LAPORAN TETAP

PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI PERTANIAN

IDENTIFIKASI BAKTERI

MAUDIYANI YURNANTI

05081281722021

PROGRAM STUDI PROTEKSI TANAMAN

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS SRIWIJAYA

2018
 BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme yang berukuran sangat kecil
sehingga untuk mengamatinya diperlukan alat bantuan. Mikroorganisme disebut
juga organisme mikroskopik. Mikroorganisme seringkali bersel tunggal
(uniseluler) maupun bersel banyak (multiseluler). Mikroorganisme yang hidup di
alam memiliki morfologi, struktur dan sifat-sifat yang khas, begitu juga dengan
bakteri. Bakteri yang hidup hampir tidak berwarna dan kontras dengan air, dimana
sel-sel bakteri tersebut disuspensikan. Salah satu untuk mengamati bentuk sel
bakteri sehingga mudah untuk diidentifikasikan ialah dengan metode pengecatan
atau pewarnaan. Hal tersebut juga berfungsi untuk mengetahui sifat fisiologisnya
yaitu mengetahui reaksi dinding sel bakteri melalui serangkaian pengecatan.

Orang yang pertama melakukan Metode pengecatan yaitu Christian Gram pada
tahun 1884. Dengan metode ini. Bakteri dapat dikelompokkan menjadi dua yatu,
bakteri gram positif dan bakteri gram negative. Yang didasarkan dari reaksi atau
sifat bakteri terhadap cat tersebut. Reaksi atau sifat bakteri tersebut ditentukan oleh
komposisi dinding selnya sehingga pengecatan gram tidak bias dilakukan pada
mikroorganisme yang tidak mempunyai dinding sel seperti Mycoplasma sp.

Pengenalan bentuk mikroba (morfologi), kecuali mikroalgae harus dilakukan

pewarnaan terlebih dahulu agar dapat diamati dengan jelas. Oleh karena itulah
pewarnaan sel bakteri ini merupakan salah satu cara yang paling utama dalam
penelitian mikrobiologi. Adapun macam-macam pewarnaan, antara lain dengan
Pewarnaan Sederhana yaitu merupakan pewarnaan dengan menggunakan satu jenis
pewarna saja dengan tujuan untuk mengetahui morfologi dan susunan selnya.
Pewarnaan ini dapat menggunakan pewarna basa pada umumnya, antara lain :
kristal violet, metylen blue, karbol fuchsin, dan safranin, Pewarnaan Gram yaitu
merupakan pewarnaan yang digunakan untuk mengelompokkan bakteri gram
positif dan bakteri gram negatif. Pewarna yang digunakan antara lain : kristal violet
sebagai gram A, iodine sebagai gram B, alkohol sebagai gram C, serta safranin
sebagai gram D, Pewarnaan Kapsul yaitu Pewarnaan mengunakan dua reagen,
yaitu: kristal violet sebagai dekolorisator (penghapus warna utama) serta kopper
sulfat sebagai pewarna tandingan teradsorbsi bahan kapsular yang mengalami
dekolorisasi. Hasil pewarnaannya ialah kapsul akan berwarna biru terang kontras
dengan warna ungu gelap dari sel, Pewarnaan Spora yaitu pewarnaan dengan
menggunakan malchit green dan safranin, yang dalam hasil pewarnaanya akan
muncul warna hijau pada sporanya, serta warna merah pada sel vegetatifnya, yaitu
pada Bacillus subtilis.

Menurut Volk & Wheeler (1988), dalam pengamatan spora bakteri diperlukan
pewarnaan tertentu yang dapat menembus dinding tebal spora. Contoh dari
pewarnaan yang dimaksudkan oleh Volk & Wheeler tersebut adalah dengan
penggunaan larutan hijau malakit 5%, dan untuk memperjelas pengamatan, sel
vegetative juga diwarnai dengan larutan safranin 0,5% sehingga sel vegetative ini
berwarna merah. Dengan demikian ada atau tidaknya spora dapat teramati, bahkan
posisi spora di dalam tubuh sel vegetative juga dapat diidentifikasi.Namun ada juga
zat warna khusus untuk mewarnai spora dan di dalam proses pewarnaannya
melibatkan treatment pemanasan, yaitu; spora dipanaskan bersamaan dengan zat
warna tersebu tsehingga memudahkan zat warna tersebut untuk meresap ke dalam
dinding pelindung spora bakteri.

