Anda di halaman 1dari 25

CRITICAL BOOK REVIEW

ENZYMES

DISUSUN OLEH :

UCIA MAHYA DEWI


8176141011

Dosen pengampu :
Prof.Dr.Ramlan Silaban,M.Si

Mata Kuliah :
Biokimia Lanjut

PROGRAM STUDI MAGISTER PENDIDIKAN KIMIA


PROGRAM PASCA SARJANA
UNIVERSITAS NEGERI MEDAN
MEDAN
2018
CRITICAL BOOK REVIEW

IDENTITAS BUKU

Judul buku : Lehninger principles of biochemistry


Pengarang : David L. Nelson, Michael M. Cox.
Penerbit : WH Freeman and Company
Tahun terbit : 2005
Kota terbit : New York
Tebal buku : 1216 halaman
Bahasa teks : English
No. ISBN : 0-7167-4339-6
I. PENGANTAR
Sejak akhir abad kedua puluh, penelitian tentang enzim telah intensif. Ini telah
menyebabkan pemurnian ribuan enzim, penjelasan dari struktur dan mekanisme kimia dari
dari mereka, dan pemahaman umum tentang bagaimana kerja enzim. Kebanyakan Enzim
adalah protein dengan pengecualian sekelompok kecil molekul RNA katalitik semua enzim
adalah protein. Aktivitas katalitik mereka bergantung pada integritas konformasi protein asli
mereka. Jika enzim didenaturasi atau dipisahkan menjadi subunitnya, aktivitas katalitik
biasanya hilang. Jika enzim dipecah menjadi komponen asam amino, aktivitas katalitiknya
selalu hancur. Jadi struktur enzim protein primer, sekunder, tersier, dan kuaterner sangat
penting untuk aktivitas katalitik mereka.
Enzim, seperti protein lain, memiliki berat molekul mulai dari sekitar 12.000 hingga
lebih dari 1 juta. Beberapa enzim tidak memerlukan gugus kimia untuk aktivitas selain residu
asam amino mereka. Yang lain membutuhkan komponen kimia tambahan yang disebut
kofaktor — baik satu atau lebih ion anorganik, seperti Fe2+, Mg2+, Mn2+, or Zn2+ atau molekul
organik atau metalloorganic kompleks yang disebut koenzim. Beberapa enzim membutuhkan
koenzim dan satu atau lebih ion logam untuk aktivitas. Koenzim atau ion logam yang sangat
erat atau bahkan terikat secara kovalen dengan protein enzim disebut kelompok prostetik.
Enzim lengkap, aktif secara katalitik bersama dengan koenzim terikat dan / atau ion
logamnya disebut holoenzyme. Bagian protein dari enzim seperti ini disebut apoenzyme atau
apoprotein.
Banyak enzim telah dinamai dengan menambahkan akhiran "-ase" ke nama substrat
mereka atau ke kata atau frasa yang menggambarkan aktivitas mereka. Dengan demikian
urease mengkatalisis hidrolisis urea, dan DNA polimerase mengkatalisis polimerisasi
nukleotida untuk membentuk DNA. Kadang-kadang enzim yang sama memiliki dua atau
lebih nama, atau dua enzim yang berbeda memiliki nama yang sama. Karena ambiguitas
semacam itu, dan semakin banyak enzim yang baru ditemukan, ahli biokimia, oleh perjanjian
internasional, telah mengadopsi sistem untuk menamai dan mengklasifikasikan enzim. Sistem
ini membagi enzim menjadi enam kelas, masing-masing dengan subclass, berdasarkan pada
jenis reaksi yang dikatalisasi. Sebagai contoh, nama sistematis formal dari enzim yang
mengkatalisis reaksi :
ATP + D-glukosa → ADP + D-glukosa 6-fosfat

adalah ATP: glukosa fosfotransferase, yang menunjukkan bahwa mengkatalisis transfer


kelompok fosforil dari ATP menjadi glukosa.
II. RINGKASAN ISI BUKU

2.1 Cara Kerja Enzim


Katalisis enzimatik reaksi sangat penting untuk sistem kehidupan. Di bawah
kondisi yang relevan secara biologis, reaksi yang tidak dikatalisis cenderung lambat
sebagian besar molekul biologis cukup stabil dalam lingkungan pH netral, ringan, dan
berair di dalam sel. Selain itu, banyak reaksi umum dalam biokimiawi yang melibatkan
peristiwa kimia yang tidak menguntungkan atau tidak mungkin di lingkungan seluler,
seperti pembentukan transien intermediet bermuatan tidak stabil atau tabrakan dua atau
lebih molekul dalam orientasi yang tepat diperlukan untuk reaksi.
Ciri yang membedakan dari reaksi enzim-katalis adalah bahwa hal itu terjadi
dalam batas-batas kantong pada enzim yang disebut situs aktif (Gambar-1). Molekul
yang terikat di situs aktif dan ditindaklanjuti oleh enzim disebut substrat. Permukaan
situs aktif dipagari dengan residu asam amino dengan kelompok substituen yang
mengikat substrat dan mengkatalis transformasi kimianya. Seringkali, situs aktif
membungkus substrat, yang sepenuhnya mengasingkannya dari solusi.

GAMBAR 1. Mengikat substrat ke enzim di situs aktif.

Enzim Mempengaruhi Nilai Reaksi, Bukan Kesetimbangan


Reaksi enzimatik sederhana dapat ditulis :
E + S ↔ ES ↔ EP ↔ E + P
Di mana E, S, dan P mewakili enzim, substrat, dan produk; ES dan EP adalah kompleks
sementara enzim dengan substrat dan dengan produk
Fungsi katalis adalah untuk meningkatkan laju reaksi. Katalis tidak mempengaruhi
kesetimbangan reaksi. Reaksi apa pun, seperti S P, dapat dijelaskan oleh diagram
koordinat reaksi (Gambar–2), gambar energi berubah selama reaksi. Dalam diagram
koordinat, energi bebas dari sistem diplotkan terhadap kemajuan reaksi (koordinat
reaksi). Titik awal untuk reaksi maju atau sebaliknya disebut keadaan dasar, kontribusi
terhadap energi bebas sistem oleh molekul rata-rata (S atau P) di bawah satu set kondisi
tertentu.

