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Proteómica

miento exponencial en el número de entradas correspon-


dientes a genes y/o proteínas en las bases de datos. Esto,
combinado con el empleo de potentes métodos de frac-
cionamiento y separación de péptidos y proteínas como el
2D-PAGE[7] (electroforesis de poliacrilamida de dos di-
mensiones) y la cromatografía líquida de alta resolución
(HPLC), ha permitido consolidar la proteómica, desde
mediados de los años 90 del siglo pasado, como ciencia
para el análisis masivo de proteínas.

1 Complejidad del problema


Preparación robótica de muestras para espectrometría de masas La proteómica es considerada el siguiente paso en el es-
MALDI-TOF tudio de un sistema biológico, luego de la genómica. Es
más complicada que la genómica porque mientras que el
genoma de un organismo es más o menos constante, el
Proteómica es el estudio a gran escala de las proteínas, proteoma difiere de una célula a otra y de un momen-
en particular de su estructura y función.[1][2] Las proteínas to a otro. Estos se debe a que en los distintos tipos de
son partes vitales de los organismos vivos, ya que son los células se expresan genes distintos, lo que implica que
componentes principales de las rutas metabólicas de las se debe determinar hasta el conjunto básico de proteínas
células. El término proteómica fue acuñado en 1997[3] producido en una célula.Un factor adicional de comple-
como una analogía con genómica, el estudio de los ge- jidad son las modificaciones que puede sufrir la estruc-
nes. La palabra “proteoma” es la fusión de "proteína” tura o secuencia básica de la proteína, esto es, aquella
y “genoma", y fue acuñada por Marc Wilkins en 1994, que aparece codificada en el genoma. Dichas modifica-
mientras trabajaba en ese concepto como estudiante de ciones provienen básicamente de dos fuentes: el recor-
doctorado.[4][5] El proteoma es la dotación completa de te o Splicing alternativo[8] de los ARNm que codifican
proteínas,[4] incluyendo las modificaciones hechas a un la proteína y las modificaciones postraduccionales (fos-
conjunto particular de proteínas, producidas por un or-
forilación, metilación, acetilación, etc) que normalmente
ganismo o sistema. Esto varía con el tiempo y con requi- sirven para modificar o modular la actividad, función o
sitos diferentes, o debido al estrés, que sufre una célula o
localización de una proteína en diferentes contextos fi-
un organismo. siológicos o metabólicos. Ambas fuentes de complejidad
La descripción del proteoma permite tener una imagen incrementan sustancialmente el número de proteínas di-
dinámica de todas las proteínas expresadas, en un mo- ferentes que pueden existir: se estima que a partir de los
mento dado y bajo determinadas condiciones concretas 25 000-30 000 genes que codifican proteínas en el geno-
de tiempo y ambiente. El estudio y comparación siste- ma humano, podrían generarse un número de proteínas
máticos del proteoma en diferentes situaciones metabóli- diferentes que oscilaría entre 500 000-1 000 000.
cas y/o patológicas permite identificar aquellas proteínas En el pasado, el análisis de los genes que se expresaban
cuya presencia, ausencia o alteración se correlaciona con en diferentes tipos de células y tejidos y en diferentes
determinados estadios fisiológicos. En el caso concreto contextos fisiológicos era realizado principalmente me-
del análisis proteómico asociado a patologías concretas, diante un análisis de ARNm, pero se encontró que a me-
es posible identificar proteínas que permitirían diagnosti- nudo no existe una correlación directa entre el conteni-
car la enfermedad o pronosticar la evolución de la misma. do en ARNm y el contenido proteico.[9][10] Se sabe que
Dichas proteínas se conocen con el nombre genérico de el ARNm no siempre se traduce a proteína,[11] y que la
biomarcadores.[6] cantidad de proteína producida por una cantidad dada de
La proteómica es una ciencia relativamente reciente. Pa- ARNm depende del estado fisiológico de la célula. No
ra su despegue definitivo, ha sido necesaria la consolida- obstante, estudios recientes han confirmado que, al me-
ción definitiva de la espectrometría de masas como técni- nos en levadura, existe una alta correlación entre el nú-
ca aplicada al análisis de moléculas biológicas y el creci- mero de copias de ARNm y el de moléculas de proteína

1
2 2 ÁREAS DE ESTUDIO

traducidas a partir de aquél.[12] Las técnicas proteómicas 2.2.1 Degradación de Edman


actuales permiten confirmar la presencia o ausencia de
una o más proteínas concretas y determinar su cantidad, 2.2.2 Espectrometría de masas
bien en valores absolutos o relativos[13]
La espectrometría de masas (MS) permite analizar la
composición de diferentes elementos químicos e isótopos
atómicos, separando los núcleos por su relación masa-
2 Áreas de estudio carga. Presenta numerosas ventajas frente al método de
Edman: es más sensible, permite analizar directamente
Las principales áreas de estudio de la proteómica son: las mezclas proteicas y ofrece un mayor rendimiento por
muestra. Por ello, es el método utilizado en las dos técni-
cas de identificación de proteínas más comunes: la iden-
1. Identificación de proteínas y caracterización de sus tificación por huella peptídica y el análisis MS/MS.
modificaciones postraducionales