Spora bakteri adalah bentuk bakteri yang sedang dalam usaha mengamankan
diri terhadap pengaruh buruk dari luar. Segera setelah keadaan luar baik lagi bagi
mereka, maka pecahlah bungkus spora dan tumbuhlah bakteri. Spora lazim disebut
endospora ialah karena spora itu dibentuk di dalam sel. Endospora jauh lebih tahan
terhadap pengaruh luar yang buruk dari pada bakteri biasa yaitu bakteri dalam
bentuk vegetatif. Sporulasi dapat dicegah, jika selalu diadakan pemindahan piaraan
ke medium yang baru.
Endospora dibuat irisan dapat terlihat terdiri atas pembungkus luar, korteks dan
inti yang mengandung struktur nukleus. Apabila sel vegetatif membentuk
endospora, sel ini membuat enzim baru, memproduksi dinding sel yang sama sekali
baru dan berubah bentuk. Dengan kata lain sporulasi adalah bentuk sederhana
diferensiasi sel, karena itu, proses ini diteliti secara mendalam untuk mempelajari
peristiwa apa yang memicu perubahan enzim dan morfologi.
Spora biasanya terlihat sebagai badan-badan refraktil intrasel dalam sediaan
suspensi sel yang tidak diwarnai atau sebagai daerah tidak berwarna pada sel yang
diwarnai secara biasa. Dinding spora relatif tidak dapat ditembus, ini pula yang
mencegah hilangnya zat warna spora setelah melalui pencucian dengan alkohol
yang cukup lama untuk menghilangkan zat warna sel vegetatif. Sel vegetatif
akhirnya dapat diberi zat warna kontras. Spora biasanya diwarnai dengan malachit
green atau carbol fuchsin.
Spora kuman dapat berbentuk bulat, lonjong atau silindris. Berdasarkan
letaknya spora di dalam sel kuman, dikenal letak sentral, subterminal dan terminal.
Ada spora yang garis tengahnya lebih besar dari garis tengah sel kuman, sehingga
menyebabkan pembengkakan sel kuman.
Pada umumnya spora terdapat di dalam spora ( endospora) dengan letak dan
ukuran yang berbeda. Spora pada bakteri dibentuk saat kondisi secara kimiawi dan
kimiawi yang kurang menguntungkan misalnya nutrisi, sinar, panas dan kering.

1.2 Tujuan
Adapun tujuan praktikum kali ini adalah untuk mempelajari cara
pengidentifikasian bakteri dengan cara uji KOH, uji Katalase, dan Pewarnaan spora
bakteri.
 BAB 2