Gambar 2.diagram reaksi koordinat untuk reaksi kimia

Kesetimbangan antara S dan P mencerminkan perbedaan dalam energi bebas dari


keadaan dasar mereka. Dalam contoh yang ditunjukkan pada Gambar-2, energi bebas
dari keadaan dasar P lebih rendah daripada S, jadi ∆G untuk reaksi negatif dan
kesetimbangan mendukung P. Posisi dan arah kesetimbangan tidak dipengaruhi oleh
katalis.
Untuk mengalami reaksi, molekul harus mengatasi penghalang ini dan karena itu
harus diangkat ke tingkat energi yang lebih tinggi. Di puncak bukit energi adalah titik di
mana pembusukan ke S atau P. Ini disebut keadaan transisi. Keadaan transisi bukanlah
spesies kimia dengan stabilitas yang signifikan dan tidak boleh disamakan dengan
reaksi antara (seperti ES atau EP).Perbedaan antara tingkat energi dari keadaan dasar
dan keadaan transisi adalah energi aktivasi ∆G.Laju reaksi mencerminkan energi
aktivasi ini: energi aktivasi yang lebih tinggi berhubungan dengan reaksi yang lebih
lambat. Laju reaksi dapat ditingkatkan dengan menaikkan suhu, sehingga meningkatkan
jumlah molekul dengan energi yang cukup untuk mengatasi penghalang energi.
Alternatifnya, energi aktivasi dapat diturunkan dengan menambahkan katalis. Katalis
meningkatkan laju reaksi dengan menurunkan energi aktivasi.
Enzim tidak terkecuali pada aturan bahwa katalis tidak mempengaruhi
kesetimbangan reaksi. Panah dua arah dalam Persamaan 1 membuat titik ini: setiap
enzim yang mengkatalisis reaksi S→P juga mengkatalisis reaksi P→S. Peran enzim
adalah untuk mempercepat interkonversi S dan P. Enzim tidak digunakan dalam proses,
dan titik ekuilibrium tidak terpengaruh. Namun, reaksi mencapai ekuilibrium lebih
cepat ketika enzim yang sesuai hadir, karena laju reaksi meningkat.
Prinsip umum ini dapat diilustrasikan dengan mempertimbangkan konversi
sukrosa dan oksigen menjadi karbon dioksida dan air.
C12H22O11 + 12O2 → 12CO2 + 11H2O
Reaksi apapun mungkin memiliki beberapa langkah, yang melibatkan
pembentukan dan pembusukan spesies kimia transien yang disebut intermediet reaksi..
Intermediasi reaksi adalah spesies apa pun pada jalur reaksi yang memiliki masa hidup
kimia yang terbatas (lebih lama dari getaran molekuler, ~ 10-13 detik).
Energi aktivasi adalah hambatan energi untuk reaksi kimia. Hambatan ini sangat
penting untuk kehidupan itu sendiri. Laju di mana suatu molekul mengalami reaksi
tertentu menurun karena penghalang aktivasi untuk reaksi tersebut meningkat. Tanpa
hambatan energi seperti itu, makromolekul kompleks akan kembali secara spontan
menjadi bentuk molekul yang lebih sederhana, dan struktur yang kompleks dan sangat
teratur serta proses metabolisme sel tidak dapat ada.
Kecepatan reaksi dan kesetimbangan memiliki definisi termodinamika yang tepat
Kesetimbangan seperti S ↔ P dijelaskan oleh konstanta kesetimbangan, Keq, atau
hanya K. Di bawah kondisi standar yang digunakan untuk membandingkan proses
biokimia, konstanta kesetimbangan dilambangkan dengan K eq (atau Kꜗ ):
Beberapa Prinsip Menjelaskan Daya Katalitik dan Spesifitas Enzim
Enzim adalah katalis yang luar biasa. Tingkat peningkatan yang mereka bawa
berada di kisaran 5 hingga 17 lipat.. Enzim juga sangat spesifik, mudah membedakan
antara substrat dengan struktur yang sangat mirip.
Kelompok fungsional katalitik pada enzim dapat membentuk ikatan kovalen
transien dengan substrat dan mengaktifkannya untuk reaksi, atau kelompok dapat
ditransfer secara sementara dari substrat ke enzim. Dalam banyak kasus, reaksi ini
hanya terjadi di situs aktif enzim. Interaksi kovalen antara enzim dan substrat
menurunkan energi aktivasi (dan dengan demikian mempercepat reaksi) dengan
menyediakan jalur reaksi alternatif berenergi rendah.
Sebagian besar energi yang dibutuhkan untuk menurunkan energi aktivasi berasal
dari interaksi nonkovalen yang lemah antara substrat dan enzim. Apa yang benar-benar
membedakan enzim dari kebanyakan katalis lain adalah pembentukan kompleks ES
spesifik. Interaksi antara substrat dan enzim dalam kompleks ini dimediasi oleh
kekuatan yang sama yang menstabilkan struktur protein, termasuk ikatan hidrogen dan
interaksi hidrofobik dan ionik. Energi yang berasal dari interaksi enzim-substrat disebut
energi ikat, ∆GB. Maknanya meluas melampaui stabilisasi sederhana dari interaksi
enzim-substrat. Mengikat energi adalah sumber utama energi bebas yang digunakan
oleh enzim untuk menurunkan energi aktivasi reaksi.
Dua prinsip mendasar dan saling terkait memberikan penjelasan umum tentang
bagaimana enzim menggunakan energi pengikat nonkovalen:
1. Sebagian besar kekuatan katalitik enzim pada dasarnya berasal dari energi
bebas yang dilepaskan dalam membentuk banyak ikatan dan interaksi yang
lemah antara enzim dan substratnya. Energi pengikatan ini berkontribusi pada
kekhususan serta katalisis.
2. Interaksi lemah dioptimalkan dalam keadaan transisi reaksi; situs aktif enzim
bersifat komplementer bukan untuk substrat per se tetapi untuk keadaan
transisi melalui substrat yang dilewati karena mereka diubah menjadi produk
selama reaksi enzimatik.
Interaksi Lemah antara Enzim dan Substrat Dioptimalkan di Keadaan Transisi
Enzim secara struktural melengkapi substrat mereka, sehingga mereka cocok
bersama seperti kunci dan kunci (Gambar 3). Ide yang elegan ini, bahwa interaksi
khusus (eksklusif) antara dua molekul biologis dimediasi oleh permukaan molekul
dengan bentuk pelengkap, telah sangat mempengaruhi perkembangan biokimia, dan
interaksi semacam itu terletak di jantung banyak proses biokimia. Namun, hipotesis
"mengunci dan kunci" dapat menyesatkan ketika diterapkan pada katalisis enzimatik.
Enzim yang sepenuhnya melengkapi substratnya akan menjadi enzim yang sangat
buruk.

