LAPORAN PRAKTIKUM

DIAGNOSIS PENYAKIT TUMBUHAN (BAGIAN BAKTERI)

Disusun oleh:
Anggita Rahmawati
18/433928/PPN/04326

Asisten :
Ady Bayu Prakoso

PROGRAM STUDI FITOPATOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2018
 ISOLASI DNA, IDENTIFIKASI PCR, ANALISIS FILOGENETIK,
DAN DESAIN PRIMER

I. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Filogenetik

Gambar 1. Analisis filogenetik Xanthomonas campestris pv. campestris tipe wild type dan
mutan dengan prier 16s.

Berdasarkan hasil analisis filogenetik pada Xanthomonas campestris pv. campestris

tipe wild type dan mutan didapatkan hasil bahwa Xanthomonas campestris tipe wild type dan
mutan berada di outgroup yang sama hal tersebut menunjukkan bahwa Xanthomonas
campestris tipe wild type dan tipe mutan memiliki kekerabatan yang sangat dekat atau hapir
tidak berbeda. Adapun nilai boostrapnya ialah 10. Nilai bootstrap merupakan untuk menguji
seberapa baik set data model yang kita gunakan. Jika nilai bootstrap rendah maka sekuen
seharusnya dikeluarkan dari analisis untuk mendapatkan sebuah pohon filogenetika yang
dapat dipercaya. Analisis bootstrap adalah metode yang menguji seberapa baik set data
model. Sebagai contoh validitas penyusunan cabang dalam prediksi pohon filogenetik dapat
diuji dengan resampled dari kolom dalam multiple sequence alignment untuk membentuk
beberapa penjejeran baru. Penampakan cabang dalam pohon dari sekuen resampled ini dapat
diukur. Alternatifnya, sekuen kemungkinan harus dikeluarkan dari analisis untuk menentukan
berapa banyak sekuen yang mempengaruhi hasil dari analisis (Dharmayanthi, 2011).
2. Desain Primer
Pada praktikum ini dilakukan juga desain primer untuk Xanthomonas campestris pv.
campestris tipe wild type dan mutan menggunakan primer 16S melalui web
https://primer3plus.com/ dengan hasil yang didapatkn ialah sebagai berikut

Gambar 2. Penempelan primer dengan sekuen dari Xanthomonas campestris Wild Type

Gambar 3. Desain primer untuk Xanthomonas campestris Wild Type

 Gambar 4. Penempelan primer dengan sekuen dari Xanthomonas campestris Mutan

Gambar 5. Desain primer untuk Xanthomonas campestris Mutan

Berdasarkan gambar diatas didapatkan bahwa desain primer untuk Xanthomonas

campestris Wild Type (D1) ialah Forward F: AATTCCCGGTGTAGCAGTGA dan Reverse
R: CTTCGATACTGCGTGCCAAA dengan target ukuran pita DNA 188 bp dan
Annealingnya pada suhu 58;57°C. Desain primer untuk Xanthomonas campestris Mutan ialah
Forward F: GCGATTGAATGAGCCGATGT dan Reverse R:
CAATATTCCCCACTGCTGCC dengan target ukuran pita DNAnya 150 bp dan Suhu
Annealing: 57;58°C.Keberhasilan reaksi PCR menurut Sasmito (2014) sangat ditentukan oleh
beberapa faktor: (1) deoksiribonukleotida triphosphat (dNTP), (2) oligonukleotida primer, (3)
DNA template (cetakan), (4) komposisi larutan buffer, (5) jumlah siklus reaksi, (6) enzim
yang digunakan, dan (7) faktor teknis dan non-teknis lainnya, misalnya kontaminasi.
Oligonukleotida primer (desain primer) memegang peranan penting untuk spesififisitas
maksimal dan efisiensi PCR.

Referensi :
Dharmayanti, N. L. P. I. 2011. Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi Organisme
Berdasarkan Sejarah Evolusi. Wartazoa 21 (1):1-10.

Sasmito, D. E. K., R. Kurniawan., I. Muhimmah. 2014. Karakteristik Primer pada

Polymerase Chain Reaction (PCR) untuk Sekuensing DNA: Mini Review. Seminar
Nasional Informatika Medis (SNIMed) V 2014.