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Tinjauan Pustaka

Spora bakteri adalah bentuk bekteri yang sedang dalam usaha mengamankan
diri terhadap pengaruh buruk dari luar. Spora bakteri mempunyai fungsi yang sama
seperti kista amoeba, sebab bakteri dalam bentuk spora dan amoeba dalam bentuk
kista merupakan suatu fase dimanakedua mikroorganisme itu berubah bentuk untuk
melindungi diri terhadapfaktor luar yang tidak menguntungkan (Noer 2014).
Jenis-jenis bakteri tertentu, terutama yang tergolong dalam genus Bacillus dan
Clostridium mampu membentuk spora. Spora yang dihasilkan diluar sel vegetatif
(eksospora) atau di dalam sel vegetatif (endospora). Bakteri membentuk spora bila
kondisi lingkungan tidak optimum lagi untuk pertumbuhan dan perkembangannya,
misalnya: medium mengering,kandungan nutrisi menyusut dan sebagainya (Uli
2013).
Beberapa spesies bakteri menghasilkan spora eksternal. Streptomyces
misalnya, meghasilkan serantaian spora (disebut konidia), yang disangga di ujung
hifa, suatu filamen vegetatif. Proses ini serupa dengan proses pembentukan spora
pada beberapa cendawanv(Fauziah Rahman 2014).
Spora pada bakteri adalah endospora, suatu badan yang refrakti lterdapat dalam
induk sel dan merupakan suatu stadium isrtirahat dari seltersebut. Endospora
memiliki tingkatme tabolisme yang sangat rendah sehingga dapat hidup sampai
bertahun-tahun tanpa memerlukan sumbermakanan dari luar (Irianto,
2006).Pembentukan spora dapat dianggap sebagai suatu proses diferensiasi dari
suatu siklus hidup dalam keadaan-keadaan tertentu. Hal ini berbeda dari peristiwa
pembelahan sel karena tidak terjadi replikasi kromosom (Lantang and Dirk 2012).
Kemampuan menghasilkan spora memberi keuntungan ekologis pada bakteri,
karena memungkinkan bakteri itu bertahan dalam keadaan buruk. Langkah-langkah
utama di dalam proses pembentukan spora sebagai berikut :
1.Penjajaran kembali bahan DNA menjadi filamen dan invaginasi membransel
di dekatsatu ujung sel untuk membentuk suatu struktur yang disebut bakal spora.
 2.Pembentukan sederet lapisan yang menutupi bakal spora, yaitu korteksspora
diikuti dengan selubung spora berlapis banyak.
3.Pelepasan spora bebas seraya sel induk mengalami lisis (Pelczar, 1986 dlam
(Agustina, Yulvizar, and Nursanty 2013).
Salah satu ciri endospora bakteri adalah susunan kimiawinya. Semua
endospora bakteri mengandung sejumlah besar asam dipikolinat yaitu suatu
substansi yang tidak terdeteksi pada sel vegetatif. Sesungguhnya, asam tersebut
merupakan 5-10 % berat kering endospora. Sejumlah besar kalsium juga terdapat
dalam endospora, dan diduga bahwa lapisan korteks terbuat dari kompleks
Ca2+asam dipikolinat peptidoglikan (Nur 2014).
Letak spora di dalam sel serta ukurannya selama pembentukannya tidaklah
sama bagi semua spesies contoh, beberapa spora adalah sentral yaitu dibentuk
ditengah – tengah sel yang lain terminal yaitu dibentuk di ujung danyang lain lagi
lateral yaitu di bentuk di tepi sel (Uli 2013).
Diameter spora dapat lebih besar atau lebih kecil dari diameter selvegetatifnya.
Dibandingkan dengan sel vegetatif, spora sangat resisten terhadap kondisi-kondisi
fisik yang kurang menguntungkan seperti suhutinggi dan kekeringan serta bahan-
bahan kimia seperti desinfektan. Ketahanan tersebut disebabkan oleh adanya
selubung spora yang tebal dan keras (Lantang and Dirk 2012).
Dalam pengamatan spora bakteri diperlukan pewarnaan tertentu yang dapat
menembus dinding tebal spora. Pewarnaan tersebut adalah dengan penggunaan
larutan hijau malakit 5%, dan untuk memperjelas pengamatan,sel vegetative juga
diwarnai dengan larutan safranin 0,5% sehingga sel vegetative ini berwarna merah.
Dengan demikian ada atau tidaknya spora dapat teramati, bahkan posisi spora di
dalam tubuh sel vegetative jugadapat diidentifikasi. Namun ada juga zat warna
khusus untuk mewarnai sporadan di dalam proses pewarnaannya melibatkan
treatment pemanasan, yaitu;spora dipanaskan bersamaan dengan zat warna tersebut
sehingga memudahkan zat warna tersebut untuk meresap ke dalam dinding
pelindungspora bakteri (Agustina, Yulvizar, and Nursanty 2013).
Beberapa bakteri mampu membentuk spora meskipun tidak dalam keadaan
ekstrem ataupun medium yang kurang nutrisi. Hal ini dimungkinkan karena bakteri
tersebut secara genetis, dalam tahapan pertumbuhan dan perkembangannya
memang memiliki satu fase sporulasi (Mayanti and Dwi Ariesyady 2010).
Jika medium selalu diadakan pembaruan dan kondisi lingkungan disekitar
bakteri selalu dijaga kondusif, beberapa jenis bakteri dapatkehilangan
kemampuannya dalam membentuk spora. Hal ini dimungkinkankarena struktur
bakteri yang sangat sederhana dan sifatnya yang sangatmudah bermutasi, sehingga
perlakuan pada lingkungan yang terus menerusdapat mengakibatkan bakteri
mengalami mutasi dan kehilangankemampuannya dalam membentuk spora. Spora
bakteri ini dapat bertahan sangat lama, ia dapat hidup bertahun - tahun bahkan
berabad - abad jika berada dalam kondisi lingkunganyang normal. Kebanyakan sel
vegetatif akan mati pada suhu 60-70oC namun spora tetap hidup, spora bakteri ini
dapat bertahan dalam air mendidih bahkan selama 1 jam lebih. Selama kondisi
lingkungan tidak menguntungkan, spora akan tetap menjadi spora, sampai kondisi
lingkungan dianggap menguntungkan, spora akan tumbuh menjadi satu sel
bakteri yang baru dan berkembangbiak secara normal.
 BAB 3