Gambar 3. Bentuk komplementer dari substrat dan situs pengikatannya pada enzim

Reaksi yang tidak terakumulasi ditunjukkan pada Gambar-4a. Dua enzim imajiner
- dua "stickase" - yang dapat mengkatalisis reaksi ini, keduanya menggunakan kekuatan
magnet sebagai paradigma untuk energi ikat yang digunakan oleh enzim nyata.
Pertama-tama kita merancang suatu enzim yang secara sempurna melengkapi substrat
(Gambar-4b). Situs aktif dari stickase ini adalah sebuah saku yang dilapisi dengan
magnet. Untuk bereaksi (istirahat), tongkat harus mencapai keadaan transisi dari reaksi,
tetapi tongkat itu sangat cocok di situs aktif yang tidak dapat ditekuk, karena lentur
akan menghilangkan beberapa interaksi magnetik antara tongkat dan enzim. Dalam
diagram koordinat reaksi (Gambar–4b), kompleks ES jenis ini akan berhubungan
dengan suatu palung energi yang darinya substrat akan mengalami kesulitan untuk
melarikan diri. Enzim semacam itu tidak akan berguna.
Untuk mengkatalisis reaksi, enzim harus melengkapi keadaan transisi reaksi. Ini
berarti bahwa interaksi optimal antara substrat dan enzim hanya terjadi dalam keadaan
transisi. Gambar-4c menunjukkan bagaimana enzim tersebut dapat bekerja. Tongkat
logam mengikat stickase, tetapi hanya sebagian dari interaksi magnetik yang mungkin
digunakan dalam membentuk kompleks ES. Banyak dari interaksi ini melibatkan
bagian-bagian tongkat yang jauh dari titik kerusakan; sehingga interaksi antara bagian
stickase dan non-aktif dari tongkat memberikan sebagian energi yang diperlukan untuk
mengkatalisis kerusakan stick. "Pembayaran energi" ini diterjemahkan ke dalam energi
aktivasi bersih yang lebih rendah dan laju reaksi yang lebih cepat.

Gambar 4. Enzim imajiner (stickase) yang dirancang untuk mengkatalisis kerusakan


tongkat logam. (a) Sebelum tongkat dipatahkan, ia harus ditekuk terlebih dahulu
(keadaan transisi). Dalam kedua contoh stickase, interaksi magnetik menggantikan
interaksi ikatan lemah antara enzim dan substrat. (B) Sebuah stickase dengan saku
berlapis magnet pelengkap dalam struktur ke tongkat (substrat) menstabilkan substrat.
Lentur terhambat oleh daya tarik magnet antara stick dan stickase. (c) Enzim dengan
kantung yang melengkapi keadaan transisi reaksi membantu mendestabilisasi stik,
berkontribusi pada katalisis reaksi. Energi pengikat dari interaksi magnetik
mengkompensasi peningkatan energi bebas yang dibutuhkan untuk membengkokkan
tongkat. Reaksi mengoordinasikan diagram (kanan) menunjukkan konsekuensi energi
dari komplementaritas terhadap substrat versus komplementaritas terhadap keadaan
transisi (kompleks EP dihilangkan). ∆GM, perbedaan antara energi transisi-negara dari
reaksi yang tidak dikatalisis dan dikatalisis, disumbangkan oleh interaksi magnetik
antara tongkat dan stickase. Ketika enzim melengkapi substrat (b), kompleks ES lebih
stabil dan memiliki lebih sedikit energi bebas dalam keadaan dasar daripada substrat
saja. Hasilnya adalah peningkatan energi aktivasi