2. Proteómica de “expresión diferencial” Identificación por huella peptídica

• Digestión en gel: Normalmente, la muestra se redu-


3. Estudio de las interacciones proteína-proteína
ce y alquila. A continuación, se añade una protea-
sa con una patrón de corte conocido (típicamente,
tripsina), generándose una colección o conjunto de
2.1 Separación de proteínas péptidos específicos de proteína. Habitualmente, es-
ta colección de péptidos será lo suficientemente es-
La enorme complejidad (varios miles de proteínas dife- pecífica como para poder identificar la proteína con
rentes) del proteoma de la mayor parte de los organismos la que estamos trabajando.
vivos obliga al empleo de diversas técnicas para separar
las proteínas. Entre las técnicas más comunes se encuen- • Extracción de los péptidos
tran la electroforesis mono y bidimensional así como la
cromatografía líquida en sus distintas variantes. • Análisis MS MALDI-TOF: este equipo traduce el
tiempo de vuelo en masas, pues aunque todos los
La técnica más extendida es la electroforesis en geles de iones tienen la misma estructura y la misma carga,
poliacrilamida (llamada SDS-PAGE por sus siglas en in- su peso es distinto.
glés “Sodium Dodecyl Sulfate PolyAcrylamide Gel Elec-
trophoresis”). Se trata de una electroforesis en gel de poli- • Comparación del espectro de masas con la informa-
acrilamida al que se le añade el detergente dodecilsulfato ción almacenada en bases de datos de secuencias
sódico con el fin de desnaturalizar las proteínas, asegu- conocidas, como Swiss-Prot o nr-GenBank. Para
rar que todas se encuentren cargadas y por tanto puedan ello existen motores de búsqueda como MASCOT
migrar en un campo eléctrico en función de su masa mo- que ordenan las proteínas identificadas asignándoles
lecular relativa (Mr). Una variante de este tipo de elec- puntos en función del número de coincidencias.
troforesis es la electroforesis bidimensional o 2D-PAGE,
en la que el fraccionamiento en geles SDS-PAGE es pre-
cedido por una separación basada en el punto isoeléctri- Análisis MS/MS
co de las proteínas. La electroforesis 2D-PAGE permi-
te alcanzar una mayor resolución y es por tanto utiliza- • Digestión solución
da en el análisis de proteomas muy complejos. Una vez
realizado el fraccionamiento, distintos métodos de tin- • Extracción de los péptidos
ción (Azul Coomassie, tinción de plata, tinción Sypro Ru- • Espectrometría de masas de ionización por electros-
bi, etc) permiten visualizar las proteínas separadas. La pray
cromatografía líquida también se emplea en el fracciona-
miento y separación de proteomas complejos. Las distin- • La comparación de los datos del espectro de frag-
tas variantes existentes permiten separar las proteínas en mentación experimental con los almacenados en ba-
función de su hidrofobicidad (cromatografía de fase re- ses de datos es similar al llevado a cabo en la identi-
versa), carga eléctrica (cromatografía de intercambio ca- ficación por huella peptídica: las coincidencias entre
tiónico/aniónico) y tamaño (cromatografía de exclusión los datos experimentales y los datos del servidor se
molecular). muestran en orden decreciente de probabilidad.

Para evaluar la identificación de la proteína se ha de te-


2.2 Identificación de proteínas ner en cuenta su presencia en las bases de datos, maximi-
zar la asignación de fragmentos generados y comprobar
3

si las características de la proteína identificada y la pro- • Proteomics Research Resource for Integrative Bio-
teína problema coinciden. No obstante, para mejorar la logy (NIH)
precisión de la identificación es recomendable repetir va-
rias veces el proceso de identificación del péptido, para • Global map of proteomics labs
disponer así de varios espectros de fragmentación.

