi tersebut diakibatkan oleh adanya insersi dari elemen
AC dan akan kembali ke sebelumnya jika elemen AC dihilangkan. Sedangkan mutasi lainnya,
contohnya pada bz-ml, disebabkan oleh insersi DS, reversi tersebut akan terjadi jika elemen
AC terdapat pada salah satu bagian genom. Elemen AC dapat aktif sendiri sedangkan DS tidak.
Transposon yang dapat mengaktifkan dirinya sendiri, hal ini disebut berfungsi secara autonom,
sedangkan jika tidak maka disebut nonautonom

B. Transposable Elemen pada Bakteri

Transposon bakteri yang paling sederhana adalah penyisipan sekuen atau IS yang homolog,
dan terkadang berkombinasi dengan gen lain untuk membentuk transposon gabungan, yang
ditandai dengan simbol Tn. Simbol ini digunakan untuk menandai transposon yang tidak
mengandung elemen IS, seperti elemen yang disebut sebagai Tn3. Seperti transposon
gabungan, elemen Tn3 juga mengandung gen yang yang tidak berguna dalam transposisi.
bakteriofag yang terintegrasi juga dianggap sebagai elemen transposable karena dapat
memasukkan diri ke dalam kromosom bakteri. Namun, fag ini mewakili batas atas ukuran
transposon dan jelas mengandung banyak gen yang tidak diperlukan untuk penyisipan.

C. Elemen IS

Adalah elemen dengan urutan sandi tunggal yang sama atau hampir sama dan pendek pada
kedua ujungnya. Elemen IS akan membuat duplikasi dari urutan DNA pada lokasi insersi
ketika masuk kedalam kromosom atau plasmid. Hasil duplikasi akan terletak pada sisi elemen
dan disebut sebagai duplikasi lokasi target. Elemen IS membantu episome dalam kromosom
bakteri. Sedangkan transposon gabungan akan terbentuk ketika dua elemen IS saling
menginsersi. Kadang elemen IS pengapit pada transposon gabungan tidak identik. Pada Tn5,
elemen yang terletak di kiri, disebut IS50L tidak mampu untuk menstimulasi transposisi namun
elemen yang berada di kanan yaitu IS50R mampu melakukannya. Perbedaannya adalah
perubahan pasangan nukleotida tunggal menghalangi IS50L untuk mensintesis faktor
transposisi yang penting. Faktor ini merupakan protein yang disebut transposase yang disintesis
oleh IS50R.

Ketika sel bakteri terinfeksi dengan bakteriofage nonlytic yang membawa Tn5 pada
kromosom. Maka frekuensi Tn5 akan berkurang secara drastis, karena sel yang terinfeksi sudah
membawa salinan Tn5. Pengurangan tersebut menunjukkan bahwa transpon yang menduduki
bagian tersebut mencegah transposon yang masuk, kemungkinan hal ini diakibatkan oleh
sintesis represor. Elemen IS5OR yang benar-benar menghasilkan dua protein Tn5. Satu,
transposase, mengkatalisis transposisi, sedangkan yang lain, versi singkat dari transposase,
mencegah transposisi. Karena protein pendek yang lebih berlimpah, transposisi Tn5 akan
diturunkan.
D. Tn3

Tn3 adalah elemen yang memiliki ulangan dengan ujung terbalik sepanjang 38-40 pasang
nukleotida. Tn3 memiliki ukuran yang lebih besar daripada IS dan memiliki gen yang
dibutuhkan untuk transposisi. Terdapat tiga gen diantaranya gen tnpA, tnpR dan bla yang akan
mengkodekan sebuah transpose. Resolve atau represor dan enzim disebut sebagai beta
laktamase. Beta laktamase akan memberi resistensi terhaap antibiotik ampisilin. Transposisi
pada Tn3 berlangsung dalam dua tahap. Tahap pertama adalah transposase membantu
penggabungan antara dua molekul sehingga membentuk struktur yang disebut cointegrate.
Selama proses ini, transposon mengalami replikasi dan masing-masing membentuk sambungan
pada cointegrate. Pada tahap kedua, pengkode tnpR menengahi rekombinasi pada lokasi yang
spesifik antara dua Tn3 elemen. tahapan ini muncul pada urutan di Tn3 yang disebut res, lokasi
resolusi, dan menyebabkan timbulnya dua molekul, masing-masing dengan kopian dari
transposon. produk transposisi Tn3 berfungsi untuk menekan sintesis antara kedua transposase
dan resolvase protein.