Enzim nyata bekerja pada prinsip analog. Beberapa interaksi lemah terbentuk di
kompleks ES, tetapi pelengkap penuh interaksi semacam itu antara substrat dan enzim
hanya terbentuk ketika substrat mencapai keadaan transisi. Energi bebas (energi
pengikat) yang dilepaskan oleh pembentukan interaksi ini sebagian mengimbangi
energi yang diperlukan untuk mencapai puncak bukit energi. Penjumlahan energi
aktivasi (positif) yang tidak menguntungkan ∆G‡ dan energi pengikatan (negatif) yang
menguntungkan ∆GB menghasilkan energi aktivasi bersih yang lebih. Interaksi lemah
yang terbentuk hanya dalam keadaan transisi adalah interaksi yang memberi kontribusi
utama pada katalisis.
Mengikat Energi Berkontribusi untuk Reaksi Spesifisitas dan Katalisis
Energi pengikatan yang sama yang memberikan energi untuk katalisis juga
memberikan enzim kekhususannya, kemampuan untuk membedakan antara substrat dan
molekul yang bersaing. Secara konseptual, spesifisitas mudah dibedakan dari katalisis,
tetapi perbedaan ini jauh lebih sulit untuk dibuat secara eksperimental, karena katalisasi
dan spesifisitas muncul dari fenomena yang sama. Jika situs enzim aktif memiliki
kelompok-kelompok fungsional yang disusun secara optimal untuk membentuk
berbagai interaksi lemah dengan substrat tertentu dalam keadaan transisi, enzim tidak
akan dapat berinteraksi dengan derajat yang sama dengan molekul lain.
Pentingnya energi mengikat untuk katalisis dapat dengan mudah ditunjukkan.
Sebagai contoh, enzim glikolitik triose fosfat isomerase mengkatalisis interkonversi dari
gliseraldehida 3-fosfat dan dihidroksiaseton fosfat:
Reaksi ini menata kembali gugus karbonil dan hidroksil pada karbon 1 dan 2.
Namun, lebih dari 80% percepatan laju enzim telah dilacak ke interaksi enzim-substrat
yang melibatkan gugus fosfat pada karbon 3 dari substrat.
Faktor fisik dan termodinamika yang menonjol yang berkontribusi pada ∆G‡,
penghalang untuk bereaksi, mungkin termasuk (1) penurunan entropi, dalam bentuk
penurunan kebebasan gerak dua molekul dalam larutan; (2) kulit solvasi air berikatan
hidrogen yang mengelilingi dan membantu menstabilkan sebagian besar biomolekul
dalam larutan berair; (3) distorsi substrat yang harus terjadi dalam banyak reaksi; dan
(4) kebutuhan untuk penyelarasan yang tepat dari kelompok fungsional katalitik pada
enzim.
Pertama, pembatasan besar dalam gerakan relatif dari dua substrat yang bereaksi,
atau pengurangan entropi, adalah salah satu manfaat nyata mengikat mereka ke enzim.
Energi pengikat menahan substrat dalam orientasi yang tepat untuk bereaksi kontribusi
substansial untuk katalisis, karena tabrakan produktif antara molekul dalam larutan bisa
sangat jarang. Penelitian telah menunjukkan bahwa membatasi gerak dua reaktan dapat
menghasilkan peningkatan tingkat banyak pesanan besarnya (Gambar 5).
Kedua, pembentukan ikatan lemah antara substrat dan enzim juga menghasilkan
desolvasi substrat. Interaksi enzim-substrat menggantikan sebagian atau seluruh ikatan
hidrogen antara substrat dan air. Ketiga, energi pengikatan yang melibatkan interaksi
lemah yang terbentuk hanya dalam keadaan transisi reaksi membantu mengkompensasi
termodinamik untuk setiap distorsi, terutama redistribusi elektron, yang harus dijalani
substrat untuk bereaksi.

Gambar 5. Tingkat peningkatan dengan pengurangan entropi


Kelompok Katalitik Spesifik Berkontribusi Katalisis
Pada sebagian besar enzim, energi ikat yang digunakan untuk membentuk
kompleks ES hanyalah salah satu dari beberapa penyumbang pada mekanisme katalitik
keseluruhan. Setelah substrat terikat pada enzim, kelompok fungsional katalitik yang
diposisikan dengan tepat membantu dalam pembelahan dan pembentukan ikatan dengan
berbagai mekanisme, termasuk katalisis asam basa umum, katalisis kovalen, dan
katalisis ion logam.
Banyak reaksi biokimia melibatkan pembentukan intermediet bermuatan tidak
stabil yang cenderung memecah dengan cepat ke spesies reaktan konstituen mereka,
sehingga menghambat reaksi.Untuk reaksi nonenzimatik, transfer proton dapat
melibatkan konstituen air sendiri atau donor proton lemah lainnya atau akseptor.
Katalisis jenis ini yang hanya menggunakan H+ (H3O+) Atau OH- ion yang ada dalam
air disebut sebagai katalisis asam basa spesifik.Untuk reaksi nonenzimatik dalam
larutan berair, terjadi ketika reaksi tidak stabil antara rusak ke reaktan lebih cepat
daripada proton yang dapat ditransfer ke atau dari air. Banyak asam organik yang lemah
dapat menambah air sebagai donor proton dalam situasi ini, atau basa organik yang
lemah dapat berfungsi sebagai akseptor proton.
Di situs aktif enzim, sejumlah rantai samping asam amino juga dapat bertindak
sebagai donor proton dan akseptor (Gambar 6). Kelompok-kelompok ini dapat tepat
diposisikan di situs aktif enzim untuk memungkinkan transfer proton, memberikan
peningkatan tingkat urutan 102-105. Jenis katalisis ini terjadi pada sebagian besar
enzim. Bahkan, transfer proton adalah reaksi biokimia yang paling umum.

Gambar 6. Asam amino pada katalisis asam basa umum


Pada katalisis kovalen, ikatan kovalen transien terbentuk antara enzim dan
substrat. Pertimbangkan hidrolisis ikatan antara grup A dan B:
𝐻2𝑂
A-B → A+B
Dengan adanya katalis kovalen (enzim dengan gugus nukleofilik X), maka reaksi
menjadi :
𝐻2𝑂
A–B+X:→ A-X+B→ A+B
Interaksi ionik antara logam yang terikat enzim dan substrat dapat membantu
mengarahkan substrat untuk reaksi atau menstabilkan keadaan transisi reaksi
bermuatan. Logam juga dapat memediasi reaksi reduksi-oksidasi oleh perubahan
reversibel dalam keadaan oksidasi ion logam.