PELAKSANAAN PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan pada hari Senin tanggal 09 April 2018 di
Laboratorium Fitopatologi Fakultas Pertanian Universitas Sriwijaya.

3.2 Alat dan Bahan

Adapun alat yang digunakan pada praktikum kali ini adalah Buret, Mikroskop,
Jarum ose, Preparat.
Adapun bahan yang digunakan pada praktikum kali ini adalah Bakteri Bacillus
thuringiensis, Larutan malacit green 5 %, Safranin, Alkohol, Xylol, Immersion oil.

3.3 Cara Kerja

Adapun cara kerja untuk melakukan praktikum kali ini adalah:
1. Ambil biakkan bakteri, ratakan diatas kaca preparat yang benar-benar
bersih. Hindari pengambilan yang terlalu banyak, karena akan menyebabkan
penumpukan bakteri.
2. Jika sudah kering, sediaan perlu dilewat-lewatkan dinyala api perlahan-
lahan supaya bakteri benar-benar melekat pada kaca benda, untuk memastikan
sediaan tidak akan terhapus apabila tercuci.
3. Teteskan zat warna pada bidang yang mengandung bakteri. Diamkan
sejenak agar pewarna diserap oleh bakteri.
4. Kemudian sediaan dicuci dengan alkohol atau asam encer guna
menghilangkan zat warna yang berlebihan. Alkohol yang digunakan untuk
mencuci dapat berupa larutan 15%, 95%, kadang-kadang 100%. Cara
mencucinya cukup mencelupkan sediaan ke dalam alkohol dengan tidak usah
digesek-gesek.
5. Tunggu sampai sediaan mengering. Jangan dipanasi. Jika sudah mengering,
baru diamati di mikroskop.
 BAB 4
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil
Adapun hasil praktikum kali ini adalah:

Gambar Spora Bakteri Bacillus thuringiensis

4.2 Pembahasan
Pada praktikum kali ini,kami mengidentifikasi bakteri dengan cara pewarnaan
spora bakteri. Bakteri yang kami gidentifikasi adalah bakteri Bacillus thuringiensis.
Bacillus thuringiensis merupakan salah satu bakteri patogen bagi serangga.
Bakteri ini bersifat gram negatif, berbentuk batang, memilki flagella, membentuk
spora secara aerob dan selama sporulasi membentuk kristal protein paraspora yang
dapat berfungsi sebagai insektisida. Kristal protein ini dikenal dengan nama N-
endotoksin (Shieh, 1994 ; Knowles, 1994;Hazizah,2014). Menurut Gill et al. (1992)
didalam (Hazizah, 2014) spora yang dihasilkan oleh Bacillus thuringiensis
berbentuk oval dan berwarna terang, rata-rata memiliki dimensi 1,0 - 1,3 µm. Jika
ditumbuhkan pada medium padat, koloni Bacillus thuringiensis berbentuk bulat
dengan tepian berkerut, memiliki diameter 5-10 mm, berwarna putih, elevasi timbul
pada permukaan koloni kasar.
 Bacillus thuringiensis pertama kali ditemukan di Jepang pada tahun 1901 dari
penyakit pada jentik ulat sutera (Swadener, 1994; dalam Hazizah,2014). Ishiwata
adalah orang yang pertama kali mengisolasikan Bacillus thuringiensis dari larva
ulat sutera yang mati (Dulmage et al., 1990; Hazizah, 2014). Pada saat itu, belum
dikenal sebagai Bacillus thuringiensis. Tahun 1911, Berliner menemukan sejenis
bakteri yang sama dengan yang ditemukan oleh Ishiwata dari kumbang tepung
Mediteranian (Mediterranean flour moth), Anagasta kuehniella yang mati
(Swadener, 1994; Dulmage et al., 1990). Bakteri ini kemudian dinamakan dengan
Bacillus thuringiensis.
Bacillus thuringiensis merupakan salah satu anggota B. cereus grup bersama
dengan B. anthraxis. B. thuringiensis mempunyai ciri khusus yaitu kemampuannya
untuk menghasilkan protein kristal protoksin intraseluler dari kelompok δ-
endotoksin sehingga dapat dibedakan dengan B. Cereus. Endospora berbentuk oval
hingga silindris, terletak parasentral atau terminal. Bakteri tersebut dapat nonmotil
atau motil dengan adanya flagela tipe peritrik (Bravo, 1997; Hazizah,2014).
Pewarnaan Gram dan spora dapat dilakukan dalam uji sifat sitologi suatu
bakteri. Prinsip pewarnaan Gram adalah kemampuan dinding sel terhadap zat warna
dasar (Kristal violet) setelah pencucian alkohol 96%. Bakteri Gram positif terlihat
berwarna ungu karena dinding selnya mengikat Kristal violet lebih kuat, sedangkan
sel Gram negatif mengandung lebih banyak lipid sehingga pori-pori mudah
membesar dan Kristal violet mudah larut saat pencucian alkohol (Pelczar and Chan,
2008). Bacillus thuringiensis merupakan bakteri Gram positif. Menurut Klien, et al.
(2007) bakteri Gram positif memiliki dinding sel yang mengandung peptidoglikan
dan juga asam teikoat dan asam teikuronat. Oleh sebab itu dinding sel bakteri Gram
positif sebagian adalah polisakarida. Pada beberapa bakteri, asam teikoat
merupakan antigen permukaan (antigen dinding sel) dan ada yang merupakan
selaput pada selnya. Asam teikoat ini pada umumnya terdiri dari gula netral seperti
galaktosa, manosa, ramnosa, arabinosa dan glukosamin. Lapisan yang demikian itu
akan menyelimuti seluruh sel bakteri sehingga menyerupai selubung yang kuat dan
dinamakan murein.
Ciri khas yang terdapat pada Bacillus thuringiesis adalah kemampuannya
membentuk kristal (tubuh paraspora) bersamaan dengan pembentukan spora, yaitu
pada waktu sel mengalami sporulasi. Kristal protein Bacillus thuringiensis
mempunyai beberapa bentuk, diantaranya bentuk bulat pada subsp. israelensis yang
toksik terhadap Diptera, bentuk kubus yang toksik terhadap Diptera tertentu dan
Lepidoptera, bentuk pipih empat persegi panjang (flat rectangular) pada subsp.
tenebriosis yang toksik terhadap Coleoptera, bentuk piramida pada subsp. kurstaki
yang toksik terhadap Lepidoptera (Shieh 1994), sedangkan menurut Trizelia
(2001), kristal protein memiliki beberapa bentuk bedasarkan adanya hubungan
nyata antara bentuk kristal dengan kisaran daya bunuhnya. Varietas yang memiliki
daya bunuh terhadap serangga ordo Lepidoptera memiliki kristal protein yang
berbentuk bipiramida dan jumlahnya hanya satu tiap sel, sedangkan yang berbentuk
kubus, oval, dan amorf umumnya bersifat toksik terhadap serangga ordo Diptera
dan jumlahnya dapat lebih dari satu tiap sel. Kristal yang memiliki daya bunuh
terhadap serangga ordo Coleoptera berbentuk empat persegi panjang dan datar batu
pipih.
Spora Bacillus thuringiensis merupakan suatu usaha perlindungan diri dari
pengaruh lingkungan luar yang buruk, hal ini terjadi karena dinding bakteri yang
bersifat impermeabel. Pembentukan spora juga bersamaan dengan terbentuknya
kristal protein yaitu ketika sel mengalami lisis sesuda sporulasi sempurna (Zeigler,
1999)
 BAB 5
PENUTUP