E. Signifikansi Medis dari Transposon oleh Bakteri

Transposon bakteri melakukan transposisi gen yang mengendalikan resistensi terhadap


antibiotik dari satu molekul ke molekul lainnya. Bakteri berperan dalam evolusi pada plasmid
R. Konjgativ R plasmid memiliki dua komponen. Yaitu satu segmen membawa satu set gen
yang terlibat dalam transfer DNA konjugatif (RTF), segmen yang lain yaitu R determinan
membawa antibiotik dan resistensi obat gen. Transposons bakteri bertanggung jawab atas
transposisi dari kontrol ketahanan gen terhadap antibiotik dari satu molekul ke molekul lainnya.
Segmen yang membawa gen yang akan di transfer disebut RTF (resistance transfer factor)
sedangkan segmen yang membawa gen resisten disebut R-determinan. Transmisibilitas
plasmid R, transposabilitas faktor penentu R dan evolusi cepat plasmid majemuk R, yang
membawa gen untuk ketahanan terhadap keseluruhan baterai antibiotik dan obat terlarang yang
paling efektif, menjadi perhatian besar praktisi medis. Plasmid ini tidak hanya cepat menyebar
dalam spesies bakteri, tetapi juga ditransmisikan melintasi spesies dan bahkan jalur generik.
Berdasarkan hasil studi yang telah dilakukan, menunjukkan bahwa harus membatasi
penggunaan bakteri untuk infeksi bakteri dan tidak menggunakannya untuk setiap infeksi
ringan. Jika kita tidak membatasi penggunaan antibiotik tersebut maka kegunaannya akan terus
berkurang di kemudian hari.
Elemen Transpons Pada Eukariota

Meskipun beberapa studi elemen transpons berasal dari bakteri, ternyata berdasarkah penelitian
lebih lanjut terdapat juga transpos pada eukariota yang yaitu dengan ragi, jagung, dan
drosopilla.

 Elemen Ty pada ragi

Ragi Saccharomyces cerevisiae membawa sekitar 35 kopi elemen transpos bernaa Ty yang
merupakan genome haploid, transpons ini memiliki rantai nukleotida yang panjang dan saling
berikatan dengan ujung yang disebut ikatan ð yang mana dari setiap ikatannya terbuat long
terminal repeats atau LTR. Genetik dari elemen Ty menyerupai retrovirus eukariotik. Satu
ikatan virus RNA yang terabaikan mensintesis RNA setelah masuk ke dalam sel lalu DNA
memasukkan dirinya sendiri kedalam genom dan melakukan duplikasi. Materi yang masuk
memiliki bentuk keseluruhan yang sama deperti elemen ragi Ty yang disebut juga provirus.
Provirus memiliki tiga gen yang sederhana yaitu gag, pol dan env. Ty elemen hanya memiliki
dua gen, A dan B, yang analog dengan retrovirus gag dan pol.berdasarkan kesamaannya dengan
retrovirus, elemen Ty pada ragi terkadang disebut retrotranspons