Gambar 7. Katalis basa asam dan basa secara umum


2.2 Enzyme Kinetics sebagai Pendekatan untuk Memahami Mekanisme
Pendekatan sentral untuk mempelajari mekanisme reaksi enzim-katalis adalah
untuk menentukan laju reaksi dan bagaimana perubahan dalam menanggapi perubahan
parameter eksperimental
Konsentrasi Substrat Mempengaruhi Laju Reaksi Katalisis Enzim
Kunci yang memengaruhi laju reaksi yang dikatalisis oleh enzim adalah
konsentrasi substrat, [S]. Namun, mempelajari efek konsentrasi substrat dipersulit oleh
fakta bahwa [S] berubah selama reaksi in vitro saat substrat diubah menjadi produk.
Salah satu pendekatan penyederhanaan dalam eksperimen kinetika adalah mengukur
laju awal (atau kecepatan awal), yang ditentukan V0, ketika [S] jauh lebih besar
daripada konsentrasi enzim, [E]. Dalam reaksi khas, enzim dapat hadir dalam jumlah
nanomolar, sedangkan [S] mungkin lima atau enam lipat lebih tinggi. Jika hanya
permulaan reaksi dimonitor (seringkali 60 detik pertama atau kurang), perubahan dalam
[S] dapat dibatasi hingga beberapa persen, dan [S] dapat dianggap sebagai konstan. V0
kemudian dapat dieksplorasi sebagai fungsi [S], yang disesuaikan oleh penyidik. Efek
pada V0 dari berbagai [S] ketika konsentrasi enzim dipertahankan konstan.
Parameter Kinetik Digunakan untuk Membandingkan Aktivitas Enzim
Penting untuk membedakan antara persamaan Michaelis-Menten dan mekanisme
kinetik spesifik yang awalnya didasarkan. Persamaan menggambarkan perilaku kinetik
dari banyak enzim, dan semua enzim yang menunjukkan ketergantungan hiperbolik V0
pada [S] dikatakan mengikuti kinetika MichaelisMenten. Aturan praktis itu
Km = [S] saat V0 = 1⁄2Vmax
Banyak Enzim Katalisis Reaksi dengan Dua atau Lebih Substrat
Dalam kebanyakan reaksi enzimatik, bagaimanapun, dua (dan kadang-kadang
lebih) molekul substrat yang berbeda mengikat enzim dan berpartisipasi dalam reaksi.
Sebagai contoh, dalam reaksi yang dikatalisasi oleh hexokinase, ATP dan glukosa
adalah molekul substrat, dan ADP dan glukosa 6-fosfat

Gambar 8. Mekanisme umum untuk reaksi bisubrata yang dikatalisis enzim.


(a) Enzim dan kedua substrat bergabung untuk membentuk kompleks terner. (b)
Suatu bentuk kompleks enzim-substrat, suatu produk meninggalkan kompleks,
enzim yang diubah membentuk kompleks kedua dengan molekul substrat lain,
dan produk kedua meninggalkan, meregenerasi enzim

Enzim Bergantung pada Penghambatan Reversibel atau Irreversible


Enzim inhibitor adalah agen molekuler yang mengganggu katalisis,
memperlambat atau menghentikan reaksi enzimatik.
Penghambatan reversible
Penghambatan umum disebut kompetitif (Gambar 9a). Inhibitor kompetitif
bersaing dengan substrat untuk situs aktif enzim. Inhibitor tidak kompetitif (Gambar 9b)
mengikat pada lokasi yang berbeda dari situs aktif substrat dan, tidak seperti inhibitor
kompetitif, hanya mengikat kompleks ES.Inhibitor campuran (Gambar 9c) juga
berikatan dengan situs yang berbeda dari situs aktif substrat tetapi mengikat E atau ES
Gambar 9. Tiga jenis penghambatan reversible

Penghambatan Ireversible
Inhibitor ireversibel adalah mereka yang mengikat secara kovalen dengan atau
menghancurkan kelompok fungsional pada enzim yang penting untuk aktivitas enzim,
atau mereka yang membentuk asosiasi nonkovalen yang stabil

Gambar 10. Penghambtan Ireversibel

Aktivitas Enzim Tergantung pada pH


Enzim memiliki pH optimal (rentang pH) di mana aktivitas mereka maksimal
pada pH yang lebih tinggi atau lebih rendah, aktivitas menurun. Rantai samping asam
amino di situs aktif dapat bertindak sebagai asam lemah dan basa dengan fungsi-fungsi
penting yang bergantung pada mempertahankan keadaan ionisasi tertentu, dan di tempat
lain dalam rantai samping terionisasi protein.
2.3 Contoh Reaksi Enzimatik
Pemahaman tentang mekanisme lengkap aksi enzim yang dimurnikan
membutuhkan identifikasi semua substrat, kofaktor, produk, dan regulator. Selain itu,
diperlukan pengetahuan tentang (1) urutan temporal di mana intermediet reaksi terikat
enzim bentuk, (2) struktur masing-masing antara dan setiap keadaan transisi, (3) tingkat
interkonversi antara intermediet, (4) hubungan struktural enzim untuk masing-masing
menengah, dan (5) energi yang disumbangkan oleh semua bereaksi dan berinteraksi
kelompok untuk kompleks menengah dan bagian transisi.
Mekanisme Chymotrypsin Melibatkan Asilasi dan Deacylation dari Ser Residue
Struktur tiga dimensi chymotrypsin ditunjukkan pada Gambar 11, dengan
kelompok-kelompok fungsional di situs aktif ditekankan. Reaksi yang dikatalisasi oleh
enzim ini mengilustrasikan prinsip stabilisasi keadaan transisi dan juga memberikan
contoh klasik katalisasi asam-basa umum dan katalisis kovalen.