5.1 Kesimpulan
Dari hasil yang didapatkan pada praktikum kali ini dapat disimpulkan:
1. Spora adalah sentral yaitu dibentuk ditengah – tengah sel yang lain terminal
yaitu dibentuk di ujung danyang lain lagi lateral yaitu di bentuk di tepi sel
2. Spora bakteri adalah bentuk bakteri yang sedang dalam usaha
mengamankan diri terhadap pengaruh buruk dari luar.
3. Dalam pengamatan spora bakteri diperlukan pewarnaan tertentu yang dapat
menembus dinding tebal spora. Pewarnaan tersebut adalah dengan penggunaan
larutan hijau malakit 5%, dan untuk memperjelas pengamatan,sel vegetative
juga diwarnai dengan larutan safranin 0,5% sehingga sel vegetative ini berwarna
merah.
4. Bakteri yang diidentifikasi adalah bakteri Bacillus thungiriensis.
5. Bakteri Bacillus thuringiensis adalah bakteri gram negatif karena pada saat
bakteri diteteskan larutan safranin, spora bakteri menjadi warna merah. Itu
adalah salah satu ciri bakteri gram negatif.

5.2 Saran
Adapun saran yang dapat saya berikan adalah pada saat praktikum seharusnya
praktikan lebih serius dan kondusif.
 DAFTAR ISI

Agustina, Diana, Cut Yulvizar, and Risa Nursanty. 2013. “Isolasi Dan Karakterisasi
Bakteri Pada Ikan Kembung (Rastrelliger Sp.) Asin Berkitosan.” 6(1): 15–19.
Fauziah Rahman, Noer. 2014. “ISOLASI BAKTERI Bacillus Thuringiensis DARI
TANAH KOTA MAKASSAR DAN UJI AKTIVITAS BIOINSEKTISIDA
TERHADAP LARVA NYAMUK Aedes Aegypti.”
Lantang, Daniel, and D A N Dirk. 2012. “Karakterisasi Bakteri Bacillus
Thuringiensis Asal Hutan Lindung Kampus Uncen Jayapura , Serta Deteksi
Toksisitasnya Terhadap Larva Nyamuk Anopheles.” 4(April): 19–24.
Mayanti, Bening, and Herto Dwi Ariesyady. 2010. “Identifikasi Keberagaman
Bakteri Pada Commercial- Seed Pengolah Limbah Cair Cat Identification of
Commercial-Seed Bacteria for Paint.” Jurnal Teknik Lingkungan 16(1): 52–
61. https://ftsl.itb.ac.id/wp-content/uploads/sites/8/2017/03/6_Bening-
Volume-16-Nomor-1-hlm.52-61.pdf.
Noer, Muhammad. 2014. “Identifikasi Bakteri.”
Nur, Hazizah. 2014. “Identifikasi Bakteri Baillus Thuringiensis.” : 6–16.
Uli, Anggiana. 2013. “IDENTIFIKASI BAKTERI YANG BERASAL DARI
SUNGAI BATANG BUNGO DI DESA TANJUNG GEDANG
KABUPATEN BUNGO PROVINSI JAMBI SEBAGAI BAHAN
PENGAYAAN PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI.” Biologi: 1–10.
LAMPIRAN