4 Referencias
2.3 Interacciones proteína-proteína
[1] Anderson NL, Anderson NG (1998). «Proteome
La mayoría de las proteínas funcionan en colaboración and proteomics: new technologies, new concepts,
con otras proteínas, y una meta de la proteómica es iden- and new words». Electrophoresis 19 (11): 1853-61.
tificar cuales proteínas interactúan entre sí. Esto es espe- doi:10.1002/elps.1150191103. PMID 9740045.
cialmente útil para determinar asociaciones potenciales [2] Blackstock WP, Weir MP (1999). «Proteomics: quan-
en las rutas de señalización celular. titative and physical mapping of cellular proteins».
Se dispone de varios métodos para probar las inter- Trends Biotechnol. 17 (3): 121-7. doi:10.1016/S0167-
7799(98)01245-1. PMID 10189717.
acciones proteína-proteína. El método tradicional es el
sistema de doble híbrido de la levadura. Los métodos [3] P. James (1997). «Protein identification in the
nuevos incluyen microarrays de proteína, cromatografía post-genome era: the rapid rise of proteomics.».
de inmunoafinidad seguida por espectrometría de masas, Quarterly reviews of biophysics 30 (4): 279-331.
interferometría de doble polarización y métodos experi- doi:10.1017/S0033583597003399. PMID 9634650.
mentales como phage display y métodos computaciona- [4] Marc R. Wilkins, Christian Pasquali, Ron D. Appel, Ke-
les. li Ou, Olivier Golaz, Jean-Charles Sanchez, Jun X. Yan,
Andrew. A. Gooley, Graham Hughes, Ian Humphery-
Smith, Keith L. Williams & Denis F. Hochstrasser (1996).
3 Véase también «From Proteins to Proteomes: Large Scale Protein Iden-
tification by Two-Dimensional Electrophoresis and Ar-
nino Acid Analysis». Nature Biotechnology 14 (1): 61-65.
3.1 Bases de datos de proteínas doi:10.1038/nbt0196-61. PMID 9636313.

[5] UNSW Staff Bio: Professor Marc Wilkins


• Human Protein Atlas
[6] Hanash SM, Pitteri SJ, Faca VM. Mining the plas-
• Cardiac Organellar Protein Atlas Knowledgebase ma proteome for cancer biomarkers. Nature. 2008 Apr
(COPaKB) 3;452(7187):571-9. Review. PubMed PMID 18385731.

• Human Protein Reference Database [7] Weiss W, Görg A. High-resolution two-dimensional elec-
trophoresis. Methods Mol Biol. 2009;564:13-32. PubMed
• Model Organism Protein Expression Database PMID 19544015.
(MOPED) [8] Keren H, Lev-Maor G, Ast G. Alternative splicing and
evolution: diversification, exon definition and function.
• National Center for Biotechnology Information
Nat Rev Genet. 2010 May;11(5):345-55. Epub 2010 Apr
(NCBI) 8. Review. PubMed PMID 20376054.
• Protein Data Bank (PDB) [9] Simon Rogers, Mark Girolami, Walter Kolch, Katrina
M. Waters, Tao Liu, Brian Thrall and H. Steven Wiley
• Protein Information Resource (PIR) (2008). «Investigating the correspondence between trans-
criptomic and proteomic expression profiles using coupled
• Proteomics Identifications Database (PRIDE) cluster models». Bioinformatics 24 (24): 2894-2900.
doi:10.1093/bioinformatics/btn553. PMID 18974169.
• Proteopedia The collaborative, 3D encyclopedia of
proteins and other molecules [10] Vikas Dhingraa, Mukta Gupta, Tracy Andacht and Zhen
F. Fu (2005). «New frontiers in proteomics research: A
• Swiss-Prot perspective». International Journal of Pharmaceutics 299
(1–2): 1-18. doi:10.1016/j.ijpharm.2005.04.010. PMID
• UniProt 15979831.

[11] Buckingham, Steven (mayo de 2003). «The major world


of microRNAs». Consultado el 14 de enero de 2009.
3.2 Centros de investigación
[12] Picotti P, Bodenmiller B, Mueller LN, Domon B, Ae-
• European Bioinformatics Institute bersold R. Full dynamic range proteome analysis of
S. cerevisiae by targeted proteomics. Cell. 2009 Aug
• Netherlands Proteomics Centre (NPC) 21;138(4):795-806.
4 5 ENLACES EXTERNOS

[13] Wilm M. Quantitative proteomics in biological research.


Proteomics. 2009 Oct;9(20):4590-605.

5 Enlaces externos
• http://www.merriam-webster.com/dictionary/
proteomics.html

• Wikcionario tiene definiciones y otra informa-


ción sobre proteómica.Wikcionario

Wikilibros

• Wikilibros alberga un libro o manual sobre


Proteomics.

• Foro de Investigación Argentina en Biología


• Instituto Nacional de Proteómica

• Servicio de Proteómica del Centro Nacional de


Biotecnología-CSIC, Madrid, España

• Nuevo Máster en Bioinformática para la Genómica


y el Diseño de Fármacos / MSc in Bioinformatics
for Genomics and Drug Design, UAB
5

6 Origen del texto y las imágenes, colaboradores y licencias


6.1 Texto
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