 Transpons jagung

Pada penelitian pada jagung ini banyak diidentifikasi beberapa transpos famili. Yang pertama
yaitu elemen Ac dan Ds yang pertama kali dikenalkan oleh McClintock. Ia menemukan elemen
yang terpancar di dalam genome. Struktur Genom Ac jika tidak persis maka identik, sedangkan
jika Genom Ds adalah heterogen. Saat dua elemen Ds bergabung maka elemen tersebut mampu
mematahkan kromosom. Cara mengaktifkan fungsi elemen Ac yaitu dengan asosiasi dengan
protein yang mereka sintesis dan protein tersebut disebut dengan transposase famili Ac/Ds.
Karena elemen Ds merupakan mutasi atau delesi elemen Ac sehingga elemen Ds tidak mampu
aktif sendiri. Akan tetapi karena protein transpoase dapat didifusikan maka kadang kala elemen
Ac dapat mengenkover kegiatan elemen Da dan proses ini disebut trans-acting. Penelitian
selanjutnya menujukkan mekanisme transpos Ac. Setelah mereplikasi, elemen Ac maka akan
berpindah tempat ke daerah sekitarnya. Saat proses tersebut selesai maka akan terbentuk dua
kromatid baru, yang satu dengan satu kopi dari elemen Ac dan yang lainnya dengan dua kopian
elemen Ac, karena itu transpos Ac yang sesungguhnya dipertimbankan sebagai nonreplikasi.
 Elemen Spm dan dSpm

Penemuan transpor jagung lain yang ditemukan oleh McClintock adalah suppressor dan
mutator. elemen autonomnya disebut spm dan elemen nonautonomnya disebut dSpm. Elemen
dSpm lebih kecil dari Spm karena bagian dari rantai DNAnya terpotong yang menyebabkan
kerusakan fungsi pembawa gen oleh Spm.

Spm, dinamai demikian karena mampu menekan fungsi dari dspm yang mana jika suatu
elemen dSpm masuk ke gen dan mengontrol pigmnetasi, menyebabkan kekurangan ekspresi
pignmen warna. Pada saat elemen Spm masuk ke genom tersebut, maka Spm akan menekan
fungsi dSpm yang menyebabkan munculnya bercak warna. Trans-acting mutator spm
menyebabkan gen yang mengatur pigmentasi yang sebelumnya hilang akibat dspm kembali
dan menjadi lebih pekat yang menyebabkan bercak warna.

 Transpons Drosophila

Elemen transpons telah dtemukan pada banyak hewan tetapi informasi yang paling bagus
berasal dari penelitian terhadap Drosophila. Sekelompok besar Drosophila meliputi elemen
seperti retrovirus atau retrotransposons. Bentuk strukturnya sama seperti elemen TY yang
ememiliki rantai ulangan panjang yang dihubungkan oleh rantai yang berada di bagian
berlawanan. Saat retrotranspososm masuk ke sebuah kromosom, akan terdapat dua macam
duplikasi. Yang satu disebut elemen copia, dan satunya elemen gypsy yang berada pada arah
yang sama.

Retrotrasnpos bertanggung jawab terhadap mutasi klasik gen Drosophila yang melibatkan
copia elemen atau gypsy elemen yang prosesnya dapat kembali ke bentuk semula. Seperti pada
elemen TY ragi, transposisi dari retrotransposons drosophila juga melibatkan RNA intermediet
namun, prosesnya masih belum diketahui. Proses ini juga tidak diketahui apakah mampu
berpindah dari satu sel ke sel lain.

 Elemen P dan Hibrida Disgenesis

Beberapa penelitian tentang Drosophila difokuskan kepada anggota dari famili P. Anggota
elemen P memiliki variasi ukuran. Elemen yang lengkap dapat bergerak secara autonom karena
membawa gen yang mengkode transpons protein. Survey langsung dari alam menunjukkan
bahwa Drosophila bertanggung jawab atas variasi elemen P yang ada pada genome. Populasi
Drosophila yang memiliki elemen P memiliki mekanisme untuk meregulasi pergerakan
mereka. Pada beberapa strain, regulasi ini bergantung pada pewarisan maternal yang disebut
Pcytotype.