Gambar 11. Struktur chymotrypsin. (PDB ID 7GCH) (a) Representasi struktur


primer (b) Sebuah penggambaran enzim yang menekankan permukaannya (c)
Tulang punggung polipeptida sebagai struktur pita (d) Close-up dari situs aktif
dengan substrat (sebagian besar hijau) terikat.

Hexokinase Mengalami Fit yang Diinduksi Pada Pengikatan Substrat


ATP dan ADP selalu mengikat enzim sebagai kompleks dengan ion logam Mg2+.\
Hidroksil pada glukosa C-6 (dimana fosforil ATP ditransfer dalam reaksi hexokinase)
mirip dalam reaktivitas kimia terhadap air, dan air bebas memasuki situs aktif enzim.
Namun hexokinase mendukung reaksi dengan glukosa dengan faktor 106. Enzim dapat
membedakan glukosa dan air karena perubahan konformasi dalam enzim ketika substrat
yang benar mengikat (Gambar 12).

Gambar 12. (a) Hexokinase memiliki struktur berbentuk U (PDB ID 2YHX). (b)
ujung mencubit satu sama lain dalam perubahan konformasi yang disebabkan oleh
pengikatan D-glukosa (merah).
Mekanisme Reaksi Enolase Membutuhkan Ion Logam
Enzim glikolitik lain, enolase, mengkatalisis dehidrasi reversibel 2-fosfogliserat
menjadi fosfoenolpiruvat:

Enolase ragi (Mr 93.316) adalah dimer dengan 436 residu asam amino per
subunit. Reaksi enolase mengilustrasikan satu jenis katalis ion logam dan memberikan
contoh tambahan dari katalisasi asam-basa umum dan stabilisasi transisistate. Reaksi
terjadi dalam dua langkah (Gambar 13a).
Gambar 13. Reaksi dua langkah dikatalisasi oleh enolase.
Lysozyme Menggunakan Dua Reaksi Pemindahan Nukleofilik Berturut-turut
Lysozyme adalah agen antibakteri alami yang ditemukan dalam air mata dan putih
telur. Lisozim putih telur ayam (Mr 14.296) adalah monomer dengan 129 residu asam
amino. Ini adalah enzim pertama yang memiliki struktur tiga-dimensi yang ditentukan,
oleh David Phillips dan rekannya pada tahun 1965.
Ada dua mekanisme yang dapat menghasilkan produk dari pembelahan
lysozymemediated dari ikatan glikosidik. Phillips dan rekan mengusulkan mekanisme
disosiatif (SN1-type) (Gambar 14a, kiri), di mana GlcNAc awalnya terdisosiasi pada
langkah 1 untuk meninggalkan glikosil kation (karbokation) menengah.Karbokation
distabilkan oleh resonansi yang melibatkan oksigen cincin yang berdekatan, serta oleh
interaksi elektrostatik dengan muatan negatif pada Asp52 terdekat. Pada langkah 2,
serangan air di C-1 Mur2Ac menghasilkan produk. Mekanisme alternatif (Gambar 14a,
kanan) melibatkan dua langkah direct-displacement (SN2-type) berturut-turut.
Sebuah eksperimen yang menarik memberi tip skala yang jelas mendukung jalur
SN2, seperti yang dilaporkan oleh Stephen Withers dan rekannya pada tahun 2001.
Memanfaatkan enzim mutan (dengan residu 35 berubah dari Glu menjadi Gln) dan
substrat buatan, yang dikombinasikan untuk memperlambat laju langkah-langkah kunci
dalam reaksi, para pekerja ini mampu menstabilkan perantara kovalen yang sulit
dipahami. Ini pada gilirannya memungkinkan mereka untuk mengamati secara
langsung, menggunakan spektrometri massa dan kristalografi sinar-X (Gambar 14b).
Gambar 14. Reaksi Lysozyme (a) Dua jalur yang diusulkan berpotensi menjelaskan
reaksi keseluruhan dan sifat-sifatnya. Jalur SN1 (kiri) adalah mekanisme Phillips asli.
Jalur SN2 (kanan) adalah mekanisme yang paling konsisten dengan data saat ini. (b)
Diagram pita dari enzim kovalen intermediet dengan residu activesite (biru) dan
substrat yang terikat (merah)

2.4 Enzim Regulasi


Dalam metabolisme sel, sekelompok enzim bekerja bersama dalam jalur
sekuensial untuk melakukan proses metabolik tertentu, seperti pemecahan multireaksi
glukosa menjadi laktat atau sintesis multireaksi asam amino dari prekursor yang lebih
sederhana. Dalam sistem enzim seperti itu, produk reaksi dari satu enzim menjadi
substrat berikutnya.
Enzim Alosterik Mengalami Perubahan Konformasi dalam Menanggapi
Pengikatan Modulator
Protein allosteric adalah mereka yang memiliki "bentuk lain" atau konformasi
yang disebabkan oleh pengikatan modulator. Konsep yang sama berlaku untuk enzim
pengaturan tertentu, sebagai perubahan konformasi yang disebabkan oleh satu atau
lebih modulator interconvert yang lebih aktif dan bentuk enzim yang kurang aktif.
Modulator untuk enzim alosterik mungkin penghambatan atau stimulasi. Selain situs
aktif, enzim alosterik umumnya memiliki satu atau lebih peraturan, atau alosterik, situs
untuk mengikat modulator (Gambar 15).

Gambar 15. Interaksi subunit dalam enzim alosterik, dan interaksi dengan
inhibitor dan aktivator.

Gambar 16. Dua pandangan dari enzim pengatur aspartat transcarbamoylase


Enzim allosteric umumnya lebih besar dan lebih kompleks daripada enzim
nonallosteric. Sebagian besar memiliki dua atau lebih subunit. Aspartat
transcarbamoylase, yang mengkatalisis reaksi awal dalam biosintesis nukleotida
pirimidin (lihat Gambar 22-36), memiliki 12 rantai polipeptida yang disusun menjadi
subunit katalitik dan peraturan. Gambar 16 menunjukkan struktur kuaterner enzim ini,
disimpulkan dari analisis x-ray.

Sifat Kinetik dari enzim alosterik berbeda dari aturan Michaelis-Menten


Enzim Allosteric menunjukkan hubungan antara V0 dan [S] yang berbeda dari
kinetika Michaelis-Menten. Mereka menunjukkan kejenuhan dengan substrat ketika [S]
cukup tinggi, tetapi untuk beberapa enzim alosterik.

Beberapa Enzim Regulasi yang Menjalani Moda Konversi Kovalen


Memodifikasi kelompok termasuk gugus fosforil, adenylyl, uridylyl, metil, dan
adenosine difosfat ribosil.Kelompok-kelompok ini umumnya terkait dan dihapus dari
enzim pengatur oleh enzim yang terpisah. Contoh enzim yang diatur oleh metilasi
adalah protein kemotaksis yang menerima metil dari bakteri. Protein ini adalah bagian
dari sistem yang memungkinkan bakteri berenang ke arah atraktan (seperti gula) dalam
larutan dan jauh dari bahan kimia pengusir.

Kelompok Fosforil Mempengaruhi Struktur dan Aktivitas Katalitik Protein


Penambahan kelompok fosforil ke residu Ser, Thr, atau Tyr memperkenalkan
kelompok besar yang bermuatan ke daerah yang hanya cukup polar. Atom oksigen dari
gugus fosforil dapat terikat hidrogen dengan satu atau beberapa kelompok dalam suatu
protein, biasanya kelompok amida dari tulang punggung.
Sebuah contoh penting dari regulasi oleh fosforilasi terlihat pada glikogen
fosforilase (Mr 94,500) dari otot dan hati yang mengkatalisis reaksi

Glukosa 1-fosfat yang terbentuk dapat digunakan untuk sintesis ATP di otot atau
diubah menjadi glukosa bebas di hati. Glikogen fosforilasa terjadi dalam dua bentuk:
fosforilase yang lebih aktif dan fosforilasa b yang kurang aktif (Gambar 17). Fosforilasa
a memiliki dua subunit, masing-masing dengan residu Ser spesifik yang terfosforilasi
pada gugus hidroksilnya. Residu fosfat serin ini diperlukan untuk aktivitas enzim yang
maksimal.
Gambar 17. Peraturan aktivitas glikogen fosforilase dengan modifikasi kovalen

Beberapa Phosphorylations Memungkinkan Kontrol Pengaturan


Beberapa protein memiliki urutan konsensus yang diakui oleh beberapa protein
kinase yang berbeda, masing-masing dapat memfosforilasi protein dan mengubah
aktivitas enzimatiknya. Dalam beberapa kasus, fosforilasi bersifat hierarkis: residu
tertentu dapat terfosforilasi hanya jika residu tetangga telah terfosforilasi. Misalnya,
glikogen sintase, enzim yang mengkatalisis kondensasi monomer glukosa untuk
membentuk glikogen dilemahkan oleh fosforilasi residu Ser spesifik dan juga
dimodulasi oleh setidaknya empat protein kinase lain yang memfosforilasi empat situs
lain dalam protein.

Gambar 18. Beberapa regulasi fosforilasi


Beberapa Enzim dan Protein Lain Diatur oleh Pembelahan Proteolitik dari
Prekursor Enzim
Untuk beberapa enzim, prekursor tidak aktif yang disebut zymogen dibelah untuk
membentuk enzim aktif. Banyak enzim proteolitik (protease) dari lambung dan
pankreas diatur dengan cara ini. Chymotrypsin dan tripsin awalnya disintesis sebagai
chymotrypsinogen dan trypsinogen (Gambar 19). Pembelahan spesifik menyebabkan
perubahan konformasi yang mengekspos situs aktif enzim. Karena jenis aktivasi ini
tidak dapat diubah, mekanisme lain diperlukan untuk menonaktifkan enzim-enzim ini.
Protease diinaktivasi oleh protein inhibitor yang mengikat sangat erat ke situs aktif
enzim.

Gambar 19. Aktivasi zymogens oleh pembelahan proteolitik

Beberapa Enzim Regulasi Menggunakan Beberapa Mekanisme Regulasi


Glikogen fosforilase mengkatalisis reaksi pertama dalam jalur yang memberi
makan glukosa yang disimpan ke dalam metabolisme karbohidrat yang berpotensial
dalam energi. Ini adalah langkah metabolisme yang penting, dan pengaturannya juga
rumit.
Enzim regulator kompleks lainnya ditemukan di persimpangan metabolisme
kunci. Bakteri glutamin sintetase, yang mengkatalisis reaksi yang memperkenalkan
nitrogen berkurang menjadi metabolisme sel adalah salah satu enzim pengatur paling
kompleks yang diketahui. Ini diatur secara alosterik (dengan setidaknya delapan
modulator yang berbeda); dengan modifikasi kovalen reversibel; dan oleh asosiasi
protein pengatur lainnya, mekanisme diperiksa secara rinci ketika kita
mempertimbangkan pengaturan jalur metabolisme tertentu
III. KEUNGGULAN BUKU
3.1 Keterkaitan antar Bab
Keterkaitan materi antar subbab satu dengan yang lain dalam buku ini sudah
sistematis dan saling berkaitan. Penyusunan materi tersusun dari pengantar tentang
materi yang akan dibahas, penjelasan mendalam hingga banyaknya gambar, tabel,
bagan, ilustrasi yang diberikan setiap sub bab sehingga pembaca mudah dalam untuk
memahami materi, yang dipaparkan. Pada buku ini juga disetiap sub bab yang disajikan
disertai dengan rangkuman. Selain itu Penulis mampu menghubungkan antar gagasan
utama dengan topik yang disampaikan pada paragraf. Peneliti mampu menyajikan
pembahasan dengan kohesi dan koherensi, setiap pembahasan yang disajikan tidak
keluar dari topik yang dimaksud.