Genetik Dan Evolusi Signifikan Dari Elemen Transpons

 Mutasi dan kerusakan kromosom

Terdapat sedikit keraguan bahwa transpons elemen bertanggung jawab atas mutasi dari
berbagai variasi organisme, yang paling banyak datang dari Drosophila. Meskipun begitu,
berdasarkan penelitian yang berbeda, menunjukkan bahwa terjadinya mutasi masih merupakan
peristiwa yang langka. Transpons elemen juga dapat menimbulkan kerusakan kromosom yang
dilihat berdasarkan kebiasaan dari kedua elemen Ds pada jagung dan elemen P di Drosophila.

 Digunakan pada Analisis Genetik

Kemampuan alami elemen transpons untuk menimbulkan mutasi telah dimanfaatkan di


laboratorium. Pada beberapa organisme, saat ininlayak untuk menstimulasi transpos dari
partikel atau elemen sehingga dengan demikian dapat meningkatkan mutasi alami. Elemen
transpons juga berguna dalam transformasi genetik dari organisme tingkat tinggi.

 Isu Evolusi

Transpos elemen sangat berguna dalam proses evolusi. Kemampuan mereka dalam mengkopi,
transpose, dan menyusun ulang rantai DNA gen untuk resistensi antibiotik dapat diperoleh
keuntungan dari organisme yang membawa mereka.
Question & Answer

Maulidya Nur Aisiyah Putri

160342606259/G

Pertanyaan :

1. Apa perbedaan elemen Spm dan dSpm dengan elemen Ac dan Ds pada Transpos
jagung?
2. Mengapa transpos elemen Ac dianggap tidak replikatif?

Jawaban :

1. Elemen Ac memiliki gen yang mengkode transposase sehingga transposisi bisa terjadi.
Mutasi dari gen yang mengkode protein menghilangkan kemampuan transposisi, oleh
sebab itu Ds tidak aktif. Berbeda dengan Ac yang bisa mengaktifkan dirinya sendiri.
Sedangkan elemen Spm memiliki fungsi sebagai suppressor fungsi apabila berinteraksi
dengan dSpm pada salah satu posisi dalam genom.
2. Karena pada prosesnya suatu replikasi dapat melewati elemen Ac, hasil penggandaan
dari elemen tersebut dapat berpindah ke tempat di depan tempat replikasi tersebut.
Ketika proses replikasi berakhir, disini akan menjadi dua kromatid bersaudara, yang
satu dengan hanya satu elemen Ac (hanya di tempat baru), dan yang satu lagi dengan
dua elemen Ac (satu di tempat baru dan satu di tempat salnya). Hal perlu diingat dari
proses ini, elemen Ac tidak akan mereplikasi dirinya selama transposisi, selebihnya, dia
digandakan oleh mesin replikasi normal sebelum dan sesudah perpindahan.
Nina Bunga Anggraini

160342606206

Offering G

1. Bagaimanakah perbedaan antara plasmid dan episom ?

Jawab : Antara plasmid dan episom tidaklah sama, terdapat sebuah perbedaan mendasar
diantara keduanya. Plasmid merupakan molekul DNA ekstra kromosom, plasmid tidak dapat
bergabung dengan DNA kromosom, dan plasmid berisi informasi genetik yang diperlukan
untuk replikasi plasmid itu sendiri. Sedangkan episom adalah setiap jenis DNA ekstra-
kromosom yang dapat berhubungan dengan DNA kromosom. Episom biasanya lebih besar dari
DNA ekstra-kromosom lainnya. Contoh episom adalah virus, karena mereka mengintegrasikan
materi genetik mereka ke dalam DNA kromosom inang dan bereplikasi bersama dengan
replikasi DNA kromosom inangnya.

2. Bagaimana protein colisin yang dihasilkan col-plasmid mampu membunuh bakteri


E.coli ?

Jawab : karena colisin yang dihasilkan plasmid col mampu menghambat transkripsi pada
bakteri E.coli dengan mengikat reseptor spesifik pada permukaan sel E.coli yang kemudian
akan merusak permukaan sel nya.

Anda mungkin juga menyukai