3.2 Kemutakhiran Isi Buku


Pembahasan yang disuguhkan pada bab ini dinilai memiliki kemutakhiran atau
hubungan yang erat karena seiring dengan perkembangan zaman yang selalu
mempelajari tentang enzim seperti bagaimana cara kerja enzim, mekanisme kimia dari
enzim serta contoh-contoh reaksi enzimatik.

IV. KELEMAHAN BUKU


4.1 Keterkaitan antar Bab
Dalam buku ini untuk keterkaitan antar bab, tidak ditemukan adanya kelemahan,
karena menurut analisis bab enzim yang terdapat pada buku Lehninger Principles of
Biochemistry telah mempunyai keterkaitan antara bab satu dengan bab lainnya.
Sehingga pembaca lebih mudah untuk memahami isi buku tersebut.

4.2 Kemutakhiran Isi Buku


Pada buku ini teori yang dikembangkan dari masalah sudah cukup mutakhir,
namun untuk referensi buku ini sudah termasuk terbitan tahun yang sudah lama yaitu
tahun 2005, sehingga untuk lebih up to date bisa mencari dan menggunakan buku
terbitan yang lebih terbaru yang sudah direvisi atau buku terbitan lainnya yang
membahas mengenai biokimia juga.
V. IMPLIKASI
5.1 Teori/Konsep
Buku ini memiliki beberapa teori dan konsep yang dapat membangun dan
memberi wawasan kepada pembaca lebih tentang enzim yang dapat ditemukan dalam
pembelajaran setiap materi antar bab yang ada, teorinya melalui konsep – konsep. Buku
Lehninger Principles of Biochemistry benar-benar menyajikan konsep praktis dan
teoritis dalam memudahkan pembaca memahami materi enzim seperti dalam buku ini
membahas bagaimana cara kerja enzim, mekanisme kimia dari enzim serta contoh-
contoh reaksi enzimatik. Buku ini dirancang sedemikian rupa sehingga mahasiswa
dapat memahami setiap konsep dengan mudah yang disertai dengan penampilan
menarik berupa gambar, tabel, grafik, bagan, illustrasi, dan lainnya. Kelebihan lainnya
adalah gaya penulisan yang relatif mudah dipahami serta pembahasannya yang lengkap
dan runtut sehingga mahasiswa akan lebih mudah memahami isi buku.

5.2 Program pembangunan di Indonesia


Peran buku Lehninger Principles of Biochemistry ini mengenai program
pembangunan di Indonesia , lebih terutama terhadap mahasiswa (biokimia merupakan
mata kuliah utama) baik mahasiswa pasca sarjana atau mahasiswa (s1) dalam berbagai
bidang ilmu kimia atau pun kesehatan. Buku ini direkomendasikan sebagai sarana
dalam proses pembelajaran , terutama pada pemula (baru mempelajari biokimia).Dari
hasil membaca buku ini, pembaca dapat menguasai materi dan konsep mengenai enzim.
Melalui konsep dan teori yang telah dipahami, pembaca dapat memanfaatkannya dalam
bidang eksperimental sehingga hasil penelitiannya dapat berguna dalam program
pembangunan di Indonesia terutama dalam bidang penelitian sains. Buku ini juga dapat
digunakan sebagai bahan referensi dalam mempelajari biokimia lanjut.

5.3 Analisis mahasiswa


Buku ini sangat bagus dan materi yang disajikan sangat lengkap, karena
didalamnya tidak hanya teori tetapi banyak gambar yang memudahkan pembaca untuk
melihat langsung bagaiamana bentuk enzim itu sendiri. Buku ini sangat cocok
digunakan sebagai sumber belajar namun harus tetap disertai dengan sumber-sumber
yang baru agar pembelajaran semakin baik dan ilmu yang diperoleh terus berkembang.
Pada buku Lehninger Principles of Biochemistry menampilkan sesuatu yang
berbeda karena setiap topik dilengkapi dengan ilustrasi yang sangat menarik, berupa
teks dan gambar berwarna-warni yang unik dan juga dilengkapi dengan gambar tiga
dimensinya. Ilustrasi tersebut sangat mendukung dalam memahami konsep dasar
biokimia dan membuat pembaca tidak jenuh

VI. KESIMPULAN DAN SARAN


6.1 KESIMPULAN
Secara keseluruhan materi yang terdapat dalam buku sudah sangat lengkap dan
bagus. Buku ini dapat dijadikan bahan referensi mahasiswa dalam menambah wawasan
mengenai enzim karena dalam buku ini setiap konsep mudah dipahami yang disertai
dengan penampilan menarik berupa gambar, tabel, grafik, bagan, illustrasi, dan lainnya.
Rangkuman disajikan disetiap akhir sub bab, dan ada juga penjelasan untuk kata-kata
asing di akhir setiap bab.

6.2 SARAN
Buku ini sangat cocok digunakan sebagai sumber belajar namun harus tetap
disertai dengan sumber-sumber yang baru agar pembelajaran semakin baik dan ilmu
yang diperoleh terus berkembang dan untuk memahami konsep-konsep biokimia yang
dibahas di dalam buku ini, pembaca tetap harus memiliki minat yang tinggi terlebih
dulu terhadap kimia. Karena meskipun telah disajikan dalam bentuk yang sangat
menarik, pengertian ilmiah pembaca tetap diperlukan.

Kepustakaan

Nelson,D.L., dan Cox, M.M., (2005), Lehninger principles of biochemistry,4th edition


New York : WH Freeman and Company.